利用微卫星标记研究燕山红玉及亲本遗传结构及肉用性能标记

何玲钰，王金帅，祁钰杰，吕建国，史国翠，李祥龙,3

（1.河北科技师范学院动物科技学院，河北 秦皇岛 066000；2.唐山市畜牧技术推广站，河北 唐山 063000；3.河北省特色动物种质资源挖掘与创新重点实验室，河北 秦皇岛 066000）

近些年来， 中国市场上逐渐流行一种名为“燕山红玉”的品种鸡，父本为以色列的安卡红肉鸡父母代，母本为法国巴布考克B380 蛋鸡父母代的红羽纯黑尾鸡， 其后代为4 系配套肉杂鸡，故有别名“红玉380”和“红肉杂”之称。 该品种鸡体征明显，全身为亮红色，尾巴为黑色，无杂毛，外表十分美观。 而且该品种的鸡生长速度也很快，抗病性能也较高，属于肉食鸡，有很高的经济价值，且有不错的抗病能力，在肉鸡市场中占有很大的比例。

微卫星标记， 又称简单重复序列或串联重复序列， 是均匀分布在真核生物基因组中的简单重复序列，片段较小，结构较为简单，具有1～30 次的重复，可以应用于动物起源、亲缘关系、遗传多样性等研究，如吴信生等、樊斌等、王斌等利用微卫星标记分别对鸡、猪、牛的遗传多样性与亲缘关系进行分析，黄勋和等、刘伟等、屠云洁等利用相同技术分析了不同地方鸡种的起源以及遗传多样性丰富程度。本试验以燕山红玉及其亲本群体为研究对象，研究燕山红玉及其亲本群体之间微卫星标记遗传多样性以及与性别、肉用性能之间显著相关的微卫星标记，为燕山红玉肉鸡选育提供科学依据。

1 材料和方法

该试验的试验动物燕山红玉鸡苗选自河北振志家禽育种有限公司，室内笼养，在鸡苗25 日龄时称重，随机选取体重接近的健康公母雏鸡各100 羽，并将其平均分为2 组，分别为笼养公鸡和笼养母鸡。 在120 日龄时，将试验动物进行屠宰，公母各随机选择30 只，屠宰前，禁食禁水12 小时。 屠宰时，记录下来每只鸡的编号，采用颈外放血法，热水浴进行脱毛。 鸡血液和肝脏基因组DNA 的提取均采用上海生工Ezup 柱式动物组织基因组DNA 抽屉试剂盒提取，型号B518251。 利用文本文档进行popgene软件运算的编程；利用popgene32 软件计算各种值；利用软件PIC-CALC 0.6 软件计算多态信息含量PIC；利用PHYLIP3.5 软件包，构建系统发生树。

2 微卫星分析

2.1 群体遗传多样性分析

2.1.1 微卫星扩增结果

结果显示，20 个微卫星位上，共检测出191个等位基因，并且在这些位点上，每个位点上都均可检测到4～14 个等位基因，平均等位基因数为9.6 个。 呈现出丰富的多态性，说明群体遗传多样性比较丰富。

2.1.2 不同群体微卫星多样性

燕山红玉及其亲本群体微卫星遗传多样性如表1 所示。 由表1 可以看出，燕山红玉及其杂交亲本群体20 个微卫星位点的I 范围在1.011 ～1.291， 其 中 最 小 为B380 黑 尾 母 鸡（1.011），最大为燕山红玉公鸡（1.291）。 整体差异不大。 Fis 平均值为0.1174，表明群体内的近交程度并不严重。 5 个鸡群的观察杂合度（0.462 ～0.582） 均 低 于 期 望 杂 合 度 （0.533 ～0.645）。 平均观察杂合度为0.5356，平均期望杂合度为0.6034，均大于0.5，属于高度多态。

表1 群体遗传多样性

2.1.3 燕山红玉及其杂交亲本群体间的遗传距离分析

燕山红玉及其杂交亲本群体间的遗传相似度、 遗传距离及其聚类关系图如表3 和图1 所示。 由表3 可以看出，不同群体遗传距离变化幅度0.040～0.271。 燕山红玉母鸡和燕山红玉公鸡之间的遗传距离最小（0.040）， 遗传多样性低，B380 白尾母鸡与安卡红公鸡及B380 白尾母鸡与安卡红公鸡及B380 黑尾母鸡和安卡红公鸡之间的遗传距离最大（0.271）。 遗传距离可以用来衡量群体间遗传变异大小， 群体分化时间与遗传距离在某种程度上呈正比关系。

表2 群体间遗传相似度和遗传距离

图1 遗传聚类图

2.2 微卫星标记在不同尾羽颜色之间差异

表3 给出了具有不同颜色尾羽的群体间基因频率和基因型频率差异达显著水平的微卫星标记。 一般情况下，两个群体在某一位点等位基因频率分布相同，说明其之间遗传距离为零；反之， 则说明遗传距离较大。 由表3 可知， 位点LEI0094 中，安卡红（黑尾）与B380 白尾基因频率差异最小，安卡红黑尾与红玉公鸡（黑尾）基因频率差异最大；位点MCW0165 中，B380 白尾与红玉母鸡（黑尾为主）基因频率差异最小，安卡红（黑尾）与红玉母鸡（黑尾）基因频率差异最大。

表3 微卫星标记基因频率在群体之间差异显著性

2.3 不同性别之间差异显著的微卫星标记

表4 给出了不同性别之间基因频率和基因型频率差异达显著水平的微卫星标记。

表4 微卫星在不同性别之间的显著性

2.4 微卫星标记与屠宰性能

2.4.1 与屠宰性能显著相关的微卫星位点

与屠宰性能显著相关的微卫星标记如表5所示。 MCW0330 位点与全净膛率存在显著性差异；ADL0112 位点与半净膛率存在显著性差异；ADL0278 位点与爪和腺胃存在极显著性差异；LEI0166 位点与腺胃存在显著性差异；MCW0014 位点与屠宰率、心、腺胃、肌胃均存在显著性差异；MCW0206 位点与腿肌存在极显著性差异， 与腿肌率、 翅膀存在显著性差异 ；MCW0248位点与肝存在显著性差异。 本次试验中， 共有7 个位点与屠宰性能存在显著差异，这表明，这些微卫星标记位点可能与屠宰性能指标之间存在一定连锁关系。 上述结果表明，MCW0330、 ADL0112、ADL0278、LEI0166、MCW0014、MCW0206、 MCW0248 位点与燕山红玉肉鸡的部分屠宰性能指标之间均存在显著性差异，即它们之间存在一定连锁关系。

表5 模型中达显著水平的标记

2.4.2 显著相关微卫星位点的基因型分析

表6 给出了与屠宰性能显著相关微卫星位点各基因型的比较最终结果。 结果表明，MCW0330 位点CC 型个体全净膛率最大，MCW0014 位点DD 型屠宰率最大，MCW0206位点GG 型腿肌率最大；

表6 微卫星标记与屠宰性能的多重比较结果

ADL0112 位点BD 型半净膛最大；

ADL0278 位点EE 型爪最大，AI 型腺胃最大；

LEI0166 位点EE 型腺胃最大，MCW0014位点AA 型心脏最大，MCW0206 位点FF、AF 型腿肌及翅膀均为最大，MCW0248 位点CF、CH型肝脏最大。

2.4.3 微卫星标记的不同基因型与屠宰性能的关联性及多重比较

本次试验共得到7 个微卫星标记与屠宰性能之间存在显著差异， 分别MCW0330、ADL0112、ADL0278、LEI0166、MCW0014、MCW0206、MCW0248 位点， 而这些差异的存在则说明：这些微卫星标记位点可能与屠宰性能指标之间存在着一定连锁关系。

将微卫星标记的基因型与具有显著性差异的性状进行多重比较，结果表明：微卫星中的位点MCW0330 中CC 型对全净膛率有显著性影响；位点MCW0014 中DD 型对屠宰率有显著影响，AA 型对心脏及腺胃均有显著性影响，EE 型对肌胃有显著性影响；位点MCW0206 中GG 型和BG 型均对腿肌率、腿肌及翅膀均有显著性影响； 位点ADL0112 中BD 型对半净膛有显著影响； 位点ADL0278 中EI 型对爪有显著性影响，AI 型对腺胃有显著性影响；位点LEI0166 中EE型对腺胃有显著性影响； 位点MCW0248 中CF型、CH 型对肝脏均有显著性影响。

3 结论

3.1 燕山红玉及其杂交亲本群体具有丰富的遗传多样性。

3.2 微 卫 星 位 点 MCW0330、ADL0112、ADL0278、LEI0166、MCW0014、MCW0206 和MCW0248 与屠宰性能存在显著相关。

3.3 微卫星位点LEI0094、MCW0165 与尾羽颜色显著相关。

3.4 微 卫 星 位 点MCW0034、MCW0123 和MCW0295 与性别存在显著相关。