张涵 丁雨琦 陈伟圣 金丽霞* 金怡
急性痛风性关节炎(AGA)是一种因嘌呤代谢紊乱而引起尿酸盐(MSU)沉积的关节炎症,沉积的尿酸盐结晶被核苷酸结合寡聚化结构域样受体蛋白3(NLRP3)识别后激活炎症信号通路,刺激机体产生炎症反应[1]。目前,分子对接技术应用于研究中药作用机制的报道屡见不鲜,通过结合结构生物学、计算机科学和网络药理学等学科的研究方法,建立物质-靶点-药效关系,发掘药物活性成分及疾病治疗位点,预测药物的多靶标作用及其脱靶效应[2]。2017年10月至12月作者通过动物实验,研究黄酮类单体药物白杨素对痛风性关节炎的作用机制,为治疗痛风性关节炎提供药物研究方向和治疗靶点。
1.1 实验动物ICR雄性小鼠SPF级40只,体重20g左右,上海BK公司,实验动物生产许可证号:SCXK(沪)2013-0016。
1.2 试剂与材料秋水仙碱(国家标准品物质);白杨素、尿酸钠(上海源叶生物科技有限公司);TNF-α试剂盒、RIPA裂解液、PMSF;兔抗Caspase-1多克隆抗体、兔抗NLRP3多克隆抗体(英国abcam公司);BCA试剂盒(南京建成生物工程研究所)。
1.3 仪器及软件XA205DU电子天平(瑞典METTLERTOLEDO公司);Multiskan酶标仪(美国Thermofisher公司);高速冷冻离心机、-80℃冰箱(ThermoFisher)、SDS-PAGEN凝胶垂直电泳槽(美国BIORAD公司);化学发光凝胶成像仪(美国Aplegen公 司);AccelrysDiscoveryStudio2.5、ChemBioOffice2010、PyMOL2.0.6、AutoDockTools1.5.6。
1.4 方法(1)分子对接数据建立:文献查找白杨素(Chrysin)结构式,于软件ChemBio3D中设置参数进行分子力场MM2、动力学模拟优化,并进行类药性质分析,建立分子对接配体。查询与NLRP3炎性体、痛风相关的报道,最终确定以NLRP3、caspase-1、ASC、pro-caspase-1、IL-1β、pro-IL-1β,6个NLRP3炎症通路传递蛋白为靶点,从RCSB数据库中筛选对应的人源受体靶蛋白[3],建立分子对接蛋白库,见表1。(2)蛋白预处理:采用软件DiscoveryStudio2.5预处理靶蛋白(PrepareProtein),包括清洁蛋白质、去除水分子等操作,处理完毕后导出为PDB格式存储,可得半柔性蛋白。(3)分子对接流程:使用软件AutoDock进行分子对接,导入预处理后的白杨素及经DiscoveryStudio2.5处理的靶点蛋白。参数文件准备:使用AutoGrid4.0进行能量格点计算,以靶点蛋白为中心坐标,设置GirdBox网格区域。使用AutoDock4.0搜索网格范围内对接区域,采用拉马克遗传算法(LamarckianGA4.2),每个小分子配体均设定得到20个构象,初始种群数设置为150,能量评定最大次数为2500000,其他参数选择默认值。分子对接计算:运行AutoGrid4.0进行格点中相关能量的计算,运行AutoDock4.0进行半柔性对接,对结果进行聚类分析,并将对接较好的蛋白构象导出至PyMOL,分析观察白杨素与NLRP3炎症信号蛋白的结合情况。(4)动物分组及处理:40只ICR雄性小鼠,随机分为正常组、模型组、阳性组和白杨素组,适应性培养1周后,于每天早上10点,以0.1ml/10g为注射量,腹腔注射为给药方式,正常组和模型组注射生理盐水,白杨素组和阳性组分别注射白杨素和秋水仙碱溶液,1次/d,连续6d总计6次。第4次给药即第11d时,给药前测量小鼠右后足掌厚度,给药1h后即第11天11点时造模:模型组、阳性组和白杨素组小鼠足掌底部注射0.05ml(250mg/ml)的尿酸钠造模建立AGA模型,正常组注射等量生理盐水,得急性痛风性关节炎小鼠模型。(5)药物对小鼠足掌关节炎症的影响:造模后4、8、12、24、48h分别进行小鼠足掌肿胀程度评估(肿胀度=测量时小鼠右后足掌厚度÷测量时小鼠左后足掌厚度)。(6)药物对小鼠TNF-α、Caspase-1、NLRP3、脏器指数的影响:末次足掌肿胀程度评估后,处死小鼠,摘眼球取血分离血清,采用酶联免疫吸附法测定血清中TNF-α含量,测定步骤按照试剂盒说明书;摘取肾脏组织称重计算脏器指数,以Westernblot检测肾脏组织Caspase-1、NLRP3蛋白含量。脏器指数(%)=(动物肾脏重量g)/(动物体质量g)×100%。
表1 人源受体蛋白信息表
1.5 统计学方法采用SPSS19.0统计软件。计量资料以(±s)表示,组间比较采用重复测量数据的方差分析。以P<0.05为差异有统计学意义。
2.1 白杨素与通路蛋白作用靶点分析以结合能和抑制常数为判断依据[4],对接结果中NLRP3(PYD区)、caspase-1的抑制常数分别为9.13、5.20,提示其与白杨素结合较好。PyMOL分析靶点结合情况,白杨素C5上的羟基与NLRP3第23位赖氨酸的羰基形成氢键;白杨素C7上的羟基即可与caspase-1肽链上第149位丝氨酸的羰基形成氢键,还可与第152位的异亮氨酸上的氨基形成氢键;由于白杨素与靶点蛋白之间的这些作用力,才使化合物可以与靶标紧密结合,从而抑制其作用,产生药效,提示白杨素作用靶点为NLRP3炎症通路中的NLRP3和caspase-1蛋白,作用机制为阻断NLRP3N端PYD区域募集ASC以及改变caspase-1蛋白的正常生理活性,中断信号传递,防治痛风性关节炎。见表2。
表2 白杨素-受体蛋白对接结果及白杨素-受体蛋白氢键相关信息表
2.2 白杨素对小鼠足掌关节炎症的影响与正常组比较,模型组足掌肿胀程度明显升高(P<0.01),表明造模成功。与模型组比较,12h后白杨素组和阳性组肿胀程度降低(P<0.05),24h后白杨素组和阳性组肿胀程度明显降低(P<0.01)。见表3。
表3 小鼠足掌肿胀程度(±s)
表3 小鼠足掌肿胀程度(±s)
注:与模型组相比#P<0.05;##P<0.01
组别 4h 8h 12h 24h 48h正常组 1.08±0.056 1.06±0.107 1.04±0.045 1.05±0.041 1.04±0.040模型组 1.93±0.134 2.12±0.165 1.85±0.181 2.04±0.204 2.05±0.215阳性组 1.60±0.275 1.77±0.126## 1.63±0.142# 1.48±0.087## 1.30±0.025##白杨素组 1.70±0.163 1.81±0.173 1.65±0.230# 1.66±0.069## 1.65±0.107##
2.3 白杨素对小鼠TNF-α、脏器指数的影响各组小鼠脏器指数发现,相对于模型组,正常组和白杨素组差异均有统计学意义(P<0.05)。见图1。
图1 白杨素对小鼠脏器指数、TNF-α表达的影响
2.4 白 杨 素 对 小 鼠 肾 脏NLRP3、caspase-1的影响与正常组比较,模型组小鼠肾脏NLRP3、Caspase-1蛋白量升高(P<0.01),提示造模成功;与模型组比较,给药组小鼠肾脏NLRP3、Caspase-1蛋白量降低(P<0.01)。见表4。
表4 白杨素对小鼠肾脏NLRP3、Caspase-1表达的影响(±s)
表4 白杨素对小鼠肾脏NLRP3、Caspase-1表达的影响(±s)
注:与正常组比较,*P<0.01;与模型组比较,#P<0.01
组别 NLRP3 Caspase-1正常组 0.41±0.01 0.12±0.01模型组 0.93±0.01* 0.55±0.02*阳性组 0.48±0.02# 0.15±0.01#白杨素组 0.59±0.02# 0.2±0.03#
NLRP3作 为 一 种NOD样 受 体(NODlikereceptors,NLRs)由LRR-NACHT-PYD(NALP3)三部分组成,在巨噬细胞、单核细胞和中性粒细胞中大量表达,可作为模式识别受体(PRR)在炎症通路中起启动作用,沉积的MSU被NLRP3C端的富亮氨酸区(LRR)识别,N端的热蛋白结构域(PYD)则与相关凋亡点样蛋白(ASC)N端的PYD区相结合,而ASC的C端与半胱天冬酶(caspase)的CARD相结合,从而形成复杂的NLRP3炎性体,并在三磷酸腺苷(ATP)的作用下寡聚化,活化capase-1,酶解pro-IL-1β释放成熟的IL-1β介导炎症激活体内炎症因子的表达。
炎性体LRR区域不仅可在识别病原相关分子模式(PAMPs)后激活NLRP3炎性体,还与线粒体代谢有关:烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸氧化酶(NADPH)作用下产生的大量ROS使硫氧还蛋白相互作用蛋白(TXNIP)游离,并与NLRP3的LRR区结合,激活炎性体[5],抑制LRR区正常活性可中断NLRP3炎性体活化,而在LRR活化后,热休克蛋白90(HSP90)、泛素连接酶相关蛋白SGT1(SGT1)脱离NLRP3[6],使NACHT寡聚化结构域暴露,在ATP聚合作用下发生寡聚化,刺激PYD募集Caspase-1,通过酶解pro-IL-1β产生IL-1β炎症因子,同时体内被活化的免疫细胞可将胞内ATP转移至细胞间隙激活嘌呤能离子通道型受体7(P2X7R),促进IL-1β、IL-18、IL-6及肿瘤坏死因子(TNF)-α等的释放,激活多条胞内信号通路[7],与药物治疗研究过程中发现痛风性关节炎模型小鼠不仅caspase-1蛋白浓度明显升高,TLRs/NF-κB通路、MAPK、氧化损伤等机制也被激活的相关报道一致[8-9],不仅提示白杨素可能具有多靶性,也指出P2X7可作为痛风治疗研究靶点,现有文献报道黄酮类化合物因其独特的结构而具有抗炎抗氧化能力,发现如果A环上的C-5,7位均有羟基取代时,有利于抗氧化活性,并会对细胞的增殖、分泌以及细胞的相互作用产生影响,产生强烈的抗炎作用[10],现有研究也证明白杨素具有抗氧化损伤的作用[11],而NLRP3炎性体具有双重性,既可介导正常的生理反应,保护机体,也可放大炎症效应,因此在对NLRP3炎性体过程中要避免影响其正常生理活性[12]。
分子对接方法均通过构象搜索和能量评估两个阶段,对已知结构的配体和蛋白质的结合模式及结合自由能进行预测[13]。在构象搜索中,全局搜索算法和启发式搜索算法的应用最为广泛,前者采用刚性的对接模式,虽然可加快对复合物全局的位点搜索,但并不适合配体与蛋白质未知结合部位的研究;后者为AutoDock、Vina、GOLD、Glide等常用软件的算法,研究范围局限于结合位点附近,但是将柔性对接纳入考虑范围,准确性更高;此外,进行能量评估的打分函数也有不同的特点,因此合适的计算模式,可提高对接研究的可靠性。