对一株NDV分离毒株全基因序列的测定及分析

(榆林市动物疫病预防控制中心, 陕西 榆林 719000)

1 材料与方法

1.1 NDV毒株

鸡源NDV最新分离株作为试验研究病毒。

1.2 主要试剂

Master Mix、DNA Marker、DNA凝胶回收试剂盒等。

1.3 实验仪器

微量移液器、超净工作台 、PCR扩增仪、台式高速冷冻离心机、电子天平、核酸电泳仪、紫外凝胶成像系统，37℃恒温摇床。

1.4 试验方法

1.4.1 全基因序列的引物设计

参考GenBank上已经发布的新城疫病毒各个基因序列，对保守区域用引物设计软件Primer Premier 5.0设计多对引物，使扩增片段互相可以重叠连接，最后得到NDV的全基因组。

1.4.2 NDV基因组序列的分析

用Editseq软件对NDV分离株进行基因组核苷酸序列的校正并推导其的氨基酸序列。

2 结果

NDV分离株基因组全长测定结果。经测定，此株新城疫毒株基因组总长15192 bp，与Genbank上所登录的基因VI型的ZhJ-3/97，基因VII型的JSD0812，基因VIII型的AF2240-I以及基因IX型的ZJ/1/86/Ch等毒株的全基因组长度相同。与NDV基因I型的R8，基因II型的Clone 30、La Sota，基因III型的 Mukteswar，基因IV型的Herts/33毒株相比，余出6个碱基。

3 讨论

副黏病毒有一个重要特性，就是其基因组长度正好是6的倍数，称为“六规则”，本次分离毒株符合这一特征。此毒株与选取的代表毒株基因组长度大多相同，只是比少数毒株多出6个碱基，不在表达蛋白的区域内，说明此毒株来源于大众毒株，没有发生明显的突变。