和东风, 张 雪, 黄 聪, 武 强, 邢龙生, 刘 博, 郭建洋,万方浩,*, 钱万强*, 王文凯
1长江大学农学院,湖北 荆州 434025; 2中国农业科学院(深圳)农业基因组研究所,广东 深圳 518120; 3中国农业科学院植物保护研究所植物病虫害生物学国家重点实验室,北京 100193
苹果蠹蛾Cydiapomonella(L.),属鳞翅目Lepidoptera卷蛾科Tortricidae小卷蛾亚科Olethreutinae小卷蛾属Cydia的钻蛀型入侵害虫,是全球仁果类水果种植地区最重要的果树害虫之一,也是我国一类进境检疫性有害生物,对全球水果种植业造成巨大经济损失(周文等,2010)。苹果蠹蛾寄主广泛,包括苹果MaluspumilaMill.、梨Pyrusspp、沙果MalusasiaticaNakai、海棠Malusspectabilis(Ait.)Borkh等30余种水果(杨雪清,2014)。该虫起源于欧亚大陆,现广泛分布于世界六大洲几乎所有的苹果产区(Wanetal.,2019)。苹果蠹蛾在我国于20世纪50年代在新疆首次被发现(张学祖,1957),现已在新疆、甘肃等地区严重发生,并逐步入侵扩大到9个省181个县(区、市)(农业农村部,2020),已被列为我国十大农作物虫害之一(农业农村部,2021)。苹果蠹蛾具有隐蔽性,幼虫孵化后很快蛀入果实内部;常年大量以及不合理使用化学农药(主要是有机磷)已使苹果蠹蛾抗药性增强,并造成环境污染和果品安全等问题(段辛乐等,2015; Wanetal.,2019; Weietal.,2020),因此,亟需发展针对苹果蠹蛾的绿色安全高效的防治方法。
气味结合蛋白(odorant binding proteins, OBPs)是昆虫外周嗅觉系统中重要的一类可溶性小分子蛋白质,参与结合与转运环境信息化合物分子(杜亚丽等,2020; 张玉等,2019),外界气味分子通过触角感器上的小孔进入淋巴液中,与水溶性的OBPs结合,形成气味结合蛋白-气味分子复合体,将气味分子运送至位于嗅觉神经元树突膜上的气味受体(odorant receptors, ORs)并使之激活,将信号传递至中枢神经系统,引发昆虫相应的行为反应(杜亚丽等,2020; 张玉等,2019)。因此,OBPs与气味分子的结合是昆虫对环境信息化合物分子的第一步识别,在昆虫定位寄主或寻找食物过程中发挥重要作用。最近的研究发现,一些OBPs除了在昆虫嗅觉中发挥重要作用之外,在其他非嗅觉生理活动中也能发挥重要功能,如:果蝇Drosophila的OBP59a在湿度感受中(Sunetal.,2018)、三点苜蓿盲蝽AdelphocorisfasciaticollisReuter的AfasOBP11在味觉中(Lietal.,2019)、斜纹夜蛾SpodopteralituraFabricius的SlGOBP2在对化学农药毒死蜱抗性中(Sunetal.,2021)均发挥重要作用。Kimetal.(2017)则发现埃及伊蚊Aedesaegypti(L.)的mJHBP可与保幼激素JHⅢ结合。
OBPs的生理功能与其拓扑结构密切相关(张雪等,2021)。OBPs等受体与气味小分子等配体的结合,主要通过氢键作用、疏水作用以及范德华力等结合(Venthuretal.,2014),因此,蛋白质的三维结构将影响其与小分子化合物的结合能力(Lietal.,2019a; Panetal.,2020; Tianetal.,2020),分子对接是研究受体和配体三维结构上的结合关系,由于其利用计算的方法能快速获得较为准确的结合潜能,越来越多地被应用于研究OBPs与小分子化合物结合的生理功能(Lietal.,2021)。此外,OBPs在不同组织或不同发育阶段的表达量也与其生理功能密切相关(张雪等,2021):在触角和头部高表达的OBPs一般与寄主植物挥发物和性信息素识别相关(Huangetal.,2018; Weietal.,2021);在外生殖器中高表达可能与性信息素的释放有关(Lietal.,2020)。鉴于OBPs对昆虫识别外界环境信息化合物的重要性,已被发展为害虫防治的重要靶标(Britoetal.,2020; Venthur & Zhou,2018)。因此,研究OBPs的结构、进化和生理功能等有利于基于OBPs作为防控靶标的害虫防治技术的成功应用。
目前,国内外关于苹果蠹蛾气味结合蛋白的研究报道相对较少,现有的研究集中在对苹果蠹蛾的PBPs和GOBPs的鉴定,并对PBP1和PBP2进行同源建模、配体竞争性结合实验以及配体预测,而其他气味结合蛋白的序列、结构和功能尚不明确(Garczynskietal.,2013; Tianetal., 2020,2016; Tian & Zhang,2016)。因此,研究苹果蠹蛾气味结合蛋白的理化性质与结构对明确其生理功能和作用机制显得尤为重要。Huangetal.(2021)从苹果蠹蛾基因组中鉴定获得CpomOBP20基因,通过转录组分析,发现其不仅在雌雄成虫头部,也在其他非化学感受器官中高表达。因此,CpomOBP20可能在多种生理活动中发挥重要功能,研究其多样性的功能对于发展以OBPs为防控靶标的害虫防治技术具有重要意义。基于此,本研究对CpomOBP20基因进行了克隆,并对其进行生物信息学分析,包括三维结构预测和进化分析,通过实时荧光定量PCR方法对其在4龄幼虫以及雌雄成虫不同组织中的表达谱进行测定,通过分子对接研究了CpomOBP20与3种保幼激素的结合模式,旨在为进一步研究苹果蠹蛾气味结合蛋白基因的生理功能提供参考。
苹果蠹蛾原始种群于2013年11月在甘肃省酒泉市果园采集获得,利用人工饲料在室内饲养至第70余代。饲养温度(25±1) ℃,相对湿度(70±5)%,光周期16L∶8D。选取4龄幼虫以及羽化1~3 d的活跃雌雄成虫,在体视显微镜下解剖并分别收集4龄幼虫的不同组织(头、血淋巴、表皮、脂肪体、中肠、马氏管和唾液腺)及雌雄成虫的不同末端组织样品,包括头(5个)、触角(25对,50根)、下唇须(60对)、喙(60对)、翅(20头,40对)、足(20头,120根),每个样品3个重复,液氮冷冻并保存于-80 ℃低温冰箱中备用。
试剂:RNA小量提取试剂盒、微量总RNA提取试剂盒、琼脂糖凝胶DNA回收试剂盒为北京天漠科技开发有限公司产品;Hifair®Ⅲ 1st Strand cDNA Synthesis SuperMix for qPCR (gDNA digester plus)、Hieff®qPCR SYBR®Green Master Mix (Low Rox)为上海翊圣生物科技有限公司产品;金牌Mix(green)、pClone007 Versatile Simple Vector Kit、TreliefTM5α Chemically Competent Cell购自北京擎科生物公司;Trans2K®DNA Marker为北京全式金生物技术有限公司产品。
仪器:ABI 7500定量PCR仪(美国Thermo Fisher Scientific公司);超微量紫外分光光度计Nano Photometer P330 (Implen, Germany)。
用RNA小量提取试剂盒提取苹果蠹蛾雌雄成虫总RNA,微量总RNA提取试剂盒分别提取4龄幼虫不同组织和雌雄成虫不同末端组织的总RNA。利用Nano Photometer P330紫外可见光分光光度计检测RNA样品的完整性及浓度,并用1%琼脂糖凝胶电泳检测总RNA的质量。使用Hifair®Ⅲ 1st Strand cDNA Synthesis SuperMix for qPCR (gDNA digester plus)反转录试剂盒合成cDNA第1链,于-20 ℃冰箱保存备用,剩余RNA于-80 ℃低温冰箱保存。
根据基因组中的CpomOBP20基因序列,使用Vector NTI Advance®11.5软件设计引物:CpomOBP20-F引物序列5′-TGATTGTCATTGTGAAGTGTCGT-3′;CpomOBP20-R引物序列5′-TTCTGGTGGTCCATTTTCGGT-3′;CpomOBP20-qF引物序列5′-TGGACAACTCAGGAGCAGTATCAG-3′;CpomOBP20-qR引物序列5′-TTTCACCATTCACTTTCTCGCACTC-3′;EF-1α-F引物序列5′-GGTCCCCTCCAAGCCTCTGT-3′;EF-1α-R引物序列5′-CTCGGCAGCTTTGGTGACCT-3′。送至北京擎科新业生物技术有限公司合成。
以RNA小量提取试剂盒提取的雌雄成虫RNA样品经反转录得到的cDNA作为模板,加入PCR引物,扩增目的基因。PCR反应体系:Mix (green) 22 μL,正反向引物及cDNA模板各1 μL。PCR反应程序:98 ℃预变性2 min后进入35个循环(98 ℃变性10 s,55 ℃退火15 s,72 ℃延伸15 s),之后72 ℃终延伸5 min。PCR扩增产物用1%琼脂糖凝胶电泳检测,将胶回收的目的片段连接到T载体上,转化至大肠杆菌TreliefTM5α感受态细胞,最后将鉴定的阳性克隆的菌株送至北京擎科生物技术有限公司测序。
利用ExPASy Protparam (https:∥web.expasy.org/protparam/)在线软件预测CpomOBP20氨基酸序列的蛋白分子质量、等电位点及其他理化特性。利用在线网站SWISS MODEL (https:∥swissmodel.expasy.org/)对CpomOBP20基因的氨基酸序列进行同源建模以获得其三维结构。将CpomOBP20的氨基酸序列与其他16种鳞翅目昆虫:脐橙螟蛾Amyeloistransitella(Walker)、家蚕BombyxmoriL.、帝王蝶Danausplexippus(L.)、棉铃虫Helicoverpaarmigera(Hübner)、诗神袖蝶HeliconiusmelpomeneL.、庆网蛱蝶MelitaeacinxiaL.、烟草天蛾Manducasexta(L.)、黄凤蝶PapiliomachaonL.、玉带凤蝶PapiliopolytesL.、菜粉蝶PierisrapaeL.、柑橘凤蝶PapilioxuthusL.、小菜蛾PlutellaxylostellaL.、草地贪夜蛾Spodopterafrugiperda(J.E.Smith)、斜纹夜蛾Spodopteralitura(Fab.)、粉纹夜蛾Trichoplusiani(Hübner))和黑腹果蝇Drosophilamelanogaster的基因组蛋白质序列(均从NCBI下载获得)进行Blastp比对,参数设置为“-evalue 1e-5”,鉴定出这些物种中与CpomOBP20属直系同源基因的氨基酸序列。利用MAFFT v7对CpomOBP20及其直系同源基因氨基酸序列进行多重比对,比对后的序列利用MEGA6软件中的最大似然法(maximum likelihood)构建系统发育树,bootstrap值设置为1000。
根据苹果蠹蛾气味结合蛋白编码基因的全长序列设计qPCR引物,研究CpomOBP20基因在幼虫及雌雄成虫不同组织中的表达情况,内参基因选择EF-1α。以1.3中合成的苹果蠹蛾4龄幼虫和雌雄成虫各组织的cDNA第1链为模板,qPCR反应体系(20 μL):Hieff®qPCR SYBR®Green Master Mix (Low Rox) 10 μL,正反向引物(10 μmol·L-1)各0.4 μL,cDNA模板1 μL,补充ddH2O到20 μL混匀离心[试剂盒为Hieff®qPCR SYBR®Green Master Mix (Low Rox)]。扩增程序:95 ℃ 预变性5 min;95 ℃变性10 s,60 ℃退火/延伸34 s,共40个循环,每个样品设3个生物学重复和3个技术重复。
从PubChem(https:∥pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)中下载3种保幼激素(JHⅠ、JHⅡ和JHⅢ)的三维结构文件。利用AutoDock Vina (Trott and Olson 2010)对CpomOBP20和3种保幼激素进行分子对接研究它们的结合能力;利用PLIP (protein-ligand interaction profiler)(Salentinetal.,2015)在线服务器分析与3种保幼激素结合的关键氨基酸残基;最后,利用Pymol (DeLano,2002)可视化CpomOBP20和3种保幼激素的结合模式。
采用2-ΔΔct法计算CpomOBP20基因在不同末端组织中的相对表达量,利用SPSS软件中的LSD法检验CpomOBP20在苹果蠹蛾成虫不同组织中表达量的差异显著性,采用独立样本t检验(independent samplest-test)检测CpomOBP20在雌雄成虫同一组织中表达量的差异显著性(P<0.05)。
利用PCR扩增得到了CpomOBP20基因,该基因片段大小符合预期结果(图1A)。CpomOBP20基因的全长cDNA序列包括一个459 bp的开放阅读框(ORF),共编码152个氨基酸,在线预测到其等电点为6.30,蛋白分子质量为16.264 ku,N末端具有20个氨基酸组成的信号肽序列,且该蛋白质序列中具有6个保守的半胱氨酸残基 (C1、C2、C3、C4、C5和C6)(图1B),属Classical OBPs亚家族。
CpomOBP20的N端疏水区包含由起始位置至第20位氨基酸组成的信号肽,符合分泌型蛋白的特征。将CpomOBP20的氨基酸序列提交至SWISS MODEL网站,匹配到与其序列相似性大于30%的模板,并进行同源建模,结果表明,CpomOBP20具有6个α-螺旋,主要结构为α螺旋与无规则卷曲结构,部分α-螺旋反向平行构成疏水的结合口袋,具有保守的6个半胱氨酸残基且形成3个二硫键,以起到稳定和支撑蛋白三维结构的作用(图2)。
图1 CpomOBP20基因cDNA克隆及序列分析Fig.1 Cloning and analyzing of the cDNA sequence of the CpomOBP20 geneA:PCR扩增电泳图;B:苹果蠹蛾CpomOBP20核苷酸序列及其推导氨基酸序列;M:Marker;MAT:雄虫触角;CpF:苹果蠹蛾雌成虫;CpM:苹果蠹蛾雄成虫;保守位点上的半胱氨酸用红色方框表示,信号肽用横线表示。A: PCR amplification electrophoretogram; B: Nucleotide sequence and deduced amino acid sequence of CpomOBP20 from C. pomonella; M: Marker; MAT: Antenna of male C. pomonella; CpF: Female of C. pomonella; CpM: Male of C. pomonella; The conserved cysteines are indicated in red box, and the predicted signal peptide is horizontal-line.
图2 CpomOBP20的三级结构Fig.2 Tertiary structure of CpomOBP20
将CpomOBP20与其16个直系同源基因的氨基酸序列进行多序列比对,并利用在线软件ESPript 3.0 (http:∥espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi)进行可视化分析,结果如图3所示。所有17个OBPs均属于Classical OBPs亚家族,它们的氨基酸序列中均具有6个保守的半胱氨酸,且符合Classical OBPs亚家族的半胱氨酸残基排列规则:C1-X20-66-C2-X3-C3-X21-43-C4-X8-14-C5-X8-C6,C2与C3之间有3个氨基酸残基,C5与C6之间有8个氨基酸残基。多序列比对结果表明,CpomOBP20与小菜蛾XP_011557123.1的氨基酸序列一致性最高,为41.73%,表明它们之间在进化关系上更加同源,但与其他直系同源基因的氨基酸序列一致性较低,均小于40% 。
将CpomOBP20与其16个直系同源基因构建系统发育树,以黑腹果蝇的NP_523505.1作为外群(图4)。结果表明,CpomOBP20基因与小菜蛾XP_011557123.1基因聚在一起,说明它们之间的亲缘关系最近。而黑腹果蝇的NP_523505.1与其余16个鳞翅目昆虫的OBPs亲缘关系较远。
利用qRT-PCR检测CpomOBP20基因在苹果蠹蛾4龄幼虫头部、血淋巴、表皮、脂肪体、中肠、马氏管和唾液腺的表达情况(图5A)。结果表明,CpomOBP20基因在血淋巴中表达量最高,显著高于在其他组织中的表达量,在表皮中表达量最低(P<0.05)。
根据2-ΔΔct相对定量法,以雄成虫头中的表达量为基准,研究CpomOBP20基因在苹果蠹蛾成虫不同末端组织中的表达情况(图5B)。结果显示,CpomOBP20在雌雄成虫头、触角、下唇须、喙、翅和足均有表达,且表达量各异:在雌成虫不同组织中的表达量为翅>头>触角>足>下唇须>喙;在雄成虫各组织中的表达量为足>下唇须>头>翅>触角>喙。CpomOBP20在雌成虫头部和翅中的表达量显著高于在雄成虫头部和翅中的表达量(P<0.05),而在雄成虫足中的表达量显著高于雌成虫足中的表达量(P<0.05),雌雄成虫之间在其他组织中的表达量差异不显著(P>0.05)。
图3 17个物种OBPs的氨基酸序列的多重序列比对Fig.3 Multiple sequences alignment of amino acid sequences of OBPs from 17 speciesCpom:苹果蠹蛾;Atra:脐橙螟蛾;Bmor:家蚕;Dmel:黑腹果蝇;Dple:帝王蝶;Harm:棉铃虫; Hmel:诗神袖蝶;Mcin:庆网蛱蝶;Msex:烟草天蛾;Pmac:黄凤蝶;Ppol:玉带凤蝶;Prap:菜粉蝶;Pxut:柑橘凤蝶;Pxyl:小菜蛾;Sfru:草地贪夜蛾;Slit:斜纹夜蛾;Tni:粉纹夜蛾。
图4 基于最大似然法的CpomOBP20与其直系同源基因系统发育分析Fig.4 The phylogenetic relationship between CpomOBP20 and its orthologous OBP genes based on maximum likelihood
分子对接结果表明,CpomOBP20与3种保幼激素均具有较低的结合能,分别为-6.6、-6.3l和-6.5 kcal·mol-1。从CpomOBP20与3种配体结合模式图(图6)可以看出,3种保幼激素均被包围在由疏水性氨基酸组成的结合腔。其中:CpomOBP20与JHⅠ结合的关键氨基酸分别是苯丙氨酸13(PHE13A)、亮氨酸34(LEU34A)、亮氨酸37(LEU37A)、苯丙氨酸53(PHE53A)、异亮氨酸58(ILE58A)、缬氨酸77(VAL77A)、苯丙氨酸116(PHE116A)和亮氨酸119(LEU119A);与JHⅡ和JHⅢ结合最好的关键氨基酸均为苯丙氨酸13(PHE13A)、苯丙氨酸53(PHE53A)、异亮氨酸56(ILE56A)、异亮氨酸58(ILE58A)、缬氨酸77 (VAL77A)和亮氨酸119 (LEU119A)。
图5 CpomOBP20在苹果蠹蛾4龄幼虫(A)和雌雄成虫(B)不同组织中的相对表达量Fig.5 Relative expression level of CpomOBP20 in different tissues of 4th instar larvae (A) and adults (B) of C. pomonellaHD:头;HE:血淋巴;IN:表皮;FB:脂肪体;MG:中肠;MT:马氏管;SG:唾液腺。AT:触角;LP:下唇须;BK:喙;WG:翅;LG:足。图中数据为平均值±标准误;不同大写字母和小写字母分别表示不同组织间的表达量差异显著 (P<0.05,LSD检验);*表示雌雄成虫同一组织中的表达量差异显著 (P<0.05,t检验)。HD: Head; HE: Hemolyph; IN: Integument; FB: Fat body; MG: Midgut; MT: Malpighian tubule; SG: Salivary glands; AT: Antennae; LP: Labial palp; BK: Beak; WG: Wing; LG: Leg.Data in the figure are mean ± SE.Different capital letters and lowercase indicate significantly different gene expression levels among different terminal tissues, respectively (P<0.05, LSD-test).* indicates significant difference in the gene expression level in the same tissue between female and male adults (P<0.05, t-test).
图6 CpomOBP20与3种保幼激素的分子对接模式Fig.6 Molecular docking mode of CpomOBP20 with three juvenile hormones (JHs)
本研究从苹果蠹蛾中克隆得到CpomOBP20基因序列,其开放阅读框长456 bp,编码152个氨基酸组成的多肽,预测的蛋白分子质量为16.264 ku,等电点为6.30。序列比对发现,CpomOBP20属于OBP基因家族的Classical OBP亚家族,在鳞翅目昆虫中Classical OBP亚家族中基因数目最多,接近OBP基因总数的一半(Vogtetal.,2015)。昆虫的OBPs朝着产生更多半胱氨酸残基的方向进化,Classical OBPs多存在于进化较快的物种中,如鳞翅目和双翅目,而鞘翅目和膜翅目中Minus-C OBP亚家族中基因数目较多(Vieira & Rozas,2011)。研究表明,大部分Classical OBPs主要功能为感受化学信息素(Dippeletal.,2014),因此,推测CpomOBP20参与苹果蠹蛾对环境信息素的识别。
多序列比对结果表明,CpomOBP20与其直系同源基因氨基酸序列中均有6个保守的半胱氨酸位点,三维结构表明,CpomOBP20与其他昆虫Classical OBPs的三维结构相似,均具有6个α-螺旋,部分α-螺旋构成疏水的结合口袋,6个保守的半胱氨酸残基形成3个二硫键,以稳定和维持蛋白的三维结构(Maetal.,2018; Panetal.,2020)。本研究将CpomOBP20与其他16种鳞翅目昆虫中的直系同源基因构建了系统发育树,以黑腹果蝇中CpomOBP20的直系同源基因作为外群,结果表明,与苹果蠹蛾CpomOBP20亲缘关系最近的是小菜蛾中的直系同源OBP基因(XP_011557123.1),而双翅目的黑腹果蝇OBP与之亲缘关系最远,这可能与物种亲缘关系远近相关。
昆虫的OBPs基因在虫体组织中的表达谱在一定程度上能够反映其功能(张雪等, 2021),到目前为止,对昆虫OBPs基因的功能研究主要集中在成虫,表达量分析也均针对于成虫组织,鲜有报道OBPs基因在幼虫组织中的表达谱,然而昆虫OBPs对于幼虫寻找食物等生命活动也具有重要作用,如小菜蛾PxylGOBP2基因在其幼虫寻找食物中发挥重要作用(Zhuetal., 2016)。
本研究对CpomOBP20在苹果蠹蛾4龄幼虫不同组织以及雌雄成虫不同末端组织中的相对表达量分别进行了比较分析。结果表明,CpomOBP20在幼虫头部高表达,推测CpomOBP20可能参与幼虫寻找食物等化学通讯交流,与小菜蛾PxylGOBP2基因功能类似(Zhuetal.,2016);然而,CpomOBP20在幼虫血淋巴中也高表达,推测CpomOBP20除了在幼虫寻找食物中发挥重要作用,可能还具有其他生理功能,如埃及伊蚊Aedesaegypti(L.)的OBP家族成员mJHBP在其血淋巴中高表达,具有与保幼激素结合的能力(Kimetal.,2017)。本研究发现,CpomOBP20与3种保幼激素均有较好的结合能力,推测CpomOBP20可能也参与苹果蠹蛾对保幼激素的结合与转运。成虫组织表达谱表明,CpomOBP20基因在雌成虫翅和头部表达量最高,且均显著高于雄成虫,然而,CpomOBP20基因在雄成虫足部的表达量显著高于其他组织和雌成虫,推测CpomOBP20基因在苹果蠹蛾雌雄成虫中的生理功能可能存在分化。该结果与一些昆虫的OBPs基因表达谱类似,如绿盲蝽Apolyguslucorum(Meyer-Dür)的AlucOBP3、AlucOBP9和AlucOBP10 3个基因(Jietal.,2013),橘小实蝇BactroceradorsalisHendel的BdorOBP7基因(Zhengetal.,2013)在足中表达量均显著高于其他组织;绿盲蝽的AlucOBP4基因在雌成虫翅中的表达量显著高于其他组织(Huaetal.,2012)。然而,目前对于在足和翅中高表达的OBPs基因的功能尚缺乏研究。
综上,本研究结果表明,CpomOBP20基因在苹果蠹蛾生命活动中不仅参与对气味化合物的识别,也可能具有其他重要生理功能,如结合转运保幼激素等,具体功能尚待进一步研究,本文研究结果可为苹果蠹蛾气味结合蛋白的功能研究提供参考。