特奥蒂瓦坎居民虽然属于多民族人口,但他们都崇拜一个女神——塞罗戈多(意为“肥山”)。肥山是位于特奥蒂瓦坎附近的一座圣山,它可能正是当地女神教和生育崇拜的发源地。月亮金字塔的外形正是模仿了正好在它北面的肥山的轮廓。
位于特奥蒂瓦坎南端的羽蛇神庙下面和附近地下发现了多座墓葬,其中被埋的殉人超过200人。他们的双手都被捆在背后,看来他们是在战争教仪式上被杀死的,这种宗教受金星在天宇中的位置影响。在围绕太阳公转的过程中,金星每584天就“超过”地球一次。在此过程中,从地球上看去,金星从日落后可见的“夜星”变成日出前可见的“晨星”。特奥蒂瓦坎人竟然有这样的天文知识,不得不令人称奇,也增添了这个古文明的神秘色彩。
许多殉人戴着由模仿的人类上颌骨(用贝壳雕刻成牙齿)、真正的上颌骨和下颌骨组成的项圈。墓坑里有超过2100件经过制作的贝壳,以及多件黑曜石刀和箭头,还有多件石片。这些石片很像是后来阿兹特克战士所佩戴的镶嵌了黄铁矿的镜子,这样的石片常被装饰在托尔特克等其他墨西哥高山部落的军服上。这些戴着镜子的殉人看来都背对月亮金字塔的中心,就好像是在保卫金字塔里面的东西。
1998年,考古学家在月亮金字塔内部发现一座墓穴,其中有一具成年男性的骨架。此人被捆绑,戴着黄铁铜镜,很可能是一名殉人,尸体被埋进边长为3.4米、深度为1.5米的方形坑中。尸骸周围有超过150件随葬品,其中包括黑曜石和绿宝石雕像、黑曜石刀和箭头、黄铁矿镜子、海螺及其他贝壳、八只鸟(鹰或秃鹫)和两头美洲虎的尸骸。这些随葬品的品质非凡,使得当时当地已经发现的1200多座墓葬都黯然失色。耐人寻味的是,这些随葬品与发现于羽蛇神庙墓葬中的随葬品很相似,而两者都与发现于居民区的物品区别很大。
考古学家推测,这座墓穴里埋葬的是一个非常显赫的人物。由于墓穴发现地点是在金字塔建造初期阶段(大约是公元150年,即月亮金字塔第四建造阶段;第五建造阶段是在公元250年),墓主有可能是一名重要的大臣,王室墓就在附近,或许是在金字塔中心。还有一种可能性是,这名重臣就是金字塔献祭仪式中的殉人。
最近,在对月亮金字塔(它一共包含七个建造阶段)的发掘中,考古学家在第五阶段堆土(也就是第五层)中发现了第五座墓。在这座穹形墓穴里,一共有12具遗骸(其中10人被砍头),他们显然都是殉人。此外,还发现了具有明显象征意义的大量祭品和多种动物的遗骸。这暗示,月亮金字塔很有可能是一个血腥的祭祀场所。
这12人的手都被绑在背后,其中两人佩戴大量装饰物,其中包括绿宝石耳圈、串珠、项链等,这说明他们的地位高阶。其他被砍头的10人的尸体看来是被扔进墓穴中的一侧的。在墓穴另一侧是动物残骸,其中包括5只狗(或者狼)、3只猫(或美洲狮或美洲虎)以及13只鸟(初步鉴定为鹰)。所有这些动物,都与特奥蒂瓦坎战士图腾上的动物吻合。不仅如此,墓穴中的许多动物看来也被捆绑,另外还有多具动物头颅。此前在2002年的发掘中,考古学家在月亮金字塔第六阶段堆土中发现了一座墓葬,其中3具被仪式性埋葬的遗体上装饰着具有玛雅风格的玉器,这表明特奥蒂瓦坎与玛雅有来往。
这次发现的第五层中的第五座墓葬,与月亮金字塔第五层的初期建造阶段有关。这座墓葬与之前发现的第五层中第二座墓葬颇为相似,后者也有一些具有象征性的动物的遗骸,但只埋葬了被捆绑的4个人(同位素检测表明其中两人是特奥蒂瓦坎人,另外两人则是外乡人)。第五座墓葬中有一些更惊人的线索,尤其是墓穴中心的一件祭品上有一个拼接的人像,其一些特征在中美洲艺术中非常独特,但为什么独特却无人知晓。这件祭品包括不同的贝壳坠子、火山石刀刃、箭头、石片首饰及许多有机材料的残迹。那个人像被发现位于18把大石刀之上,与石刀一起构成辐射图案。其中9把石刀的形状弯曲,另外9把石刀呈羽蛇神形状(这是最高权力的象征)。
开始时,月亮金字塔只是一座小庙,如今这座庙已沦为今天月亮金字塔前方一座五层平台的地基组成部分。月亮金字塔的建造手法很可能考虑到了要防止盗墓,所以用于金字塔建造的岩石排列并不紧凑,这也造成考古学家开辟通道进入金字塔内部的难度很大。但考古学家一直坚守月亮金字塔,因为他们相信金字塔中应该有王室墓葬,因为这才符合在中美洲其他已知遗址(例如洪都拉斯西部的玛雅科潘城市和墨西哥恰帕斯的帕伦克)所展示的传统。
考古学家推测,月亮金字塔有可能是特奥蒂瓦坎高层贵族甚至是最高统治者的陵墓,一些殉人在葬礼仪式上被杀死、陪葬。此外还有证据表明,特奥蒂瓦坎人还有儿童人殉行为。1906年,有人在太阳金字塔的四个角都发现了儿童墓葬。后来,考古学家还发现了与圣坛有关的新生儿骨架。