结核分枝杆菌基因分型方法及其应用

田丽丽 丁北川 祝秉东 王甦民



·综述·

结核分枝杆菌基因分型方法及其应用

田丽丽 丁北川 祝秉东 王甦民

结核分枝杆菌基因分型是监测结核病流行和传播的有效手段.用于结核病流行病学研究的分型方法已有很多种，但不同的基因分型方法各有特点，应根据不同的研究目的选择合适的方法，或者多种方法结合使用，并结合传统的流行病学资料综合分析可得出可靠结论。结核分枝杆菌分型鉴定技术在研究结核分枝杆菌菌种鉴定、耐药和耐多药检测，以及结核病的病原演变、跟踪和确定传染源、确定流行病学事件、揭示疾病传播机制等方面发挥着重要的作用。同时，此类研究正与新兴的遗传信息学相结合，相应成果能够为更科学地制定结核病防控策略提供依据。

结核分枝杆菌； 基因分型技术

随着结核病预防和治疗研究的不断深入，人们逐渐发现细胞水平时代结核病流行病学存在的两大问题——对传播途径和传染源的了解均不够确切、不够深刻。非核酸法的传统结核分枝杆菌(Mycobacteriumtuberculosis, Mtb)分型方法，是建立在细菌表型特征基础上认识细菌，包括对抗结核药物耐受性、生物酶活性分型法、血清分型法和噬菌体分型法等。表型特征惟一“有效”的菌株鉴定方法是噬菌体分型法，但是此方法耗时久，操作繁琐，重复性差，并且噬菌体种类有限，其分辨力较低。而Mtb耐药性监测作为流行病学调查方式之一，只能了解其耐药的表型状况，难以探讨其内在机制。对绝大多数Mtb来说，鉴于同一菌种菌株间具有高度同源性，通过表型差异无法区分，因此通过生物表型结果而对Mtb菌株进行分型无法得到广泛应用[1]。

随着分子生物学理论和技术的发展，1990年以后逐步建立了一些根据核酸序列进行菌株鉴定的高度特异的基因分型方法，主要包括：限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism, RFLP)、DNA指纹图谱分析，以及以PCR技术为基础的基因分型方法，等等。相应方法结合现代分子生物信息学技术，使Mtb菌株分型进入了一个全新的领域——单株水平的鉴定。菌株分型结果结合病例流行病学资料，以阐明结核病的传播流行问题，形成了结核病分子流行病学。结核病分子流行病学的建立和广泛应用使我们对结核病的传播规律和特点有了新的认识,解决了许多传统流行病学方法难以解决的问题。结核病分子流行病学研究始于1984年，20世纪90年代在全球开展，迄今为止国内、外有很多这方面的报道[2-10]。核酸分型技术是结核病分子流行病学研究的重要手段之一，特别是在追踪和确定传染源方面起重要作用。笔者对近年来Mtb的基因分型方法研究进展作一综述。

一、常用Mtb基因分型方法

(一)Mtb标准分型方法

插入序列(insertion sequence，IS)是可移动的基因元件，通常小于2.5 kb，它在基因组内可发生转位、重复或缺失。IS6110插入序列发现于1989年[11]，1S6110由1355个碱基对组成，并且是结核分枝杆菌复合群(Mycobacteriumtuberculosiscomplex, MTBC)特有的插入序列。1990年Thierry等最先描述了IS6110，其全长1355 bp，其上有PvuII、BamHI等酶切位点，末端含有不完整的28 bp反向重复序列，是插入序列IS3家族的一个成员，完整的序列特异地存在于MTBC中。目前，对Mtb来说，已知的IS6110拷贝数从0～25不等，M.bovis有1～3个拷贝，BCG含单一拷贝；而非结核分枝杆菌尚未发现IS6110拷贝。Mtb不同菌株间，IS6110在基因组中的位置也不同。因此，IS6110-RFLP就是通过检测IS6110数目与在基因组中位置的不同来区分不同的菌株[12-14]。1993年，van Embden等[12]提出了以IS6110为基础的DNA印迹杂交的标准化操作方法，即IS6110-限制性片段长度多态性(restrictionfragment length polymorphism，RFLP)(IS6110-RFLP)分型法。同时推荐IS6110-RFLP分型作为结核分枝杆菌复合群标准分型方法。该分型技术是在提取结核分枝杆菌DNA后，用PvuII限制性内切酶消化，酶切片段在琼脂糖凝胶电泳分离，转移并固定到膜上，用辣根过氧化物酶标记的IS6110探针和分子量标准探针与膜上DNA片段杂交，然后进行显影[15]。不同菌株的分型结果用Bionumerie软件进行分析。由于使用的限制性内切酶PvuII在IS6110上仅有一个PvuII酶切位点，对IS6110序列仅切割1次。

虽然IS6110-RFLP分型方法被推荐为金标准，但仍然存在一些不足之处，首先是需要的菌量大，待测Mtb的DNA量需达到4500 ng；其次是实验过程操作复杂，较为繁琐，需进行Southern杂交；再者需要特殊软件进行分析；同时，为了进行分型结果的室间比对，每批实验均需要使用标准菌株和内参核酸标志物；另外，对IS6110拷贝数少或无IS6110拷贝数的菌株难以进行Mtb菌株水平的鉴定。

针对IS6110标准方法存在的缺陷，在此基础上人们又逐步研制出一些新的插入序列或重复序列作为分型标志，起到了补充作用[16]。如牛型结核分枝杆菌中的新的插入序列IS1081；另外还有用于低拷贝Mtb分型方法，如多态性富含GC的重复序列(PGRs)等。

(二)基于核酸扩增技术的分型方法

与经典IS6110-RFLP比较，基于核酸扩增技术的分型方法，如PCR单链构象多态性分型方法、单核苷酸多态性分型、间隔区寡核苷酸分型法、可变串联重复序列分型方法、靶向缺失区多重PCR等方法，用于鉴定“北京家族”基因型等，具有所需菌量少、直接使用涂阳标本、速度快、使用设备简单、结果易数字化、易实现全球数据库共享等优势。

1. PCR单链构象多态性(PCR-SSCP)分型方法：PCR单链构象多态性(single strand conformation polymorphism, SSCP)是一种PCR扩增产物单链DNA凝胶电泳技术[17]，将PCR产物变性后裂解为两条互补的单链DNA，长短不同及空间构型各异的DNA片断经非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳后，由于其迁移率的差别在凝胶上呈现出不同的带型，将其与野生型标准株对照，即可区分野生型和突变型基因。该方法敏感度高、稳定性好、简单快速，而且用银染色代替核素标记或溴化乙锭(ethidium bromide, EB)染色，从而避免了放射性或强致突变试剂的污染和威胁。广泛用于基因突变和DNA多态性的检测和筛查，该方法也可应用于Mtb耐药基因的检测[18]。

2. 单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNP)分型：该方法通过对比分析发现，Mtb基因组间存在DNA保守区，可利用此区域核苷酸水平的多态性不同，对菌株进行区分。包括非同义SNP和同义SNP，非同义SNP可能是由于外部选择性压力，如抗结核药物的作用，导致氨基酸发生改变，随之细菌产生耐药表型；而同义SNP并不引起氨基酸的改变，是研究Mtb基因漂移和进化关系的基础。SNP分析主要用于Mtb进化研究、耐药及细菌毒力分析。Sreevatsan等[19]研究了2个非同义SNP，即过氧化氢酶-过氧化物酶编码基因katG的463位密码子和DNA回旋酶A亚单位编码基因gyrA，并据此把现代结核分枝杆菌复合群划分为3个主要基因组：PGG1、PGG2和PGG3。Gutacker等[20]进一步用36个同义SNP将三组PGG细分为九大群(图1)，这些研究为了解临床菌株的系统发生相关性，以及不同系统分支在人群中的分布特征提供了很大帮助。

图1 结核分枝杆菌复合群同义单核苷酸多态(sSNPs)树(引自文献[20])

3. 间隔区寡核苷酸分型法(Spoligotyping)：该分型法是目前最常用的、基于PCR技术的结核分枝杆菌快速基因分型方法。此方法是基于直接重复区(direct repeat，DR)的多态性。DR区包括10～50个直接重复序列，每个直接重复序列包含36个碱基对，直接重复序列被不同的大小在34～41 bp范围内的间隔区寡核苷酸序列分隔。任意2个直接重复序列间的寡核苷酸序列具有很高的保守性，由于不同Mtb菌株中间隔区的个数和序列不同，导致该区域多态性，以此作为基因分型的分子标志[14]。因此，间隔区寡核苷酸序列可用于区分不同的Mtb，此方法称为Spoligotyping。该方法是通过扩增间隔区，将带有标记的扩增产物与膜上结合的43个寡核苷酸探针杂交，再通过电化学发光(ECL)并用胶片曝光就可得到不同菌株间隔区图谱。

与IS6110-RFLP比较，Spoligotyping有以下优点：(1) 所需样本DNA量少，不需要大量培养菌株；(2)能够对Mtb进一步分型到亚种水平，特别是对IS6110低拷贝的菌株，具有较高的分辨力[21-22]；(3)结果易于分析，数字化结果有利于不同实验室间的比较及国际数据库的建立；(4)是鉴别Mtb“北京基因型”家族的金标准，特征图谱为1～34个间隔区缺失。Spoligotyping结合IS6110分型法在纽约已成为常用的基因分型手段[23]。

4.可变串联重复序列分型方法：近几年，一种以PCR为基础的新的分型方法，可变串联重复序列(variable number of tandem repeats，VNTR)分型方法被研究者分析介绍[24-29]。VNTR属于小卫星DNA，在Mtb中的分布表现出高度的个体特异性。每个特定的VNTR位点由两部分组成，即中间的核心区和外围的侧翼区。该方法是基于识别H37Rv基因组的11个串联重复区而建立的方法，针对这11个区设计引物并对不同DNA样品进行PCR扩增，根据PCR产物片段大小来决定每一区串联重复序列的拷贝数，重复序列的数目在不同菌株间具有多态性，因此可以通过比较VNTR位点的重复序列的数目来区分不同的菌株。VNTR分型方法的分辨力取决于所采用位点的分辨力，因此发现更多高分辨力位点可以提高其分辨力。

VNTR分型方法具备了基于核酸扩增分型方法的优势以外，同时具有很高的可重复性，并能提供数字化的结果，在实验室内和实验室间具有非常好的可比性，可以同时对大量样本进行分析。其次，能对IS6110拷贝数较少的菌株进行分型。

分枝杆菌散在分布的重复单位(Mycobacterial interspersed repeat units，MIRUs)是对VNTR分型方法进一步改进而形成。MIRU位点是在Mtb基因组中散在分布的41个重复序列，重复单位的大小在46～100 bp之间，其中12个MIRU位点(表1)具有多态性。MIRU分型方法根据不同菌株间12个区拷贝数的差异进行基因型分型。该分型方法结果数字化，分析简单，也便于在不同实验室间进行比较；其分辨力与IS6110-RFLP接近，且省时，被认为有望替代IS6110-RFLP的新分型方法[30]。

可变串联重复序列分型方法尽管具有其优势，但也存在不足之处，因为每一个遗传标志物仅反应细菌基因组信息的甚少一部分，因此应根据不同地区结核分枝杆菌的基因多态性，选择适合本地区的优化VNTR位点进行分型。

表1 MIRU位点引物序列和扩增产物片断长度

5.靶向缺失区多重PCR(deletion-targeted multiplex PCR，DTM-PCR)方法鉴定“北京家族”基因型：近些年，“北京家族”Mtb在国内外广泛传播[31-33]，引起研究者很大重视。 这些菌株传播广泛，且被认为与Mtb的耐多药(multi-drug resistance，MDR)有关[34]。Spoligotyping分型方法被认为是鉴定“北京家族”的金标准[35-36]。但相对于单纯PCR的分型方法来说，这种方法费用高、繁琐。Tsolaki 等[37]报道，RD105可作为鉴定“北京家族”菌株非常有价值的分子标志，国内也有学者对其进行研究[38]，通过对RD105缺失区的检测技术来鉴定“北京家族”；与Spoligotyping相比，其敏感度与特异度均达到100%。笔者也曾对该方法进行研究[39]，与其他分型方法结合使用，能提高对Mtb菌株的分辨力。该方法快速、简单、成本低，在普通条件实验时即可完成。因此此种基因分型鉴定方法值得推广应用，进一步促进对“北京家族”的深入研究。

6. 基因芯片技术：基因芯片技术是近几年在高科技领域内出现的最具时代特征的重大科技进展之一，是将已知核酸序列的DNA固定在某种载体上，然后与待测样品中的DNA或RNA，按照碱基互补配对原则进行杂交，再经过特定计算机软件处理，获得待测样品的大量相关基因信息。

基因芯片技术在Mtb快速鉴定方面的应用研究一经报道，立即引起了国内外学者的高度重视[40-41]，成为21世纪分子生物学的研究热点，应用于分枝杆菌的菌种鉴定和耐药性检测等方面。Gingeras等[40]利用Mtb的rpoB基因保守区705 bp特异核苷酸序列探针与基因芯片杂交，对10种121株分枝杆菌进行基因分型与菌种鉴定。有学者通过DNA芯片对结核分枝杆菌、牛分枝杆菌和卡介苗的基因组进行杂交试验比较，证实卡介苗缺失了Mtb标准株H37Rv致病相关的区域。Troesch等[41]基于16SrRNA和rpoB基因序列，利用基因芯片技术鉴定出70株27种不同菌种的分枝杆菌临床分离株和15株耐利福平菌株，结果正确地确定了27个种属中的26个，而且检测出了所有耐利福平的15株Mtb的rpoB突变基因。国内学者也用基因芯片技术对耐药、耐多药Mtb进行检测，基因芯片扫描结果与传统药敏试验的结果基本一致[43-45]。

(三)全基因组测序

目前，随着结核分枝杆菌H37Rv、CDC1551、H37Ra、F11和KZN1435等菌株全基因组测序工作的完成，以及新一代核酸测序技术的飞速发展；全基因组测序所需时间和经济成本不断降低，完成全基因组测序的微生物菌株越来越多，使得我们能够从全基因组水平研究和分析不同菌株间的差异及其生物学意义[46-47]。Fleischmann等[46]完成了Mtb 的CDC1551株的全基因组测序工作，并结合已经发布的H37Rv株全基因组序列数据进行了比对分析，发现了多个基因的SNP，以及包括PE和PPE基因家族在内的一些基因家族，在全基因组水平有较高水平的同义和非同义SNP的发生。近几年国内外学者[48-50]对Mtb全基因组测序结果有更加完善的诠释，被广泛应用于菌种鉴定、菌株分型、药敏试验，以及进化分析和流行病学监测等多个方面。

二、Mtb基因分型方法的应用

(一) 在Mtb传播中的应用

Mtb基因分型技术能够区分不同的菌株并追踪其传播情况。分子流行病学研究结核病传播的前提是假设有一定的“簇”菌株，还有不同基因型的 “独特”菌株。簇菌株提示患者可能是被同一传染源近期感染所致；而独特菌株提示患者发病可能是由于内源性复燃所致。因此，通过成簇率的高低能够反映出Mtb的传播情况[51]。但用簇来解释近期传播时，需要注意以下两点[52]：一是基因分型结果需结合流行病学调查资料，例如，在不同的地域，感染相同基因型菌株的结核病患者不一定是近期感染，而传统流行病学调查资料提供这些患者是否有接触史，有助于判断是否存在近期传播；二是做流行病学调查时，要尽可能包括所有结核病患者，且延长调查的时间段。运用IS6110-RFLP基因分型技术及PCR为基础的分型技术可鉴别传播菌株，追踪传染源。

这些基因分型方法还可判断结核病患者是由近期感染Mtb导致还是潜在Mtb的复燃，如果患者2次发病分离株的分型结果不同，那么患者末次发病可判断为外源性再感染，应寻找其传染源；如果同一患者2次发病所收集的菌株均源于同一基因型，则说明是内源性复燃。因此，Mtb基因分型可以区分经过治疗痊愈的结核病患者再次患结核病是由于外源性再感染还是内源性复燃，这对采取有效的治疗措施有重要意义。

Mtb基因组测序可用来对从同一个感染链条、不同患者体内分离的菌株进行进化分析，进而对整个传播链条进行清楚的流行病学分析。Schurch等[53]对处于一个确认的Mtb传播和感染链条中的患者体内分离的菌株，通过DNA测序分析及其他鉴定方法，确认了包括4个SNP在内的6个多态性位点。

(二)在“北京家族”中的应用

1990年初，耐多药菌株在纽约引起结核病大暴发；1995年，van Soolingen等[35]对北京地区的Mtb临床分离株进行研究时发现，有相似IS6110-RFLP型别的菌株占到89%，Spoligotyping分型显示为相同型别(缺失1～34间隔区)；由于这些菌株亲缘关系很近，又在北京地区发现，因此定义为“北京家族”菌株。研究者发现此与之前在纽约发现的多耐药菌株属于同一家族[54]。此后，“北京家族”菌株被发现在中国其他城市乃至世界各国都有不同程度的广泛传播[31-33]。Spoligotyping基因分型方法目前主要用于“北京家族”的鉴定，RD105区缺失的定向缺失多重酶链聚合反应技术(DTM-PCR)的分型方法也受到研究者很大的重视[37]，还有学者已经做了相关工作，证实了此方法的可行性[38]。

(三)用于了解和推断Mtb在传播过程中的进化状况

结核病是最古老的疾病之一，埃及曾发现过感染结核病的木乃伊，湖南长沙马王堆汉墓发掘出的2000多年前女尸左肺上部、左肺门有钙化灶，因此说明结核病是一种古老疾病，但一直缺乏有力的流行病学证据。近些年，国外专家对木乃伊和骨骼中的分枝杆菌DNA进行检测，由于DNA残存非常少，阻碍了分子学详细的检测，因此，对于古代结核病的研究报告较少[55]。Mtb全基因组测序完成，以及Mtb比较基因组研究的完善，为结核病流行病学研究提供了更有力的分子标记物，进而为研究结核病及其病原起源和进化提供了坚实的基础。国外学者Fletcher等[56]使用多重分子遗传技术对18世纪匈牙利家族坟墓中的3具木乃伊进行分析，以调查结核病的流行病学及其进化，结果证明了Mtb在进化过程中经历了许多次基因缺失和突变这一理论。因此，随着Mtb基因分型技术及流行病学的不断深入研究，从而能够更加准确地为Mtb在传播过程中的进化状况提供理论依据。

许多研究学者认为，Mtb基因组可被用来进行进化分析，特别是基因组中的同义SNP，由于研究认为其不受选择压力的影响，被认为是进行Mtb进化分析的理想生物学标志。Filliol等[57]用212个SNP标记对来源于全球的323株样品进行了检测，并依据SNP标志的发生情况进行聚类分析，将Mtb分为6个主要的SNP聚集群和5个亚群。与Sreevatsan等[19]研究结果具有很好的一致性。Schurch等[53]研究认为，这种患者间的菌株进化速度和进化模式分析表明，Mtb在体内的分子进化是由短时间内的变异暴发和相对较高的基因组稳定性共同决定的，这种进化与变异机制为抗结核疫苗和药物的开发、应用，以及Mtb感染暴发的管理提供了重要依据。

(四)在检测实验室交叉污染中的应用

实验室可能由于污染而造成假阳性，因此实验室交叉污染是进行Mtb分子生物学诊断和鉴定不容忽视的问题。主要发生在样本处理的任何一环节，以及试剂的污染[58]。Small等[59]指出DNA指纹分型方法对Mtb有很好的分型能力，而且也证实了实验室交叉污染造成的假阳性。目前，VNTR及Spoligotyping等以PCR为基础的分型方法也可以鉴定和排除交叉污染[58,60]。如果条件允许，用基因分型的方法进行实验室质量的控制能够保证结核病实验诊断的正确性，防止临床结核病的误诊。

(五)在结核病聚集性发病中的评估作用

当一个地方在短时间内出现结核病的聚集性发病，应用分子生物学技术进行结核病流行病学调查，可以确定传染源、判断流行危害程度及危险因素，同时还可以帮助制定控制和预防结核病传播的有效措施。IS6110-RFLP基因分型技术就很适合运用于结核病聚集性发病的流行病学评估[61]。

(六)在Mtb菌种鉴定与耐药检测中的应用

非结核分枝杆菌(NTM)具有天然的对抗结核药物的耐受性，传统的分枝杆菌菌种鉴定区分结核分枝杆菌复合群和NTM耗时长，步骤繁琐。近些年发展起来并广泛使用的Bactec 460或960快速培养技术大大缩短了培养周期，但只能检测是结核分枝杆菌复合群还是NTM，依然无法达到快速检测的要求。基因芯片技术应用于分枝杆菌的菌种鉴定和耐药性检测等方面，成为21世纪分子生物学的研究热点。通过国内、外学者对基因芯片在Mtb菌种鉴定与耐药检测中应用的研究，为正确了解关系密切的分枝杆菌，以及对高同源性分枝杆菌的准确鉴定和合理设计疫苗提供了新的思路。该方法由于具有高通量的特性，可将所有突变的探针固定到一张芯片上，只需1次杂交，即可获得某一菌株对所有药物的敏感度结果，因而对指导医生合理用药的价值非常大，并对结核病的早期诊断、Mtb耐药性快速检测及耐药性结核病的有效防治和控制疾病的传播具有重要的意义[62]。

Mtb和牛分枝杆菌均可感染人类并导致患者体征、影像学几乎相同的临床症状，而临床上却需要采用不同的治疗方案。因此，患者致病菌株的快速菌种鉴定也是临床上采取针对性治疗的迫切需要。Chauhan等[63]研究发现，牛分枝杆菌和卡介苗narK2X基因启动子区域有1个SNP突变，这个SNP的存在造成两者与结核分枝杆菌在缺氧环境中诱导表达硝酸还原酶和亚硝酸还原酶能力的差异。通过检测这个SNP可快速、准确地将Mtb与结核分枝杆菌复合群其他成员区分开。

目前研究认为，Mtb耐药性的发生由多个基因突变导致，耐药性相关基因的SNP检测成为Mtb药敏试验检测的重要方法[64-66]。近年来，随着Mtb二线药物的应用和耐药菌株的出现，二线药物耐药相关基因的SNP研究也多有报道[67]。这些耐药性相关SNP的发现和其检测方法的建立，为Mtb药敏试验的快速鉴定奠定了基础，也将为临床上针对耐药性结核病的药物治疗提供支持。

三、Mtb分型技术展望

从20世纪90年代到现在，用于结核病流行病学研究的分型方法已有很多种。除了上述提到的几种分型方法外，还有随机引物PCR、IS6110反转PCR，以及混合连接PCR等技术也起到了很重要的作用[60,68]，而且这些方法也在不断地改进。目前，全基因组测序逐步开始应用于Mtb分型及结核病流行病学的研究[48-50]。Mtb基因分型技术已广泛用于追踪菌株的传播、区分内源性复燃和外源性再感染、快速菌种鉴定与耐药、耐多药的检测，以及结核病暴发疫情的分析、判断实验室污染等。

综上所述，基因分型方法是监测Mtb流行和传播的有效手段，但不同的基因分型方法各有其特点与存在的不足。例如，目前的基因芯片、全基因组测序分析技术还存在成本昂贵、检测敏感度较低、分析范围较窄等问题。因此，相应技术在临床上的常规应用还存一定困难。但随着研究的不断深入，这些技术在分枝杆菌基因分型、菌种鉴定和耐药基因检测等方面将起到更重要的作用。同时，我们相信随着高科技及分子生物学的飞速发展，相关技术也会逐步从科研应用于临床，为我们更深入地进行Mtb相关研究提供新的研究方法和研究方向，也会为临床Mtb感染的快速诊断和治疗提供便利；将会促进我们对Mtb进化、致病机制、流行与传播特征，以及感染后免疫和耐药发生机制的认识，并将为最终实现结核病预防和控制目标提供帮助[69]。

在选择基因分型技术实施结核病分子流行病学研究时，我们应根据不同研究目的选择合适的方法，或者多种方法联合使用，并结合传统的流行病学资料进行综合分析，以便得出可靠结论。结核分枝杆菌分型鉴定技术在结核病研究领域内的应用推动了结核病流行病学的迅速发展，在研究结核病的病原演变、跟踪，以及确定传染源、确定流行病学事件、揭示疾病传播机制等方面发挥着重要的作用。同时，此类研究正与新兴的遗传信息学相结合，使人们对Mtb的认知更加深入和明确，相应成果能够为更科学地制定结核病防控策略提供依据。

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(本文编辑：范永德)

The application of genotyping method ofMycobacteriumtuberculosis

TIANLi-li*,DINGBei-chuan,ZHUBing-dong,WANGSu-min.

BeijingResearchInstituteforTuberculosisControl,Beijing100035,China

WANGSu-min,Email: 13910678649@126.com

The genotyping ofMycobacteriuntuberculosis(M.tuberculosis) is an effective method to monitor the epidemic and spread of tuberculosis. Many genotyping methods have been used for epidemiological study on tuberculosis, but different genotyping methods have different features. We should choose the appropriate single me-thod or combin different methods together according to the research purpose, and draw the conclusion associating with the traditional epidemiological data. The identification technique has been playing an important role in strain identification, detection of the drug resistance and multi-drug resistance, pathogen evolution, tracking and determining the source of infection, and the epidemiological events, and revealing the spread of disease mechanisms. In addition, such research is combining with the emerging bioinformatics and genetics and the results could provide the basis of control strategies of TB more scientific.

Mycobacteriumtuberculosis； Genotyping techniques

10.3969/j.issn.1000-6621.2015.08.018

100035 北京结核病控制研究所中心实验室(田丽丽、丁北川、王甦民)； 兰州大学基础医学院病原生物教研室(祝秉东)

王甦民，Email：13910678649@126.com

2015-04-07)