1949年11月21日,中央人民政府卫生部成立,确定五方面主要职责:医疗服务提供,疾病预防工作,妇幼保健工作,药品检定、监督和生物制品生产、检定工作,医学教育和研究工作。
1954年11月,根据《国务院关于设立、调整中央和地方国家行政机关及有关事项的通知》,中央人民政府卫生部改称中华人民共和国卫生部,为国务院组成部门。
1960年~1976年,卫生行政管理基本格局保持稳定,仅有局部变动和调整。1962年,卫生部妇幼卫生司设立计划生育处,负责管理全国计划生育技术指导工作。1964年,全国人口接近7亿,经国务院批准,成立国务院计划生育委员会。1968年11月,国务院计划生育委员会撤销,计划生育工作仍由卫生部承担。
改革开放后,逐步形成高度分散化的卫生行政管理体制。1978年,成立国家医药管理总局,负责药品生产流通的组织管理工作,卫生部仍保留药品监督管理职能。1981年,为加强计划生育工作,计划生育管理职能由卫生部划到新成立的国家计划生育委员会。1986年,成立国家中医管理局;1988年,成立国家中医药管理局,归口卫生部管理。为适应市场经济发展,这一时期卫生部从总体上加强了卫生行政管理和执法职能。
2003年3月,国家计划生育委员会更名为国家人口和计划生育委员会,增加开展人口发展战略研究、制定人口发展规划、促进生殖健康产业发展等职能。
2013年3月,第十二届全国人大一次会议《国务院机构改革和职能转变方案》,将卫生部的职责、国家人口和计划生育委员会的计划生育管理和服务职责整合,组建国家卫生和计划生育委员会。不再保留卫生部、人口计生委。
2018年3月,根据十三届全国人大一次会议表决通过的《关于国务院机构改革方案的决定》,将国家卫生和计划生育委员会、国务院深化医药卫生体制改革领导小组办公室、全国老龄工作委员会办公室的职责,工业和信息化部的牵头《烟草控制框架公约》履约工作职责,国家安全生产监督管理总局的职业安全健康监督管理职责整合,组建国家卫生健康委员会,作为国务院组成部门。不再保留国家卫生和计划生育委员会,不再设立国务院深化医药卫生体制改革领导小组办公室