近日,我国科研团队依托原创的临床单细胞拉曼药敏快检系统(CAST-R)建立的单个细菌细胞精度、“鉴定-药敏-溯源”全流程一体化的H.pylori 诊疗技术CAST-R-HP,具有快速病原鉴定、精确药敏表型检测、基于单细胞全基因组支撑耐药机制研究与精准溯源等优势,其特性可用来诊疗幽门螺杆菌感染。
幽门螺杆菌耐药菌鉴定的临床金标准是内镜检查与细菌培养相结合的药敏检验。由于其生长条件苛刻,分离和培养胃活检标本中的幽门螺杆菌通常需7~10天,且难以考察临床样品中“原位”的病原多样性。目前临床医生主要依赖经验用药而非药敏结果指导下的精准治疗,随着幽门螺杆菌耐药性的不断增加,经验治疗的根除失败率日益提高。
针对以上瓶颈问题,科研团队构建了15种临床常见胃部共生菌的单细胞拉曼光谱(SCRS)参考数据库,进而利用端到端的深度卷积神经网络(DCNN),将拉曼光谱特征提取与分类模型训练过程相融合,有效提升了基于SCRS 的病原鉴定准确率。直接从临床胃黏膜样品出发,对幽门螺杆菌细胞进行识别和鉴定,准确率达98.5±0.27%。
下一步,研究人员将基于“微生物药敏单细胞技术临床示范网络”,进一步开发CAST-R-HP 系统,拓展其应用,从而为建立单细胞精度的幽门螺杆菌诊疗与疾控体系奠定技术和装备基础。