南方红豆杉MCT基因克隆、功能验证及组织表达特异性检测

2019-09-10 07:22简东琴曾令江杨颖舫杨春贤
南方农业学报 2019年7期
关键词:红豆杉紫杉醇位点

简东琴 曾令江 杨颖舫 杨春贤

摘要:【目的】克隆南方红豆杉的2-C-甲基-D-赤藓醇-4-磷酸胱氨酰转移酶(MCT)基因(TcMCT),分析其功能,并检测组织表达特异性,为深入研究TcMCT基因在紫杉醇生物合成中的作用机制提供理论依据。【方法】采用cDNA末端快速扩增(RACE)技术获得TcMCT基因的cDNA全长序列,对其编码蛋白进行生物信息学分析及亚细胞定位,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测TcMCT基因的组织表达模式,并在大肠杆菌中超表达该基因以验证其功能。【结果】克隆获得的TcMCT基因cDNA序列全长为1293 bp,开放阅读框(ORF)为942 bp,编码313个氨基酸。TcMCT蛋白与其他植物MCT蛋白中均含保守的MEP结合位点和CTP结合位点,但在N端氨基酸序列保守性较差,其中与同为裸子植物银杏GbMCT蛋白的亲缘关系最近,氨基酸序列的相似性为59.3%。TcMCT蛋白的三级结构与AtMCT蛋白相似,均属于同源二聚体。TcMCT蛋白N端含84个氨基酸残基的质体转运肽,且以Arg88作为切割位点,定位于叶绿体中。TcMCT基因在南方红豆杉不同组织中均有表达,在绿色树皮中的相对表达量显著高于其他组织(P<0.05,下同),且在老叶和嫩叶中的相对表达量显著高于茎和根,在茎和根中的表达量极少甚至不表达。大肠杆菌中超表达TcMCT基因可促进β-胡萝卜素大量积累。【结论】不同物种MCT氨基酸序列具有较高的保守性,TcMCT基因具有明显的组织表达特异性,可调控萜类物质如β-胡萝卜素等的生物合成,推测其在紫杉醇生物合成中发挥重要调控作用。

关键词: 南方红豆杉;2-C-甲基-D-赤藓醇-4-磷酸胱氨酰转移酶(MCT);生物信息学分析;功能验证;紫杉醇

0 引言

【研究意义】南方红豆杉(Taxus chinensis)为我国特有种,其树形美观,木质优良,富含紫杉醇,是罕见的一树三用树种(吴继刚,2015)。临床研究发现,紫杉醇在治疗乳腺癌、卵巢癌和肺癌等方面疗效显著,是一种高效新型的抗癌药物(Armstrong et al.,2006;Miller et al.,2007;Rezazadeh et al.,2016;Oudin et al.,2017)。此外,紫杉醇可提高植物抵抗真菌的能力(Soliman et al.,2015)。异戊烯焦磷酸(IPP)是紫杉醇、胡萝卜素等萜类化合物生物合成的重要前体物质,而2-C-甲基-D-赤藓醇-4-磷酸胱氨酰转移酶(MCT)不仅是参与IPP合成的关键酶,还是萜类物质生物合成MEP途径中的关键酶之一(Rohdich et al.,1999;Croteau et al.,2006)。因此,克隆TcMCT基因,并分析其生物学功能,对提高红豆杉紫杉醇含量具有重要意义,同时可为南方红豆杉分子育种提供理论依据。【前人研究进展】MCT参与4-二磷酸胞苷-2-C-甲基赤藓糖醇(CDP-ME)的合成。Rohdich等(1999)将带有14C标记的CDP-ME转入辣椒,结果发现带有14C标记的CDP-ME在辣椒质体中参与类胡萝卜素生物合成,说明MCT在萜类化合物生物合成过程中发挥重要作用。迄今为止,已从拟南芥(Rohdich et al.,2000)、杜仲(刘攀峰,2012)、胡黄连(郑玉娟等,2014)、雷公藤(董宇茹等,2015;宋雅迪等,2018)、青蒿(张曼等,2016)和卷叶贝母(张甜甜等,2018)等被子植物中克隆获得MCT基因,但关于其功能鉴定的研究报道较少。Rohdich等(2000)研究发现,拟南芥AtMCT蛋白的N端含有质体转运肽序列,与MEP途径定位于质体相吻合,通过抑制AtMCT基因的表达能下调贝壳杉烯的生物合成。董宇茹等(2015)、宋雅迪等(2018)研究发现,雷公藤TwMCT基因属于MCT基因家族成员,且受茉莉酸甲酯(MeJA)诱导表达,通过RNAi技术抑制雷公藤TwMCT基因表达后,植株中的雷公藤甲素和雷公藤红素含量显著下降。张曼等(2016)从青蒿中克隆获得AaMCT基因cDNA序列,该基因编码蛋白定位于叶绿体中,且在青蒿分泌型腺体中特异性表達,将其转入拟南芥中超表达后能显著促进叶绿素a、叶绿素b和类胡萝卜素等萜类化合物合成。由此可见,在被子植物中,不同物种的MCT基因均对萜类化合物合成具有重要调控作用。目前,在裸子植物中仅银杏MCT基因的相关研究被报道。Kim等(2006)首次从银杏中克隆得到GbMCT基因,并通过烟草细胞叶绿体荧光染色试验证明GbMCT蛋白N端含88个氨基酸的质体转运肽。【本研究切入点】至今,鲜见有关南方红豆杉中紫杉醇生物合成途径中关键酶基因MCT的研究报道。【拟解决的关键问题】采用cDNA末端快速扩增(RACE)技术从南方红豆杉中克隆TcMCT基因的cDNA序列全长,对其进行生物信息学分析,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测其组织表达特性,并在大肠杆菌中超表达该基因以验证其功能,以期从分子水平探讨MCT基因在萜类化合物合成中的作用,为紫杉醇生物合成研究提供候选功能基因。

1 材料与方法

1. 1 试验材料

供试的3株南方红豆杉均由西南大学实验基地提供,树龄为4年,长势基本一致,由西藏农牧学院兰小中教授鉴定为T. media Rehd. var. mairei Lemee et Levl。本氏烟草种子、大肠杆菌DH5α和XL1-Blue均由西南大学生命科学学院实验室保存提供。pAC-BETA和pTrc-AtIPI质粒由马里兰大学的Francis X Cunningham博士惠赠。主要试剂:植物RNA提取试剂盒和FastQuant cDNA第一链合成试剂盒均购自天根生化科技(北京)有限公司,BD SMARTTM RACE cDNA Amplification Kit购自美国CLONTECH公司;RNA PCR Kit(AMV) Ver.3.0、3'-Full RACE Core Set试剂盒和SYBR Premix Ex Taq II(Perfect Real Time)购于日本TaKaRa公司。主要仪器设备:Centrifuge 5417R冷冻离心机(Eppendorf,德国)、DYY-8C电泳仪(北京市六一仪器厂)、梯度PCR仪(Bio-Rad,美国)和LSM700激光共聚焦显微镜(ZEISS,德国)等。

1. 2 RNA提取及cDNA合成

将南方红豆杉植株从土中连根拔出,收集主根中段部,剥取绿色树皮,采集所有的新叶(当年新生叶)和老叶(多年生叶),分别将这些组织置于液氮中速冻,用于提取总RNA。使用HITACHI3010分光光度计检测RNA浓度,按照植物RNA提取试剂盒说明提取南方红豆杉各组织RNA,并参照RNA PCR Kit(AMV)Ver.3.0试剂盒说明合成cDNA第一链。

1. 3 TcMCT基因cDNA全长序列克隆

根据NCBI已公布的拟南芥(Arabidopsis thalia-na)、银杏(Ginkgo biloba)等物种MCT基因的核苷酸序列,利用Vector NTI 8.0进行多重序列比对,选取最保守核苷酸序列设计简并引物(表1)。以南方红豆杉绿色树皮cDNA为模板,PCR扩增TcMCT基因的核心片段。反应体系:10×PCR Buffer 5.0 µL,25 mmol/L MgCl2 3.0 µL,10 mmol/L dNTP 1.0 µL,10 µmol/L TCMCT-F和TCMCT-R游引物各1.0 µL,cDNA模板1.0 µL,2.5 U Taq DNA聚合酶0.5 µL,ddH2O补足至50.0 µL。扩增程序:94 ℃预变性4 min;94 ℃ 45 s,61 ℃(每个循环降低0.5 ℃)45 s,进行20个循环;94 ℃ 45 s,55 ℃ 30 s,72 ℃ 1 min,进行25个循环;72 ℃延伸10 min。

根据3'-Full RACE Core Set试剂盒说明获得3' RACE-Ready cDNA,并以此为模板PCR扩增TcMCT基因的3'端序列。3'端序列第1次扩增反应体系:10×PCR Buffer 5.00 µL,25 mmol/L MgCl2 3.00 µL,10 mmol/L dNTP 1.00 µL,10 µmol/L TcMCT3-1和M13引物各1.00 µL,3'RACE-Ready cDNA 1.00 µL,Ex TaqTM HS 0.25 µL,ddH2O补足至50.00 µL。扩增程序:94 ℃预变性4 min;94 ℃ 30 s,60 ℃ 30 s,72 ℃ 1 min,进行30个循环;72 ℃延伸10 min。3'端序列第2次扩增反应体系:10×PCR Buffer 5.00 µL,25 mmol/L MgCl2 3.00 µL,10 mmol/L dNTP 1.00 µL,10 µmol/L TcMCT3-2和 M13引物各0.50 µL,第1次扩增产物50倍稀释液1.00 µL,Ex TaqTM HS 0.25 µL,ddH2O补足至50.00 µL。第2次扩增程序与第1次扩增程序相同。根据BD SMARTTM RACE cDNA Amplification试剂盒说明获得5'RACE-Ready cDNA,并以此为模板PCR扩增TcMCT基因的5'端序列。5'端序列第1次扩增反应体系:10×BD Advantage2 PCR Buffer 2.5 µL,50×BD Advantage2 Polymerase Mix 0.5 µL,10 mmol/L dNTP 0.5 µL,10 µmol/L TcMCT5-1引物1.0 µL,10 µmol/L UPM引物(Long和Short)2.5 µL,5'RACE-Ready cDNA 1.5 µL,PCR-Grade Water补足至25.0 µL。扩增程序:95 ℃预变性1 min;94 ℃ 30 s,68 ℃ 30 s,72 ℃ 1 min,进行30个循环;72 ℃延伸8 min。第2次扩增反应体系:10×BD Advantage2 PCR Buffer 5.0 µL,50×BD Advantage2 Polymerase Mix 1.0 µL,10 mmol/L dNTP 1.0 µL,10 µmol/L TcMCT5-2和NUP引物1.0 µL,第1次擴增产物50倍稀释液1.0 µL,PCR-Grade Water补足至50.0 µL。第2次扩增程序与第1次扩增程序相同。

TcMCT基因核心片段及3'端和5'端序列的PCR产物均用1%琼脂糖凝胶电泳检测,在凝胶成像系统下观察分析并拍照记录,切胶回收目的片段后分别连接至pMD18-T载体上,转化大肠杆菌DH5α,菌液PCR验证后挑取阳性克隆送至上海英骏生物技术有限公司测序。

将以上测序结果进行拼接获得TcMCT基因cDNA全长序列,以此设计获得TcMCT基因cDNA全长序列的PCR特异性引物(TcMCT-F1和TcMCT-R1)(表1),并利用南方红豆杉绿色树皮cDNA为模板进行PCR扩增。反应体系:10×PCR Buffer 5.0 µL,25 mmol/L MgCl2 3.0 µL,10 mmol/L dNTP 1.0 µL,10 µmol/L TcMCT-F1和TcMCT-R1引物各1.0 µL,cDNA模板1.0 µL,2.5 U Taq DNA聚合酶0.5 µL,ddH2O补足至50.0 µL。扩增程序:94 ℃预变性4 min;94 ℃ 30 s,58 ℃ 30 s,72 ℃ 90 s,进行35个循环;72 ℃延伸1 min。PCR产物用1%琼脂糖凝胶电泳检测,在凝胶成像系统下观察分析并拍照记录,切胶回收目的片段后连接至pMD18-T载体,转化大肠杆菌DH5α,菌液PCR验证后挑取阳性克隆送至上海英骏生物技术有限公司测序。

1. 4 生物信息学分析

使用Vector NTI 8.0分析TcMCT基因编码区序列,并将其翻译成氨基酸序列,利用NCBI中的BLASTp和CluxtalX进行氨基酸序列多重比对,利用ExPASy预测蛋白的相对分子质量和理论等电点(pI),利用SWISS-MODEL对蛋白三级结构进行同源建模,利用MEGA 4.1的邻位相联法构建系统发育进化树。

1. 5 亚细胞定位

使用ChloroP分析TcMCT蛋白的質体转运肽序列(Xiao et al.,2009),根据编码质体转运肽的核苷酸序列(TP)设计其PCR扩增特异性引物(TcMCT-SF和TcMCT-SR)(表1),将该序列与植物表达载体pCAMBIA1300-GFP连接以构建重组质粒pCAMBIA1300-TP-GFP。根据Yoo等(2007)的方法制备烟草原生质体。在聚乙二醇(PEG)介导下分别将pCAMBIA1300-TP-GFP和pCAMBIA1300-GFP(阴性对照)转至化烟草原生质体中,使用LSM700激光共聚焦显微镜观察绿色荧光蛋白(GFP)在细胞中的定位情况(Suire et al.,2000)。

1. 6 qRT-RCR检测

按照植物RNA提取试剂盒说明分别提取南方红豆杉根、茎、老叶、嫩叶和绿色树皮的总RNA,使用HITACHI3010分光光度计检测其浓度,并用琼脂糖凝胶电泳检测其质量。将质量好的总RNA按FastQuant cDNA第一链合成试剂盒说明去除gDNA并反转录合成cDNA第一链。将cDNA用RNase-Free ddH2O稀释20倍后用作模板,按照SYBR Premix Ex Taq II(Perfect Real Time)试剂盒说明进行qRT-PCR检测。反应体系:2×SYBR Premix Ex Taq II 10.0 µL,10 µmol/L qTcMCT-F和qTcMCT-R引物(表1)各1.0 µL,cDNA模板1.0 µL,RNase Free H2O补足至20.0 µL。扩增程序:95 ℃预变性30 s;95 ℃ 15 s,55 ℃ 15 s,68 ℃ 15 s,进行40个循环。以18S作为内参基因,采用2-∆∆Ct计算基因的相对表达量。其中,每个样品重复3次,统计分析用 t 检验。

1. 7 功能互补验证

大肠杆菌体内的MEP途径能提供β-胡萝卜素前体分子IPP和二甲基烯丙基焦磷酸(DMAPP),但缺失从前体分子到β-胡萝卜素合成途径中的4个酶基因:香叶基香叶基焦磷酸酶(crtE)、八氢番茄红素合成酶(crtB)、八氢番茄红素脱饱和酶(crtI)和番茄红素环化酶(crtY),因此,大肠杆菌不能合成β-胡萝卜素。若将上述4个基因重组至pAC-BETA质粒上,转入大肠杆菌中即可在其体内构建β-胡萝卜素途径,但无法大量积累β-胡萝卜素,因此,大肠杆菌菌落呈白色。将pTrc-AtIPI质粒与pAC-BETA共转化大肠杆菌,因大肠杆菌体内超表达拟南芥IPI基因(AtIPI,IPI为IPP异构酶)能促进β-胡萝卜素积累,故菌落呈现橘黄色(Gao et al.,2006)。基于上述原理,参照刘万宏(2008)的方法,设计扩增TcMCT基因编码区的引物(pTcMCT-F和pTcMCT-R),将PCR扩增获得的TcMCT基因编码区序列替换pTrc-AtIPI质粒上的AtIPI基因即可获得pTrc-TcMCT重组质粒。以pTrc-TcMCT与pAC-BETA共转染大肠杆菌XL1-Blue后涂布于含氯霉素和氨苄霉素的LB固体培养基上培养,筛选出阳性克隆。此外,构建拟南芥pTrc-AtMCT重组质粒(构建方法同上),将其与pAC-BETA共转染大肠杆菌XL1-Blue后涂布于含氯霉素和氨苄霉素的LB固体培养基上,用作阳性对照。以大肠杆菌XL1-Blue、pAC-BETA转染大肠杆菌XL1-Blue、pTrc-TcMCT转染大肠杆菌XL1-Blue及pTrc与pAC-BETA共转染大肠杆菌为阴性对照。

2 结果与分析

2. 1 TcMCT基因cDNA全长序列克隆及序列分析结果

PCR扩增获得的TcMCT基因(GenBank登录号为KC110615.1)cDNA全长序列为1293 bp(图1),其中,5'端非翻译区为58 bp,3'端非翻译区为293 bp,开放阅读框(ORF)为942 bp,编码313个氨基酸(图2)。

2. 2 TcMCT蛋白的生物信息学分析结果

ExPASy预测结果显示,TcMCT蛋白的相对分子质量为34.3 kD,pI为8.96。将TcMCT(AGP04988.1)与银杏GbMCT(AAZ80386.1)、青蒿AaMCT(KU 365210.1)、拟南芥AtMCT(NP_565286.1)和丹参SmMCT(AEZ55666.1)进行氨基酸序列多重比对分析,结果(图3)显示,TcMCT蛋白与其他植物MCT蛋白中均含有保守的MEP结合位点和CTP结合位点,但在N端氨基酸序列保守性较差。系统发育进化树分析结果(图4)显示,MCT蛋白可分为五大类群,即双子叶植物、单子叶植物、裸子植物、藻类植物和菌类,各类群物种的MCT蛋白亲缘关系最近,其中,TcMCT蛋白与同为裸子植物的银杏GbMCT蛋白的亲缘关系最近,氨基酸序列的相似性为59.3%。通过蛋白三级结构的同源性建模发现,TcMCT与AtMCT蛋白均属于同源二聚体(图5),且CTP结合位点位置相似,分别为Arg103~Lys110和Arg91~Lys98,MEP结合位点位置也相似,分别为Arg240~Lys296和Arg228~Lys284,表明二者可能具有相似的生物学功能。

2. 3 TcMCT蛋白的亚细胞定位结果

ChloroP预测结果显示,TcMCT蛋白的N端含有84个氨基酸残基的质体转运肽(图2黑色下划线),且以Arg88作为切割位点,与AtMCT转运肽切割位点相同(Xiao et al.,2009)。将含TcMCT蛋白质体转运肽编码核苷酸序列(TP)的重组质粒pCAMBIA1300-TP-GFP转化至烟草原生质体中,结果发现,TcMCT蛋白的质体转运肽和GFP融合蛋白在488 nm波长激发光下发射绿色荧光(图6-A),烟草叶绿体在555 nm波长激发光下发射红色荧光(图6-B),且两种荧光能完全重叠呈黄色荧光(图6-C),表明TcMCT蛋白定位于叶绿体中。

2. 4 TcMCT基因的组织表达特性分析結果

从图7可知,TcMCT基因在南方红豆杉不同组织中均有表达,但表达水平存在明显差异,TcMCT基因在绿色树皮中的相对表达量显著高于其他组织(P<0.05,下同),且在老叶和嫩叶中的相对表达量显著高于茎和根,在茎和根中的表达量极少甚至不表达,说明TcMCT基因在南方红豆杉中的表达具有组织特异性。

2. 5 TcMCT基因功能验证结果

将pTrc-TcMCT与pAC-BETA共转染大肠杆菌XL1-Blue后涂布于含氯霉素和氨苄霉素的LB固体培养基上,28 ℃培养2 d,阳性克隆呈橘黄色,挑取阳性克隆扩大培养后涂布于含0.1 mmol/L IPTG、氯霉素和氨苄霉素的LB固体培养基上,28 ℃培养2 d后发现菌落仍呈橘黄色。该结果与阳性对照(pTrc-AtMCT与pAC-BETA共转染大肠杆菌XL1-Blue)中的结果一致。阴性对照中,仅pTrc和pAC-BETA共转染的大肠杆菌能在双抗LB固体培养基上生长,但菌体颜色呈白色,其原因是无MCT基因表达或表达量过低,无法合成β-胡萝卜素。可见,大肠杆菌中超表达TcMCT基因可促进β-胡萝卜素大量积累,推测TcMCT与AtMCT基因对萜类化合物的合成发挥相似的生物学功能(Rohdich et al.,2006)。

3 讨论

本研究利用同源克隆技术从南方红豆杉绿色树皮中克隆获得TcMCT基因cDNA全长序列,其编码蛋白N端含84个氨基酸残基的质体转运肽,以Arg88为切割位点,与拟南芥AtMCT蛋白的切割位点相同(Rohdich et al.,2000;Xiao et al.,2009)。此外,TcMCT蛋白的三级结构与AtMCT蛋白相似,均为同源二聚体,且MEP结合位点和CTP结合位点位置也相似,推测TcMCT蛋白具有与AtMCT蛋白一样的催化活性(Rohdich et al.,2000)。本研究亚细胞定位结果显示,TcMCT蛋白定位于叶绿体中,与同为裸子植物的银杏GbMCT转运肽定位情况(Kim et al.,2006)一致,也与紫杉醇前体合成定位于质体(Eisenreich et al.,1996)和MEP途径定位于质体(Botella-Pavia et al.,2004;Kim et al.,2006)的事实相符,暗示裸子植物MCT蛋白氨基酸序列的保守性较高,具有相似的生物学功能。

紫杉醇和青蒿素等萜烯物质的生物合成途径包括MEP途径(Towler and Weathers,2007;陆锦池等,2009)。其中,青蒿素的生物合成及积累主要场所为青蒿分泌型腺毛(Olofsson et al.,2012)。张曼等(2016)也曾研究发现,AaMCT基因在青蒿分泌型腺毛中高表达,在其他组织中低表达。紫杉醇在红豆杉属植物树皮中合成并积累(Ang et al.,2012;Zheng et al.,2016)。刘万宏(2008)研究发现,曼地亚红豆杉TmMECT基因在曼地亚红豆杉绿色树皮中的表达量较高,但在根和茎中的表达量较低。由此可见,不同物种的MCT基因组织表达特异性与其萜烯生物合成部位相吻合。本研究也发现,TcMCT基因在南方红豆杉绿色树皮中的表达量最高,说明紫杉醇生物合成主要发生在南方红豆杉绿色树皮中。Liu等(2009)、王辉等(2018)研究发现,大肠杆菌中超表达紫杉醇生物合成中MEP途径的基因能促进β-胡萝卜素的积累,菌落呈橘黄色。本研究将pAC-BETA和pTrc-TcMCT共转染大肠杆菌XL1-Blue后发现,菌落也呈橘黄色,表明大肠杆菌中超表达TcMCT基因可促进β-胡萝卜素大量积累,与上述前人研究结果一致。可见,TcMCT基因在宿主菌中高效表达,推动萜类代谢向β-胡萝卜素合成方向的流动,促进萜类化合物β-胡萝卜素积累,进一步证实MCT催化MEP和CDP合成CDP-ME的过程对于萜类物质的生物合成至关重要。在今后可通过构建TcMCT超表达载体获得超表达TcMCT基因的南方红豆杉转基因株系,进一步研究MCT在紫杉醇生物合成途径中的分子机制,为探究紫杉醇生物合成调控提供新的候选基因。

4 结论

不同物种的MCT氨基酸序列具有较高保守性,TcMCT基因具有明显的组织表达特异性,可调控萜类物质如β-胡萝卜素等的生物合成,推测TcMCT基因在紫杉醇生物合成中发挥重要调控作用。

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(責任编辑 陈 燕)

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