MALDI-TOF-IMS在蛋白质组学研究中的新进展

2016-04-17 03:32任冠恒翁榕花李正东邓恺飞刘宁国陈忆九
法医学杂志 2016年2期
关键词:综述

任冠恒,翁榕花,施 妍,黄 平,李正东,邵 煜,邓恺飞,刘宁国,陈忆九

(1.司法部司法鉴定科学技术研究所上海市法医学重点实验室,上海200063;2.南方医科大学基础医学院法医学系,广东广州510515;3.莆田市公安局城厢分局,福建莆田351100)



MALDI-TOF-IMS在蛋白质组学研究中的新进展

任冠恒1,2,翁榕花3,施妍1,黄平1,李正东1,邵煜1,邓恺飞1,刘宁国1,陈忆九1

(1.司法部司法鉴定科学技术研究所上海市法医学重点实验室,上海200063;2.南方医科大学基础医学院法医学系,广东广州510515;3.莆田市公安局城厢分局,福建莆田351100)

摘要:基质辅助激光解吸/电离-飞行时间质谱成像(matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight imaging mass spectrometry,MALDI-TOF-IMS)技术已成为目前蛋白质组学研究中的经典技术,是一种研究生物组织切片中蛋白质和小分子物质分布的工具。MALDI-TOF-IMS通过单次扫描就能够同时分析生物组织切片中的各种未知组分,在保持组织中细胞和分子完整性的同时获取组织的分子成像图。近年来,质谱成像技术在生物医学各领域中有了较快发展,本文综合文献资料对MALDI-TOF-IMS技术目前的发展水平、质谱成像原理、方法学以及在法医病理学中的应用前景进行了综述。

关键词:法医病理学;蛋白质组学;综述[文献类型];质谱分析法;基质辅助激光解吸电离;生物组织切片

蛋白质组学研究是寻找疾病分子标记和药物靶标最有效的方法之一,对癌症、阿尔茨海默病等人类重大疾病的研究有着十分诱人的前景[1]。基质辅助激光解吸/电离-飞行时间质谱成像(matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight imaging mass spectrometry,MALDI-TOF-IMS)是一门新兴的技术,在激光束的作用下直接对组织切片进行扫描,使组织切片中被解吸出的分子化合物被质谱仪所识别,从而获得样品上每个点的质荷比(m/z)信息,然后将所有质谱数据经平均化处理获得一幅代表该区域内化合物分布情况的完整质谱图。利用该技术进行生物标志物的鉴定、定位和跟踪,对阐明疾病生化途径、病理机制等至关重要[2],是研究蛋白质组学的理想工具。本文主要对MALDI-TOF-IMS技术目前的发展水平、质谱成像原理、方法学及在法医学研究中的应用前景进行综述。

1 概 述

迄今为止,已有多种用于分析组织样本中蛋白质的技术方法,最常用的是利用二维凝胶电泳技术分离蛋白质和利用质谱及数据库搜索的方法鉴定蛋白质[3-4]。二维凝胶电泳技术的缺点是样品制备过程破坏了组织形态学结构与特征蛋白质的直接关系,与细胞组成和空间分布相关的蛋白质信息几乎全部丢失,在样本收集过程中存在细胞异质性的问题。而激光捕获显微切割(laser capture microdissection,LCM)技术的发展在一定程度上解决了上述问题,该方法能在直视的情况下从样本中特异挑选单一类型细胞群,在一定程度上具有蛋白质分布特性,也解决了细胞异质性的问题[5],但该技术需要获取大量显微切割的细胞数量,是一项耗时费力的工作。近年来,MALDI-TOF-IMS技术已成功用于直接分析生物组织切片,不仅避免了繁琐的样品提取、纯化和分离步骤,而且能够获取生物组织中蛋白质和多肽表达谱,并绘制二维质谱图像[6]。由于MALDI-TOF-IMS技术在研究生物学过程中不需要预知蛋白的种类,就能鉴定出未知的蛋白质,目前已广泛用于生理和病理组织中蛋白质的表达以及其他分子标志物的发现[7-8]。

2 MALDI组织成像的关键技术

2.1仪器

质谱成像技术就是借助质谱的方法,配备自动光栅功能、自动数据采集系统和可视化软件。近年来,许多新推出的质谱仪都配备以上功能,此外,为适应这些仪器设备,很多制造商自己开发软件,包括仪器驱动软件和图像重建软件。根据产生离子类型的不同,又可以将质谱成像方法进行分类:脉冲激光辐射离子化法和高能离子轰击离子化法。MALDI和激光解吸离子化质谱仪属于脉冲激光辐射离子化法,而二次离子质谱仪(secondary ion mass spectrometer,SIMS)则是利用连续高能聚焦的一次离子束在样品表面进行离子轰击的方法。通常,MALDI-TOF成像质谱仪具有高通量的特点,但空间分辨率较低,而SIMS成像质谱仪则具有更为精确的空间分辨率,可达到500nm[9]。以上两种质谱仪在质谱成像方面都各具优势,本文只对MALDI质谱仪进行探讨。

2.2样本的收集与制备

组织样品的收集、贮藏和制备是MALDI成像十分关键的步骤[10]。生物组织样本的制备,应尽可能保持原始组织中分子的整体性和空间定位性。而且组织一旦被分离,组织切片中的分子就可能迅速被修饰或发生降解,尤其是样品组织中还含有许多非靶分子,可能造成严重的离子抑制而影响靶分子的分析[11]。样本制备应该考虑到以下方面:组织样本获取后的贮藏、切片厚度、样本转移到靶盘或导电玻片的方式、基质覆盖和切片的保存[12]。在获取组织样本后,应立即置于液氮中进行快速冷冻,若组织收集后不立即进行切片,则应转移至-80℃冰箱中保存,这是保持组织样本原始状态必不可少的。传统的组织学染色需要用琼脂或冰冻切片包埋剂OCT等包埋固定才能进行切片,但进行冰冻切片时,OCT可能会造成离子电离抑制而影响质谱成像。因此包埋时不能将整块组织包埋,只固封组织根部可以避免OCT的污染。一些体积较小或易碎的组织则需要用明胶[13]和琼脂糖[14]全包埋才能切片,但大部分冷冻组织只需固封根部,然后再直接进行冰冻切片。组织切片的厚度通常在10~20μm,太薄的切片非常容易破碎和难以进行操作,而切片太厚则不易干燥而且导电性差,最好是10~12μm,因为采用基质喷雾法时,组织切片愈薄,图谱质量愈好[15]。切片时环境温度因组织而异,通常控制在-25~-5℃,以保证大多数的细胞被切开,暴露细胞内容物;对于脂质含量高的组织(如脑、乳腺组织、内部器官脂肪组织等),可选择更低的温度。

质谱靶或导电玻片要放入低温恒温器中预冷,切片完成后,用刷子轻轻将样本转移至玻片导电面,转移过程中应避免切片变形和褶皱,在冷冻切片机内,将玻片的反面用手虎口的温度融化贴在冷载玻片上的组织切片并使之贴紧,手托玻片,直至组织切片完全干。这种方法不会有水溶性蛋白的损失,因为在切片上形成的冰晶会随着切片转移到靶盘上。另一种方法是将玻片放置于室温,当冰冷的组织切片转移至温度较高的玻片时,切片立刻依附于玻片上,这种方法会造成质谱图像的质量下降,原因可能是水溶性蛋白的丢失[16]。在覆盖基质前,组织应先进行冲洗,因为切片上来自组织间隙或细胞中的小分子(如盐或脂质等)能使蛋白质、多肽形成聚合物,抑制离子化作用,从而导致MALDI-IMS的成像不准确。不少学者[17]提出在组织切片冲洗前放入干燥器中进行真空干燥是MALDI-IMS的重要步骤之一。冲洗组织切片要用梯度乙醇溶液(70%、90%、95%,各30 s),这样能确保组织样本脱水和暂时固定组织,防止蛋白质的降解[18]。

石蜡包埋和甲醛溶液固定的组织不适合用MALDI方法进行质谱成像,因为石蜡和甲醛会抑制蛋白或多肽的离子化[19]。然而,新鲜标本存在来源紧缺、保存困难等问题,甲醛溶液固定是保存生物组织的经典方法,大部分生物组织样品都是采用该方法处理。甲醛溶液固定处理后的组织,甲醛与蛋白质多肽链的氨基酸侧链上的功能基团,特别是氨基、亚氨基、酰胺基、羟基和巯基等相结合,使蛋白分子间形成大分子网络,蛋白不再发生迁移从而达到固定目的[20]。甲醛溶液固定处理后的组织切片,其蛋白质交联,不利于质谱成像,有文献[21-22]报道利用抗原修复和原位胰蛋白酶消化的方法可以解决这一问题,从而将石蜡切片用于组织质谱成像,为质谱成像开拓了新的领域。

2.3基质的选择与覆盖

基质的选择是MALDI实验成功的关键,在实验中选择何种基质进行样品分析依赖于所分析的样品种类[23]。选择合适的基质对于直接组织分析,获得高质量、高灵敏度的图谱十分关键,必须具备两个条件:基质能与组织表面分子形成良好的共结晶,能提供目标分子的高效离子化能力。分析高分子质量蛋白质时,常用芥子酸(sinapinic acid,SA)作为基质;而在分析多肽类小分子、蛋白降解产物时,常用α-氰基-4-羟基肉桂酸(α-cyano-4-hydroxycinnamic acid,4-HCCA)作为基质[24];对于多肽、磷酸化/糖蛋白酶解产物、多糖等的分析,则适用2,5-二羟基苯甲酸(2,5-dihydroxybenzoic acid,DHB)作为基质。由于MALDI成像的分辨率是由结晶大小和激光直径控制,一般越小的晶体产生越高的空间分辨率。有实验评估了三种最常用的基质SA、HCCA和DHB,发现SA在组织表面形成最佳的共结晶,作为基质更加适宜[25]。质谱成像的目的就是要展示完整的组织切片或切片特定区域的分子分布特征,因此基质在组织切片形成共结晶时应尽量将蛋白质迁移程度降到最低。有研究[26]报道为了将蛋白质“固定”于组织切片,把切片置于含有基质的乙醇固定液[SA,基质质量浓度20mg/mL,V(乙醇):V(水): V(三氟乙酸)=90:10:0.1为溶剂]中浸泡5~10min,室温下干燥。

基质覆盖作为影响质谱成像方法重复性的关键,基质溶液在均匀地覆盖于切片表面的过程中,要尽可能满足以下两个条件:组织切片上的蛋白无扩散或移位现象,基质与蛋白形成良好、均匀的共结晶。覆盖方式有手动气喷雾法、TLC喷雾器喷雾法和将组织切片浸入基质溶液中的方法。这些覆盖方式都存在重复性差的缺点,如涂层的厚度、喷雾的湿度等都可能造成极不稳定的结果。因此,自动化基质覆盖设备近年来得到了长足发展,因其重复性好,自动涂层系统将成为主要的选择方法。自动涂层设备主要分成两类,一类是在组织表面取5~20个不连续的点(直径约为1mm),这样的基质点覆方式所对应的一般是Profiling MS,关注的是组织某些特定领域内的分子信号,该方式的空间分辨率较低,通常用于比较两种组织的异同。另一类是IMS,是在整个组织切片上按照特定的规则选取数千个点(直径为30~150μm)进行连续分析,然后将测得的信息进行图像重构,从而获得分子在组织中分布的图谱,其空间分辨率较高。自动喷雾装置多采用布鲁克公司出品的ImagePrep设备,当设定好程序后,设备就会自动将基质喷洒在切片上,每次喷雾达到刚好湿润切片的效果,会自动进行氮气干燥,待氮气干燥后再进行下一轮喷雾,基质喷洒和氮气干燥的反复循环过程受光学散射光传感器监控,以评估组织的湿润、基质厚度和干燥程度。此外,ImagePrep设备可达25μm高分辨率,能获得高质量的质谱成像图。

3 数据处理和统计分析

在MALDI质谱成像分析中,首先根据组织切片的大小设定激光的扫描区域并将其均分为二维点阵,然后设置好自动扫描参数,由质谱系统自动采集数据。这样的质谱成像直接分析组织切片的过程会获得海量数据,这是质谱成像的一个优势,但面对如此庞大的数据集,进行分析需要耗费相当多的时间和精力。因此,很多软件被开发用于分析和可视化这些数据,利用不同的数据处理方法进行可视化分析,使大面积的组织切片在高空间分辨率下快速进行质谱成像成为可能,并且对于了解疾病种类也有帮助[27]。这些数据处理方法具有很多特点,如分析感兴趣的区域、选择图像显示的强度标(调色板,线性/对数模型)、图像覆盖、强度轮廓图(时间和空间的强度变化)以及用于分析物鉴定的化学药品库[28]。此外,还有一系列的工具被陆续开发用于质谱成像中,从而提高了在庞大数据集中提取信息的质量,将高维空间中的数据集合降维至更实用的层面,使不同图像数据集间进行匹配和对比。有的软件进行数据管理,包括差异显著性的计算和特定蛋白种类之间相对丰度的测定。此外,这类软件在日益增长的蛋白质组学实验室中的必要性会确保这种程序设计标准化,不断地改善和人性化。在临床研究中,需要对大量的患者做研究,而每个患者的疾病都是不同的。显然,具有创新性的生物计算研究有助于对患者疾病的诊断和预后。质谱成像获得海量的数据需要经过统计学的计算及处理,找到组织的特征峰或者差异峰以鉴定目标分子。统计学分析主要包括:(1)选择组织中重要的差异分子[29],即采用Kruska-Wallis(KW)检验、Fisher精确检验、Student's t检验、微矩阵显著性分析(significance analysis ofmicroarrays,SAM)、基因加权分析(weighted gene analysis,WGA)等方法进行显著性分析,需要根据选取的不同算法设置不同的阈值(cut-off)确定差异,如对于KW检验通常设置的阈值为P<0.0001。若差异分子至少满足以上选择标准中的三种,则会被列入最后的列表中[30]。(2)用多重统计加权复合协变量方法(weighted flexible compound covariate method,WFCCM)建立分类预测参数和分类预测模型。(3)用WFCCM建立的预测参数分析未知组织,对测试标本进行盲法分析和预测。(4)运用凝聚层次聚类算法(agglomerative hierarchical clustering algorithm)研究这些显著性差异蛋白质的模式和生物学评价。

4 组织学染色技术与MALDI-TOF-IMS

MALDI-TOF-IMS的优点之一是不再局限于特异的一种或者几种蛋白质分子,而是能做到同时分析生物组织切片中的所有组分,获得组分的二维分布图像,并能得到这些组分在组织切片上的空间分布和相对丰度等信息。因此,质谱成像图能与光学显微镜下观察的组织病理学特征关联起来,通过组织学染色技术,在光学显微镜下观察病变区域,以该病变区域为目标进行质谱成像,并与正常区域的质谱成像图相对比,研究峰值的上调或下调,从而满足分子标志物的筛选、分析和鉴定的要求。近年来,组织学介导的质谱成像方法已经普遍应用于临床诊断中。其中,最常用的组织学染色技术是HE染色,该技术主要使细胞核内的染色质和胞质内的核糖体着紫蓝色,细胞质和细胞外基质中的成分着红色,从而使细胞在光学显微镜下可视化。目前,很多组织学介导的质谱成像方法已经得到了较快的发展,如通过将组织连续切片,分别进行组织学染色和分子成像,能够避免在同一块组织上染色和质谱成像,从而免去了染料对质谱的不相容性。但这种方法的缺点是在低温恒温器内进行冰冻切片时不可避免地有组织切片的撕裂和折叠,使连续切片的获取存在困难,重复性差,切片的不一致性会导致一些相互关联的细微特征丢失。另一种方法是对组织切片进行组织学染色后再做MALDI质谱成像[31]。但HE染色与质谱成像不相容,与没有染色的组织相比,HE染色的组织切片质谱成像质量有所下降。寻求其他与质谱成像相兼容的染色技术可解决这一难题,如亚甲蓝、甲酚紫等。HE染色是组织学、胚胎学和病理学中最基本、使用最广泛的技术方法,全自动的染色技术更是实现了HE染色的标准化,提高了常规染色工作流程与效率,保证了每张切片均在标准化、程序化的条件下进行染色,提高了染色质量的稳定性,使HE染色有统一的步骤,达到染色的标准化和规范化。而亚甲蓝和甲酚紫染色技术相比之下没有HE染色应用广泛,没有标准化的流程和稳定的质量控制,因此属于非常规的染色技术。还有一种方法是先做MALDI质谱成像,然后将基质洗脱掉,再进行组织学染色[32]。这一方法能够使HE染色与MALDI-TOFIMS的结果很好地关联起来,但前提条件是MALDI成像须保持组织的完整性,现在大多研究采用这种方法。今后,无论是临床诊断还是法医病理学研究,依赖于质谱成像技术与组织学方法相结合,建立标准化的工作流程,其结果与组织学方法具有可比性和相关性[33]。

5 展 望

MALDI-TOF-IMS用于组织成像技术是一种全新的分子成像技术,是探究疾病相关组织中分子分布与疾病发生之间关系的技术方法。目前,质谱成像技术还处于起步的阶段,样品制备、离子化方式、数据分析等方面尚有待探索和完善,用于组织样本直接分析的质谱仪器的分辨率、灵敏度以及串联质谱功能等还有待提高。尽管如此,质谱成像技术具有许多优于其他分子成像技术的独特优势,若能利用MALDI-TOFIMS在组织病理学和蛋白质组学方面的新技术,用于法医学的研究中,筛选和鉴定有意义的蛋白标志物,对阐明法医学损伤的病理机制、死亡时间的推断等有很大帮助。

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(本文编辑:邹冬华)

New Progress of MALDI-TOF-IMS in the Study of Proteom ics

REN Guan-heng1,2,WENG Rong-hua3,SHI Yan1,HUANG Ping1,LI Zheng-dong1,SHAO Yu1,DENG Kaifei1,LIU Ning-guo1,CHEN Yi-jiu1
(1.Shanghai Key Laboratory of Forensic Medicine,Institute of Forensic Science,Ministry of Justice,P.R.China,Shanghai 200063,China;2.Department of Forensic Science,School of Basic Medicine Science,Southern Medical University,Guangzhou 510515,China;3.Chengxiang Branch of Putian Public Security Bureau,Putian 351100,China)

Abstract:Matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight imaging mass spectrometry(MALDITOF-IMS)has been a classical technique for studying proteomics in present and a tool for analyzing the distribution of proteins and small molecules w ithin biological tissue sections.MALDI-TOF-IMS can analyze multiple unknown compounds in biological tissue sections simultaneously through a single measurement which can obtain molecule imaging of the tissue while maintaining the integrity of cellular and molecules in tissue.In recent years,imaging mass spectrometry technique develops relatively quickly in all biomedical domain.This paper based on the relevant data and reviews the present developing level of MALDI-TOF-IMS,the principle of imaging mass spectrometry,methology and the prospect in forensic pathology.

Key words:forensic pathology;proteom ics;review[publication type];mass spectrometry;matrix-assisted laser desorption;biological tissue section

收稿日期:(2015-12-23)

通信作者:刘宁国,男,研究员,主任法医师,主要从事法医病理学研究;E-mail:liuningguo@foxmail.com 陈忆九,男,研究员,博士研究生导师,主要从事法医病理学研究;E-mail:chenyj@ssfid.cn

作者简介:任冠恒(1990—),女,硕士研究生,主要从事法医病理学研究;E-mail:rgh_0101@163.com

基金项目:国家自然科学基金资助项目(81571851);中央级科研院所科研专项(GY2015G-2、GY2013Z-3);上海市科委社会发展专项(14231202500)

文章编号:1004-5619(2016)02-0126-05

中图分类号:DF795.1

文献标志码:A

doi:10.3969/j.issn.1004-5619.2016.02.012

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