NGS panel技术实现精准检测

文/本刊记者 郭潇雅

NGS panel技术提升了学科在遗传代谢性肝病方面的诊断识别能力，也为患者得到及时诊治提供了新的手段。

17岁的小张因青春期第二性征不发育，生长迟滞，身材矮小，多年来辗转多家医院未得到诊治。在陆军军医大学西南医院（以下简称“西南医院”），小张被确诊为慢性乙肝。在一次复诊时，西南医院感染病科门诊医师敏锐地发现小张存在肝大、脂肪肝、高尿酸血症、血糖偏低、肝脏多发占位等伴随症状和体征，通过完善的影像学检查、肝组织病理、基因测序等检查，明确了患者肝细胞内大量糖原沉积，确诊为肝糖原累积病（GSD）。

GSD为单基因突变所致的遗传性肝病，有9个致病基因7个亚型，早期遗传筛查确定亚型至关重要。基因检测对于遗传代谢性肝病的快速筛查和亚型识别具有优势，但由于涉及的基因数量多且存在较高的遗传异质性和表型异质性，遗传诊断极具挑战性。

为此，西南医院感染病科采用NGS panel检测新技术，发现小张G6PC基因外显子5号上存在经典的c.G648T(p.L216L, NM_000151)纯合变异，将表型明确为GSD Ia亚型。随后，通过口服“生玉米淀粉”这一唯一有效的精准治疗，使小张的病情在一年内得到极大改善，身体开始生长发育，一年内长高17cm，第二性征也开始显现。西南医院感染病科门诊医师告诉记者，该案例参加中华医学会肝脏病学分会举办的全国肝病疑难与经典病例巡展获得了总冠军。

NGS panel是一套基于高通量测序的遗传代谢性肝病精准检测新技术，相关成果发表SCI文章2篇。南方医科大学基础医学院教授徐湘民认为，与传统检测方法相比，NGS突变检测技术可显著提高疾病的检出率，具有明显的技术优势。

西南医院感染病科教授邓国宏表示，遗传代谢性肝病是一类由于遗传性酶缺陷引起的肝脏代谢障碍性疾病。它的种类繁多，就单一病种而言，发病率并不高，但总体发病率却不容忽视。代谢性肝病临床表现缺乏特异性，使得临床表现更加复杂，诊断较为困难，容易造成漏诊和误诊。据文献报道，30%以上的遗传代谢性疾病要经过5～10位医生的诊治；48.3%的患者被误诊为其他疾病，误诊时间长达5年或更长。因此，如何快速、精准识别和分型是遗传代谢性肝病的重要研究内容。

43个

NGS panel包含了43个明确的致病基因、覆盖目标基因的703个外显子区共计116.8kb靶区域。

在邓国宏的带领下，科研团队历时两年，克服遗传代谢性肝病亚型各异、基因变异广泛、复杂性高、临床解读困难等技术障碍，搭建了高通量测序平台、最佳测序策略以及生物信息学自主分析平台。在此基础上，研发建立了一套基于高通量测序的NGS panel遗传代谢性肝病精准检测新技术。同时，科研团队还建立了一套基于高通量测序的全外显子组测序遗传代谢性肝病精准检测技术（WES），作为NGS panel技术的补充。

据介绍，NGS panel包含了43个明确的致病基因、覆盖目标基因的703个外显子区共计116.8kb靶区域，可对包括糖原储积病、遗传性高胆红素血症、卟啉病、戈谢病等在内的20个病种、41个亚型进行精准识别和分型。与传统的Sanger测序比较，NGS panel技术的准确性为100%，并且操作简单、耗时短，避免了Sanger测序“一次只能测单个基因的单个片段”带来的繁重工作量和经济成本。

通过NGS panel技术，已有90名患者接受了检测，被查出先天性假性胆碱酯酶缺乏症、Gilbert综合征、Crigler-Najjar综合征II型等疾病。同时，NGS panel技术还协助消化科、神经内科及部分外院科室诊断疑难罕见病例82例，并进行疾病表型精细分型。

目前，西南医院感染病科向社会广泛征集病例，将为疑似患者提供基因检测诊断和绿色就诊通道，同时，为确诊患者家庭成员提供检测优惠和免费遗传咨询，实现对遗传代谢性肝病的早期识别、早期干预。