王勇,李玉玲,苏来曼·艾则孜,孙锋,伍国红,骆强伟*
(新疆维吾尔自治区葡萄瓜果研究所,新疆鄯善 838200)
葡萄是种植广泛的重要果树之一。目前,全世界保存的葡萄资源约5000~15 000个品种[1]。这些品种主要通过杂交、实生选种、芽变、诱变等方法获得[2]。杂交育种是葡萄育种的重要途径,这种方式是在人工控制下,通过两个不同基因型品种的配子结合而获得新品种[3]。开展葡萄杂交遗传情况研究,从微观角度开展遗传分析,有助于更好地指导葡萄杂交组合选配,把握育种方向,提高育种效率。
SSR标记(Simple Sequence Repeats Maker)是一类由几个核苷酸(一般为1~6个)为重复单位组成的长达几十个核苷酸的串联重复序列。这些简单重复序列均匀、随机,广泛地分布于真核生物的基因组上,具有数量丰富、多态性、高信息量、多等位基因、共显性等特点,被广泛用于遗传图谱的构建[4]、目标基因的标定[5]、指纹图的绘制[6]等研究中。
试验于2016年3月至2018年12月在新疆维吾尔自治区葡萄瓜果研究所完成。
新疆维吾尔自治区葡萄瓜果研究所育种材料资源圃7年生欧亚种的‘新郁’葡萄和‘无核白鸡心’葡萄及‘新郁(♀)×无核白鸡心(♂)’5年生杂交群体62株杂交单株,详见表1。
表1 试验材料Table 1 Test materials
表2 特异性引物序列Table 2 Specific primer sequences
1.3.1 引物序列(表2)
1.3.2 样品基因组DNA的提取
采用改良的CTAB法[7]提取葡萄叶片的基因组DNA,通过琼脂糖凝胶电泳,检测提取的基因组DNA的片段长度、浓度和纯度;通过分光光度计测定并计算DNA溶液的OD260/OD280、OD260/OD230值,若前者值在1.60~1.90,后者值>2.0可用于PCR扩增。
1.3.3 PCR反应体系及反应程序
使用PCR反应体系为:PCR MiX混合液(ng/μL)10 μL,SSR双引物混合液(ng/μL)0.8 μL,模板(20 ng/μL)2.0 μL,ddH2O 7.2 μL,总反应体系为20 μL,PTC-100型PCR仪上进行反应。
扩增程序:94 ℃预变性4 min;94 ℃变性40 s,45~65 ℃退火1 min,72 ℃延伸1 min,35个循环;最后一个循环72 ℃延伸10 min;4 ℃保存。在操作中根据各引物差异进行体系优化。
1.3.4 PCR产物的电泳分离
(3)上海“快乐30分”。上海目前93%的公办小学已提供晚托服务,开设了“快乐30分”综合活动和看护服务两项内容。长宁区已实现晚托服务公民办小学全覆盖;嘉定区则把为学生积淀人文素养、强健体魄和培育特长相融合,99.29%的家长对此表示满意,30%的孩子已经由原先学费高昂的培训学校“回流”到学校。
采用8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳。制胶加入ddH2O 40 mL,10×TBE 4 mL,40%Acr-Bis 8 mL,TENMED 40 μL,10%APS 400 μL,在电磁搅拌器上搅拌均匀后,摇匀后迅速倒入凝胶槽中,若有气泡,将气泡赶到边上,迅速装好梳子。待凝胶完全凝固后,将凝胶槽安放于电泳槽中,加入足够量的0.5×TBE于电泳槽中,轻轻拔下梳子,使电泳槽中缓冲液覆盖凝胶。
准备DNA样品液:在点样板各小坑中,加PCR产物约5 μL,均匀点样。每排第一个点样孔点一个PCR Marker作为分子量标记,接好电泳仪的正负极,样品池应连接负极,打开电源进行电泳。约3 h,指示剂迁移到一定距离时,结束电泳。置凝胶于LED发光箱下,观察分离的DNA条带,照相。
1.3.5 PCR产物的电泳分离
在电脑上对凝胶电泳图片进行分析,每张图片上,第一个泳道是分子量标记PCR Marker,第二个是母本,第三个是父本。通过Marker找到目的条带所处的大致位置,进而找到父本泳道的特异条带,然后与后面的各株对应的泳道进行比较,观察那些泳道出现与目的带在一条线上的条带,记下这些单株。
表3 ‘新郁’与‘无核白鸡心’之间6对多态性特异引物的多态性与父本特异性Table 3 Polymorphism and paternity specificity of six pairs of polymorphic specific primers between 'Xinyu' and 'Centennial Seedless'
表4 引物Vchr4a对‘新郁’与‘无核白鸡心’杂交群体遗传多态性与特异性检测情况Table 4 Detection of genetic polymorphism and specificity of 'Xinyu' and 'Centennial Seedless' hybrids by primer Vchr4a
利用葡萄SSR标记引物Vchr4a和Vchr15a分别对‘新郁’与‘无核白鸡心’进行了PCR扩增和电泳检测,分析结果见表3。引物Vchr4a在‘新郁’与‘无核白鸡心’之间扩增出了6条多态性条带,其中4条是在‘新郁’上扩增的,2条是在‘无核白鸡心’上扩增的,且条带长度在100~200 bp,根据条带大小顺序编号为m1、m2、m3、m4、m5、m6。m2和m4是‘无核白鸡心’所具有,视为特异条带。引物Vchr15a在‘新郁’与‘无核白鸡心’之间扩增出了5条多态性条带,其中3条是在‘新郁’上扩增的,2条是在‘无核白鸡心’上扩增的,且条带长度在100~200 bp,根据条带大小顺序编号为n1、n2、n3、n4、n5。n1和n3是‘无核白鸡心’所具有,视为特异条带。
利用葡萄SSR标记引物Vchr4a对62株‘新郁×无核白鸡心’杂交组合进行PCR扩增和电泳检测,结果见表4和图1。引物Vchr4a在亲本‘新郁’与‘无核白鸡心’之间扩增的6条多态性条带,在‘新郁×无核白鸡心’F1代的遗传上表现为7种类型。m1+m3+m4+m5+m6型最多为29个,占46.78%;其次为m3+m5型为18个,占29.03%。母本‘新郁’所具有的4条条带分布于整个群体。父本‘无核白鸡心’具有的2个条带与母本‘新郁’所具有的4个条带组合表现为5种类,共分布于41个单株中。这说明引物Vchr4a所标记的基因,就‘新郁’而言,遗传给后代的能力强。该标记至少能确定群体中41个单株是‘无核白鸡心’的杂种。
图1 引物Vchr4a对‘新郁×无核白鸡心’杂交组合的扩增结果Figure 1 Amplification results of primer Vchr4a in 'Xinyu×Centennial Seedless' hybrid combinations
利用葡萄SSR标记引物Vchr15a对62株‘新郁×无核白鸡心’杂交组合进行PCR扩增和电泳检测,结果见表5和图2。引物Vchr15a在亲本‘新郁’与‘无核白鸡心’之间扩增的5条多态性条带,在‘新郁×无核白鸡心’F1代的遗传上表现为4种类型。n2+n4型最多为48个,占77.42%,其次为n3+n5型为12个,占19.35%。母本‘新郁’所具有的3个条带分布于整个群体。父本‘无核白鸡心’具有的2个条带与母本‘新郁’具有4个条带组合表现为3种类,共分布于14个单株中。这说明引物Vchr15a所标记的基因,就‘新郁’而言,遗传给后代的能力也很强。该标记至少能确定群体中14个单株是‘无核白鸡心’的杂种。
图2 引物Vchr15a对‘新郁×无核白鸡心’杂交组合的扩增结果Figure 2 Amplification results of primer Vchr15a in 'Xinyu×Centennial Seedless' hybrid combinations
分子标记技术是一种以DNA多态性为基础,通过检测DNA分子由于缺失、插入、易位、倒位、重排或存在长短与排列不一的重复序列等机制而产生多态性的技术。该技术不受环境因素及发育阶段的影响,具有快速、简单、准确、可靠、稳定、经济等特点,特别是SSR标记技术因具有较好的稳定性和多态性,在葡萄的分子标记辅助育种中应用的比较广泛。Thomas等[8]、Bowers等[9-10]、Sefc等[11]相继开发了9个适合葡萄品种鉴定的SSR引物:VVS2、VVMD5、VVMD7、VVMD32、VVMD28、VVMD27、VVMD25、VrZAG79、VrZAG62。在国际上,法国、德国、意大利等利用该9对引物建立了葡萄品种分子数据库(www.vivc.de),在线为葡萄科研工作者提供查询服务,为国际上葡萄品种的鉴定与交换奠定了基础。但遗憾的是,该数据库中不包含中国育成品种。目前,在葡萄基因组上已经定位了753个SSR标记[12],这为葡萄杂交真伪性鉴别提供了理论依据。李贝贝等[13]利用SSR分子标记技术对314份葡萄品种进行了DNA指纹数据库构建和遗传多样性分析。樊秀彩等[14]以山葡萄、河岸葡萄以及239株二者的杂交后代为材料,利用SSR引物作为杂种鉴定的标记,进行了有效地葡萄属种间杂种真伪性鉴定。宪立杰等[15]利用SSR标记技术对45个葡萄品种进行了遗传多样性分析,并建立了葡萄品种SSR基因型指纹库。杜晶晶[16]应用9对SSR引物构建了80份葡萄种质的有效分子身份证。郭春苗等[17]利用4条SSR标记引物构建了新疆44个适宜制干葡萄品种DNA指纹图谱。在此基础上,本文从中选择2对标记开展‘新郁’与‘无核白鸡心’基因测定,研究定位基因遗传情况,进一步完善分子标记辅助育种技术,为自育葡萄杂交真伪性鉴定和指纹图谱构建奠定基础。
本文认为,两个SSR引物所标记的母本‘新郁’的遗传物质能够在杂交群体中普遍遗传,父本‘无核白鸡心’的遗传物质在杂交群体中表现为部分遗传。SSR标记引物Vchr4a与Vchr15a可以用来鉴定该组合的杂交真伪性,Vchr4a所标记的基因比Vchr15a标记的遗传能力强。但葡萄是具有高度杂合基因的多年生植物,单靠1条或2对引物不能完成群体的杂交真伪性鉴定。