本发明涉及一种阳离子可染阻燃高强聚酯纤维的制备方法,将低聚物A、低聚物B和对苯二甲酸乙二醇酯混合后进行缩聚反应制得阳离子可染阻燃聚酯母粒后,将阳离子可染阻燃聚酯母粒按照一定比例添加到聚酯切片进行熔融纺丝制备阳离子可染阻燃高强聚酯纤维;低聚物A由磷系阻燃剂与二元醇经酯化反应制得;低聚物B由间苯二甲酸磺酸钠与二元醇经酯化反应制得;低聚物A与低聚物B的摩尔量之和与对苯二甲酸乙二醇酯的摩尔量之比为3:7~6:4。本发明的制备方法简单,制得的阳离子可染阻燃聚酯母粒的结晶度较高,流动性较好,由其制备的阳离子可染阻燃高强聚酯纤维的力学性能优良,可用于汽车、轮船、高级宾馆内部装修等。