秦丹丹+许甫超+董静+葛双桃+李梅芳
摘要:通过同源比对,对大麦MBF1s基因进行了电子克隆,并通过生物信息学的方法对其及编码蛋白质进行了预测和分析。结果表明,克隆到大麦MBF1家族3个成员HvMBF1a、HvMBF1b和HvMBF1c,三者所编码蛋白质均包含典型的MBF1和HLH结构域,无可识别的信号肽和跨膜区,均为亲水性蛋白,含有数个可能的磷酸化位点。电子表达谱结果表明,3个成员在大麦的大部分组织器官中都有表达,而HvMBF1a和HvMBF1b对所分析的胁迫处理响应不明显,HvMBF1c的表达受各种处理的剧烈诱导,HvMBF1c可以作为大麦和其他作物抗逆性分子育种的重要候选基因。
关键词:大麦;MBF1基因;电子克隆;生物信息学
中图分类号:R857.3 文献标识码:A 文章编号:0439-8114(2014)21-5276-06
DOI:10.14088/j.cnki.issn0439-8114.2014.21.059
Electronic Cloning and Bioinformatics Analysis of MBF1 Genes from Barley
QIN Dan-dan1,2,XU Fu-chao1,2,DONG Jing1,2,GE Shuang-tao1,2,LI Mei-fang1,2
(1.Institute of Food Crops, Hubei Academy of Agricultural Sciences, Wuhan 430064, China;
2. Hubei Key Laboratory of Food Crop Germplasm and Genetic Improvement, Wuhan 430064, China)
Abstract: Electronic cloning and bioinformatics analysis of MBF1 genes were studied and putative proteins were coded by them from barley. The results showed that three members of MBF1 gene family were cloned from barley,namely HvMBF1a, HvMBF1b and HvMBF1c. All of the three MBF1 proteins contained typical MBF1 and HLH conserved domains at N- and C-terminal,respectively.There was no recognized signal peptide or transmembrane region in these proteins.All of them were hydrophilic proteins,and harbored several phosphorylation sites. Silico analysis showed that the expression of the three HvMBF1s could be detected in most of the organs of barley,and the expression of HvMBF1a and HvMBF1b was not influenced by various stimuluses,while HvMBF1c showed quite different expression level under biotic and abiotic stresses, which could be used as an important candidate gene in molecular breeding of barley and other crops with improved stress tolerance.
Key words: barley; MBF1 gene; electronic cloning; bioinformatics
大麦是世界第四大谷类作物,具有食用、饲用、酿造和医用等多种用途。在基础研究中,大麦也可以作为小麦的模式植物,为进行小麦相关研究提供可参考的信息。
MBF1s基因家族成员广泛参与了植物的生长发育和抗逆性的产生,对MBF1(Multiprotein bridging factor 1)家族基因的研究始于蚕中[1],最早被定义为Mediator of BmFTZ-F1 type 1,MBF1和MBF2形成的二聚体可以通过连接BmFTZ-F1和TATA-box结合蛋白(TATA-box binding protein,TBP)增强后两者之间的互作,从而激活FTZ基因的表达。研究表明,在行使功能过程中,MBF1主要是通过连接TBP和某种转录因子,激活依赖于该转录因子的下游基因的表达,因此被定义为Multiprotein Bridging Factor 1[2]。
不同物种中MBF1连接的转录因子可能不同,如在果蝇和蚕中都是核内激素受体FTZ-F1[1],在酵母和人类中则分别是GCN4[3]和Ad4BP/SF-1[4]。从酵母到人类,MBF1基因的序列都很保守[2],且从原生生物到高等生物,MBF1和TBP互作的氨基酸是共进化的[5]。虽然MBF1家族基因最早在蚕中发现,但是对拟南芥中3个MBF1家族成员AtMBF1a、AtMBF1b和AtMBF1c的相关研究是最为详细,对这3个基因的克隆、表达、功能、作用机理等各个方面进行了深入研究[6-13]。结果表明,从基因序列、对激素和胁迫的响应情况等多方面来看,AtMBF1a和AtMBF1b具有很高的相似性,但是与另外一个成员AtMBF1c则差异较大[6,7]。拟南芥的3个成员广泛参与了植物的种子萌发、叶片细胞周期和膨大等生长发育过程[8,9],AtMBF1c的超表达还明显增强了拟南芥植株对氧化胁迫、病原菌侵染、干旱胁迫和高温胁迫的抗性[10,11]。AtMBF1a的超表达也可以增强植株对生物和非生物胁迫的抗性[12]。近年来,小麦中的该家族基因成员TaMBF1a[14]和TaMBF1c(待发表)也被相继克隆,这些基因在小麦生物和非生物胁迫抗性的产生过程中也发挥了重要作用。在大麦中,还没有关于该类基因的报道。
本研究通过同源比对,对大麦中MBF1s基因进行了电子克隆。通过生物信息学的方法对其基因结构、染色体定位、编码蛋白质的结构、亚细胞定位、电子表达谱等进行了预测和分析,为大麦和其他作物的抗逆性育种中应用该类基因提供理论依据,为进一步进行大麦该家族基因的克隆和功能研究奠定基础。
1 材料与方法
1.1 HvMBF1s基因的电子克隆
根据已报道的小麦TaMBF1s基因序列,在NCBI(www.NCBI.nlm.nih.gov)上通过Blast搜索与其高度相似的大麦EST序列,进行逐步拼接,用NCBI的ORF Finder程序(http://www.ncbi.nlm. nih.gov/projects/gorf/orfig.cgi)及同源比对确定大麦HvMBF1s的完整开放阅读框(Open Reading Frame,ORF)序列。
1.2 HvMBF1s基因的内含子分析及染色体定位
根据已获得的HvMBF1s基因序列,在IBSC相关网站(http://www.public.iastate.edu/~imagefpc/IBSC%20Webpage/IBSC%20Template-home.html)通过Blast搜索已公布的与之同源的大麦基因组序列,通过DNAMAN软件将二者进行比对,从而分析HvMBF1s的内含子分布,同时确定HvMBF1s所在的染色体。
1.3 HvMBF1s蛋白结构和保守域分析
利用DNAMAN软件对HvMBF1s基因所编码的蛋白质序列进行预测,在EXPASY(http://web.expasy.org/cgi-bin/protparam/protparam)数据库中分析HvMBF1s蛋白质的分子量、等电点等基本理化特性。二级结构分析包括信号肽预测(http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/)、疏水性分析(http://us.expasy.org/cgi-bin/protscale.pl)、磷酸化位点分析(http://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhos/)和跨膜区分析(http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM)。在NCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi)网站上进行HvMBF1s蛋白质的保守域分析。
1.4 HvMBF1s蛋白的亚细胞定位分析
通过WoLF PSORT工具(http://wolfpsort.seq.cbrc.jp/)基于HvMBF1s基因编码的氨基酸序列预测蛋白质的亚细胞定位。
1.5 HvMBF1s的电子表达谱分析
根据大麦MBF1家族各成员的基因序列,在NCBI上通过Blast获得该基因对应的大麦Unigene(www.NCBI.nlm.nih.gov/Unigen),从而分析该基因在大麦各组织器官中的表达特性。根据大麦MBF1家族各成员的基因序列在PLEXDB(http://www.plexdb.org/index.php)中通过Blast获得该基因对应的大麦contig,从而分析该基因在不同试验处理下(以生物和非生物胁迫为主)的表达特性。
1.6 与其他物种中同源基因比对分析
在NCBI以及PlantGDB(www.plantgdb.org)相关网站上,通过Blast获得大麦近缘物种水稻、玉米、短柄草、小麦以及模式植物拟南芥的MBF1s基因序列,通过DNAMAN软件翻译后进行同源比对分析,通过ClustalX软件构建MBF1同源基因的进化树,并通过DNAMAN软件观察结果,参数均使用缺省值。
2 结果与分析
2.1 HvMBF1s基因的电子克隆和分析
根据已报道的TaMBF1a(GenBank:FJ800577)、TaMBF1b(GenBank:AK332013)、TaMBF1c(GenBank:GQ370008)基因序列,在NCBI上通过Blast搜索大麦EST序列,分别获得一条与其高度同源的大麦EST序列,GenBank登录号分别为AK355896、AK248947和AK365287。通过ORF finder程序,并与小麦、拟南芥同源基因进行比对,最终获得大麦HvMBF1a(图1A)、HvMBF1b(图1B)和HvMBF1c(图1C)基因的完整ORF,分别包含429、429和456个核苷酸(图1)。
2.2 HvMBF1s基因的基因组序列分析和染色体定位
以已获得的HvMBF1s基因序列为种子在IBSC相关网站上进行Blast,获得与之高度同源的大麦基因组序列,其中,与HvMBF1a高度同源的基因组序列为morex_contig_1561549,与HvMBF1b高度同源的基因组序列为morex_contig_139927、morex_contig_85112和HVVMRXALLhA0042F23_c6,与HvMBF1c高度同源的基因组序列为morex_contig_1564662,分别位于大麦染色体2HL、3HS和7HL上。进一步分析发现,contig1561549和contig1564662已分别包含了HvMBF1a和HvMBF1c的完整ORF序列,而与HvMBF1b同源的3条基因组序列分别包含了该基因的部分序列,将这3条序列进行拼接,获得了HvMBF1b的基因组序列。通过DNAMAN软件进行基因序列比对,结果表明,HvMBF1a的基因组序列由4 943个核苷酸组成,包含4个外显子,分别位于1~142、411~494、4 620~4 699和4 821~4 943核苷酸处,HvMBF1b的基因组序列包含3 470个核苷酸,4个外显子分别位于1~142、2 292~2 375、3 186~3 265和3 348~3 470核苷酸处,而HvMBF1c不包含内含子。进一步分析表明,HvMBF1a和HvMBF1b基因的多数内含子边界序列符合GT-AG原则,而且二者的外显子长度一致。
2.3 HvMBF1s蛋白结构和保守域分析
利用DNAMAN软件对HvMBF1s进行翻译,并在EXPASY网站上对HvMBF1s蛋白的基本理化性质进行分析,结果表明,HvMBF1a编码142个氨基酸,相对分子量为15.744 kD,等电点为9.91;HvMBF1b编码142个氨基酸,相对分子量为15.668 kD,等电点为9.99;HvMBF1c编码151个氨基酸,相对分子量为15.832 kD,等电点为10.35。
二级结构分析结果表明,3个HvMBF1s均不含有可识别的信号肽区域和跨膜区,三者均为亲水性蛋白质,含有数个可能的磷酸化位点,其中HvMBF1a的磷酸化位点包括6个Ser和3个Thr,HvMBF1b包括2个Ser和2个Thr,HvMBF1c包括2个Ser和3个Thr。
对获得的大麦HvMBF1s氨基酸序列进行在线功能结构域预测,结果表明,3个基因所编码的氨基酸序列的N端和C端分别包含典型的MBF1和HLH结构域,其中HvMBF1a的MBF1结构域为第9至第79个氨基酸,HLH结构域为第85至第135个氨基酸,HvMBF1b的两个结构域分别为9~79和87~138个氨基酸,HvMBF1c为7~78和85~137个氨基酸(图2)。
2.4 HvMBF1s蛋白亚细胞定位分析
通过WoLF PSORT工具预测HvMBF1s蛋白的亚细胞定位信息,结果表明,HvMBF1a和HvMBF1b可能都位于细胞核中,而HvMBF1c可能位于细胞质中。
2.5 HvMBF1s基因电子表达特性分析
在NCBI和PLEXDB相关网站上通过Blast搜索HvMBF1s所对应的Unigene和Contig,结果表明,大麦HvMBF1a、HvMBF1b和HvMBF1c所对应的Unigene分别是Hv.3929、Hv.743和Hv.24460,所对应的Contig分别是Contig2972_at、Contig2498_at和Contig18796_at。在相应网站上分析大麦各成员的电子表达特性,从表1可以看到,在除花药之外的其他组织器官中,均可以检测到HvMBF1a和HvMBF1b的表达,HvMBF1c在花药中的表达量却远远高于其他组织器官中,但在愈伤组织、顶端分生组织和穗子中均检测不到HvMBF1c的表达,在叶片中,HvMBF1c也只是微弱表达。从表2中可以看到,无论是白粉菌、赤霉病等病原菌侵染,还是在干旱、高温、低温等非生物胁迫处理下,HvMBF1c的表达变化都较大,而另外两个成员对大部分的生物和非生物胁迫的响应都较小。
2.6 HvMBF1s与模式植物及近缘物种的序列比对分析
对大麦3个成员编码区之间的相似性进行了分析,结果表明,在核苷酸水平上,HvMBF1a和HvMBF1b相似性为77.16%,HvMBF1a和HvMBF1c 为49.57%,HvMBF1b和HvMBF1c为49.78%,氨基酸的相似性分别为80.28%、43.14%和43.79%。
进一步分析表明,大麦3个成员HvMBF1a、HvMBF1b和HvMBF1c与小麦中相应成员TaMBF1a、TaMBF1b和TaMBF1c的编码区在核苷酸水平上的相似性分别达97.90%、98.14%和92.78%,所编码的氨基酸序列相似性分别达98.59%、100%、94.23%,与拟南芥中相应成员AtMBF1a(NM_129829)、AtMBF1b(NM_115730)和AtMBF1c(NM_113358)的相似性分别达75.76%、72.73%和51.89%,氨基酸序列相似性分别为78.87%、77.46%、55.13%(图2)。
通过Blast获得了大麦其他近缘物种的MBF1s基因如下:ZmMBF1a(BT036744)、ZmMBF1b(NM_00
1138960)、ZmMBF1c(NM_001254920)、OsMBF1(NM
_001068182)、OsMBF1c(NM_001064509)、BdMBF1a(XM_003573722)、BdMBF1b(XM_003565251)和BdMBF1c(XM_003563646)。利用DNAMAN软件对大麦及其近缘物种以及模式植物拟南芥MBF1同源基因的氨基酸序列进行比对和进化树分析,也可以清晰地看到,MBF1s基因家族不同成员在各个物种中保守性很高,特别是MBF1和HLH两个功能域(图3)。从图3中也可以看出,所有物种的MBF1c单独聚为一类,拟南芥的另外两个成员AtMBF1b和AtMBF1a聚为一类,而对于其他物种,同一物种中的MBF1a和MBF1b差别相对较大,而各物种间的相应成员相似性却很高(图3)。
3 论讨
本研究通过电子克隆获得了大麦MBF1家族的3个成员HvMBF1a、HvMBF1b和HvMBF1c,对这3个基因的基因组序列进行分析发现,这3个成员与拟南芥相应成员的基因结构类似,其中1a和1b具有相似的基因结构,不仅都包含3个内含子,而且二者的4个外显子长度一样,而1c不包含内含子[6]。进一步将大麦3个成员的基因序列进行比较发现,HvMBF1a和HvMBF1b在序列上也相对一致,而与HvMBF1c则差别较大。拟南芥中相应成员的序列也发现类似现象,AtMBF1a和AtMBF1b核苷酸相似性为84.28%,AtMBF1a和AtMBF1c之间为53.69%,AtMBF1b和AtMBF1c之间为57.27%[6]。
对3个成员所编码的蛋白质结构进行预测和分析发现,三者均没有跨膜结构,且亲水性较高,说明3个成员均不是膜蛋白质。预测的亚细胞定位结果表明,HvMBF1a和HvMBF1b可能位于细胞核中,而HvMBF1c位于细胞质中。虽然Sugikawa等[15]的研究表明,拟南芥的3个MBF1s都位于细胞核内,但是更详细的研究表明,正常条件下AtMBF1c位于细胞质中,而在热胁迫下AtMBF1c迅速从细胞质中转移到核内[9]。小麦中的成员TaMBF1c具有与AtMBF1c类似的特性(待发表),暗示着在热胁迫下,植物MBF1c可以与某个转录因子结合从而从细胞质中转移到细胞核内。小麦中的另一个成员TaMBF1a则位于细胞核中[14]。3个大麦HvMBF1s蛋白质中都存在数个磷酸化位点,有研究表明,马铃薯悬浮细胞在受到病原菌侵染时,在CDPK激酶的作用下,StMBF1的磷酸化增强[16]。因此,在某种刺激下HvMBF1s可能作为激酶的靶蛋白,通过磷酸化发挥作用。
从同源进化树可以看出,植物中,特别是禾本科植物中,MBF1家族3个成员的序列在各个物种间都表现出了高度保守性,说明这些基因可能具有类似的功能。基因在某种处理下的表达变化可能暗示着该基因的功能,在各种生物和非生物胁迫下,HvMBF1a和HvMBF1b的表达变化不大,而HvMBF1c的表达受各种处理的影响。相关研究表明,干旱、高盐、高温、低温、ABA和H2O2处理都不能改变AtMBF1a和AtMBF1b的表达[6],小麦 TaMBF1a的表达受条锈菌以及抗病相关植物激素SA、ABA、乙烯的诱导[14],水稻OsMBF1在干旱胁迫下上调表达[17],马铃薯中StMBF1的表达受氧化胁迫的诱导[18]。拟南芥中AtMBF1c则广泛参与了植物对各种胁迫和激素处理的响应,干旱、高盐和ABA处理可以轻微诱导AtMBF1c的表达,H2O2和高温胁迫则分别引起AtMBF1c上调表达16倍和46倍,TaMBF1c的表达受乙烯合成前体ACC、H2O2、干旱诱导,而且高温胁迫可以剧烈诱导小麦TaMBF1c[19]以及番茄LeMBF1c[20]的表达。功能研究结果表明,AtMBF1a的超表达不仅可以提高植株的耐盐性,还可以提高植株抵抗蔗糖和病原菌侵染的能力[10],TaMBF1a也可能与小麦抗病性的产生有关[14]。AtMBF1c[8]和TaMBF1c(待发表)的超表达都可以提高转基因植株的耐热性,前者还可以通过增加病原相关蛋白质如几丁质酶、葡聚糖酶等的表达,增强拟南芥对病原侵染的抗性,并可以通过积累脯氨酸来提高抗旱性[8]。
本研究中,HvMBF1c的表达在不同处理中的变化都较大,如在野生型以及携带了Mla6抗白粉病基因的细胞死亡突变体间(BB2)、高温胁迫(BB102)、条锈菌侵染(BB49)、低温胁迫(BB65、BB94)、干旱胁迫(BB84)等。由此推测,HvMBF1c在大麦抗逆性中,特别是抗病性和耐热性,也将发挥重要作用,可以作为大麦抗逆性分子育种的重要候选基因。
4 结论
本研究通过同源比对和电子克隆得到了大麦MBF1家族3个成员HvMBF1a、HvMBF1b和HvMBF1c,3个基因ORF分别包含429、429和456个核苷酸,编码142、142和151个氨基酸,分别位于大麦染色体2HL、3HS和7HL,与小麦中相应成员的编码区在核苷酸水平上的相似性分别达97.90%、98.14%和92.78%。其中HvMBF1a和HvMBF1b包含3个内含子,HvMBF1c不包含内含子。3个基因所编码蛋白质均包含典型的MBF1和HLH结构域,无可识别的信号肽和跨膜区,均为亲水性蛋白,含有数个可能的磷酸化位点。电子表达特性分析结果表明,3个成员在大麦的大部分组织器官中都有表达,而HvMBF1a和HvMBF1b对所分析的胁迫处理响应不明显,HvMBF1c的表达受各种处理的剧烈诱导,因此推测HvMBF1c可以作为大麦抗逆性分子育种的重要候选基因。
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(责任编辑 赵 娟)
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