限制酶的命名,1973年由Smith和Nathans提出:用属名的头1个字母和种名的头2个字母,组成3个字母的略语,表示寄主菌的物种名称;如有菌株名,再加上一个字母,即第4个字母表示菌株; 1种特殊的菌株,具有几个不同的限制与修饰体系,则以罗马数字表示在该菌株中发现某种酶的先后次序。例如:EcoR I,第1个大写字母E为大肠杆菌Escherichiacoli的属名的第1个字母;第2、3两个小写字母co为其种名的2个字母;第4个字母大写R表示所用大肠杆菌的菌株编号。再如,流感嗜血菌(Haemophilusinfluenzae)用Hin表示。例如,从流感嗜血杆菌d株(Haemophilusinfluenzadd)中先后分离到3种限制酶,则分别命名为Hind I、Hind Ⅱ和Hind Ⅲ。
限制性内切酶符号前3个字母为其来源菌株的拉丁名缩写形式,根据现有的外文字符使用规范,“生物学中属以下(含属)的拉丁文学名要用斜体字母”表示,所以,前3个字母用斜体形式编排。第4个字母表示菌株,一般表示菌株的字母都用正体形式。
DNA聚合酶是PCR反应的重要工具。同限制性内切酶命名方法类似,耐热DNA聚合酶也与其来源菌名称有关。例如:TaqDNA聚合酶、PfuDNA聚合酶、TthDNA聚合酶等,前3个字母都是表示来源于生物的,第1个字母是其来源生物的属名的首字母,第2、3个字母是其种名前的2个字母。因此,这3个字母都应该用斜体,并且首字母要用大写;因为TaqDNA聚合酶是从一种水生栖热菌(Thermusaquaticus)yT1株分离提取的,PfuDNA聚合酶是来自耐热菌Pyrococcusfuriosus的一种DNA聚合酶,TthDNA聚合酶是来自嗜热细菌Thermusthermophilus的一种DNA聚合酶。