科技期刊最重要、最基本的功能是作为科技信息传播的一种重要载体,起着科研成果转化和科技信息传播的桥梁与纽带作用。《北京大学学报(医学版)》一直努力打造医学科研成果与国内外同行交流的平台,于80年代首批进入了“中国科技核心期刊百名表”,随后进入了《中文核心期刊要目总览》(北京大学图书馆)、《中国医学文摘》、《中国生物学文摘》、《中国药学文摘》、《中国学术期刊文摘》(CSA)、中国科学论文与引文数据库(CSTPCD,中国科学技术信息研究所)、中国科学引文数据库(CSCD,中国科学院文献情报中心)、中国生物医学文献数据库(CBM,中国医学科学院医学信息研究所)、中文生物医学期刊文献数据库(CMCC,解放军医学图书馆)、中国学术期刊网络出版总库(CNKI)、万方数据-数字化期刊群、中文科技期刊数据库(维普信息资源系统)、中国科技论文在线、美国化学文摘数据库及其《化学文摘》(CA)、俄罗斯《文摘杂志》(PЖ)、世界卫生组织《医学增补文摘》(ExtraMED)、世界卫生组织西太平洋地区医学索引、日本科学技术振兴机构文献数据库(JST)、荷兰《医学文摘》(EMBASE)、荷兰《文摘与引文数据库》(Scopus)、波兰《哥白尼索引》(IC)、美国EBSCO等国内外重要检索系统和数据库。
2003年,《北京大学学报(医学版)》加入了国际生物医学领域最重要也是最广泛使用的美国医学文献分析和联机检索系统(MEDLINE/PubMed),自2010年实现与其全文链接后,MEDLINE/PubMed每月提交一份本刊的点击率,2018年的点击率为51 241,这些数据充分说明学报受到了国内外同行的广泛关注。