系统论方法从根本上克服了还原论和整体论的缺陷,并有机整合了二者的长处,为现代针灸学诊疗方案的制定原则奠定了理论基础。系统科学方法强调还原论方法和整体论方法相结合、分析方法与综合方法相结合、定性描述与定量描述相结合、局部描述与整体描述相结合。所谓系统是指由一些互相关联、互相作用、互相影响的组成部分所构成的具有某些功能的整体。其核心问题是方法论。根据系统论的基本思想,研究和认识问题应当从“向下”和“向上”两个方向展开,从局部和整合两个方向进行探索,但目标要着眼于系统的整体性,在系统各部分的联系性、动态性中认识和把握整体。传统针灸学的联系观以整合观为基础,但缺乏对局部、对子系统的精细认识。而现代针灸学的整体观首先体现在对疾病的正确诊断和针灸疗法适宜性的判断上,还要关注患者的基础状态或原发性疾病。现代针灸学体穴疗法的取穴组方所循的基本原则应当与人体生命活动特征和生理病理规律相契合。比如无论是胃溃疡和十二指肠溃疡,可以取用相同的穴位,但胃溃疡患者用弱刺激手法,十二指肠患者用强刺激手法。耳针疗法的取穴组方规律也体现出还原论方法与整体论方法的有机结合。非加和观、动态观、稳态观在现代针灸学的治疗方案中也有典型体现。人体是具有自组织能力的复杂系统,有大规模性、非线性、随机性、涌线性、自稳性,决定了针刺作用的双向调节、多靶点调节、饱和调节等特征。总之,既往的有关研究在方法论上存在明显局限性,极端条件下的研究结果能够在多大程度上真实反映现实环境下的整体变化规律,这是一个尚待探索的问题。