新冠肺炎论文集锦

在中国发现的一种与人类呼吸系统疾病相关的新型冠状病毒

上海市公共卫生临床中心参与研究者：吴凡（第一作者）、陈燕玫（共同第一作者）、宋志刚（共同第一作者）、张永振（通信作者）、裴媛媛（第十作者）、张玉玲（第十二作者）、代发辉（第十三作者）、刘袆（第十四作者）、王启敏（第十五作者）、郑娇娇（第十六作者）、徐琳（第十七作者）、Edward C.Holmes（第十八作者）

发表期刊：《Nature》（影响因子：42.778）

原文題目：《A new coronavlrus associated with human respiratory disease in China》

研究背景 新发突发传染病，如严重急性呼吸系统综合征（SARS）和寨卡病毒病等，给公共卫生带来严重的威胁。尽管在此方面开展了大量的研究工作，但何时何地出现新的疾病仍然不可预知。最近，在中国湖北省武汉市出现了严重的呼吸道疾病。自2019年12月12日第1例患者住院以来，到2020年1月25日，至少已有1975例确诊病例。流行病学调查表明，疫情的暴发与武汉市的一个海鲜市场有关。

本研究的患者是该市场的工作人员，其于2019年12月26日入住武汉中心医院，表现为严重的呼吸道综合征，包括发烧、头晕、咳嗽等。基于血清学和聚合酶链式反应（PCR）的病原学调查初步排除了流感病毒、肺炎衣原体和肺炎支原体的存在，并通过PCR排除了其他常见的呼吸道病原体、包括腺病毒等感染。患者经抗生素、抗病毒药物和糖皮质激素联合治疗3d后症状无明显改善，因呼吸衰竭开始使用呼吸机，并被送入重症监护室。

研究方法 为了调查与这种疾病相关的可能病原体，本研究采集患者的支气管肺泡灌洗液（BALF）并进行宏转录组测序。在上海市公共卫生临床中心的生物安全三级实验室中对样本进行处理。从200μlBALF中提取总RNA，构建双端（150bp）宏转录组文库，再使用Illumina MiniSeq进行双端（150bp）测序，根据测序结果鉴定并组装出病毒的基因组序列，最后进行遗传进化分析。

研究结果 通过宏基因组RNA测序，从患者BALF样本中鉴定出一种属于冠状病毒科的新型RNA病毒。对病毒全基因组（29903个碱基）的遗传进化分析表明，该病毒与之前从中国蝙蝠中发现的SARS样冠状病毒（betacoronavirus属，sarbecovirus亚属）高度同源（核苷酸相似性为89.1%）。

研究结论 新型冠状病毒（2019-nCoV）与SARS病毒（SARS-CoV）之间存在的基因组和临床相似性，以及它在临床样本中的大量存在，为WH-Humanl冠状病毒（WHCV，即2019-nCoV）与武汉市正在发生的呼吸道疾病疫情之间存在关联性提供了证据。尽管仅从1例患者中分离出这种病毒不足以得出是其导致呼吸道疾病的结论，但此发现已在其他患者中得到证实。武汉市疫情的暴发表明，动物来源病毒的跨宿主传播可在人群中导致严重疾病。

蝙蝠中多种SARS样冠状病毒的鉴定导致人们认为其是这些病毒的天然宿主。尽管在中国的蝙蝠中广泛发现了SARS样冠状病毒，但尚未发现SARS-CoV。值得注意的是，WHCV与蝙蝠中的冠状病毒存在最为密切的亲缘关系，甚至在nsp7和E蛋白方面表现出与bat-SL-CoVZC45有100%的氨基酸相似性。因此，蝙蝠可能是WHCV的宿主。不过，由于首次报告这种严重的呼吸系统疾病时武汉市的这家海鲜市场中有多种野生动物在出售，故需开展更多的研究工作来确定WHCV的天然宿主和中间宿主。

原文链接：https：//doi.org/10.1038/s41586-020-2008-3

新型冠状病毒与非典病毒存在交叉保护表位，有望推动通用型冠状病毒疫苗研发

上海市公共卫生临床中心参与研究者：裘天颐（第一作者）、徐建青（通信作者）

发表期刊：《Joumal of Genetics and Genomics》（影响因子：5.065）

原文题目：《ldentification of potential cross-protective epitope between 2019-nCoV and SARS virus》

研究背景 暴发于2019年底的新型冠状病毒肺炎目前已在全球范围内大流行，且众多研究揭示新型冠状病毒与其他冠状病毒的基因组间存在异同。之前的研究指出，此病毒与非典病毒和蝙蝠中冠状病毒的基因组序列相似性远远高于其他冠状病毒，但三维构象上的差异和抗原性的关系尚不清楚。

研究内容 本研究对新型冠状病毒的棘突蛋白进行了系统性的三维构象模拟和抗原性分析。棘突蛋白是冠状病毒与宿主细胞表面的血管紧张素转化酶-2（ACE2）受体结合、进而介导病毒进入宿主细胞的关键表面蛋白，是冠状病毒疫苗研发的关键靶标。本研究使用前期开发的空间表位预测工具CE-BLAST对新型冠状病毒的S蛋白和其他已知的冠状病毒的S蛋白进行了抗原性扫描，发现相较于其他冠状病毒，新型冠状病毒的S蛋白在三维构象和抗原性上与非典病毒更为接近。

研究的亮点及意义 基于结构的研究揭示，新型冠状病毒与非典病毒在受体结合区上存在交叉保护表位，且该区域与受体结合区中重要的ACE2受体结合位点相毗邻。因此，可识别该区域的抗体将能有效阻止新型冠状病毒通过受体结合区与ACE2受体结合。本研究表明，之前针对非典病毒S蛋白ACE2受体结合位点的抗体可用于新型冠状病毒感染的临床干预。

研究的局限性 由于新型冠状病毒暴发初期的病毒基因序列积累较少，未能纳入更多的新型冠状病毒突变株进行抗原性分析，而这些突变株有可能导致新型冠状病毒的抗原性逃逸。

原文链接：https：//www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1673852720300138？via%3Dihub

新发新型冠状病毒肺炎

上海市公共卫生临床中心参与研究者：宋凤祥（共同第一作者）、施楠楠（共同第一作者）、施裕新（通信作者）、沈杰（第五作者）、卢洪洲（第六作者）、凌云（第七作者）

发表期刊：《Radiology》（影响因子：7.931）

原文题目：《Emerging coronavirus 2019-nCoV pneumonia》

背景 新型冠状病毒肺炎患者的胸部CT表现尚未有详细描述。

方法 入组51例（男性25例、女性26例，16-76岁）经核酸抗体检测阳性的新型冠状病毒肺炎患者，进行薄层螺旋CT检查，分析他们的影像学特征、临床表现和实验室检查结果。

结果 51例患者中有50例（98%）有武汉接触史。发热（49/51，96%）和咳嗽（24/51，47%）是最常见症状。大多数患者的白细胞计数（37/51，73%）和中性粒细胞计数（44/51，86%）均正常，淋巴细胞计数正常（17/51，33%）或降低（33/51，65%）。CT图像显示，51例患者中有39例（76%）见磨玻璃密度影，38例（75%）见磨玻璃密度影伴网状和（或）小叶间隔增厚，30例（59%）见磨玻璃密度影伴实变影，28例（55%）见单纯实变影;44例（86%）双肺受累，41例（80%）病变分布以背侧肺组织为主，44例（86%）病变分布以肺野外周为主。CT检查发现，距症状发生≥5d患者的肺内实变影多于距症状发生≤4d患者（病变数分别为431/712和129/612，P<0.001），>50岁患者的肺内实变影多于≤50岁患者（病变数分别为212/470和198/854，P<0.001）。对13例患者的随访CT检查显示，7例（54%）肺内病变有吸收，4例（31%）肺内病变进展。

结论 对有流行病接触史的患者，如其出现发热或咳嗽，白细胞计数正常或降低，同时胸部CT检查显示肺内存在以磨玻璃密度影为主的病变，且病变以肺外周带和背侧分布为主，可高度怀疑为新型冠状病毒肺炎。

原文链接：https：//pubs.rsna.org/doi/10.1148/radi01.2020200274

50例新型冠状病毒感染的肺炎患者中医临床特征分析

上海市公共卫生临床中心参与研究者：陆云飞（第一作者）、陈晓蓉（通信作者）、杨宗国（第二作者）、王梅（第三作者）、时佳（第四作者）、吕莹（第六作者）、汤伯宗（第七作者）、叶晨（第八作者）、徐庆年（第九作者）、殷科珊（第十作者）

发表期刊：《上海中医药大学学报》

目的 分析上海地区新型冠状病毒感染的肺炎患者的一般情况及中医证候分布特点。

方法 纳入上海市公共卫生临床中心收治的新型冠状病毒感染的肺炎患者50例，均于入院第1天采集流行病学资料及血常规、胸部CT、证候特征、舌象脉象等信息，并依据《上海市新型冠状病毒感染的肺炎中医诊疗方案（试行）》进行分析辨证。

结果 新型冠状病毒感染的肺炎患者的年龄均在50岁左右，男性居多，男女比为1.27：1;74%的患者有武汉/湖北旅居史，20%的患者有确诊患者密切接触史;胸部CT检查显示以多肺叶病变为主，白细胞计数未见明显升高，多见淋巴细胞计数降低、C-反应蛋白水平升高。半数以上患者伴有发热（84%）、咳嗽（62%）、乏力（62%）、纳差（58%）、口干（56%）、腹泻（56%）、自汗（54%）症状;舌象以淡红舌或红舌为主，多见腻苔（68%）、白苔（74%）。证型以湿毒郁肺证为主（82%），少数患者表现为热毒闭肺证（18%），其中湿毒郁肺型患者的平均年龄显著低于热毒闭肺型患者（P=0.002），湿毒郁肺型患者的男性构成比则显著高于热毒闭肺型患者（P=0.024）。

结论 新型冠状病毒感染的肺炎以湿毒郁肺型为主，符合中医湿疫的特点。

原文链接：http：//kns.cnki.net/kcms/detail/31.1788.R.20200208.1112.002.html

新型冠状病毒肺炎的药物治疗方案

上海市公共卫生临床中心参与研究者：卢洪洲（第一作者，通信作者）

发表期刊：《Bioscience Trends》（影响因子：1.553）

原文题目：《Drug treatment options for the 2019-new coronavirus （2019-nCoV）》

摘要 截至2020年1月22日，中国25个省（市、区）共报告了571例新型冠状病毒肺炎患者。目前，尚无针对人和动物新型冠状病毒感染的疫苗和抗病毒治疗方法。因此，尽快确定药物治疗方案对应对新型冠状病毒肺炎暴发至关重要。一般有3种通用方法，包括使用标准测定法发现广谱抗病毒药物、对现有化合物和化学丈库进行筛选以及根据单个冠状病毒基因组和对病毒的生物物理学理解来设计和开发新的特异性药物，可用来发现新型冠状病毒感染的潜在抗病毒治疗药物。罗匹那韦/利托那韦、核苷类似物、神经氨酸酶抑制剂、雷姆西韦、多肽EK1、阿比多尔、核苷酸类抗病毒药物（如富马酸替诺福韦酯、拉夫米定）、抗炎药物（如激素）和一些中药（如疏风解毒胶囊、莲花清瘟胶囊）可能是新型冠状病毒肺炎的药物治疗选择。当然，这些药物对新型冠状病毒肺炎的疗效和安全性还需得到临床试验的证实。

一般來说，目前还没有针对新型冠状病毒肺炎的特异性抗病毒药物或疫苗。所有的药物选择都来自以前治疗SARS、中东呼吸综合征或其他一些新的流感病毒感染的经验。积极的对症支持仍然是治疗的关键。

原文链接：https：//www.jstage.jst.go.jp/article/bst/14/1/14_2020.01020/_article

中国武汉暴发不明病因肺炎

上海市公共卫生临床中心参与研究者：卢洪洲（第一作者、通信作者）

发表期刊：《Joumal of Medical Virology》（影响因子：2.021）

原文题目：《Outbreak of pneumonia of unknown etiology in Wuhan，China： the mystery and the miracle》

摘要 自2019年12月以来，中国武汉市暴发了未知病因的肺炎。武汉市是中国的主要交通枢纽，常住人口超过1100万人。2019年12月，大多数患者去过当地的一个鱼类和野生动物市场。在2020年1月9日举行的新闻发布会上，中国工程院院士徐建国博士通报，引起这种肺炎暴发的病毒已被世界卫生组织临时命名为“2019年新型冠状病毒（2019-nCoV）”。

内容2019-nCoV具有不同于已知人类冠状病毒种类的冠状病毒特异性核酸序列，与蝙蝠中鉴定出的某些β-冠状病毒相似。在2019-nCoV肺炎患者的肺液、血液和肺中检测到了2019-nCoV特异性核酸序列。自15例患者咽拭子样本中分离出的病毒在电子显微镜下显示典型的冠状病毒外观。后续将进行进一步的研究，以更好地了解2019-nCoV，以开发抗病毒治疗药物和疫苗。

我们到目前为止所做的工作非常出色。最初于2019年12月描述了这种感染病毒，9d内由临床医师、科学家和流行病学专家组成的团队就排除了几种极具传染性的病原体，包括十多年前造成数百人死亡的非典病毒和中东呼吸综合征冠状病毒。

大多数患者都在确诊前的1个月内去过武汉的一个鱼类和野生动物市场。这个鱼类和野生动物市场中还出售活体动物，如家禽、蝙蝠、土拨鼠和蛇。所有患者都在隔离区得到了及时的支持治疗。迄今为止，目前已确证的42例患者中，除了1例来自武汉的泰国患者，其余均来自中国。其中，8例获得治愈后出院，7例病情严重，1例死亡。已从多例患者的呼吸道标本和血液样本中分离出2019-nCoV。

但是，这个谜团还没有完全解开。目前收集的数据还不足以证实呼吸道疾病与2019-nCoV之间的因果关系。需要分离2019-nCoV的其他菌株以研究它们的同源性。应开发对2019-nCoV肺炎的快速、准确的检测和鉴定方法，且此方法可在鉴定和治疗患者的当地医院和诊所中使用。

2019-nCoV是否来源于野生动物？冠状病毒科包括2个亚科。第一个亚科名为冠状病毒亚科，此亚科包含大量的哺乳动物病原体，它们可引起多种疾病、包括肺炎。在人类中，冠状病毒亚科是引起普通感冒和更严重的呼吸系统疾病如严重急性呼吸系统综合征、中东呼吸综合征的病毒之一，这些疾病都是人畜共患病。第二个亚科名为环曲病毒亚科，此亚科包含一些陆生和水生动物病原体。轮状病毒属包含马轮状病毒（伯恩病毒），后者最早是从腹泻的马中分离出来的;布雷达病毒最早是从腹泻的新生牛犊中分离出来的。鱼类的白鲷病毒属杆状病毒属。到目前为止，还没有证据表明是来自海鲜市场的海鲜引起了2019-nCoV肺炎暴发。该海鲜市场已经关闭，直到流行病学研究确定2019-nCoV的动物宿主为止。

原文链接：https：//doi.org/10.1002/jmv.25678

提高对新型冠状病毒感染诊治的认识

上海市公共卫生临床中心参与研究者：沈银忠（第一作者）、卢洪洲（通信作者）

发表期刊：《中华传染病杂志》

摘要 当前，我国大部分地区正处于病毒性呼吸道疾病的高发季节。新型冠状病毒感染可造成严重后果，提高临床医师对此类病毒感染诊治的认识是当务之急。

新型冠状病毒是指此前未在人体中发现的冠状病毒，常有人类以外的哺乳动物作为其宿主或中间宿主。现已报告的新型冠状病毒包括严重急性呼吸综合征冠状病毒、中东呼吸综合征冠状病毒和新近发现的2019年新型冠状病毒。新型冠状病毒可引起严重急性呼吸道感染、急性呼吸窘迫综合征、感染性休克、肾衰竭等危重疾病，提高临床医师对新型冠状病毒感染诊治的认识是当务之急。提高门诊分诊和早期识别能力、加强医院感染的防控、提高对重症患者的综合救治能力以及加强临床研究是应对新型冠状病毒感染疫情的关键。

原文链接：http：//rs.yiigle.com/yufabiao/1179579.htm

针对武汉暴发的新型冠状病毒肺炎，中国下一步采取什么措施

上海市公共卫生临床中心参与研究者：卢洪洲（第一作者，通信作者）

发表期刊：《Joumal of Medical Virology》（影响因子：2.021）

原文题目：《The Wuhan SARS-CoV-2-what's next for China》

研究背景

1）对新型冠状病毒肺炎（新冠肺炎）的認知历程

新冠肺炎于2019年12月在中国湖北省武汉市开始暴发，当时对新冠肺炎认知不明，主要包括：①致病原的性质（SARS复发？）;②这种肺炎是否由一种新型冠状病毒引起，而其与引起SARS和中东呼吸综合征（MERS）的冠状病毒不同？

应对措施：一个由临床医师、科学家和流行病学专家组成的特别小组开始研究这些可能性。在9d内，SARS和MERS被排除，且在武汉分离出了一种新型冠状病毒。这种冠状病毒现已被国际病毒分类学委员会正式命名为SARS-CoV-2，鉴定研究也已发表于《新英格兰医学杂志》。随后，其他研究陆续展开。

2）对新冠肺炎流行的原因分析和应对措施

重要原因：①没有认识到最初肺炎病例的潜在威胁;②疫情始于中国春节之前，正是人口发生大规模流动之时。

应对措施：政府及时采取了人口流动控制措施，避免了大规模的疫情传染。

3）中国的下一步措施

仍有大量工作要做，包括许多可在短期内确定的问题以及一些需更长时间才能解决的问题。例如，需要确定：①病原体定植、感染和脱落的时间;②传染特性。

研究的局限性

应重视SARS-CoV-2疫苗和抗病毒药物的开发，同时解决病毒可能在医疗中心内传播给医护人员的问题。

由SARS-CoV-2引起的新冠疫情是新出现的又一种人畜共患病毒性疾病。与以前由其他新型冠状病毒引起的流行病或大流行一样，其中有许多经验、教训可以总结。要完全理解SARS-CoV-2，仍需进行很多研究工作。

原文链接：https：//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7233262/

COVID-19患者的临床观察和管理

上海市公共卫生临床中心参与研究者：卢洪洲（共同通信作者）

发表期刊：《Emerging Microbes&Infections》（影响因子：5.776）

原文题目：《Clinical observation and management of COVID-19 patients》

研究背景 2019年底-2020年初，武汉市普通人群中因新型冠状病毒SARS-CoV-2的传播而突然暴发新型冠状病毒肺炎（COVID-19）。虽然COVID-19的总病死率似低于严重急性呼吸系统综合征（SARS）和中东呼吸综合征，但严重感染患者的病死率令人震惊。为寻找COVID-19的有效治疗方法，人们作了广泛的努力，但成效有限。

研究内容 邀请3位中国著名的传染病学专家讲述他们在COVID-19患者管理中的床旁观察结果。①李太生教授在武汉进行一线医疗工作。他描述了SARS-CoV-2感染的临床过程。此外，他观察到患者有明显的凝血功能异常，提出早期经静脉注射免疫球蛋白和低分子量肝素抗凝治疗非常重要。②卢洪洲教授对正在进行的抗SARS-CoV-2药物临床试验的质量表示关注，因为大多数试验规模小且为重复研究。关于中药，他建议，由于中药化学成分复杂，应开发创新性的评价体系。③张文宏教授负责上海COVID-19患者的整体临床管理。他介绍了管理COVID-19患者的团队方法。对于重症患者，除予以呼吸支持治疗外，及时进行多器官功能评估和治疗非常关键。应根据每个患者的独特特征作出医疗决策，精心制定干预措施。

研究的亮点和意义 3位亲自参与COVID-19患者临床管理的中国著名传染病学专家介绍了他们的床旁观察结果，并为优化COVID-19治疗策略提出了重要建议。

研究的局限性 应结合多中心临床研究结果，扩大研究的样本规模，从而得出更精准的结论来指导临床工作。

原文链接：https：//www.tandfonline.com/loi/temi20

洛匹那韦利托那韦和阿比多尔用于治疗新型冠状病毒肺炎的有效性研究

上海市公共卫生临床中心参与研究者：陈军（第一作者）、卢洪洲（通信作者）、凌云（第二作者）、席秀红（第三作者）、刘萍（第四作者）、李锋（第五作者）、李涛（第六作者）、尚祉胤（第七作者）、王梅（第八作者）、沈银忠（第九作者）

发表期刊：《中华传染病杂志》

目的 评价洛匹那韦利托那韦和阿比多尔治疗新型冠状病毒肺炎的有效性。

方法 回顾性分析2020年1月20日-2月6日上海市公共卫生临床中心收治的134例确诊新型冠状病毒肺炎患者的临床资料。134例患者均接受重组人干扰素α2b啧雾治疗以及对症支持治疗，其中52例患者还口服抗病毒药物洛匹那韦利托那韦、34例患者还口服抗病毒药物阿比多尔治疗，余下48例患者不使用任何抗病毒药物。比较3组患者中位治疗时间为7d时的治疗效果，组间比较采用Kruskal-Wallis检验或卡方检验。

结果 134例患者中有男性69例、女性65例，年龄为35-62岁，平均48岁。阿比多尔治疗组和洛匹那韦利托那韦治疗组患者体温恢复正常的中位时间均为6d，对照组为4d，差异无统计学意义（x2=2.37，P=0.31）。3组患者呼吸道样本病毒核酸转阴的中位时间均为治疗后7d，洛匹那韦利托那韦治疗组的病毒核酸转阴率为71.8% （28/39），阿比多尔治疗组为82.6%（19/23），对照组为77.1%（27/35），差异无统计学意义（x2=0.46，P=0.79）。洛匹那韦利托那韦治疗组中有22例（42.3%）、阿比多尔治疗组中有12例（35.3%）、对照组中有25例（52.1%）患者在治疗后第7天影像学仍呈进展表现（x2=2.38，P=0.30）。洛匹那韦利托那韦治疗组中有9例（17.3%）、阿比多尔治疗组中有3例（8.8%）、对照组中有4例（8.3%）患者出现不良反应，3组间差异无统计学意义（x2=2.33，P=0.33）。

結论 未发现洛匹那韦利托那韦和阿比多尔具有改善新型冠状病毒肺炎症状或缩短他们呼吸道样本病毒核酸转阴时间的作用，它们治疗新型冠状病毒肺炎的有效性仍有待进一步临床研究的确认。

原文链接：http：//rs.yiigle.com/CN311365202002/1188613.htm

从基因组学角度看SARS-CoV-2的起源和出现

上海市公共卫生临床中心参与研究者：张永振（第一作者）、EdwardC.Holmes（通信作者）

发表期刊：《Cell》（影响因子：38.637）

原文题目：《A genomic perspective on the origin and emergance of SARS-CoV-2》

导读 新型冠状病毒SARS-CoV-2的持续大流行已引起全球人们的极大关注。Edward C.Holmes和中国的张永振教授研究团队都参与了该病毒的首次基因组测序。本文结合SARS-CoV-2的基因组测序结果及其感染的流行病学特征，就其起源、宿主范围、生物学特性及其感染的防控等作一相关介绍。

背景尽管回顾性研究表明，最早出现症状的新型冠状病毒肺炎（COVID-19）病例可追溯到2019年12月1日，但中国湖北省武汉市的首例COVID-19报告时间为2019年12月下旬。2019年12月26日，张永振教授研究团队收到1份在武汉市中心医院就诊的患者样本，通过二代转录组测序获得了完整的病毒基因组序列。初步分析显示，该病毒与SARS病毒密切相关。2020年1月11日，病毒基因组序列在开放性病毒学网站（http：//virologic.org/）上公布。

SARS-CoV-2基因组序列的公布加快了COVID-19相关的诊断试剂、疫苗和抗病毒药物的开发进程。

SARS-CoV-2的起源与进化基因组序列信息显示，SARS-CoV-2属β-冠状病毒属，与SARS病毒同属一个亚属（sarbecovirus），而中东呼吸综合征病毒则属另一亚属（metalcovirus）。初步比较发现，在核苷酸水平上，SARS-CoV-2与SARS病毒的相似性约为79%。根据过去对冠状病毒研究的经验，病毒在动物宿主（包括宿主和中间产物宿主）中的进化，解释SARS-CoV-2在人类中出现并传播的必要条件，不能排除的是，这种病毒在2019年12月被首次发现之前可能就已在人类中“隐秘”传播了，期间还可能发生了一些适应性的关键突变。

另一个备受关注的问题是SARS-CoV-2是否是重组病毒以及这种重组是否有助于其传播。有证据表明，SARS-CoV-2、RaTG13和广东穿山甲冠状病毒之间存在重组现象，RmYN02的基因组同样受到重组的广泛影响。但是，要确定SARS-CoV-2的重组过程和重组模式，目前非常困难，因为需再次对动物种群中的病毒进行全面的采样及后续分析。

不仅如此，随着SARS-CoV-2的广泛传播，监测人类表型的变化也非常重要。COVID-19病例数和（或）病死率的任何下降都可能是由于人类人口和流行病学背景下免疫力的上升，而不是在此过程中病毒发生了重组或突变。

结论事实上，SARS-CoV-2将成为人类第5种地方性冠状病毒（其他为HKUI、NL63、OC43和229E）以及目前在所有易感人群中传播的病毒。冠状病毒显然是具有跨越物种界限和适应新宿主能力的，会在人群中广泛传播。预测未来可能会出现更多的病毒。至于冠状病毒与其他RNA病毒相比为何能具备适应性进化以及为何能在自然界中跨物种传播，且表现出极强的传播能力，目前尚不清楚。须指出的是，冠状病毒的监测网应包括除蝙蝠外的其他物种，因为中间宿主在病毒传播过程中可能起着非常重要的作用，可为病毒在人类中出现提供非常直接的途径。相较于其他方法，尽量减少接觸病毒宿主是预防冠状病毒在人群中传播的最经济、有效的方法。虽然我们与动物界的密切关系意味着我们无法建立牢不可破的防病毒壁垒，但加大对非法野生动物交易的管理和禁止野生动物（包括某些禽类）进入市场，将对病毒防控起到关键作用。

原文链接：https：//doi.org/10.1016/j.ce11.2020.03.035

上海早期输入性新冠肺炎患者临床和影像学特征分析

上海市公共卫生临床中心参与研究者：杨舒一（第一作者）、单飞（共同通信作者）、张志勇（共同通信作者）、施裕新（第二作者）、卢洪洲（第三作者）、徐建青（第四作者）、李锋（第五作者）、钱志平（第六作者）、花鑫艳（第七作者）、丁雪婷（第八作者）、宋凤祥（第九作者）、陆阳（第十作者）

发表期刊：《European Reapiratory Joumal》（影响因子：12.339）

原文题目：《Clinical and CT features of early-stage patients with COVID-19：a retrospective analysis of imported cases inShanghai，China》

研究目的 分析上海早期输入性新冠肺炎患者的临床和影像学特征，以期指导临床早期识别新冠肺炎患者。

研究方法 收集2020年1月20-30日上海市公共卫生临床中心收治的44例早期新冠肺炎患者的临床资料，患者首发症状与胸部CT检查时间间隔<4d。

研究结果 首发症状为发热的患者占95.45%，为乏力的占15.91%，为干咳的占13.64%，为纳差的占13.64%，为咳痰的占11.36%;淋巴细胞计数降低的患者占52.27%，CD3+T细胞计数降低的占50.00%，CD4+T细胞计数降低的占43.18%，CD8+T细胞计数降低的占45.45%;所有患者均红细胞沉降率增高，C-反应蛋白（CRP）水平升高的占75%，降钙素原水平升高的占29.55%，乳酸脱氢酶（LDH）水平升高的占43.18%，谷丙转氨酶、谷丙转移酶水平升高的均占15.91%，谷草转氨酶水平升高的占13.64%;总蛋白、白蛋白、前白蛋白、高密度脂蛋白胆固醇和低密度脂蛋白胆固醇水平降低的患者分别占40.91%、81.82%、50.00%、61.37%和52.27%。胸部CT检查共检出病灶456个，表现为纯磨玻璃密度病灶的占27.85%，为磨玻璃密度伴实变的占62.72%，为铺路石征的占4.82%，为实变的占4.61%;病灶主要位于肺外周（92.11%）和背侧（71.71%，其中表现为纯磨玻璃密度病灶的占51.17%）。研究定义CT评分为病灶密度分类加权与病灶长径的乘积。多因素回归分析显示，CD4+T细胞计数、CRP和LDH水平与CT评分呈线性相关关系。对患者首次复查发现，81.82%患者的病灶进展，13.64%患者的病灶部分吸收。

研究结论 新冠肺炎的首发症状以发热为主，血常规检查可见淋巴细胞计数降低;早期病灶以体积较小的磨玻璃病灶为主，主要分布于两肺外周和背侧（注意：纯磨玻璃病灶前背侧分布无明显差异），一些病灶体积比较小，容易漏诊;CD4+T细胞计数降低、CRP和LDH水平升高与CT检查所见病情的严重程度呈线性相关。

原文链接：https：//doi.org/10.1183/13993003.00407-2020

新冠肺炎患者病毒RNA清除规律研究

上海市公共卫生临床中心参与研究者：凌云（共同第一作者）、徐水宝（共同第一作者）、林逸骁（共同第一作者）、卢洪洲（通信作者）

发表期刊：《Chinese Medical Joumal》（影响因子：1.585）

原文题目：《The persistence and clearance of viral RNA in 2019 novel coronavirus disease survivors》

研究背景 新型冠状病毒首先在新冠肺炎患者的呼吸道样本中被发现，随后在患者的粪便、尿液和胃肠黏膜中也均检测到了病毒RNA。本研究分析新冠肺炎患者不同样本中新型冠状病毒RNA的清除时间及其影响因素，为探索新冠肺炎临床治疗方法提供理论依据，为进一步提高患者康复期管理水平提供依据。

研究方法 回顾性收集上海市公共卫生临床中心于2020年1月20日-2月10日收治的新冠肺炎康复期患者的临床资料和实验室检查结果。康复期患者是指已无发热和呼吸道症状且咽拭子新型冠状病毒RNA检测连续2次阴性（间隔>24h）的患者。采集新冠肺炎康复期患者的咽拭子、粪便、尿液和血液样本，应用RT-PCR法检测，分析CD4+T淋巴细胞计数、炎症指标值和糖皮质激素治疗对患者病毒RNA清除率的影响。

研究结果 本研究共纳入66例新冠肺炎康复期患者，其中女性28例（42 4%）、男性38例（57.6%），平均年龄44.0岁（34.0-62.0岁）。康复期患者從症状出现到首次咽拭子病毒RNA检测阴性的中位时间为9.5（6.0-11.0）d。截至2020年2月10日，11例（16.7%）康复期患者粪便样本病毒RNA检测阳性，其余55例为阴性，中位持续时间为11.0（9.0-16.0）d。在这55例患者中，43例粪便样本病毒RNA检测转阴的时间比咽拭子检测转阴的时间长，平均延迟2.0（1.0-4.0）d。尿液样本病毒RNA检测的阳性率很低，58例患者中仅4例（6.9%）为阳性，其中3例在咽拭子检测转阴后仍呈阳性。多元线性回归模型分析表明，CD4+T淋巴细胞计数有助于预测患者粪便样本病毒RNA的持续时间（P=0.01）。糖皮质激素治疗组患者的咽拭子和粪便样本病毒RNA的持续时间比非糖皮质激素治疗组患者长，2组患者咽拭子病毒检测转阴时间分别为15和8.0d（P=0.013），粪便样本病毒RNA检测转阴时间分别20和11d（P<0.001）。

结论及研究的意义 本研究发现新冠肺炎患者粪便样本病毒RNA的清除时间滞后于咽拭子检测，据此提出应以粪便样本病毒RNA检测转阴作为患者出院标准，为上海抗疫方案的实施提供了依据，患者出院后的复发率极低。糖皮质激素治疗患者的病毒RNA清除延迟，故对病情较轻的新冠肺炎患者不建议使用糖皮质激素治疗。此外，本研究还发现宿主细胞免疫功能低的患者，病毒RNA持续时间延长，为增强免疫功能治疗提供了理论依据。本研究为新冠肺炎疫情早期重要的临床病毒学研究，为疫情的临床防控提供了重要的理论依据，截至2020年9月初他引已达308次。

原文链接：doi： 10.1097/CM9.0000000000000774

新型冠状病毒肺炎患者重症化危险因素的临床分析

上海市公共卫生临床中心参与研究者：凌云（第一作者）、徐水宝（共同第一作者）、林逸骁（共同第一作者）、卢洪洲（通信作者）、田棣（第四作者）、朱召芹（第五作者）、代发辉（第六作者）、吴凡（第七作者）、宋志刚（第八作者）、黄威（第九作者）、陈军（第十作者）

发表期刊：《中华传染病杂志》

背景 虽然新型冠状病毒肺炎（COVID-19）患者多以轻症（轻型、普通型）为主，大多数给予对症支持治疗后病情可好转，但一旦发展为重症（重型、危重型），则救治难度以及死亡风险大大增加。作为上海市收治COVID-19患者的定点医院，截至2020年2月10日，上海市公共卫生临床中心已收治292例确诊COVID-19患者。本文回顾性分析收治的COVID-19患者的临床资料，分析影响COVID-19患者病情进展为重症的危险因素，为早期识别重症患者并实施更为密切的临床监测和更有针对性的干预措施提供进一步的证据支持。

方法 回顾性分析2020年1月20日-2月10日上海市公共卫生临床中心收治的292例成人COVID-19患者的临床资料，其中重症患者21例，轻症患者271例。比较2组患者的人口学特征、流行病学史、基础疾病和实验室检查值等。计量资料比较采用t检验或Mann-WhitneyU检验;计数资料比较采用x2检验。采用二元逻辑回归方程分析影响患者病情进展为重症的危险因素。

结果 292例患者中，重症患者21例，重症率为7.2%，其中死亡1例，重症病死率为4.8%。21例重症患者的年龄为（65.0±15.7）岁，其中19例（90.5%）为男性，11例（52.4%）合并有基础疾病，7例（33.3%）亲属中存在确诊患者;271例轻症患者年龄为（48.7±15.7）岁，其中135例（49.8%）为男性，74例（27.3%）合并有基础疾病，36例（13.3%）亲属中存在确诊患者。两组间资料比较，差异均有统计学意义（t=4.730，x2分别=12.930、5.938、4.744，P均<0.05）。与轻症患者比较，重症患者入院时的血清中性粒细胞绝对值以及丙氨酸转氨酶、天冬氨酸转氨酶、乳酸脱氢酶、肌酐、胱抑素C、C-反应蛋白、降钙素原、D-二聚体、B型钠尿肽前体、肌红蛋白、肌酸激酶、肌酸激酶同功酶、肌钙蛋白Ⅰ水平较高（U分别=2091.5、1928.0、1215.5、729.0、1580.5、1375.5、917.5、789.5、1209.0、1434.0、638.0、964.5、1258.0、1747.5），而血清白蛋白、转铁蛋白水平以及淋巴细胞绝对值、CD3+T淋巴细胞计数、CD8+T淋巴细胞计数、CD4+T淋巴细胞计数水平较低（t=4.716，U分别=1214.0、1263.5、962.0、1167.5、988.0），差异均有统计学意义（P均<0.05）。逻辑回归分析发现，患者入院时的血清白蛋白水平（OR=0.806，95%CI：0.675-0.961）、肌红蛋白水平（OR=1.010，95%CI：1.004-1.016）、C-反应蛋白水平（OR=1.016，95%CI：1.000-1.032）、CD3+T淋巴细胞计数（OR=0.996，95%CI：0.991-1.000）、CD8+T淋巴细胞计数（OR=1.006，95%CI：1.001-1.010）与病情严重程度相关，它们都是患者病情进展为重症的独立危险因素（P均<0.05）。

结论 在上海地区收治的COVID-19患者中，重症患者以老年男性居多，且多合并有基础疾病。血清中白蛋白、肌红蛋白、C-反应蛋白水平以及CD3+T淋巴细胞计数、CD8+T淋巴细胞计数可作为重症患者的早期预警指标之一，临床上应予以关注。

原文链接：https：//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7147278/

上海市新型冠状病毒肺炎恢复期患者中药饮片用药特点分析

上海市公共卫生临床中心参与研究者：闫玉风（第一作者）、董平（通信作者）

发表期刊：《江西中医药》

目的 分析上海市新型冠状病毒肺炎恢复期患者的中药饮片用药特点，为临床提供参考。

方法 选取2020年1月27日-2月16日上海市公共卫生临床中心治愈出院的73例成年新型冠状病毒肺炎患者，他们在恢复期均服用中药饮片治疗，分析患者中药饮片用药的基本规律。

结果 73例出院患者中男女性别比接近1：1，平均年龄（48.23±14.92）岁，31-40岁的出院患者数最多，占31.51%。73例患者恢复期服用的中药饮片共涉及144味药，平均每例患者用药（16.68±5.15）味药，用到16-20味药的患者数（39.73%）最多;平均每例患者服用中药（9.89±6.91）剂，服用6-10剂中药的患者数（39.73%）最多。中药类别以清热药（21-31%）、补虚药（19.27%）、化痰止咳平喘药（11.58%）居多;单味药使用频次以甘草（4.28%）、黄芩（4.11%）、陈皮（3.37%）较高。

结论 上海市新型冠状病毒肺炎恢复期患者所用中药饮片以清热、补虚药为主，每剂用药味数略多、用量略高，疗程集中于10剂以下。

原文链接：http：//www.jstcm.cn/ch/reader/create_pdf.aspx？file_ no=2020042l&year_id=2020&quarter_id=4&falg=1

中西医结合治疗上海地区49例非危重型

新型冠状病毒肺炎的临床疗效观察

上海市公共卫生临床中心参与研究者：时佳（第一作者）、陈晓蓉（通信作者）、杨宗国（第二作者）、叶晨（第三作者）、陈够够（第四作者）、陆云飞（第五作者）、吕莹（第六作者）、徐庆年（第七作者）、汤伯宗（第八作者）、殷科珊（第九作者）发表期刊：《上海中医药杂志》

目的 回顾性观察中西医结合治疗非危重型新型冠状病毒肺炎（新冠肺炎）患者的临床疗效。

方法 将上海市公共卫生临床中心收治的67例新冠肺炎患者按所接受疗法的不同分为西医组（18例）和中西医结合组（49例）。对西医组患者给予氧疗、抗病毒及对症支持治疗，对重症患者给予抗炎、调节免疫及丙种球蛋白支持治疗;对中西医结合组患者在对西医组患者治疗的基础上，再加予中成药或汤药口服治疗。收集并分析2组患者的临床资料，包括一般情况、相关实验室检查指标值、影像学表现、症状、中医证候（包括舌象、脉象）。比较2组患者的临床疗效相关指标值，包括退热时间、临床症状积分、CT表现改善率、危重型转化率、住院时间、总病程。

结果西医组和中西医结合组患者的一般情况、相关实验室检查指标值、影像学表现比较，差异均无统计学意义（P均>0.05）。

全部患者均接受了抗病毒治疗。西医组中有27.78%的患者接受了抗生素治疗，中西医结合组中有34.69%的患者接受了抗生素治疗。

患者主要表现为发热（71.64%）、咳嗽/干咳（52.24%）、乏力（47.76%）、纳差（35.82%）、咽痛/痒（31.34%）、咳白痰/黄痰（26.87%）、出汗（25.37%）、腹泻（22.39%）、鼻塞（13.43%）、头痛/晕（13.43%）。2组患者的临床症状比较，差异均无统计學意义（P均>0.05）。

中西医结合组中有湿毒郁肺证32例，占65.31%;热毒闭肺证17例，占34.69%。患者以舌色红或淡红、舌苔白腻为多见，滑脉多见。

与西医组患者相比，中西医结合组患者的住院天数更短、入院第6天时的临床症状积分更低（P均<0.05）。但2组患者的总病程、退热时间、入院第6天时的CT表现改善率比较，差异均无统计学意义（P均>0.05）。观察期间，2组均未出现向危重型转化的患者。

结论 中西医结合治疗在改善新冠肺炎患者的主要临床症状以及缩短住院时间方面显示有较大的优势。

原文链接：https：//doi.org/10.16305/j.1007-1334.2020.04.095

不同程度的新冠肺炎：临床特征的多中心研究

上海市公共卫生临床中心参与研究者：凌云（共同第一作者）、卢洪洲（共同通信作者）

发表期刊：《American Joumal of Respiratory and Critical Care Medicine》（影响因子：17.452）

原文题目：《COVID-19 with different severity：a multi-center study of clinical features》

背景 新冠肺炎（COVID-19）疫情已在全球暴发并大流行。根据世界卫生组织第82期COVID-19疫情报告，截至2020年4月11日，全球已有COVID-19确诊患者1610909例，死亡患者99690例，战疫难度持续升级。

方法 选取2020年1月1日-2月15日间收治于上海市公共卫生临床中心、湖北省武汉市金银浮医院和安徽省铜陵市人民医院且经病毒核酸检测确诊的476例COVID-19患者，依照我国《新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案（第五版）》中临床分型标准将纳入的患者分为3组：普通型组（n=352）、重型组（n=54）和危重型组（n=70）。分析并系统比较各组患者间的临床特征及合并症、相关重要检查指标值、治疗及预后和胸部影像学表现。

结果COVID-19患者的中位年龄为53岁（IQR40-64岁），其中危重型组中≥75岁的患者比例（17.1%）高于普通型组和重型组。患者从发病到确诊的中位时间为4d（IQR2-7d），从发病到入院的中位时间为6d（IQR4-10 d）。在患者入院体征方面，与先前研究一致，发热（85.9%）和干咳（59.4%）是COVID-19患者最常见的入院表现。此外，气促在危重症患者中更常见（70.3%）。患者入院的肺炎CURB-65评分在危重型组与其他2组问有显著差异（P<0.05），但48.6%危重症患者的入院CURB-65评分为0分。入院时3组患者的病毒性肺炎风险预警模型评分分别为：普通型组患者，7分（IQR5-9分）;重型组患者，9分（IQR7-11分）;危重型组患者，11分（IQR7-13分）。

在合并症方面，476例COVID-19患者中有205例（43.1%）罹患包括高血压、心/脑血管疾病、糖尿病、肿瘤、免疫抑制、慢性阻塞性肺疾病、慢性肾病等在内的基础疾病。组间比较显示，危重型组中的高血压患者比例高于普通型组（分别为35.7%和20.7%，P<0.05）。进一步比较113例高血压患者的药物治疗情况后发现，普通型组中使用血管紧张素Ⅱ受体阻滞剂（ARB）或血管紧张素转化酶抑制剂（ACEI）/ARB治疗的患者比例高于其他2组。

相关检查显示，危重症患者入院时的肌钙蛋白、肌酸激酶同功酶、降钙素原和脑钠肽水平高于普通型患者，重症和危重症患者入院时的淋巴细胞计数、血清白蛋白和血钙水平低于普通型患者。免疫学检查显示，危重症患者的CD3+T细胞、CD4+T细胞和CD8+T细胞计数低于普通型患者，CD3+T细胞和CD4+T细胞比例也呈相同趋势，而免疫球蛋白G和免疫球蛋白A水平在3组患者间差异不显著。

在治疗方面，大多数COVID-19患者（60.1%）早期就接受了抗病毒治疗，抗病毒药物包括洛匹那韦/利托那韦、阿比多尔、达芦那韦/考比司他和氯喹。与重症患者相比，更多的危重症患者在住院期间接受了糖皮质激素治疗（比例分别为51.9%和74.3%，P<0.05）。在呼吸支持方面，危重型组患者中有4例（5.7%）接受了体外膜肺氧合治疗，39例（55.7%）接受了有创机械通气。

在结局方面，至2020年3月21日，476例患者中已有403例（84.7%）康复出院，另有23例（4.8%）仍在院治疗。6例（1.7%）普通型患者、3例（5.6%）重症患者和29例（41.4%）危重症患者死亡，另有12例（2.5%）患者因转入其他医疗机构或失去联系而失去随访。按年龄分组的Kaplan-Meier生存曲线和多元Cox比例风险模型分析结果一致提示，≥75岁高龄患者的生存率显著降低。

在患者入院时的胸部影像学表现方面，与普通型组相比，重型组和危重型组中多肺叶浸潤的患者比例更高，危重型组中胸腔积液的患者比例也更高（分别为3.1%和18.0%，P<0.05）。动态随访上海市公共卫生临床中心收治的1例男性重症患者自入院、病情进展至临床好转的胸部CT表现，见该患者入院时双肺磨玻璃影逐渐扩大，而后进展至实变，在起病19d后病灶开始逐渐被吸收，但起病29d后仍可见条索影残留。

结论 本研究收集并系统比较了476例不同严重程度的COVID-19患者的临床表现、影像学特征和重要相关检查指标值，发现重症和危重症患者合并症更多、各器官功能障碍和免疫功能受损更严重，危重症患者的病死率为41.1%。此外，高龄（≥75岁）是COVID-19患者死亡的危险因素，多肺叶浸润和胸腔积液则与病情进展有关。合并高血压的普通型患者中使用ARB或ACEI/ARB治疗的患者比例高于重型和危重型组患者。本研究结果为临床诊治方案优化提供了重要的参考，截至2020年9月他引已达177次。

原文链接：https：//www. atsj oumals.org/doi/10.1164/rccm.202002-0445OC

硫酸羟氯喹治疗普通型2019冠状病毒病（COVID-19）患者的初步研究

上海市公共卫生临床中心参与研究者：陈军（第一作者）、卢洪洲（通信作者）、刘丹萍（第二作者）、刘莉（第三作者）、徐庆年（第四作者）、夏露（第五作者）、凌云（第六作者）、黄丹（第七作者）、宋树丽（第八作者）、张丹丹（第九作者）、钱志平（第十作者）、李涛（第十一作者）、沈银忠（第十二作者）

发表期刊：《浙江大学学报（医学版）》

目的 评价硫酸羟氯喹治疗普通型COVID-19患者的疗效和安全性，为COVID-19的临床诊疗提供依据。

方法选取2020年2月6-25日在上海市公共卫生临床中心住院治疗的30例普通型COVID-19患者，1：1随机分配到试验组和对照组。对照组患者接受常规治疗，试验组患者在接受常规治疗的基础上还口服硫酸羟氯喹（400mg，1次/d，疗程5d）治疗。比较2组在治疗第7天时的咽拭子病毒核酸转阴率等指标值。

结果 在治疗过程中，试验组中有1例患者的病情进展至重症。治疗第7天时，试验组中有13例患者（86.7%）、对照组中有14例患者（93.3%）的咽拭子病毒核酸检测结果为阴性（P>0.05）。在2周的随访期内，所有患者的咽拭子病毒核酸检测结果均转为阴性，其中试验组患者咽拭子病毒核酸转阴时间为入院后的第4（1-9）天，对照组患者为入院后的第2（1-4）天，差异仍无统计学意义（P>0.05）。试验组患者体温在入院后的第1（0-2）天恢复正常，对照组患者体温在入院后的第1（0-3）天恢复正常。在影像学表现上，试验组中有5例患者（33.3%）、对照组中有7例患者（46.7%）在入院3d后的复查中显示病情进展，但所有患者在随后的复查中均显示病灶有所吸收。试验组中有4例患者（26.7%）、对照组中有3例患者（20.0%）出现一过性的腹泻和肝功能异常等不良反应（P>0.05）。

结论 目前，普通型COVID-19患者的预后较好，以病毒核酸转阴率、重症化率为主要终点的研究难以评价药物的疗效。后续研究需确定更合适的患者人群和研究终点，并充分考虑样本量等可行性问题。

原文链接：https：//kns.cnki.net/kcms/detail/33.1248.R.20200309.1507.006.html

上海地区新型冠状病毒肺炎患者的临床进展

上海市公共卫生临床中心参与研究者：陈军（第一作者）、朱同玉（共同通信作者）、卢洪洲（共同通信作者）、齐唐凯（第二作者）、刘莉（第三作者）、凌云（第四作者）、钱志平（第五作者）、李涛（第六作者）、李锋（第七作者）、徐庆年（第八作者）、张宇一（第九作者）、徐水宝（第十作者）、宋志刚（第十一作者）、曾毅刚（第十二作者）、沈银忠（第十三作者）、施裕新（第十四作者）

发表期刊：《Joumal oflnfection》（影响因子：4.842）

原文题目：《Clinical progression ofpatients with COVID-19 in Shanghai，China》

研究背景 目前关于新型冠状病毒肺炎（COVID-19）患者的研究多局限在流行病学特征和临床特征方面。本研究调查COVID-19患者的临床进展。

研究内容 回顾性分析上海市公共卫生临床中心2020年1月20日-2月25日收治的249例COVID-19确诊患者的临床资料。患者的中位年龄为51岁，其中126例（50.6%）为男性。患者从出现症状到被收治入院的时间为4（2-7）d。235例（94.4%）患者有发热症状，住院治疗16（12-20）d后共有215例（86.3%）患者出院。发热患者持续发热时间的估计值为10 （8-11）d，其中转入重症监护病房（ICU）患者的发热时间比未转入ICU患者明显更长（分别为31和9d，P<0.0001）。在出现症状后第7天，163例（65.5%）患者的肺部病灶进展，但其中154例（94.5%）患者在第14天时显示影像学表现改善。上呼吸道分泌物的病毒核酸转阴时间为11（10-12）d，其中ICU患者的病毒清除时间比非ICU患者明显延迟（P<0.0001）。多元逻辑回归分析显示，年龄（OR=1.06）和CD4T细胞计数（OR=0.55）是转入ICU的独立危险因素。

研究的亮点和意义 目前关于COVID-19患者的研究多局限于描述性研究，包括流行病学、血液学和影像学特征。本研究首次总结了COVID-19患者的临床进展。

研究的局限性 本研究患者多数尚在住院治疗中，最终的临床结局还待观察。本研究患者的新型冠状病毒核酸定量检测不是每日监测，患者实际的病毒核酸转阴时间可能更短。需对新型冠状病毒感染后的病程进行更多的动态观察和研究。

原文链接：https：//doi.org/10.1016/j.jinf.2020.03.004

新型冠状病毒肺炎（COVID-19）患者胸部CT影像学进的预测因素

上海市公共卫生临床中心参与研究者：杨宗国（第一作者）、陈晓蓉（通信作者）、时佳（第二作者）、何章（第三作者）、吕莹（第四作者）、徐庆年（第五作者）、叶晨（第六作者）、陈姼姼（第七作者）、汤伯宗（第八作者）、殷科珊（第九作者）、陆云飞（第十作者）

发表期刊：《Aging》（影响因子：4.831）

原文题目：《Predictors for imaging progression on chest CT from coronavirus disease 2019（COVID-19） patients》

目的 本研究拟评估COVID-19患者胸部CT影像学进展的潜在预测因素。

方法 收集并分析273例普通型COVID-19患者入院时的基线情况以及第1周内胸部CT影像学变化情况。以胸部CT影像学进展为结局指标，采用逻辑回归分析法分析其潜在的预测因素。

结果 影像学进展患者的平均年龄高于无影像学进展患者（分别为53.5和47.6岁，P=0.006）。影像学进展期患者的血清白细胞计数、血小板计数、中性粒细胞计数和酸性糖蛋白值均降低（P均<0.05），单核细胞计数增高（P=0.025）。影像学进展期患者的血尿素、肌酐、血清胱抑素C水平明显升高（P均<0.05），肾小球滤过率明显降低（P<0.001）。影像学进展期患者的单核细胞计数与淋巴细胞计数的比率（MLR）明显高于非影像学进展期患者（P< 0.001）。单变量和多变量逻辑模型分析显示，年龄、MLR、血清同型半胱氨酸水平和自发病到入院的时间是预测COVID-19患者入院第1周胸部CT影像学进展的危险因素（P均<0.05）。

结论 通过年龄、MLR、血清同型半胱氨酸水平和自发病到入院的时间可预测COVID-19患者入院第1周胸部CT影像学进展。

局限性 本研究以入院第1周胸部CT影像學进展为结局指标，随访时间短，未观察COVID-19患者的重症化率或病死率。本研究的样本量也小，需进行有更大样本量的前瞻性研究来证实其结果。

原文链接：https：//doi.org/10.18632/aging.102999

上海地区COVID-19患者凝血参数分析

上海市公共卫生临床中心参与研究者：邹颖（第一作者）、郭红英（共同第一作者）、卢洪洲（共同通信作者）、钱志平（共同通信作者）、张宇一（第三作者）、张正国（第四作者）、刘玉（第五作者）、王介非（第六作者）

发表期刊：《Bioscience Trends》（影响因子：1.553）

原文题目：《Analysis of coagulation parameters in patients with COVID-19 in Shanghai，China》

目的 收集上海地区303例新型冠状病毒肺炎（COVID-19）确诊患者入院时的凝血参数，并随访其中240例已痊愈出院患者的凝血功能变化情况，探讨凝血功能与病情的相关性。

方法 回顧性分析上海地区2020年1月20日-2月24日收治的303例COVID-19确诊患者、其中240例已痊愈出院患者的临床资料和凝血功能变化情况。按病情轻重程度将患者分为轻症（包括轻型和普通型）、重症（包括重型和危重型）2组，比较2组患者入院时的凝血功能，比较已痊愈出院患者入、出院时的凝血功能。采用SPSS 19.0软件对研究数据进行统计学处理。

结果 303例患者中有轻症277例、重症26例，与轻症组相比，重症组中男性居多（分别为49.8%和76.9%），以中老年人为主（中位年龄分别为50和65岁），合并慢性基础疾病的患者比例也高（分别为36.1%和73.1%）。303例患者中有209例（69.0%）入院时的凝血功能指标值异常，具体包括纤维蛋白原水平升高195例（64.4%）、D-二聚体水平升高129例（42.6%）、活化部分凝血活酶时间异常66例（21.8%）、凝血酶原时间延长56例（18.5%）、纤维蛋白原降解产物水平升高19例（6.3%）。比较两组患者入院时的各项凝血功能指标值后发现，重症组出现总的凝血参数异常的患者比例高于轻症组（分别为100%和66.1%），纤维蛋白原水平（分别为80.8%和62.8%）、D二聚体水平（分别为80.8%和39.0%）、活化部分凝血活酶时间（分别为34.6%和20.6%）、凝血酶原时间（分别为38.5%和16.6%）、纤维蛋白原降解产物水平（分别为19.2%和5.1%）异常的患者比例均高于轻症组。重症组患者的各项凝血功能指标值中位数均高于轻症组，如国际标准化比值（分别为1.04和1.01）、凝血酶原时间（分别为13.8和13.4s）、活化部分凝血活酶时间（分别为432和39.2s）、纤维蛋白原水平（分别为4.74和4.33g/L）、纤维蛋白原降解产物水平（分别为2.61和0.99μml）、D-二聚体水平（分别为1.04和0.43μg/ml），差异均有统计学意义（P均<0.05）。重症组纤维蛋白原水平>7.0g/L的患者比例显著高于轻症组（分别为19.1%和5.7%），D-二聚体水平>10ULN的患者比例也显著高于轻症组（分别为19.0%和3.7%），重症组患者的凝血功能紊乱程度更严重。比较已痊愈出院患者A、出院时的凝血功能指标值后发现，出院时的纤维蛋白原水平中位数降低（分别为442和3.82g/L）.活化部分凝血活酶时间缩短（分别为39.3s和37.0s），差异均有统计学意义（P均<0.05），但其余指标值间的差异均无统计学意义。

结论 COVID-19患者出现凝血功能障碍较为普遍，以纤维蛋白原和D-二聚体水平升高为主，且水平升高的幅度与病情轻重程度有一定相关性，临床上应予重视。随着病情好转，患者的纤维蛋白原水平和活化部分凝血活酶时间会较前有所恢复。

原文链接：https：//doi.org/10.5582/bst.2020.03086

对COVID-19进行实验室评估的方法

上海市公共卫生临床中心参与研究者：卢洪洲（第一作者、通信作者）

发表期刊：《Joumal of Medical Virology》（影响因子：2.021）

原文题目：《An evolving approach to the laboratory assessment of COVID-19》

摘要 由于新型冠状病毒肺炎（COVID-19）疫情在全球蔓延，应对该疫情的新型冠状病毒（SARS-CoV-2）感染的实验室检测能力也必须快速发展。本文介绍受巨大检测压力驱动发展的COVID-19的实验室检测方法和配套体系。本文主要介绍美国的检测方法，因为在中国和其他国家，关于SARS-CoV-2感染的检测，无论是分子诊断法，还是血清学酶联免疫吸附测定法或侧流免疫测定法，都已得到广泛使用。尽管商业检测已经可及，但是巨大的检测需求仍使检测供不应求。随着疫情逐渐趋缓，免疫力的血清学检测将成为接下来的主要问题，这将定义疾病状态，决定那些人可以复工。

研究的亮点和意义 本文系统介绍了SARS-CoV-2特定类型的分子检测、大规模高通量的分子检测、采集样本所用的咽拭子、核酸提取混合试剂装、逆转录混合试剂和血清学检测的发展现状和未来发展方向。

原文链接：https：//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7267292/

CT定量肺病变体积早期预测COVID-19患者重症化

上海市公共卫生临床中心参与研究者：刘峰君（第一作者）、施裕新（通信作者）、施楠楠（第六作者）、单飞（第八作者）、梅雪（第九作者）、宋凤祥（第十一作者）、卢洪洲（第十五作者）、朱同玉（第十六作者）

发表期刊：《Theranostics》（影响因子：8.579）

原文题目：《CT quantification of pneumonia lesions in early days predicts progression to severe illness in a cohort ofCOVID-19 patients》

目的 主要研究通过CT定量肺病变体积早期预测新型冠状病毒肺炎（COVID-19）患者重症化风险，为COVID-19诊治提供有价值的临床指标。

方法 本研究为回顾性分析，通过收集COVID-19患者第0天（入院时）和第4天（住院治疗中）的临床数据，利用人工智能自动计算处肺炎病变的三个定量CT特征，包括磨玻璃病变体积（PGV）、混合磨玻璃病变体积、实变体积（PCV）的百分比。同时，收集患者第0天和第4天的急性生理学和慢性健康状况Ⅱ（APACHE-Ⅱ）评分、中性粒细胞计数与淋巴细胞计数比值（NLR）和D-二聚体水平，采用逻辑回归分析和Cox比例风险模型预测28d内重症化的危险因素。

结果 134例患者中有19例患者重症化。第0天、第4天的CT影像学特征以及从第0天到第4天的CT影像学特征变化都具有预测能力。从第O天到第4天的CT影像学特征变化用于预测的结果最好（受试者工作特征曲线下面积=0.93，95%CI：0.87-0.99;一致性指数=0.88，95%CI：0.81-0.95）。PGV和PCV的危险比分别为1.39（95% CI：1.05-1.84，P=0.023）和1.67（95% CI：1.17-2.38，P=0.005）。根据年龄和性别调整的CT影像学特征，在第4天和从第O天到第4天的表现优于APACHE-Ⅱ评分、NLR和D-二聚体。

结论 应用CT定量分析肺部病变可早期、无创性地预测COVID-19患者的病情进展，为COVID-19治疗提供了一种有价值的预后指标。

原文链接：https：//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7196293/

抗病毒治疗对中国上海地区新冠肺炎（COVID-19）患者的疗效评价

上海市公共卫生临床中心参与研究者：石秀东（第一作者）、陆阳（共同第一作者）、施裕新（通信作者）、施楠楠（第五作者）、宋凤祥（第六作者）、单飞（第七作者）、陈郭超（第八作者）、宋朋睿（第九作者）

发表期刊：《Joumal of Medical Virology》（影响因子：2.021）

原文题目：《Evaluation of antiviral therapies for coronavirus disease 2019 pneumonia in Shanghai，China》

摘要 本研究旨在评价抗病毒药物对新冠肺炎（COVID-19）患者的治疗效果。研究将COVID-19確诊患者按治疗方案分为7组，评价信息包括年龄、性别、从发病到入院的时间、临床表现、入院时的各项检查指标值和住院时间。比较各组患者入院时和治疗5d后胸部CT影像学的变化情况，同时比较各组患者入、出院时的临床症状和各项检查指标值。结果显示，入院时，各组患者问的发病至入院时间、临床症状和主要检查结果均无显著差异。各组在治疗5d后和长期（近17d）住院治疗后肺炎消退的患者比例方面也均无显著差异。出院时，184例患者中有7例（4%）存在轻度咳嗽，而其他症状已消退。研究提示，将抗病毒药物纳入基于对症治疗的治疗方案对COVID-19患者病情改善没有显著的额外影响。出院时胸部CT影像学表现、临床症状和各项检查指标值间亦不完全一致。

本研究也存在一些局限性：首先，将治疗周期设定为5d，可能达不到最佳治疗效果;其次，未观察抗病毒治疗效果，因为没有进行病毒载量的定量检测;第三，未纳入CT影像学随访结果，而这可能影响治疗效果的评价。

原文链接：https：//onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jmv.25893

新冠肺炎相关的肝功能异常的临床特征

上海市公共卫生临床中心参与研究者：樊贞瑜（第一作者）、程计林（通信作者）

发表期刊：《Clinical Gastroenterology and Hepatology》（影响因子：8.549）

原文题目：《Clinical features of COVID-19-related liver functional abnormality》

研究背景 部分新型冠状病毒感染者中有肝功能异常表现。本研究描述了新冠肺炎相关肝损害的临床特征，为临床治疗提供参考。

研究方法 我们对148例连续确诊的COVID-19患者进行了回顾性单中心研究（女73例，男75例;平均年龄50岁）。患者于2020年1月20-31日在上海市公共卫生临床中心入院治疗。随访到2020年2月19日。对患者的临床特征、实验室检查、用药情况和住院时间进行分析。肝功能异常定义为丙氨酸氨基转移酶和天门冬氨酸氨基转氨酶、谷氨酰氨基转移酶、碱性磷酸酶和总胆红素水平升高。

研究结果 入院时，有55例（37.2%）患者发现肝功能异常，与肝功能正常组相比，肝功能异常组更常见高热（14.5%vs4.3%），P=0.027。肝功能异常组中男性多见，伴随有更高水平的降钙素原和C反应蛋白。两组患者住院前用药差异无统计学意义。入院后接受洛匹那韦/利托那韦治疗的患者更容易出现肝功能异常（57.8%vs31.3%）。肝功能异常患者较正常组住院时间更长（P=0.021）。

研究结论 新冠肺炎患者中常见肝功能异常，这部分患者的住院时间更长。新型冠状病毒可能造成肝损伤，入院后接受克洛匹那韦/利托那韦治疗的患者肝功能异常比例明显升高，因此需谨慎给药。

研究局限性 ①本研究为回顾性研究，截至研究终点部分患者仍在入院治疗，资料尚不完整。②本研究仅探寻了新冠病毒与肝功能异常之间的关系，不能证明其因果关系，仍需进一步研究其发病机制。

原文链接：doi：10.1016/j.cgh.2020.04.002

与SARS-CoV-2感染的临床结局相关的病毒和宿主因素

上海市公共卫生临床中心参与研究者：张小楠（第一作者）、凌云（共同第一作者）、易志刚（共同第一作者）、贾小芳（第七作者）、邬敏（第八作者）、徐水宝（第九作者）、陈军（第十作者）、王蔚（第十一作者）、徐明珠（第十七作者）、卢洪洲（通信作者）

发表期刊：《nature》（影响因子：42.778）

原文题目：《Viral and host factors related to the clinical outcome of COVID-2019》

摘要 根据WHO最新统计显示，截至2020年5月20日，全世界累计确诊病人超过490万，累计死亡病例超32万。COVID-19病人的表现可以从无症状携带、轻症到需要呼吸机甚至体外膜肺氧合（ECMO）维持生命的危重症患者，这其中的关键决定性因素仍然有待破解。同时，新型冠状病毒（hCoV-19）是否在传播过程中发生明显的基因突变，导致病毒毒力和传染性的改变，也急需进一步研究。公共卫生中心卢洪洲教授与设施主任陈赛娟院士领衔的联合攻关团队，收集了公卫中心在2020年1月20日-2月25日期间收治的326例患者标本，对病毒基因组变异、临床表现特点和免疫反应改变等数据进行了全面深度分析。

研究团队不断改进技术方法，高质量完成了112例新冠病毒基因组测序、组装和解析。基于病毒基因组序列的进化树分析发现，hCoV-19主要有两个分支（CladeⅠ和CladeⅡ）。已确认有华南海鲜市场接触史的6例患者均集中在其中一个分支中（CladeⅠ），而CladeⅡ患者无该接触史，提示COVID-19疫情的发生并不局限于华南海鲜市场。通过对疫情暴发的不同时间阶段和不同区域患者的hCoV-19基因序列（截至2020年3月初）变异特征的比较分析，从上海病例分离的病毒基因组中识别了169个碱基改变，其重复出现的突变与已公布的病毒序列一致，呈现较为稳定的进化过程，提示该病毒可能在疫情早期就已适应在人类宿主中传播。同时发现，hCoV-19两个分支的传播性、致病性和临床表现等方面无显著差异，未发现与COVID-19重症患者有显著相关的病毒变异序列。从临床和免疫学研究发现，COVID-19患者淋巴细胞明显减少，尤其是重症患者CD4+和CD8+T细胞呈显著进行性下降趋势，且炎性细胞因子IL-6和IL-8明显增高。COVID-19疾病发展严重程度的决定因素主要与患者年龄、基础疾病及淋巴细胞减少和相关的细胞因子风暴密切相关，为疾病向重症转变的关键预警因子。依据上述临床资料分析采取早期针对性干预措施，将有助于阻止疾病的进展。

原文链接：doi： 10.1038/s41586-020-2355-0

一种简单的运算模型：帮助早期鉴定具有重症化进展倾向的新冠肺炎患者

上海市公共卫生临床中心参与研究者：李强（第一作者）、张建良（第二作者）、凌云（第三作者）、李微霞（第四作者）、张晓雨（第五作者）、卢洪洲（通信作者）、陈良（通信作者）

發表期刊：《lnfection》（影响因子：3.04）

原文题目：《A simple algorithm helps early identification of SARS-CoV-2 infection patients with severe progression tendency》

研究背景 目前新冠肺炎呈全球流行，截至2020年8月1日，累计确诊人数超1700万，累计死亡人数超67万。及时鉴定出具有重症化进展倾向的新冠肺炎患者，将其及时转至高水平定点医院或重症监护室治疗，有助于合理分配医疗资源和最大可能挽救患者生命。

研究目的 本研究旨在建立一个简单的运算模型，以期在病程早期，帮助临床医师快速鉴定出具有重症化进展倾向的新冠肺炎患者，指导新冠肺炎的个体化、精准治疗。

研究方法 原始队列纳入322例新冠肺炎患者，通过单因素、多因素分析鉴定出新冠肺炎重症化进展的独立预测因素。基于独立预测因素，建立临床预测模型，并在纳入317例新冠肺炎患者的验证队列中检验预测效能。

研究结果 通过单因素、多因素分析发现：患者年龄（OR=1.061，P=0.028）、LDH（OR=1.006，P=0.037）和CD4+T淋巴细胞计数（OR=0.993，P=0.006）为新冠肺炎重症化进展的独立预测因素。基于独立预测因素、结合考虑相关性分析结果和临床使用的便捷度，建立新冠肺炎重症化进展预测模型：age-LDH-CD4=（age×LDH）/CD4。在入组患者中，age-LDH-CD4模型的ROC曲线下面积（AUROC）显著高于单一的CD4+T淋巴细胞计数、LDH和年龄（分别为0.92、0.85、0.80和0.75）。在验证中，age-LDH-CD4模型的AUROC同样高于单一的CD4+T淋巴细胞计数、LDH和年龄。age-LDH-CD4模型≥82预测新冠肺炎患者重症化进展倾向的敏感性达81%，特异性达93%。

研究结论 age-LDH-CD4运算模型可在临床上快速鉴定出具有重症化进展倾向的新冠肺炎患者，有助于指导新冠肺炎患者的个体化、精准治疗。

研究局限性 ①该研究为单中心研究。②当前以后很多研究证实白介素-6（IL-6）与新冠肺炎患者重症化进展相关。由于该研究的目标队列中322例患者发病于新冠肺炎流行早期，当时尚不明确IL-6与新冠肺炎重症化进展的相关性，以至于相当一部分患者未进行IL-6检测。所以，该研究建立临床预测模型时，未纳入IL-6。

原文链接：https：//doi.org/10.1007/s15010-020-01446-z

对于新冠病毒的认识：我们知之甚少

上海市公共卫生临床中心参与研究者：张永振（第一作者、通信作者）

发表期刊：《CelI》（影响因子：38.637）

原文题目：《The novel coronavirus outbreak： what we know and what we don't》

摘要 2019年12月，中国湖北省武汉市出现了严重的呼吸道传播疾病。截至2020年2月上旬，已报道至少有28088例确诊病例和24702例可疑病例，并且至少有564例死亡。更为不幸的是，这种疾病已经在全球蔓延。这种现被称为SARS-CoV-2的新型冠状病毒，迅速被中国科学家首次鉴定并公布出来。尽管我们知道自然界中的病毒具有不可预测的遗传多样性，但是新冠病毒的暴发也进一步指出：在预测何时、何地以及如何引起新型致病性的病原体方面，仍存在很大的不确定性。

系统进化树分析表明，新型冠状病毒（SARS-CoV-2）与一组SARS样冠状病毒极为接近。但是，目前尚不清楚该病毒来自何处以及其如何首次传播给人类。迄今为止，我们还没有在动物中发现与人类相同的SARS病毒，这与其他通过动物媒介传播的病毒（例如汉坦病毒和沙粒病毒）不同。幸运的是，SARS病毒自2004年以来就没有在人类中出现过;相反，这种新病毒似乎具有更强的人际传播能力。相比于在人间传播的主要病毒来说，我们对这种新型冠状病毒是否发生了改变、发生了什么样的改变、如何发生的改变及这些变化对病毒在人间流行的影响仍知之甚少。并且如果被感染的个体没有临床症状，那么在中国和其他国家，该病的控制和预防就尤其困难。

原文链接：doi： 10.1016/j.ce11.2020.02.027.

基于深度学习算法模型在高分辨率CT中识别COVID-19初步研究

上海市公共卫生临床中心参与研究者：杨舒一（第一作者）、单飞（通信作者）

发表期刊：《Annals of translational medicine》（影响因子：3.297）

原文题目：《Deep leaming for detecting corona virus disease 2019 （COVID-19） on high-resolution computed tomography：apilot study》

研究目的 评价在高分辨率CT图像中采用DenseNet算法识别COVID-19肺部病灶能力，为临床诊治提供依据。

研究方法 295例受试者纳入本研究，其中健康受试者149例、COVID-19患者146例;将所有受试者随机分为3组，其中训练集135例（健康受试者69例、COVID-19患者66例），验证集20例（健康受试者10例、COVID-19患者10例），测试集140例（健康受试者70例、COVID-19患者70例）。训练基于DensNet算法模型用以自动识别COVID-19患者的CT图像。同时，一名放射诊断医师盲法评价所有测试集图像并复核模型误诊病例。评价模型诊断效能采用受试者工作曲线（receiver operating characteristic curves，ROC）的曲线下面积（area under the curves，AUC），同时评价模型与放射诊断医师诊断敏感度、特异度和准确性。

研究结果 基于DenseNet算法模型在验证集中AUC值为0.99（95% CI：0.958-1.0），在测试集中为0.98（95%CI：0.972-0.995）。模型阈值定为0.8，在验证集和测试集，准确性分别为95%、92%，敏感性分别为100%、97%，特异性为90%、87%，F1值分别为95%、93%。放射诊断医师诊断敏感性为94%，特异性为96%，准确性为95%。

研究结论 采用DenseNet深度学习方法可以在高分辨率CT图像中准确识别COVID-19，AUC可达到0.98，可有效减低漏诊率和诊断医师工作负担。

原文链接：doi：10.21037/atm.2020.03.132

国产JAK抑制剂Jaktinib存在治疗新冠肺炎细胞因子风暴的可能性

上海市公共卫生临床中心参与研究者：孟现民（第一作者）、凌云（第二作者）、张莉（第三作者）、张倩（第四作者）、董平（第五作者）、朱同玉（第七作者）、卢洪洲（通信作者）

发表期刊：《BioScience Trends》（影响因子：1.553）

原文题目：《Potential forj aktinib hydrochloride to treat cytokine storms in patients with COVID-19》

摘要 严重急性呼吸综合征冠状病毒2型（SARS-CoV-2）感染已成为对全世界的严重公共卫生威胁，目前感染人数仍在急剧上升。多项研究证实，细胞因子风暴在导致一个病例从轻度恶化到重度或危重中起着关键性的作用。目前细胞因子风暴的治疗手段有限，因此国际医学界正着力于寻找一种具体有效的补救措施。Jaktinib是一种广谱JAK抑制剂。它可以通过多种机制抑制细胞因子诱导的免疫激活，也可以通过抑制AAK1减缓病毒增殖，而不会引起不可接受的毒性。Jaktinib有可能成为治疗新冠肺炎细胞因子风暴的有效药物。

人类现在在全球范围内面临SARS-COV-2感染风险。目前还没有确定的特异性治疗方法可以抑制新冠肺炎（COVID-19）患者的细胞因子风暴，因此有效的治疗应该是重中之重。新药或疫苗不可能很快开发出来，但现有创新药物的潜力可以作为一个合理的替代方案进行探索。Jaktinib作为一种广谱JAK抑制剂，可通过抑制IL-6、IL-2、IL-1、粒细胞一巨噬细胞集落刺激因子（GM-CSF）、IFN-γ等诱导的免疫活化，减轻细胞因子风暴。此外，Jaktinib有可能通过抑制AAKI活性来抑制体内SARS-CoV-2的增殖。对于因细胞因子风暴导致病情从轻度恶化至重度或可能危及生命的患者，Jaktinib可能在抑制细胞因子风暴和病毒复制中发挥双重作用，这可能潜在延迟或逆转疾病进展，从而降低新冠肺炎的病死率。

原文链接：doi： 10.5582/bst.2020.03106

嗅觉和味觉功能障碍作为成人和儿童COVID-19患者的早期识别依据：一项国际多中心研究

上海市公共卫生临床中心参与研究者：仇成豪（第一作者）、卢洪洲（通信作者）

发表期刊：《Otolaryngology Head and Neck Surgery》（影响因子：2.341）

原文题目：《Olfactory and gustatory dysfunction as an early identifier of COVID-19 in adults and children： an intenationalmulticenter study》

研究目的 主要评价冠状病毒病-2019（COVID-19）患者嗅覺和味觉功能障碍的患病率及特点。

研究设计 一项国家多中心研究。5家三级医院（中国3家，法国1家，德国1家）同时开展研究。

研究方法 共筛选出394例经聚合酶链反应（PCR）确诊的COVID-19阳性患者，并且其中有嗅觉、味觉功能障碍的患者被纳入研究。收集并分析人口统计学、COVID-19严重程度、患者预后、嗅觉和/或味觉功能障碍的发生率和程度等数据。分别采用嗅觉障碍问卷（QOD）和视觉模拟量表（VAS）对嗅觉和味觉功能障碍进行量化。1家医院（上海）所有无主观嗅觉主诉的受试者，均接受了客观测试。

研究结果 在筛选出的394名受试者中，有161人（41%）报告了嗅觉和/或味觉功能障碍并被纳入研究。在中国人（n=239）、德国人（n=39）和法国人（n=116）组中，嗅觉和/或味觉障碍的发病率分别为32%、69%和49%。研究对象的平均年龄为39岁，161人中有92人（57%）是男性，有10人（6%）是儿童。在被纳入的受试者中，10%的人只有嗅觉或味觉症状，19%的人在其他COVID-19症状之前有嗅觉和/或味觉症状。在有客观嗅觉测试的受试者中，90人中有10人虽然报告主观嗅觉正常，但化学感觉功能异常。43% （44/102）的随访对象在嗅觉或味觉方面有症状改善。

研究结论 嗅觉和/或味觉障碍可能是严重急性呼吸综合征冠状病毒2新冠病毒感染的早期或孤立症状。它们可以作为一种有用的额外篩查标准，特别是用于识别感染早期阶段的患者。

原文链接：doi：10.1177/0194599820934376

达芦那韦/考比司他治疗COVID-19的抗病毒活性和安全性

上海市公共卫生临床中心参与研究者：陈军（第一作者）、夏露（第二作者）、徐庆年（第三作者）、黄丹（第四作者）、黄威（第五作者）、宋树丽（第六作者）、徐水宝（第七作者）、沈银忠（第八作者）、卢洪洲（通信作者）

发表期刊：《Open Forum Infectious Diseases》（影响因子：3.656）

原文题目：《Antiviral activity and safety of darunavir/cobicistat for treatment of COVID-19》

研究背景 达芦那韦/考比司他作为HIV-1的蛋白酶抑制剂，其治疗COVID-19的抗病毒疗效尚不清楚。

研究内容 本研究为一单中心、开放标签的试验，将确诊的轻症新冠患者随机分到达芦那韦/或考比司他5d治疗联合干扰素α-2b或单用干扰素α-2b组。主要研究终点为随机第7天口咽拭子的病毒学清除率。结果显示自2020年1月30日至2020年2月6日，共招募30例患者，其中男性18例（60%），年龄为（47.2±2.8）岁。招募时63.3% （19/30）有发热症状，46.7%（14/30）有咳嗽症状。患者出现症状到进入随机分组的时间间隔为4d（2-5）。随机第7天，联合治疗组和单用干扰素α-2b组的病毒转阴率分别为46.7%和60%（P=0.72），随机第3天时两组的病毒转阴率都是20%，但在随机第5天，联合治疗组的病毒转阴率增加到26.7%，而单用干扰素α-2b组的病毒转阴率仍为20%。随机第14天，联合治疗组的1例患者转为危重，而单用干扰素α-2b组的患者都很平稳（P=1.00）。两组闹发生不良事件的频率相当。

研究亮点和意义 本研究为第一项关于达芦那韦/考比司他治疗新冠患者的随机对照临床试验，并得出达芦那韦/考比司他并不能加速病毒学清除。

研究局限性 本研究样本量较小，且纳入的患者权威轻症患者。

原文链接：doi： 10.1093/ofid/ofaa241

新型冠状病毒肺炎治疗药物监测研究进展

上海市公共卫生临床中心参与研究者：邢亚茹（第一作者）、尹林（第二作者）、石慧春（第三作者）、卢洪洲（第四作者）、张丽军（通信作者）

发表期刊：《生命科学研究》

摘要自2019年12月我国武汉发现了新型冠状病毒肺炎患者以来，截至2020年3月14日，我国累计确诊病例有81026例，死亡3194例，全球累计145749。目前针对该病的治疗均是老药新用，然而在新的适应证中所有这些药物的药代动力学参数均缺乏。且抗病毒/抗菌药物均有其两面性，药物浓度低时不能起到抑菌作用，高时有毒副作用。因此开展治疗药物监测成为抗病毒/抗茵治疗的有效的个体化用药手段。本研究对新冠患者使用的替考拉宁、万古霉素、地高辛、羟氯喹、阿比朵尔、克立芝的治疗药物监测进行综述，包括各药在其适应证患者中治疗药物监测进展，开展监测用的分析方法、有效/中毒浓度范围，以及笔者在新冠患者中进行的治疗药物监测情况简介。本研究综述的数据将能为各医院开展这些药物的治疗药物监测提供方法学的支持，缩短方法开发的时间，为新冠患者的个体化用药提供理论依据。

原文链接：doi： 10.16605/j.cnki.1007-7847.2020.03.001

新型冠状病毒肺炎药物治疗的研究进展

上海市公共卫生临床中心参与研究者：李俊（第一作者）、樊贞瑜（第二作者）、田成（第三作者）、程计林（通信作者）发表期刊：《传染病信息》

摘要2019年12月，中国以湖北省武汉市为中心暴发了一场新型冠状病毒导致的肺炎疫情，称为新型冠状病毒肺炎（coronavirus disease 2019，COVID-19）疫情。截至2020年3月1日24时，据我国31个省（自治区、直辖市）和新疆生产建设兵团报告，累计确诊病例80 026例，中国港澳台地区确诊148例。目前，COVID-19无特效抗病毒药物或疫苗，治疗药物的选择主要是基于既往严重急性呼吸综合征、中东呼吸综合征及其他一些流感病毒的治疗经验。瑞德西韦、氯喹、法匹拉韦、恢复期血浆在临床上初见疗效，但其安全性和疗效，还须要大样本量进一步验证。利巴韦林、洛匹那韦/利托那韦、干扰素-α、阿比多尔联合应用，应注意其不良反应，慎重选择。达鲁那韦目前还停留在体外实验阶段，中医辩证治疗还须进一步验证。本文围绕目前临床上治疗COVID-19药物的研究进展进行综述，为COVID-19治疗提供参考。

原文链接：doi： 10.3969/j.issn.1007-8134.2020.03.017

中国上海市收治的新冠肺炎发病人群流行病学特征及病情转归的临床进程

上海市公共卫生临床中心参与研究者：沈银忠（第一作者）、郑方（第二作者）、孙丹凤（第三作者）、凌云（第四作者）、陈军（第五作者）、李锋（第六作者）、李涛（第七作者）、钱志平（第八作者）、徐庆年（第九作者）、刘莉（第十作者）、黄琴（第十一作者）、单飞（第十二作者）、徐烈（第十三作者）、吴珺（第十四作者）、朱召芹（第十五作者）、宋志刚（第十六作者）、李申扬（第十七作者）、施裕新（第十八作者）、张建良（第十九作者）、吴雪韵（第二十作者）、卢洪洲（通信作者）、朱同玉（通信作者）

发表期刊：《Emerging Microbes&Infections》（影响因子：5.776）

原文题目：《Epidemiology and clinical course of COVID-19 in Shanghai，China》

研究目的 该研究描述了上海市收治的新冠肺炎发病人群流行病学特征及病情转归的临床进程，为城市防控输入性传染病提供了理论和实践参考。

研究方法 研究人员对上海市（复旦大学附属）公共卫生临床中心在2020年1月20日-2月29日期间收治的325例新冠肺炎患者的流行病学和临床资料进行了回顾性分析。

研究结果 研究发现公共卫中心新冠肺炎病例收治在1月29日-2月5日之间达到高峰，患者中位年龄为51岁（范围为15-88岁;IQR36-64），20%的患者年龄超过65岁，52%的患者为男性。超过一半的病例（57.2%;186/325）是外省居民。发病前的14d内，近一半的患者曾去过武汉，另有1/3病例曾与确诊病例有接触。在涉及186例（57.2%）患者的67起聚集性病例中，有53起（79%）属于家庭聚集性病例，占所有病例的40.3%（131/325），3起是同事聚集性病例，还有3起是家庭-同事聚集性病例。在所有病例中，有77.2%的患者发病时有发热，住院期间有发热的病例占16.0%，从无发热的病例占6.8%;有28.9%的病例有咳嗽表现;28.9%的病例有基础疾病，包括高血压（15.6%;51/325），糖尿病（7.1%;23/325）和冠心病（3.4%;11/325）。6.2%的患者乙型肝炎病毒表面抗原阳性，3名患者丙型肝炎病毒抗体阳性，其中1名患者合并人类免疫缺陷病毒感染。从发病到首次就诊、入院、确诊和病毒核酸检测阳性的中位间隔时间分别为1d （IQR， 0-3d）、4d（IQR，2-7.5d）、4d（IQR，2-7d）和4d（IQR，2-7）d。从初诊到核酸检测阳性的中位间隔时间为2d（IQR，1-4d）。入院时，出现淋巴细胞减少的患者占69.8%，D-二聚体升高者占38.8%。胸部CT扫描提示97.5% （314/322）的病例有肺炎表现。从发病到鼻咽拭子核酸检测转阴的中位时间为8d。使用糖皮质激素的轻症患者血液和粪便中的病毒转阴时间更长。重症患者占8%，发病至进展至重症和危重症的中位时间分别为8d和10.5d。一半患者需吸氧治疗，而7.1%的患者需要高流量吸氧。本研究时段内患者病死率为0.92%，发病至死亡的平均时间为16d;从发病至出院的中位时间为20d。

研究结论 本研究描述了上海市新冠肺炎疫情的流行病学特点以及新冠肺炎疾病的病情进程与转归情况。研究结果提示上海市新冠肺炎疫情为输入性疫情，主要呈家庭聚集性发病;发病时多有发热，影像学上常表现为典型的病毒性肺炎表现，多累及双肺;病程中半数患者需要吸氧;发病至确诊和住院的时间间隔短，收治的患者大多数为属于轻症病例，提示大多数患者均处于疾病早期;疾病重症化常出现在发病后的1-2周。春节期间武汉“封城”有助于减少上海市输入病例数，有助于患者的早期发现和有效管理，进而阻止了疫情的社区传播。因此，快速识别感染者和有效的控制措施对于控制疫情以及阻止疫情社区传播至关重要。

原文链接：doi：10.1080/22221751.2020.1787103

四种临床指标组合预测对COVID-19患者进行重症与危重症预测

上海市公共卫生临床中心参与研究者：宋凤祥（共同第一作者）、施楠楠（第三作者）、刘峰君（第四作者）、李申扬（第五作者）、施裕新（通信作者）

发表期刊：《Joumal of Clinical Virology》（影响因子：2.777）

原文题目：《Combination of four clinical indicators predicts the severe/critical symptom of patients infected COVID-19》

研究背景 据世界卫生组织报道，尽管COVID-19的病死率不到3%，但重症/危重病例的病死率却很高。因此，症状出现之前筛查严重/危重病例可以有效节省医疗资源。

研究方法和材料 本研究中收集截至2020年3月12日上海336例COVID-19确诊患者，分为训练集和测试数据集。此外，还收集了220项临床和实验室指标，研究与重症危重症相关的指标，并建立预测模型。

研究结果 总共确定了与重症/危重症相关的临床指标36项。主要包括甲状腺素，免疫相关细胞和产物。支持向量机（SVM）联合年龄，GSH，CD3比率和总蛋白量的优化组合在区分重症/危重症病例有较好的效能。在训练集和测试数据集中，ROC曲线下的面积（AUROC）分别达到0.9996和0.9757。当使用截断值为0.0667时，训练集和测试集中的召回率分别为93.33%和100%。Cox多元回归分析和生存分析表明，聯合所选临床指标，该模型可以区分重症/危重症病例。

研究结论 该模型在预测严重/危重COVID病例方面是可靠且有效的。

原文链接：https：//doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104431

外周血嗜酸性粒细胞计数在COVID-19患者中的作用

上海市公共卫生临床中心参与研究者：卢洪洲（共同通信作者）

发表期刊：《Allergy》（影响因子：8.7）

原文题目：《The role of peripheral blood eosinophil counts in COVID-19 patients》

导读2019年底，一场突如其来的新冠疫情在武汉暴发，随后以迅雷不及掩耳之势席卷全球。大多数新冠肺炎患者的临床症状较轻，在早期与普通感冒难以区分;但在发病的8d中，近15%-20%的患者出现呼吸困难进而病情加重。因此，早期诊断，及时阻断新冠肺炎病情的重症化倾向，将有效降低新冠肺炎的病死率。

在新冠肺炎患者的实验室检查中，嗜酸性粒细胞的水平变化极少有人关注，本研究旨在研究外周血嗜酸性粒细胞（EOS）在新冠病毒感染过程中的变化趋势，分析EOS与新冠肺炎的诊断、病程及预后的关系。

研究方法 本研究选取了从2020年1月20日-2月20日上海市公共卫生中心收治的97例新冠肺炎患者（85例非重症和12例重症），以及同期在市第一人民医院发热门诊诊治的227例患者（12例确诊的新冠肺炎患者，24例疑似新冠肺炎患者，15例流感性肺炎患者，176例其他肺炎患者）进行了对比分析。主要从临床症状、实验室检查和影像学检查等方面，分析了新冠肺炎患者的EOS的变化趋势、不同程度的新冠肺炎患者中的表达水平。

研究结果 EOS计数对于新冠肺炎的确诊有重要的辅助意义。该中心收治的新冠肺炎患者中，绝大多数患者（71.7%）的EOS计数明显下降或消失;第一人民医院发热门诊诊治的患者中，确诊的新冠肺炎患者中有41.7%的患者EOS计数减低，其发生率明显高于疑似新冠肺炎、流感肺炎和其他肺炎患者.

EOS计数与新冠肺炎患者的确诊及重症化密切相关。入院时EOS计数低的患者更易出现发热、发力、呼吸急促等临床症状，且胸部CT和X线显示病情加重，其住院时间和病程校长。

EOS计数恢复提示新冠肺炎患者预后良好。从发病开始，新冠肺炎患者外周血中的EOS计数即明显下降，随着治疗的进程，EOS水平逐渐上升，并在第16天恢复至正常水平。而且，非重症新冠肺炎患者比重症患者的EOS水平恢复的更快。EOS计数恢复正常的时间（12d）与胸部CT的改善（13d）同步进行，却稍晚于體温恢复的时间（10d），但比核酸检测转阴的时间（17d）要早。

研究结论 外周血嗜酸性粒细胞计数可能是新冠肺炎患者的诊断、重症化监测和预后的有效指标。

研究局限性 本研究选取的重症化患者样本量相对较少，而且不能每天对患者进行实验室检查和影像学检查，所以这些数据不是连续检测的结果。

原文链接：doi： 10.1111/a11.14465

中国和意大利的角度分别评价COVID-19感染

上海市公共卫生临床中心参与研究者：陈军（第一作者）、卢洪洲（第二作者）、朱同玉（通信作者）

发表期刊：《Cell Death&Disease》（影响因子：6.304）

原文题目：《COVID-19 infection： the China and Italy perspectives》

研究背景 SARS-CoV2感染导致了COVID-19的全球大流行。自从2019年12月报道了第一例新冠确诊患者，尽管全球各国在应对新冠疫情做出很多努力，新冠疫情仍持续在全球蔓延，尤其是欧国、伊朗和美国。本综述对比评价了中国和意大利新冠患者的临床特征、治疗策略和临床管理，旨在将中国的经验和全球的努力相结合，为疾病的预防、基础研究、治疗和疾病的最终控制提供参考。

研究内容 总结了两国新冠患者的临床和实验室检测结果的特征、无症状感染者、诊断、治疗、细胞因子炎症风暴和相应处理、出院和随访、疾病防控。

研究亮点和意义 中国和意大利两国的新冠患者在重症和危重率、病死率相差甚大。在等待有效的抗病毒药物和疫苗时，目前的管理主要依赖于支持治疗。减少病死率最好的方法就是减少病毒间的传染。

原文链接：https：//doi.org/10.1038/s41419-020-2603-0

中国上海市输入性新冠肺炎病例的临床特点

上海市公共卫生临床中心参与研究者：刘旭辉（第一作者）、卢水华（第二作者）、陈军（第三作者）、夏露（第四作者）、杨宗国（第五作者）、杨扬（第七作者）、卢洪洲（通信作者）

发表期刊：《Emerging Microbes&Infections》（影响因子：5.776）

原文题目：《Clinical characteristics of foreign-imported COVID-19 cases in Shanghai，China》

摘要 作者通过横断面研究分析了上海市3月5日-3月22日之间收治的58例境外输入病例并进行了短期随访。病例主要的输入地包括英国（32.8%）、意大利（15.5%）、美国（15.5%）、西班牙（10.3%）等9个国家，这与3月份的全球疫情形势相符。病例年龄相对较轻，中位年龄仅29岁 （（IQR，20-44），81.3%的患者没有明确的接触史，从出现症状到确诊平均时间为3d。90%以上的患者都有临床症状，主要包括发热（50%）、咳嗽（41.4%）、咽喉部刺激症状（19%），头痛（10.3%）、腹泻（13.8%）以及乏力（10.3%），其中22.4%的患者没有发热或咳嗽症状。12.1%的患者存在慢性基础疾病。

随访至4月4日，大部分患者的疾病进展速度都相对缓慢，有7例患者需要氧气支持，有2例存在基础疾病的患者发展为重症病例但没有达到危重症标准。输入性病例发生危重症风险较低的原因可能与年龄较轻，合并症较少，以及早期积极的支持对症治疗等干预措施的实施有关。与国内报道的新冠肺炎病例相比较，输入性病例的临床症状普遍较轻，预后良好，目前看输入性病例重症化的风险相对较低，重症病例的出现与特定的危险因素（年龄、基础疾病）有关。

本研究初步明确了上海市境外输入性新冠肺炎病例的临床特征，可为制定新冠肺炎疫情的防控策略提供参考依据。

原文链接：https：//doi.org/10.1080/22221751.2020.1766383

从新冠感染者康复后外周血中成功分离获得多个特异性中和抗体

上海市公共卫生临床中心参与研究者：丁龙飞（共同第一作者）、徐建青（共同通信作者）

发表期刊：《Cell Report》（影响因子：8.109）

原文题目：《Human-IgG-neutralizing monoclonal antibodies block the SARS-CoV-2 infection》

研究背景 截至2020年9月1日，全球已经有25298875例新冠肺炎确诊病例，其中有847602例死亡病例，病死率高达3.35%。尽管中国已经很早就完全控制住了疫情，但国际疫情形式依然严峻，中国也承受着持续输入性病例的压力与挑战。当前，尽管疫苗研究如火如荼，也不断有新的令人振奋的研究数据出来，中国的多家疫苗产品也已经走到三期临床研究的阶段。但是，疫苗的有效性和安全性在短时间内还无法有确定性的证明。加之临床对应的治愈药物选择性有限，中和抗体的治疗仍然是一种有效的控制病毒感染的手段。

近一个世纪以来，康复者血清输入疗法已经在临床上针对多种重大病毒性传染病得到有效的探索与应用，尤其是针对新发、突发传染病，在没有药物治疗的情况下，在疫苗研发遥遥无期的情况下，血清（抗体）疗法是一种有效的救治策略。而血清中主要的抗病毒成分即是中和抗体，起到作用的抗体往往只是其中一种或几种强有力的单克隆抗体。因而，特异性的单克隆抗体的快速分离、获得、生产，将是未来对抗新发、突发、再发传染病的最为有效的“利器”。

研究方法 本研究从新冠感染者康复后外周血淋巴细胞中分离单个的病毒棘突蛋白抗原特异性的B细胞（抗体产生细胞），通过流式细胞术和蛋白荧光探针标记法提高了获得特异性B细胞的成功率。在实验室进行单个B细胞中特定抗体基因的扩增与克隆并测序，最终得到了上百条独一无二的抗体序列。

研究结果 实验室微量制备了几百种抗体，体外实验检测了这些抗体的特性，并最终筛选到接近10个较为优秀的单克隆中和抗体。其中有5个抗体中和SARS-CoV-2的能力达到IC50值小于10nm。研究团队在体外研究了所有抗体的特性，并鉴定了这些抗体识别的不同表位。大部分抗体识别表位均位于棘突蛋白RBD的不同区域，研究团队鉴定出了3种不同的RBD表位，另外还有3种抗体显示是非RBD表位。这些不同表位的单克隆抗体为临床上鸡尾酒疗法提供了可能性。

研究结论 抗原特异性的单个B细胞的抗体基因获得技术是目前最为快速的制备单克隆抗体的方法。从康复者体内分离到中和能力强的中和抗体，进一步证明了血浆疗法的理论正确性。对中和抗体的表位鉴定，又进一步推动了反向疫苗学的发展，诱导针对这些“病毒弱点表位”的疫苗设计，将有望提升疫苗研发的成功率。

研究局限性 获得单克隆抗体的技术理论上虽然快速，但实际研究过程种也是大海捞针。多个实验步骤都会降低钓取特异B细胞的成功率。并且后续单个抗体基因的扩增与克隆都将消耗很大的人力成本。如何将特异性单B细胞抗体基因测序实现高通量，高效的与二代测序、三代测序融合，将是未来需要克服的技术关卡。

原文链接：doi： 10.10166/j.celrep.2020.107918

冠病毒感染患者消化系统表现的研究进展

上海市公共卫生临床中心参与研究者：陈丽萍（第一作者）、李微霞（第二作者）、田成（第三作者）、程计林（通信作者）

发表期刊：《中华消化杂志》

摘要 目前可感染人类的冠状病毒（HCoV）共有7种，其中严重急性呼吸综合征冠状病毒（SARS-CoV）、中东呼吸综合征冠状病毒（MERS-CoV）和正在流行的2019新型冠状病毒（2019-nCoV）的危害性大、传染性强，这3种冠状病毒感染的患者多存在消化系统表现，故除呼吸系统外，消化系统可能是冠状病毒又一潜在的感染靶标。本文就SARS-CoV、MERS-CoV和2019-nCoV感染引发的消化系统症状及其相关研究进展加以综述，以加深临床医师对冠状病毒感染所致消化系统损害的认识，从而做到快速有效的诊疗。

原文鏈接：doi：10.3760/cma.j.issn.0254-1432.2020.02.003

新发突发传染病应急救治管理体系的应用

上海市公共卫生临床中心参与研究者：陈丽萍（第一作者）、李微霞（第二作者）、田成（第三作者）、程计林（通信作者）

发表期刊：《解放军医院管理杂志》

摘要 介绍上海市某三级甲等传染病医院总结历年来应对新发突发传染病实战经验，在管理理念、机制、模式等方面进行探索和创新，在国内率先建成“一核心、一基础、两特色”的新发突发传染病应急救治管理体系，有效提高医院应急医疗处置及快速反应能力，最大程度地预防和减少新发突发传染病疫情及其造成的损害。

原文链接：doi：10.16770/J.cnki.1008-9985.2020.03.004

轻型、普通型新冠肺炎患者的病程：比预期的时间持续的更长

上海市公共卫生临床中心参与研究者：陈丽萍（第一作者）、李微霞（第二作者）、田成（第三作者）、程计林（通信作者）

发表期刊：《Open Forum Infectious Diseases》（影响因子：3.656）

原文题目：《The course of mild and moderate Covid-19 infections-the unexpected long-lasting challenge》

摘要 评估轻型、普通型COVID-19患者的病程长短对于传播感染的风险、预防疾病传播政策制定的重要意义。研究对2020年1月21日至2月22日住院的331名国内COVID-19感染的患者进行了回顾性分析。331例患者中，轻型、普通型患者282例（85.2%），其中轻型6例（1.8%）、普通型276例（83.1%）;重型及危重型共49例（14.8%），其中重型33例（10%）、危重型16例（4.8%），危重型患者中死亡5例（1.5%）。研究主要对所有282例轻型和普通型COVID-19患者的流行病学资料、临床表现、胸部CT表现、实验室结果、治疗结局等进行统计分析。随访截至至3月24日，282例患者均已出院，结果提示轻型、普通型COVID-19患者有发热、咳嗽、胸闷、咳痰、乏力、头晕等任一不适症状的平均时间为（9.82±5.75）d（1-37d），从有不适症状出现到咽拭子、血液、大小便标本核酸均转阴的平均时间为（16.81±8.54）d（3-49 d）。234例（83%）患者在症状消失后（9.09±7.82）d（1-44 d），所有标本核酸才转阴。咽拭子核酸两次均转阴的患者中，有113例（40.1%）在第二次测得阴性核酸结果时出院，169例（59.9%）复查胸部CT提示肺部感染病灶较入院加重，在医院多住了（7.33±3.39）d（3-26d）才出院。282例轻型、普通型患者住院疗程为（16.24±7.57）d（2-47d），从出现症状时间至痊愈出院的时间间隔为（21.37±7.85）d（3-52d）。本研究结果提示即使轻型、普通型患者中很多没有症状，疾病的病程（从无症状到病毒转阴）仍可能持续相当长时间，咽拭子转阴后，粪便或其他部位标本仍可能阳性，所以咽拭子检测病毒在COVID-19晚期并不可靠。如果未获得痰标本，病毒检测阳性的时间会长于肺炎。高危人群中有肺纤维化倾向者需要后续随访跟踪检查。对新型抗病毒药物的研究应关注轻、中度COVID-19患者的具体需求。

原文链接：doi： 10.1093/ofid/ofaa286

上海地区494例COVID-19患者的临床症状特点分析

上海市公共卫生临床中心参与研究者：梅雪（第一作者）、张宇一（共同第一作者）、朱慧（共同第一作者）、凌云（第四作者）、邹颖（第五作者）、張正国（第六作者）、郭红英（第七作者）、刘玉（第八作者）、成星霞（第九作者）、刘敏（第十作者）、黄威（第十一作者）、王介非（第十二作者）、易志刚（通信作者）、钱志平（通信作者）、卢洪洲（通信作者）

发表期刊：《American Joumal of Infection Control》（影响因子：2.294）

原文题目：《Observations about symptomatic and asymptomatic infections of 494 patients with COVID-19 in Shanghai，China》

研究背景 SARS-CoV-2人群普遍易感，已造成COVID-19疫情全球大流行。人群中感染者的筛查仍主要依靠临床症状，然而不同人群的临床症状特点相关性研究有限。

研究目的 分析中国上海地区确诊COVID-19患者不同人群的临床表现及无症状感染者的临床特征。

研究方法 回顾性分析上海COVID-19定点医院2020年1月20日-2020年3月31日期间收治的494例确诊COVID-19的临床资料，比较不同人群中临床表现及无症状感染者的临床特征。随访日期至患者出院为止。

研究结果 ①494例COVID-19的患者中，266例为男性（53.8%），年龄范围为6-88岁，中位年龄为40（27-59）岁，其中<18岁为25例（5.06%），≥65岁患者为76例（15.38%），393例（79.55%）患者年龄为18岁至65岁之间（18≤年龄<65）。危重症30例（6.07%），输入性病例167例（33.81%）。所有患者发病天数中位数为4（2-7）d，住院天数中位数为16（12-21）d，发病后咽拭子核酸转阴天数中位数为13（8-18）d，外周血白细胞计数为5.00（4.03-6.28）x109/L，淋巴细胞计数为1.29（0.91-1.74）x109/L，415例（84.01%）患者CT存在异常。②494例患者中453例（91.7%）入院时存在症状，39例（7.89%）患者入院时无任何症状（包括31例（628%）住院期间全程无症状，8例患者住院期间出现症状）。203例患者（44.81%）出现了3个及3个以上首发症状。所有首发症状中发热（354例，71.66%）和呼吸道症状（91.7%）最常见，104例（21.05%）患者存在消化道症状，39例（7.89%）患者出现味觉嗅觉异常，3例（0.61%）患者出现皮疹，176例（35.63%）出现全身症状。415例（84.01%）患者CT提示异常。③有症状患者不同分层比较发现：A：男性患者呼吸困难症状比例显著高于女性（P<0.05）。B：儿童患者的症状最少，发热比例最低。但鼻塞流涕、咽痛、嗅觉、味觉异常比例显著高于成年患者（P<0.05）。老年患者出现发热、呼吸困难、乏力、纳差的症状比例最高（P<0.05），而无味嗅觉的异常。C：本地病例发热、胸闷、气促、乏力等症状显著多于输入性病例，而鼻塞流涕、咽痛、头痛、嗅觉味觉异常症状显著少于输入性病例（P<0.05）。D：重症患者出现胸闷、气促、呼吸困难症状比例显著多于轻症患者（P<0.05）。④31例无症状感染者年龄显著小于有症状患者，且输入性病例比例、白细胞计数、淋巴细胞计数水平高于有症状的患者，CT存在病灶的病例数少于有症状感染者（P<0.05）。⑤COVID-19患者症状消失的时间与性别、年龄无显著相关，而与流行病学史（输入性病例）、咽拭子核酸转阴天数、住院天数、发病天数、白细胞计数、淋巴细胞计数相关。

研究结论 91.7%的COVID-19患者早期存在症状，首发症状表现不一，发热和呼吸道症状最常见。7.89%的患者入院时无症状。年轻患者症状较少，以上呼吸道症状为主，病情较轻，多见于输入性病例。老年男性患者症状较重。患者的症状消失的时间与咽拭子核酸转阴时间密切相关。

原文链接：https：//doi.org/10.1016/j.ajic.2020.06.221

上海地区324例新型冠状病毒肺炎患者基线肝脏生物化学指标分析

上海市公共卫生临床中心参与研究者：钱志平（第一作者）、梅雪（第二作者）、张宇一（第三作者）、邹颖（第四作者）、张正国（第五作者）、朱慧（第六作者）、郭红英（第七作者）、刘玉（第八作者）、凌云（第九作者）、张晓雨（第十作者）、王介非（第十一作者）、卢洪洲（通信作者）

发表期刊：《中华肝脏病杂志》

研究目的 总结上海地区324例新型冠状病毒肺炎患者入院初肝功能生化指标的临床特点。

研究方法 回顾性分析2020年01月20日-2020年02月24日上海市公共卫生中心收治的324例新型冠状病毒肺炎患者的临床资料和基线肝功能生化指标，按照病情分为轻症（轻型及普通型）和重症（重型及危重型）患者两组，描述并比较两组的临床资料和基线肝功能生化指标差异。计量资料采用t检验和Wilcoxon秩和检验，计数资料采用频数和率表示，并进行卡方检验。

研究结果 324例新型冠状病毒肺炎患者中重症患者26例（8%），发病天数中位数为5d，21例患者乙肝表面抗原（HBsAg）阳性（6.5%），CT诊断为脂肪肝患者70例（21.6%）。324例患者基线ALT（27.86±20.02）U/L，AST（29.33±21.02）U/L，ALP（59.93±18.96）U/L，GGT（39.00±54.44）U/L，TBil（9.46±4.58）μmol/L，A1b（40.64±4.13）g/L，其中ALT大于正常上限（>ULN）占15.7%（51/324），ALT和AST均>ULN占10.5%（34/324），ALP>ULN占1.2%（4/324），ALP和GGT均>ULN占0.9% （3/324）。重症组与轻症组相比ALT、ALP、GGT差异无统计学意义，分别为（21.5vs26）U/L，P=0.093;（57vs59）U/L，P=0.674;（24vs28）U/L，P=0.101;TBil和A1b差异有统计学意义，分别为（10.75vs8.05）μmol/L，P<0.01; （35.79±4.75vs41.07±3.80）g/L，P<0.01。

研究结论 上海地区324例新型冠状病毒肺炎患者基线肝功能损伤比例较低且损伤程度轻，胆管细胞损伤少见。

原文链接：doi： 10.3760/cma.j.cn501113-20200229-00076

SARS-CoV-2/HBV合并感染患者的临床特征

上海市公共卫生临床中心参与研究者：陈丽萍（第一作者）、黄绍萍（第二作者）、杨敬貌（第三作者）、尚祉胤（第五作者）、卢洪洲（通信作者）、程计林（通信作者）

发表期刊：《Joumal of viral hepatitis》（影响因子：3.561）

原文题目：《Clinical characteristics in patients with SARS-CoV-2/HBV co-infection》

研究概要 COVID-19已經成为一种全球性的流行病，引起了国际社会的关注。虽然对COVID-19相关性肝损伤的临床特点进行了研究，但对新冠肺炎合并乙型肝炎病毒（HBV）感染患者的临床特点尚未见报道和研究。本研究旨在探讨SARS-CoV-2/HBV合并感染对肝功能及预后的影响。HBV合并感染20例（6.1%）和未感染者306例（93.3%）肝功能指标无明显差异。然而，与HBsAg患者[145.4mg/L（103.9-179.2）相比，HBsAg+患者的前白蛋白水平较低[（102.3mg/L（76.22-160.2），P=0.0367）。两组出院率及住院时间无显著性差异。

研究方案 本研究聚焦2020年1月20日至2020年2月24日上海市公共卫生临床中心收治的新冠肺炎患者326例，并随访至2月29日。进行回顾性的研究，诊断和出院的临床标准参照《新型冠状病毒感染性肺炎诊断和治疗方案》（试行第6版）标准。

数据收集患者的基本信息和临床特征，包括人口统计学，临床，实验室数据和住院时间。

统计分析 连续数据以平均值±标准差（SD），中位数和四分位间距（IQR）表示。采用独立样本t检验或Mann-Whitney U检验比较两组间的差异，分类变量用频数和百分数表示，并用卡方检验或Fisher精确检验进行比较。P<0.05判定为差异有统计学意义。统计分析软件Graphpad prism 6用于本研究的所有分析。

研究结论 综上所述，我们没有发现任何证据表明SARS-CoV-2/HB合并感染会加重肝脏损伤或延长住院时间。

局限性 我们的研究结果可能与SARS-CoV-2/HBV共感染患者的免疫状态有关。所有20例患者均为非活动携带者，且至少两年未接受抗病毒治疗。其他阶段HBV感染对COVID-19临床特征的影响尚需进一步研究。本研究为单中心回顾性研究。

原文链接：doi： 10.1111/jvh.13362

中度COVID-19患者气溶胶吸入治疗IFN-k加TFF2的安全性和有效性的临床试验研究

上海市公共卫生临床中心参与研究者：傅卫辉（第一作者）、刘艳（共同第一作者）、夏露（第三作者）、李敏（第四作者）、宋志刚（第五怍者）、胡辉亮（第六作者）、杨宗国（第七作者）、王琳（第八作者）、程晓博（第九作者）、王梅（第十作者）、蒋蓉蓉（第十一作者）、毛小婷（第十二作者）、陈军（第十三作者）、凌云（第十四作者）、张林（第十五作者）、严琎（第十六作者）、单飞（第十七作者）、张晓燕（通信作者）、朱同玉（通信作者）、徐建青（通信作者）、卢洪洲（通信作者）

发表期刊：《EClinicaIMedicine》

原文题目：《A clinical pilot study on the safety and efficacy of aerosol inhalation treatment of lFN-k plus TFF2 in patientswith moderate COVID-19》

研究背景 新冠病毒（SARS-CoV-2）的暴发给全球公共卫生带来了巨大的挑战。迫切需要新的、有效的干预策略来防治新发的传染病。

研究方法 我们根据研究方案进行了一项涉及中度COVID-19患者的开放标签、非随机性临床试验。患者按1：2的比例分配，除了接受标准治疗（实验组），还接受每48h连续3个剂量的IFN-k和TFF2的气溶胶吸入治疗或单独接受标准治疗（对照组）。终点为出院时间。本研究注册于chictr.org.cn，ChiCTR2000030262。

研究结果 从2020年2月1日到2020年4月6日，共有33名符合条件的COVID-19患者入组，11人被分配到IFN-K加TFF2組，22人被分配到对照组。研究结果显示，符合入组条件的33位受试者雾化给药后安全性良好，与对照组相比，IFN-k+TFF2新型雾化剂对COVID-19患者的病毒载量降低、CT显示的肺部炎症消散、咳嗽症状减轻及住院时间缩短等方面都显示较好的效果。这项探索性研究结果将支持进一步扩大受试患者数量，推进确证性研究的进一步开展。

原文链接：doi： 10.1016/j.eclinm.2020.100478

新型冠状病毒（SARS-CoV-2）在消化系统的研究进展

上海市公共卫生临床中心参与研究者：张亚军（第一作者）、樊贞瑜（第二作者）、李俊（第三作者）、田成（第四作者）、程计林（通信作者）

发表期刊：《中华医学杂志》

摘要 目前可感染人类的冠状病毒（human coronavirus，HCoV）共有7种，其中HCoV-229E，-OC43，-NL63和-HKUI在人群中较常见，这四种病毒感染可以导致免疫功能正常的宿主产生普通感冒样症状;而另外三种SARS-CoV、MERS-CoV及正在流行的新型冠状病毒（2019-nCoV）的危害性大、传染性强，可经过人与人传播，导致感染患者产生严重的急性呼吸窘迫综合征甚至死亡，很多患者存在消化系统异常，包括胃肠道症状及肝功能损伤，这些症状很可能与食道上皮、肠道上皮细胞、胆管细胞中高表达ACE2（2019-nCoV和SARS受体）相关。根据研究推测，消化系统可能是冠状病毒除了呼吸系统外，又一潜在的感染靶标，而消化道相关症状的有无及轻重可能在很大程度上取决于肠道内病毒载量的高低。因此，在高度关注呼吸道症状可疑2019-nCoV感染患者的同时，临床上也应同时警惕存在消化系统症状的患者，从而做到快速有效的诊断与治疗。

原文链接：doi： 10.3969/j.issn.1006-5709.2020.04.007

评估轻度新冠肺炎康复患者的临床特征与中和抗体水平的关系

上海市公共卫生临床中心参与研究者：吴凡（第一作者）、刘梅（第二作者）、陆路（第四作者）、王启敏（第五作者）、陈军（第七作者）、凌云（第十作者）、苟静娜（第十二作者）、朱同玉（第十六作者）、卢洪洲（第十七作者）、吴凡（通信作者）、黄竞荷（通信作者）

发表期刊：《JAMA Intemal Medicine》

原文题目：《Evaluating the association of clinical characteristics with neutralizing antibody levels in patients who haverecovered from mild COVID-19 in Shanghai， China》

研究背景 由新冠病毒（SARS-CoV-2）引起的冠状病毒病大流行对全球公共卫生构成严重的威胁。该病毒的临床特征与针对该病毒的中和抗体（NAbs）之间的关联尚未得到很好的研究。

研究方法 本研究纳入2020年1月24日至2月26日之间上海市公共卫生临床中心收治的175例轻型新冠肺炎患者（鼻咽拭子检查为阳性），出院后随访2周，共随访了117例康复患者。通过假病毒中和试验评估了175例轻型新冠肺炎患者的出院和随访时的血浆NAbs水平。

研究结果 175例新冠肺炎患者中，男性占47%，女性占53%，平均年龄50岁，平均住院时间为16d，平均病程为22d，所有患者入院时的症状都很轻微。入院后，对患者的血浆样本进行连续监测，发现NAbs在患者出现症状后第4-6d被检测到，并在第10-15d达到峰值。出院时，检测到175例康复患者血浆中的NAb水平差异较大。其中有10例患者未检测到NAbs滴度，52例患者NAb水平较低，29例患者NAb水平中低，69例患者NAb水平中高，23例患者NAb水平较高;有2例患者的NAbs滴度特别高，高于检测高限的8-10倍。在随访时，117例康复患者的中和抗体滴度明显下降。NAb滴度与患者的年龄呈正相关，且男性患者的中和抗体滴度明显高于女性患者。出院时，82例男性患者的NAb滴度显著高于93名女性患者;119例中老年患者的血浆NAb滴度显著高于56例年轻患者;有10例未检测NAbs滴度的患者均是年轻患者，并且大部分是女性。随访时，56例男性患者的NAb滴度显著高于61名女性患者。本研究进一步分析了NAb水平与临床表现的关系。研究发现，NAb滴度与患者年龄、入院时血浆C反应蛋白水平正相关，但与入院时淋巴细胞计数呈负相关。

研究结论 不同康复患者的中和抗体滴度差异较大。需要进一步的研究，从而了解新冠病毒特异性中和抗体水平对预防新冠病毒感染的影响。

研究局限性 ①由于样本有限，NAb滴度的动态变化仅连续检测了11例患者。②患者出院后随访2周，只有117例患者按时随访。③疾病持续时间从疾病发生到出院计算，比症状持续时间长。④重症和危重症患者因在样本采集前接受了被动抗体治疗而被排除在研究之外。

原文链接：doi： 10.1001/jamaintemmed.2020.4616

早期、低剂量、短疗程激素治疗非重症新冠肺炎患者的疗效评价

上海市公共卫生临床中心参与研究者：李强（第一作者）、李微霞（第二作者）、金银鹏（第三作者）、许伟（第四作者）、黄晨露（第五作者）、李莉（第六作者）、黄玉仙（第七作者）、傅青春（通信作者）、陈良（通信作者）

发表期刊：《Infectious Diseases and Therapy》（影响因子：4.307）

原文题目：《Efficacy evaluation of early， low-dose，short-term corticosteroids in adults hospitalized with non-severeCOVID-19 pneumonia：a retrospective Cohort study》

研究背景和目的 当前，新冠肺炎呈全球流行，尚无确切有效的治疗药物。新冠肺炎患者主要病理变化是进展性肺部炎症和弥漫性肺部渗出。激素具有抗炎、减轻渗出的作用，可能对新冠肺炎患者有治疗作用，然而，尚缺乏充分的临床研究评估。该研究旨在评估早期、低剂量、短疗程激素治疗非重症新冠肺炎患者的临床效果。

研究方法 该研究在回顾性新冠肺炎患者队列中，通过倾向评分匹配（propensity score matching，PSM），比较激素治疗组和标准治疗组（非激素治疗组）之间的差异。主要评估终点为：患者重症化比例和病死率。次要评估终点为：发热持续时间、病毒清除时间、住院时间和抗菌药物的使用。

研究结果 共计475例非重症新冠肺炎患者纳入该研究，其中55例接受早期、低剂量、短疗程激素治疗，420例接受标准治疗。同标准治疗组相比，激素治疗组患者具有更长的发热持续时间（中位数，5vs3 d，P<0.001）、病毒清除时间（中位数，18vs11 d，P<0.001）和住院时间（中位数，23vs15 d，P<0.001）。激素治疗组的抗细菌药物使用比例（89.1%vs23.6%，P<0.001）和抗真菌药物使用比例（7.3%vs0，P10.042）均显著高于标准治疗组。同标准治疗组相比，激素治疗组有更多的患者进展到重症（12.7%vs1.8%，P=0.028）。尽管激素治疗组病死率高于标准治疗组，然而两组之间病死率差异无统计学意义（1.8%vs0，P=0.315）。

研究结论 早期、低剂量、短疗程激素治疗不能改善非重症新冠肺炎患者的临床结局。

原文链接：doi： 10.1007/s40121-020-00332-3

上海地区的332例新型冠状病毒肺炎的肝功能动态变化及损伤因素的研究

上海市公共卫生临床中心参与研究者：郭红英（第一作者）、张正国（第二作者）、张字一（第三作者）、刘玉（第四作者）、王介非（第五作者）、钱志平（第六作者）、邹颖（第七作者）、卢洪洲（通信作者）

发表期刊：《Aging》（影响因子：4.831）

原文题目：《Analysis of liver injury factors in 332 patients with COVID-19 in Shanghai，China》

研究目标 评估分析了332例上海地区住院的新型冠状病毒肺炎的临床指标和肝功能的动态变化，同时分析了入院时及住院期间影响肝功能因素。

研究方法 回顾性的入组了2020年1月20日-2020年3月13日的332例患者，分析了入院时、住院期间、出院时、出院后2周肝功能动态变化。同时评估了其危险因素、使用药物对肝功能的影响。

研究结果 332例新型冠状病毒肺炎的患者，其中非危重组包括306例，危重组包括26例患者，从发病至住院中位时间为4.0d（2.0-8.0）d。332例患者中，入院时98例患者出现肝功能损害，234例患者肝功能正常，住院期間肝功能正常的患者又92例出现肝功能损害，共190例（57.2%）患者出现肝功能损害。出现转氨酶及胆红素升高的比例，危重组明显高于非危重组。患者的性别、重症、肝脏CT密度值降低这几种因素与肝功能损害明显相关（其OR值分别为：2.936、6.543和3.387）。分析入院时肝功能正常的234例患者，分为肝功能正常组和肝功能异常组，结果显示肝功能异常组使用洛匹那韦/利托那韦、激素、胸腺肽的比例高于对照组。同时统计患者住院期间肝功能动态变化发现，98例患者25例（25.5%）肝功能好转，但73例（74.5%）肝功能出现恶化。住院期间出现的92例肝功能损害的患者，41例（44.6%）出现肝功能好转，51例（55.4%）出现肝功能恶化。随访109例患者出院后2周肝功能，其中61.8%的患者丙氨酸氨基转移酶恢复正常。

研究结论和意义 新型冠状病毒肺炎患者虽然未发生严重的肝功能损害，但其非常普遍。男性患者、危重症患者、肝脏CT低密度值和肝损害的药物均是其危险因素。随着疾病的恢复，大部分患者肝功能亦随之逐渐恢复。但部分患者出院时，甚至出院后2周，肝功能仍未完全恢复正常，故临床医师应定期监测新型冠状病毒肺炎患者肝功能及避免使用肝损害药物，尤其对于重症患者。

原文链接：https：//doi.org/10.18632/aging.103860

新冠感染后中和抗体和T细胞反应的持久性

上海市公共卫生临床中心参与研究者：凌云（共同第一作者）、郭明权（共同第一作者）、卢洪洲（通信作者）

发表期刊：《Frontiers of Medicine》（影响因子：3.421）

原文题目：《Durability of neutralizing antibodies and T-cell response post SARS-CoV-2 infection》

研究背景 目前正在流行的新冠肺炎（COVID-19）是由一种新发现的β冠状病毒引起的，名为严重急性呼吸道综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）。感染SARS-CoV-2后触发的适应性免疫能持续多长时间，对于评估二次感染的可能性和疫苗接种的有效性具有至关重要的临床意义。

研究方法 本研究收集了17名诊断后6-7个月的COVID-19患者血浆样本，对其中的IgG抗体进行检查，并将结