张靖嫔,罗锦辉,邱明林
原发性骨质疏松症(osteoporosis, OP)是一种以骨量减少和骨组织微结构退化为特征的慢性骨病,是骨脆性和骨折风险升高的重要因素之一[1]。流行病学调查结果显示,OP 在各个人群中都可能发生,我国50 岁以上人群OP 患病率女性为20.7%,男性为14.4%,但绝经后女性和老年男性的OP 发病率明显升高[2-5]。近年来,随着我国老龄人口的比例增加,OP 已成为老年人群致残和致死的主要危险因素之一,同时严重影响老年人群的生活质量,因此,OP 的治疗和预防已成为一个重要的公共卫生和临床医学问题[6]。随着现代医学的发展,OP 发病机制研究和治疗方案有了长足进步,然而其发病机制目前仍不十分明确,为OP 的精准治疗和个性化预防方案的制定造成一定的阻碍。因此,积极探索OP的发病机制仍是该领域重要的热点问题和战略任务之一。
近年来,相关研究显示,骨量减少或OP 与骨髓脂代谢紊乱常存在普遍的并存现象,二者深层关系也受到越来越多的关注[7-9]。脂代谢涵盖的指标较多,脂代谢异常的定义也比较广泛。脂代谢紊乱是高脂血症、冠状动脉粥样硬化性心脏病的直接危险因素。目前研究认为,高脂血症、冠状动脉粥样硬化性心脏病与OP 具有密切联系,提示(骨髓)脂代谢紊乱可能是OP 的间接危险因素[10-11]。另有证据表明脂代谢紊乱可以直接导致骨髓脂肪增多,进而引起骨髓微循环障碍和骨量减少,这即为骨髓脂代谢紊乱形成的基本过程[12-14]。但上述OP 与脂代谢关系的机制假说仍需进一步深入证实。
为进一步探明骨髓脂代谢紊乱对OP 发生和发展的影响和作用机制,本研究利用基因组学数据,分析脂代谢相关基因在OP 患者骨髓间充质干细胞基因组学范围内的表达特点,了解骨髓脂代谢紊乱对OP 影响及临床意义,为OP 的预防和治疗提供基因组学证据。
1.1 资料来源 在美国国立生物技术信息中心GEO 数据库下载获得基因芯片数据GSE35959(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE35959),该数据集研究设计类型为病例对照研究,标本来源为与OP 关系紧密的骨髓间充质干细胞。本研究将标本分为2 组,OP 组(n=5)和健康对照组(n=14)。OP 组共5 例,其中男性2 例,女性3 例,年龄(86.20 ± 5.66)岁;健康对照组共14 例,其中男性2 例,女性12 例,年龄(64.07 ±13.90)岁。
1.2 差异表达基因分析 采用R 软件(4.1.3 版)的Limma 包对数据集进行预处理,并进行标准化;然后获得原发性OP 骨髓间充质干细胞的差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs),筛选标准为llog2Fold Changel> 2,FDR<0.05。
1.3 人类脂代谢基因的获取 从Molecular Signature Database v5.1(MSigDB)中综合收集751 个脂代谢相关基因。然后与OP 的DEGs 取交集,获得OP患者差异表达的脂代谢基因列表。
1.4 富集分析 本研究使用R 软件在KEGG 数据库(https://www.kegg.jp/kegg/rest/keggapi.html)获取最新的KEGG Pathway 和GO 注释,以此作为背景,将OP 脂代谢基因集映射到背景集合中,使用R 软件包cluster Profiler 进行富集分析,以获得基因集富集的结果。设定最小基因集为5,最大基因集为5 000,FDR<0.05 为有统计学意义。
1.5 蛋白-蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络的建立 将OP 差异表达的脂代谢基因列表上传至STRING 数据库(https://cn.string-db.org/)建立PPI 网络,信度参数设定为0.700。
1.6 统计学处理 筛选PPI 网络中重要的HUB 蛋白(互作关系≥5 的节点),采用受试者操作特征(receiver operating characteristic, ROC)曲线分析评估HUB 蛋白鉴别诊断OP 的敏感度和特异度,并采用Pearson 相关性分析上述重要HUB 蛋白表达在OP 患者中是否具有关联,检验水准α=0.05。
2.1 DEGs 分析 与健康对照组相比,在OP 患者骨髓间充质干细胞中,共鉴定出2 105 个DEGs,其中上调基因1 940 个,下调基因165 个,火山图和聚类热图见图1A、1B。在2 105 个OP-DEGs 中,共有75 个与脂代谢相关的DEGs,见图1C。
图1 OP 患者间充质干细胞DEGs 的筛选和表达模式
2.2 OP 脂代谢相关基因的富集分析 OP 脂代谢相关基因的GO 富集分析结果显示:OP 脂代谢相关基因参与机体的各种脂代谢过程,包括细胞脂代谢、小分子脂代谢、脂质合成、脂肪酸代谢等过程。由此可见,OP 脂代谢相关基因参与机体脂代谢的途径复杂、精细,值得进一步证实。KEGG富集分析结果表明,OP 脂代谢相关基因主要涉及花生四烯酸代谢、甘油磷脂代谢、PPAR 信号通路、α-亚麻酸代谢、醚脂代谢、卵巢类固醇生成、胆固醇代谢、亚油酸代谢、甘油脂代谢等信号通路。见图2。
图2 OP 脂代谢相关基因的富集分析结果
2.3 OP 脂代谢相关基因PPI 网络的建立 PPI 网络共包含75 个节点,65 条互作关系(P<0.01);其中互作关系≥5 的节点为7 个,分别为HELZ2、CYP4A11、ALOX5、PTGS2、CYP4F2、ALOX12B、FABP4,互作关系最多的为HELZ2。OP 脂代谢相关基因PPI 网络见图3。
图3 OP 脂代谢相关基因的蛋白-蛋白互作网络
2.4 HUB 脂代谢相关基因的表达水平 OP 患者7 个HUB 基因的表达水平高于健康对照组,差异有统计学意义(P<0.05),提示OP 患者的脂代谢水平存在升高的趋势。OP 脂代谢相关基因PPI 网络中的7 个HUB 脂代谢基因的表达水平分析见图4。
图4 OP 脂代谢相关基因的表达水平比较
2.5 OP 脂代谢相关基因的相关性分析 OP 脂代谢相关基因PPI 网络中的7 个HUB 基因与OP 患者的相关性分析发现,ALOX5 基因与HELZ2 基因表达呈负相关(P<0.05)。见图5。
图5 OP 脂代谢相关基因的相关性分析
2.6 脂代谢相关基因对OP 的鉴别 PPI 网络中的7 个HUB 基因鉴别OP 的ROC 曲线分析发现,HELZ2、CYP4A11、ALOX5、PTGS2、CYP4F2、ALOX12B、FABP4 基因对OP 均具有一定的鉴别意义,曲线下面积均>0.8,有统计学意义(P<0.05)。见图6 和表1。
表1 OP 脂代谢相关基因鉴别OP 的ROC 曲线各指标
图6 OP 脂代谢相关基因鉴别OP 的ROC 曲线
OP 是一种慢性全身性骨骼疾病,其病理特征为骨量减少、骨密度降低及骨微观结构改变,导致骨折风险增加。目前,全球OP 患者超过2 亿人,其发病率位居常见病的第7 位,已成为世界公认的公共卫生问题[4,15-17]。OP 成为我国第4 大常见慢性病,其发病率和患者人数均随人口老龄化趋势而升高[6]。据调查,我国50 岁以上人群中,约40%的女性和13% 的男性在其老龄阶段至少发生1 次骨折[18-19]。目前,针对OP 病因机制制定的干预治疗方案临床上已达成共识。然而,虽然近年来OP 的治疗和预防手段越来越先进,但其发病机制仍不十分明确,影响其防治效果进一步改善。因此,OP 的预防和治疗已成为医务工作者重要的工作任务之一。
目前,对OP 发病机制的研究主要集中在成骨细胞和破骨细胞的生成和功能平衡、雌激素缺乏等方面。近年来,骨髓间充质干细胞(bone marrow mesenchymal stromal cells, BMSCs)与脂肪细胞的关系受到越来越多的关注。目前,该领域的研究发现,BMSCs 向脂肪细胞转化增速,使骨髓内脂肪细胞数目不断增多,体积逐渐增大,直接导致骨髓腔内微环境发生改变,造成骨髓脂代谢紊乱;同时BMSCs 向成骨细胞的分化减少,破骨细胞的形成增多和功能活化,二者之间的功能平衡被破坏,最终导致OP[12-13]。另有学者认为,机体雌激素等水平变化后,可加速运动员脂肪分解,总胆固醇和三酰甘油水平升高,诱发高脂血症,提高OP 发生的风险,这一关系已得到证实[10-11,20]。近年来,在临床上,OP患者常伴有脂代谢紊乱,同时,部分OP 患者应用降血脂药物的同时骨密度升高。由上述证据可见,骨髓脂代谢紊乱在OP 发病机制中起着重要作用,但其具体的调控机制复杂,仍需深入探索。
本研究基于基因组学数据,采用基因组学分析技术,探讨了脂代谢基因在OP 患者骨髓间充质干细胞中的表达情况,并建立了PPI 网络,探讨关键基因对OP 的指示意义。分析结果显示,75 个脂代谢相关的基因在OP 患者骨髓间充质干细胞中异常表达,提示这些基因参与了OP 患者骨髓脂代谢紊乱过程。此过程中,OP 脂代谢相关基因主要参与了细胞脂代谢、小分子脂代谢等更加精细的脂代谢过程,并涉及甘油磷脂代谢、α-亚麻酸代谢等信号通路。上述分析结果提示,骨髓脂代谢紊乱是一个更加复杂、精细的过程,可涉及多条信号通路。随后笔者建立了OP 差异表达的脂代谢相关基因的PPI网络,该网络的核心节点为HELZ2,互作关系≥5 的节点的蛋白在OP 患者骨髓间充质干细胞中均呈高表达,进一步证实OP 患者均存在骨髓脂代谢紊乱现象。
HELZ2 基因编码的蛋白质是过氧化物酶体增殖物激活受体α 的核转录共激活因子,包含一个锌指,是一种解旋酶,可能是过氧化物酶体增殖物激活受体α 相互作用复合物的一部分[21-22]。该蛋白位于OP 脂代谢相关基因的PPI 网络的中心,提示在OP 患者骨髓脂代谢紊乱过程中,可能存在复杂的氧化应激过程。ALOX5 基因编码的花生四烯酸5-脂氧合酶是炎症介质白三烯和脂氧素生成旁路的一个起始催化酶[23-25]。OP 患者ALOX5 和HELZ2基因表达升高,二者存在负相关,提示OP 患者骨髓脂代谢紊乱过程是一个脂氧代谢平衡紊乱的过程,有待进一步深入探究。
综上所述,OP 患者机体存在骨髓脂代谢紊乱,脂代谢相关基因对上述过程具有一定的调控作用,本研究筛选的7 个重要的脂代谢相关基因对OP 具有一定的鉴别诊断能力,为OP 的预防、诊断和治疗提供了重要参考。