湖北省仙桃地区2012年鼠类携带汉坦病毒的基因特征研究

彭 延，邹文菁，李国明(湖北省疾病预防控制中心传染病防治研究所病原检测中心，武汉 430079)



·论 著·

湖北省仙桃地区2012年鼠类携带汉坦病毒的基因特征研究

彭 延，邹文菁，李国明(湖北省疾病预防控制中心传染病防治研究所病原检测中心，武汉 430079)

目的 研究湖北省仙桃地区2012年捕获鼠类种类和携带汉坦病毒情况，分析汉坦病毒的基因特征。方法 在湖北省仙桃地区以夹夜法捕鼠。无菌解剖后取鼠肺提取总RNA，荧光聚合酶链反应检测汉坦病毒，阳性标本进行病毒S片段序列测定和进化分析。结果 捕获鼠类共100只，其中黑线姬鼠64只，占64%;褐家鼠6只，占6%;小家鼠13只，占13%;黄胸鼠17只，占17%。共检出汉坦病毒核酸阳性鼠肺2只，分型为汉滩型。结论 仙桃地区汉坦病毒宿主以黑线姬鼠为主，所携带病毒以汉滩型为主，基因型有明显地域特点,属于文献报道的新亚型。

汉坦病毒； 基因分型； 序列分析

汉坦病毒(HV)在临床上主要引起欧亚大陆的肾综合征出血热和美洲地区的HV肺综合征。我国为肾综合征出血热高危流行区，涉及26个省、市、自治区，约占全球发病总数的90%以上[1]。近年来，湖北省肾综合征出血热在仙桃等局部地区疫情上升较快，在地区分布上,湖北省肾综合征出血热发病呈明显聚集性特征。本研究通过监控流行地区鼠种及HV感染情况，运用分子生物学的方法进行了HV的检测和序列分析，了解本地区HV毒株的型别和特征，为制订有针对性的肾综合征出血热预防控制措施提供科学依据。

1 材料与方法

1.1 标本来源 2012年1～12月在湖北省仙桃市采用夹夜法捕鼠。现场鉴定鼠种并无菌解剖取鼠肺组织，置-70 ℃冰箱保存。

1.2 RNA的提取 利用组织研磨器均质鼠肺后，参照QIAGEN公司Rneasy Mini Kit提取试剂使用说明书进行。

1.3 HV的荧光聚合酶链反应(PCR) 使用上海之江公司的HV荧光PCR试剂盒，按说明书操作。

1.4 病毒S片段的扩增和测序 对HV的荧光PCR阳性样本的RNA使用SuperscripTMⅡ逆转录酶和P14引物(5-TAG TAG TAG ACT CC-3′),按说明书合成cDNA。S部分片段扩增方法参考文献[2]。反应产物送生工生物工程(上海)股份有限公司测序。

1.5 系统发生分析和同源性分析 用BioEidt软件对测序结果进行拼接。将结果登陆GenBank数据库进行序列比对，用MEGA5.2软件进行同源性分析。研究中用于比较的毒株来源GenBank，见表1。

表1 研究中相关比较毒株及来源

注：-表示未指明。

2 结 果

2.1 鼠类的构成和带毒情况 2012年仙桃地区捕获鼠类共100只，其中黑线姬鼠64只，占64%；褐家鼠6只，占6%；小家鼠13只，占13%；黄胸鼠17只，占17%。在黑线姬鼠中检出HV核酸阳性鼠肺2只，编号分别为XT015、XT016。

2.2 病毒S基因片段的序列分析及系统发育分析 Xiantao15、Xiantao16测序结果提交NCBI BLAST进行对比，结果提示其与湖北省地区汉滩型(hantann,HTNV)型病毒毒株序列一致性最高，为97%。与其他HTNV序列一致性为90%～91%。这表明检测到的病毒分型为汉滩型。系统进化分析用MEGA5.2软件对GenBank的其他毒株进行系统进化分析。结果见图1。

图1 基于S片段部分序列构建的系统发育树

3 讨 论

肾综合征出血热是以鼠类为主要传染途径的自然疫源性疾病，鼠密度、宿主动物病毒感染率及与人群接触机会的不同，均能影响该病传播。其中HV和宿主间有最为紧密的对应关系，一种宿主一般只携带一种HV，因此宿主动物的种群类别决定了其携带的HV型别和人间HV流行强度。本研究调查发现，湖北省仙桃地区的啮齿动物HV携带率为2%，优势鼠种是黑线姬鼠，也是HV的主要传染源。武汉地区肾综合征出血热发病数相对较高的江夏区、新洲区2009～2011年携带率是4．05%[3]。相比以上地区,仙桃啮齿动物HV携带率还处在较低水平。

HV至少有40多种血清型或基因型，每一种血清型或基因型由1种或几种密切相关的啮齿动物携带传播，与宿主共进化,并且具有明显的地区聚集现象，许多疫区都存在着各自的优势HV基因型或亚型[4-5]。过去的研究表明，通过病毒基因组核苷酸序列的分子进化分析，HTNV可分为9个亚型[5-6]。湖北省肾综合征出血热患者中曾检测到HTNV第7和第9亚型[7-8]。最新相关文献报道，湖北省存在1个HTNV新亚型[9]。本研究中，测序的Xiantao15/Xiantao16毒株S片段和报道的新亚型HV004株明显处于同一分支，序列比对也显示同源性达到97%。由此可见，Xiantao15/Xiantao16也属于这一新亚型。研究结果提示，近来湖北HV流行毒株以新亚型为主，新亚型的出现是否是引起湖北省局部肾综合征出血热疫情上升到原因，值得进一步研究。

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Study on genetic characteristics of Hantavirus carried by murids in Xiantao city of Hubei province during 2012

PENGYan,ZOUWen-jing,LIGuo-ming

(HubeiCenterforDiseaseControlandPrevention,Wuhan430079,China)

Objective To study the species of captured murids in Xiantao area during 2012 and their carrying Hantavirus situation,and to analyze the gene characteristics of Hantavirus.Methods The night trapping method was used to capture murines.After sterility dissection,the murine lung was taken for extracting total RNA.Hantavirus was detected by fluorescent PCR.The positive samples were performed the viral S segments sequence determination and evolution analysis．Results Altogether 100 murines were captured including 64 cases (64%) of Apodmus agrarius,6 cases(6%) of Rattus norvegicus,13 cases (13%) of Mus musculus and 17 cases(17%) of Rattus flavipectu.2 murine lungs with Hantavirus nucleic acid positive and the virus genotyping was Hantaan virus.Conclusion The hosts of Hantavirus in Xiantao in 2012 were mainly Mus musculus,the carrying virus is mainly Hantaanvirus,and the genotype has obvious regional characteristic,which belongs to new subtype reported by literature.

hantavirus； genotyping； sequence analysis

彭延，男，硕士，主管技师，主要从事病原检测方面的研究。

10.3969/j.issn.1672-9455.2015.18.028

A

1672-9455(2015)18-2720-02

2015-04-28

2015-05-04)