花生DGAT基因家族的生物信息学分析

郑玲 单雷 李新国 郭峰 孟静静 万书波 彭振英

摘要：含油量是花生最重要的品质性状之一。花生油的主要成分是三酰甘油（TAG），二酰甘油酰基转移酶（DGAT）是催化合成TAG的关键酶类，其活性高低与含油量呈正相关。本研究利用生物信息学方法对花生DGAT（AhDGAT）基因家族的进化、基因结构特点、表达模式以及可变剪接等进行了分析。进化分析结果显示，AhDGAT1、AhDGAT2和AhDGAT3亲缘关系较近，与AhWSD/DGAT的亲缘关系稍远。AhDGAT1具有17～18个外显子，AhDGAT2具有7～9个外显子，AhDGAT3具有2～3个外显子，而AhWSD/DGAT具有3～6个外显子。AhDGAT1的跨膜区数目为7～11个，AhDGAT2和AhWSD/DGAT为0～2个，AhDGAT3没有跨膜结构。另外，4个亚家族均具有自己特有的保守结构域和表达模式。AhDGAT1和AhDGAT2在种子中表达量较高，而AhDGAT3和AhWSD/DGAT在根和叶中的表达量较高。AhDGAT1的可变剪接形式最多，其次为AhWSD/DGAT。花生的4个AhDGAT亚家族具有不同的特点，表明它们可能在进化中具有不同的祖先。

关键词：花生；二酰甘油酰基转移酶（DGAT）；进化；表达模式

中图分类号：S565.2：Q7文献标识号：A文章编号：1001-4942（2018）06-0010-09

Abstract Oil content is one of the most important quality characters of peanut. The major component of peanut oil is triacylglycerol （TAG）， and diacylgycerol acyltransferase （DGAT） is the key enzyme for TAG synthesis. The activity of DGAT is positively correlated with the oil content. In this study， the evolution， gene structure characteristics， expression pattern and alternative splicing of peanut DGAT gene family were analyzed using bioinformatics method. The evolution results showed that the genetic relationships among AhDGAT1， AhDGAT2 and AhDGAT3 were closer than that of AhWSD/DGAT. There were 17～18 exons in AhDGAT1， 7～9 exons in AhDGAT2， 2～3 exons in AhDGAT3 and 3～6 exons in AhWSD/DGAT. The number of transmembrane domain in AhDGAT1 were 7～11， and those in AhDGAT2 and AhWSD/DGAT were both 0～2， whereas there was none in AhDGAT3. Each subfamily had its own unique conserved domain and expression pattern. AhDGAT1 and AhDGAT2 expressed higher in seeds， whereas AhDGAT3 and AhWSD/DGAT expressed relatively higher in roots and leaves. AhDGAT1 had the most alternative splicing isoforms， followed by AhWSD/DGAT. Significant differences among the four DGAT subfamilies showed they might had different ancestors.

Keywords Peanut； Diacylglycerol acyltransferase （DGAT）； Evolution； Expression pattern

三酰甘油（triacylglycerol，TAG）是生物體内贮藏油脂的一种主要形式。二酰甘油酰基转移酶（diacylglycerol acyltransferase，DGAT）是催化二酰基甘油（diacylglycerol，DAG）合成TAG的关键酶，在DAG的sn-3位添加脂酰基，直接决定酰基-CoA进入TAG的数量和质量。迄今为止发现了四类DGAT基因：DGAT1、DGAT2、DGAT3和WSD/DGAT。WSD/DGAT除了具有TAG合成功能外，在蜡质合成中也具有主要作用。4个亚家族的成员具有不同的亚细胞定位和底物特异性[1]。过表达DGAT基因可促进种子中油脂的积累，拟南芥DGAT1在烟草中过表达可使转基因烟草种子中TAG含量显著上升[2]。拟南芥DGAT1突变体幼苗生长异常、种子皱缩、油脂减少、种子成熟延迟[3，4]。DGAT2在油料作物中过量表达，也能提高种子的含油量[5，6]，如蓖麻DGAT2过表达可促进蓖麻油中蓖麻油酸含量的增加[7]。

虽然DGAT家族在油脂合成中的功能已经在许多植物中被验证，但是关于该家族进化的研究并不多见。玉米和大豆DGAT家族的生物信息学分析已经报道[8，9]，玉米中7个DGAT基因可以分成ZmDGAT1、ZmDGAT2和ZmDGAT3亚家族，不同亚家族的基因结构和跨膜区有明显差别[8]。大豆中的10个DGAT基因，也分别属于DGAT1、DGAT2、DGAT3亚家族，分布在6条染色体上[9]。

可变剪接（alternative splicing，AS）是真核生物的一种转录后调控机制，其主要类型有可变转录起始位点（alternative transcription start site，TSS）、可变转录终止位点（alternative transcription termination site，TTS）、外显子跳跃（exon skipping，ES）、内含子滞留（intron retention，IR）、可变外显子剪接位点选择（alternative exon，AE）[10]。AS能够影响植物的各项生命活动，比如生长发育、开花结实等，在响应生物和非生物胁迫中也发挥着重要调节作用[11-19]。我们前期研究表明，AS对油脂合成也有一定的调节作用。在花生DGAT1（AhDGAT1）中存在许多不同的可变剪接体，并且许多可变剪接体编码提前终止，各个剪接体的表达模式也存在差异[20]。

花生是世界四大油料作物之一，在我国种植面积广泛。花生含油量占种子干重的50%以上。3个DGAT亚家族基因在花生中都已经被鉴定，AhDGAT1能恢复突变体酵母脂质合成的能力[20，21]；而AhDGAT2a和AhDGAT2b能显著提高大肠杆菌脂肪酸含量[22]，个别碱基突变后酶活性提高或者降低[23]；AhDGAT3是一种可溶性酶类，定位于细胞质中[24]。为了系统分析AhDGAT家族基因的结构特点、保守结构域、表达模式及其可变剪接情况，我们对花生基因组中所有的AhDGAT基因进行了生物信息学分析，从而为深入研究花生油脂合成和培育高油花生新品种提供依据。

1 材料与方法

1.1 基因检索

根据NCBI中花生4个AhDGAT亚家族基因的序列，即AhDGAT1（GI：XP_016202335.1）、AhDGAT2（GI：015950782.1）、AhDGAT3（GI：AAX62735.1）、AhWSD/DGAT（GI：XP_015964946.1），在花生基因组数据库Peanutbase（https：//www.peanutbase.org/）进行检索，得到的序列根据E-value<1.0e-30进行筛选，下载目的基因的基因组和mRNA序列进行分析。

1.2 生物信息学分析

将AhDGAT序列利用Mega7.0软件进行进化树构建，构建方法为邻近法。利用TMHMM（www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/）在线软件分析跨膜结构域；用GSDS（http：//gsds.cbi.pku.edu.cn/）在线软件分析基因结构；利用MEME（http：//meme-suite.org/）在线软件分析保守结构域；利用TargetP（http：//www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/）在线软件分析亚细胞定位。

1.3 AhDGAT的表达模式和可变剪接分析

根据花生转录组数据（NCBI：PRJNA354652）中AhDGAT的FPKM值，用HemI软件进行表达模式分析。用ASTALAVISTA program（http：//genome.crg.es/astalavista/）分析其可变剪接情况。

2 结果与分析

2.1 系统进化分析

在花生数据库进行AhDGAT基因检索，共得到46个基因（表1）。其中AhDGAT1有4个基因，为2对同源基因，分别位于A03、B03、B01、A01上。AhDGAT2有10个基因，在染色体上的分布较为复杂，分别位于7条染色体上，其中Aradu.A01、Araip.B10和Aradu.A05各有2个；这10个基因中有3对等位基因，但是有些等位基因却没有位于对应的染色体上，如Aradu.UR9Q8位于Aradu.A01，而Araip.RJ1BI 则位于Araip.B10。AhDGAT3有8个基因，分别位于4条染色体上，Aradu.A02和Araip.B02上各有3个；其中有1对等位基因（Aradu.92MYK和Araip.G3EM2），位于1对染色体上（Aradu.A01和Araip.B01）。AhWSD/DGAT数目最多，有24个基因，分别位于13条染色体上，其中Araip.B04上最多，有4个；Aradu.A04有3个；其余染色体上分别有1～2个。这24个基因中，包含8对等位基因，分别位于10条染色体上，有6对等位基因位于相对应的染色体上，Araip.Z6NL1 和Aradu.NT54G没有位于相对应的染色体上，而Aradu.RA7PE和Aradu.54FFT则位于同一条染色体上。

对这46条序列进行进化树构建（图1），发现4个AhDGAT亚家族聚集成4个分支，AhDGAT1、AhDGAT2和AhDGAT3亲缘关系较近，而与AhWSD/DGAT亲缘关系较远。AhDGAT3家族中Araip.A05V1和AhDGAT2聚在一个分支中，可能预示着两个基因家族具有相同的起源。AhWSD/DGAT分支中，出现许多小分支，表明该亚家族的进化速率较快，在进化中产生许多新的变异，导致其序列相似性出现较大差异，但是这些序列是否都具有蜡质合酶的功能还有待研究。

2.2 跨膜结构和亚细胞定位分析

对46个蛋白的跨膜区进行分析（表2）发现，AhDGAT1亚家族的跨膜区数目为7～11个，AhDGAT2亚家族的跨膜区数目为0～2个，AhDGAT3亚家族是可溶性蛋白，不含跨膜结构，AhWSD/DGAT亚家族的跨膜区数目也是0～2个。4个亚家族的蛋白在跨膜区数目上具有明显差异。

利用软件预测AhDGAT家族亚细胞定位（表2），发现AhDGAT1没有预测到具体的亚细胞定位；AhDGAT2中的Araip.TYL76、Aradu.Z4DIZ和Araip.2S31J是分泌蛋白，Araip.31MV0定位在线粒体中，其余AhDGAT2成员没有预测到具体的细胞器定位；AhDGAT3的8条序列中有4条定位在线粒体，其余序列没有预测到具体的细胞器定位；AhWSD/DGAT的绝大多数基因没有预测到具体的细胞器定位，只有Aradu.JEL8U和Araip.T7VUE是分泌蛋白，Araip.M0N7G則定位在线粒体上。

2.3 基因结构分析

分析AhDGAT的4个亚家族基因结构，发现他们具有明显不同的特点（图2）。AhDGAT1家族的外显子数目为17～18个；AhDGAT2家族的外显子数目为7～9个；AhDGAT3家族的外显子数目较少，为2～3个；AhWSD/DGAT家族的外显子数目大多为3～6个，但是其中Araip.Z6NL1和Aradu.NT54G的外显子数目超过10个，二者的氨基酸个数较其他的长，都大于800，可能在进化中该家族基因发生了外显子数目增加和长度增长，导致基因长度也随之增加。等位基因间具有类似的基因结构，如Aradu.E7DEE和Araip.EXQ72，Aradu.6I2MF和Araip.KVP0Y。

2.4 保守结构域分析

分析4个AhDGAT亚家族的保守结构域发现，4个亚家族各有自己保守的结构域（图3）。AhDGAT1的Motif 2和Motif 3都含有亮氨酸拉链结构，Motif 5具有特有假定的佛波醇结合基元（HKW-X-X-RH-X-Y-XP）。AhDGAT2的Motif 4和Motif 5中具有亮氨酸拉链结构，Motif 4还具有该家族特有的EPHSV序列。AhDGAT3的Motif 1含有HHNAVELFSRNND保守基序，Motif 4含有基序HVQYYGD，该基序是二酰甘油酰基转移酶的结构基序，Motif 5含有脂肪酸结合蛋白特征序列KSGSIALLQEFERVVGAEG，Motif 6含有硫酯酶特征序列TNPDCESSSSSSSSESESES。这3个基因家族的6个保守结构域的序列都非常保守，在AhDGAT中变异不大。AhWSD/DGAT的保守结构域序列变异较大，其Motif 1中存在活性位点HHXXXDG。

2.5 表达模式分析

利用花生品种‘丰花一号的转录组数据对AhDGAT家族基因进行表达模式分析。转录组所检测样品组织分别为根、叶、果针入土30 d（Seed1）和50 d（Seed2）。根据转录组中的FPKM值分析AhDGAT的表达模式。部分基因在转录组中没有检测到表达，因此不对其进行分析。

4个亚家族基因的表达模式存在明显差异（图4）。AhDGAT1在种子中的表达量大于根和叶，其中Araip.DT1IR在Seed2阶段表达量最高。而AhDGAT2的10条序列中，Aradu.6I2MF和Araip.KVP0Y在所有组织中均表达，但在Seed2和根中的表达量较高。AhDGAT3中Aradu.92MYK和Araip.27007的表达量较高，特别是在根和叶中。AhWSD/DGAT主要在根和叶中表达，在种子中的表达量极低。由此可见，每个AhDGAT基因都有各自的主要表达部位，彼此之间既有功能分工，又有密切合作。

2.6 可变剪接分析

我们对46个AhDGAT基因进行可变剪接分析，结果（表3）发现AhDGAT1具有最多的可变剪接形式和数量，其次是AhWSD/DGAT和AhDGAT2，AhDGAT3没有可变剪接。AhDGAT1的4个基因在4个花生组织中都有多种可变剪接形式，其中Araip.EXQ72的形式最多。AhDGAT2中Aradu.6I2MF可变剪接形式最多。AhWSD/DGAT中Araip.7A0S5可变剪接形式最多。

IR和TSS是AhDGAT家族基因可变剪接的主要形式，ES只发生在AhDGAT1中，AE只发生在AhDGAT1和AhWSD/DGAT中。AhDGAT1丰富的可变剪接形式可能预示着其表达受可变剪接影响。在seed2阶段具有最多的可变剪接事件，表明可变剪接对该阶段种子发育和脂肪酸积累具有重要调节作用。

3 讨论与结论

DGAT是TAG合成的限速酶，其功能研究一直备受大家关注。相比而言，对DGAT遗传进化的研究相对较少。本研究利用花生基因组和转录组数据，对AhDGAT家族基因的进化和表达模式进行了初步分析。在进化树分析中，46条序列按照4个AhDGAT的亚家族聚类成不同的分支。基因结构和跨膜区分析表明，4个AhDGAT亚家族具有明显不同的跨膜区和外显子数目，说明不同亚家族间的DNA和蛋白序列相似性较低。AhDGAT1、AhDGAT2和AhDGAT3是酰基转移酶，而AhWSD/DGAT是蜡质合酶，进化树分析说明AhDGAT1、AhDGAT2和AhDGAT3具有较近的亲缘关系，与AhWSD/DGAT的亲缘关系较远。可见，它们的序列差异导致了其功能的明显不同。

AhWSD/DGAT是进化较快的一个亚家族，其基因数目占整个AhDGAT家族的一半以上，可能在进化中发生了基因加倍事件。而正是由于该家族进化中产生的变异，该亚家族保守结构域的序列一致性也较差。但是所有的序列都保留了HHXXXDG基序，该序列被认为在蜡质合成和TAG合成中至关重要[25]。

表達模式分析对于研究基因的功能至关重要，4个亚家族基因的表达模式也存在明显差异。AhDGAT1和AhDGAT2在种子中的表达水平大于根和叶，而AhDGAT3和AhWSD/DGAT却相反，这种表达模式与玉米和大豆的DGAT相似。玉米中DGAT1主要在胚乳中表达，ZmDGAT1.1在花药中也有较高的表达水平；ZmDGAT2表达范围较广，ZmDGAT2.1在节间和茎表达较高，而ZmDGAT2.2在胚和整粒种子中有较高的表达水平；ZmDGAT3的表达主要集中在叶片，在胚乳和胚等部位表达较低[8]。大豆中DGAT1主要在茎端分生组织和绿色果荚中表达，DGAT3主要在根中表达，而DGAT2表达范围最广，主要在根瘤、叶、花和绿色果荚中表达[9]。李兰等[26]对花生种子发育中的脂肪酸含量进行了研究，发现不同的脂肪酸在种子中积累的时间不一致，在果针入土20多天时大部分脂肪酸都开始快速积累，脂肪酸总量在成熟后期有所下降，正是由于AhDGAT1和AhDGAT2在发育种子中高表达，导致种子中的TAG不断积累。

还有研究发现，DGAT的表达与环境胁迫有关。大豆和花生DGAT2的表达受温度胁迫和生物胁迫的诱导[21，27]。这些现象启示我们，DGAT可能在植物适应胁迫中发挥着重要作用。 可变剪接作为一种转录后的调控机制，对植物的许多生命进程都起到重要的调节作用。前人已经对拟南芥、水稻和玉米等植物中基因的可变剪接进行了分析[13， 28-35]，但是在花生中仅有一篇关于可变剪接的报道，通过对AhDGAT的可变剪接分析发现，AhDGAT中存在大量的可变剪接现象，而且种子发育的中后期可变剪接情况最多[20]。种子发育中后期的油脂大量合成，AhDGAT大量表达，这一时期可变剪接的频繁发生可能对DGAT的油脂合成功起调控作用。研究表明植物体内基因转录水平的变化是植物抵御非生物胁迫和生物胁迫的重要方式，转录水平变化包含可变剪接的变化。热激蛋白HsfA2基因在内含子区剪接出一个31 bp的外显子序列HsfA2 Ⅱ，在热胁迫下HsfA2的表达量是HsfA2 Ⅱ的17%，但是HsfA2 Ⅱ是没有活性的RNA，通过NMD途径降解[36]。水稻中DREB2B是温度响应基因，有不同的可变剪接形式，胁迫诱导下可变剪接情况的变化是其抵御胁迫的一种方式。在正常环境下，Os-DREB2B1的表达量是Os-DREB2B2的5倍，在胁迫条件下两者表达量都增加，但是Os-DREB2B2增加显著，表达量与Os-DREB2B1相当或者较高[37]。由此可见，深入研究可变剪接调控基因功能的作用机制具有重要意义。下一步我们将针对逆境胁迫下AhDGAT的可变剪接情况变化进行分析，揭示AhDGAT与花生抗逆的相关性。

参 考 文 献：

[1] 唐桂英， 柳展基， 单雷. 二酰基甘油酰基转移酶（DGAT） 研究进展[J]. 中国油料作物学报， 2010， 32（2

）：320-328.

[2] Andrianov V， Borisjuk N， Pogrebnyak N， et al. Tobacco as a production platform for biofuel： overexpression of Arabidopsis DGAT and LEC2 genes increases accumulation and shifts the composition of lipids in green biomass[J]. Plant Biotechnology Journal， 2010， 8（3）：277-287.

[3] Zou J， Wei Y D， Jako C， et al. The Arabidopsis thaliana TAG1 mutant has a mutation in a diacylglycerol acyltransferase gene[J]. Plant Journal， 1999， 19：645-653.

[4] Poirier Y， Ventre G， Caldelari D. Increased flow of fatty acids toward beta-oxidation in developing seeds of Arabidopsis deficient in diacylglycerol acyltransferase activity or synthesizing medium-chain-length fatty acids[J]. Plant Physiology， 1999， 121（4）：1359-1366.

[5] Lardizabal K， Effertz R， Levering C， et al. Expression of Umbelopsis ramanniana DGAT2A in seed increases oil in soybean[J]. Plant Physiology， 2008， 148：89-96.

[6] Burgal J， Shockey J， Lu C， et al. Metabolic engineering of hydroxy fatty acid production in plants： RcDGAT2 drives dramatic increases in ricinoleate levels in seed oil[J]. Plant Biotechnology Journal， 2008， 6（8）：819-831.

[7] He X， Turner C， Chen G Q， et al. Cloning and characterization of a cDNA encoding diacylglycerol acyltransferase from castor bean[J]. Lipids， 2004， 39：311-318.

[8] 李書霞， 刘伟， 李威， 等. 玉米DGAT基因家族的全基因组分析[J]. 核农学报， 2015， 29（4）：643-650.

[9] 刘贵芹， 邵群， 黄荣峰， 等. 大豆DGAT基因家族的鉴定和表达分析[J]. 中国农学通报， 2013， 29（12）：55-61.

[10]Florea L， Song L， Salzberg S L. Thousands of exon skipping events differentiate among splicing patterns in sixteen human tissues[J]. F1000Research， 2013， 2：188.

[11]Fontana G A， Rigamonti A， Lenzken S C， et al. Oxidative stress controls the choice of alternative last exons via a Brahma-BRCA1-CstF pathway[J]. Nucleic Acids Research， 2017， 45（2）：902-914.

[12]Zhang Q， Zhang X， Wang S， et al. Involvement of alternative splicing in barley deed germination[J]. PLoS One， 2016， 11（3）：e0152824.

[13]Thatcher S R， Danilevskaya O N， Meng X， et al. Genome-wide analysis of alternative splicing during development and drought stress in maize[J]. Plant Physiol.， 2016， 170（1）：586-599.

[14]Saminathan T， Nimmakayala P， Manohar S， et al. Differential gene expression and alternative splicing between diploid and tetraploid watermelon[J]. Journal of Experimental Botany， 2015， 66（5）：1369-1385.

[15]Potenza E， Racchi M L， Sterck L， et al. Exploration of alternative splicing events in ten different grapevine cultivars[J]. BMC Genomics， 2015， 16：706.

[16]Min X J， Powell B， Braessler J， et al. Genome-wide cataloging and analysis of alternatively spliced genes in cereal crops[J]. BMC Genomics， 2015， 16：721.

[17]Mandadi K K， Scholthof K B. Genome-wide analysis of alternative splicing landscapes modulated during plant-virus interactions in Brachypodium distachyon[J]. Plant Cell， 2015， 27（1）：71-85.

[18]Vitulo N， Forcato C， Carpinelli E C， et al. A deep survey of alternative splicing in grape reveals changes in the splicing machinery related to tissue， stress condition and genotype[J]. BMC Plant Biology， 2014， 14：99.

[19]Thatcher S R， Zhou W， Leonard A， et al. Genome-wide analysis of alternative splicing in Zea mays： landscape and genetic regulation[J]. The Plant Cell， 2014， 26：3472-3487.

[20]Zheng L， Shockey J， Guo F， et al. Discovery of a new mechanism for regulation of plant triacylglycerol metabolism： The peanut diacylglycerol acyltransferase-1 gene family transcriptome is highly enriched in alternative splicing variants[J]. Journal of Plant Physiology， 2017， 219：62-70.

[21]Chi X， Hu R， Zhang X， et al. Cloning and functional analysis of three diacylglycerol acyltransferase genes from peanut （Arachis hypogaea L.） [J]. PLoS One， 2014， 9（9）：e105834.

[22]Peng Z， Li L， Yang L， et al. Overexpression of peanut diacylglycerol acyltransferase 2 in Escherichia coli[J]. PLoS One， 2013， 8（4）：e61363.

[23]Zheng L， Shockey J， Bian F， et al. Variant amino acid residues alter the enzyme activity of peanut type 2 diacylglycerol acyltransferases[J]. Frontiers in Plant Science， 2017， 8：1751.

[24]Saha S， Enugutti B， Rajakumari S， et al. Cytosolic triacylglycerol biosynthetic pathway in oilseeds. Molecular cloning and expression of peanut cytosolic diacylglycerol acyltransferase[J]. Plant Physiology， 2006， 141：1533-1543.

[25]Kalscheuer R， Steinbüchel A. A novel bifunctional wax ester synthase/acyl-coa： diacylglycerol acyltransferase mediates wax ester and triacylglycerol biosynthesis in Acinetobacter calcoaceticus ADP1[J]. J. Biol. Chem.， 2003， 278（10）：8075-8082.

[26]李蘭， 彭振英， 陈高， 等. 花生种子发育过程中脂肪酸积累规律的研究[J]. 华北农学报， 2012， 27（1）：173-177.

[27]Chen B， Wang J， Zhang G， et al. Two types of soybean diacylglycerol acyltransferases are differentially involved in triacylglycerol biosynthesis and response to environmental stresses and hormones[J]. Scientific Reports， 2016， 6：28541.

[28]Xu P， Kong Y， Song D， et al. Conservation and functional influence of alternative splicing in wood formation of Populus and Eucalyptus[J]. BMC Genomics， 2014， 15：780.

[29]Yan K， Liu P， Wu C A， et al. Stress-induced alternative splicing provides a mechanism for the regulation of microRNA processing in Arabidopsis thaliana[J]. Molecular Cell， 2012， 48（4）：521-531.

[30]Seo P J， Park M J， Lim M H， et al. A self-regulatory circuit of CIRCADIAN CLOCK-ASSOCIATED1 underlies the circadian clock regulation of temperature responses in Arabidopsis[J]. Plant Cell， 2012， 24：2427-2442.

[31]Remy E， Cabrito T R， Batista R A， et al. Intron retention in the 5′UTR of the novel ZIF2 transporter enhances translation to promote zinc tolerance in Arabidopsis[J]. PLoS Genetics， 2014， 10（5）：e1004375.

[32]Marquez Y， Brown J W， Simpson C， et al. Transcriptome survey reveals increased complexity of the alternative splicing landscape in Arabidopsis[J]. Genome Res.， 2012， 22（6）：1184-1195.

[33]Kalyna M， Simpson C G， Syed N H， et al. Alternative splicing and nonsense-mediated decay modulate expression of important regulatory genes in Arabidopsis[J]. Nucleic Acids Research， 2012， 40（6）：2454-2469.

[34]Filichkin S A， Priest H D， Givan S A， et al. Genome-wide mapping of alternative splicing in Arabidopsis thaliana[J]. Genome Res.， 2010， 20（1）：45-58.

[35]Kitagawa N， Washio T， Kosugi S， et al. Computational analysis suggests that alternative first exons are involved in tissue-specific transcription in rice （Oryza sativa） [J]. Bioinformatics， 2005， 21（9）：1758-1763.

[36]Sugio A， Dreos R， Aparicio F， et al. The cytosolic protein response as a subcomponent of the wider heat shock response in Arabidopsis[J]. The Plant Cell， 2009， 21：642-654.

[37]Matsukura S， Mizoi J， Yoshida T， et al. Comprehensive analysis of rice DREB2-type genes that encode transcription factors involved in the expression of abiotic stress-responsive genes[J]. Molecular Genetics & Genomics， 2010， 283：185-196.