故事发生在1910年,当时巴黎正遭遇一场世纪洪水的侵袭,塞纳河水淹没了城市的大街小巷。
劳尔和埃米尔到一位生物学家的实验室送货,生物学家不在,只有猩猩管家看门。两个人忍不住乱动实验室的药品,引发混乱,令一只小跳蚤变异成一人多高的怪物。
怪物跳蚤受到惊吓后逃出实验室,在巴黎引来了一阵恐慌。警察局长梅诺特觉得这是个立功表现的大好时机,一心想消灭怪物,以树立自己的威信。
露西在巴黎一家很有名的歌剧院担当主唱,是劳尔和埃米尔的好朋友。一个雨夜,露西偶遇变异的跳蚤怪物,觉得它可怜,于是“捡”它回家,并给它取名弗兰卡。
弗兰卡是只温柔无辜的跳蚤,有着一颗纯洁的心。更加神奇的是它具有令人惊叹的音乐天赋,露西把它乔装打扮成吉他手,藏在自己身边。
警方的搜捕越来越频繁,为了保护弗兰卡,埃米尔、罗尔和露西联合起来,用烟雾弹制造了弗兰卡被炸死的假象。本以为这样可以逃过搜捕,没想到却被梅诺特识破。
梅诺特对弗兰卡的追杀更加不择手段。他不顾同事的阻拦,乘坐热气球在空中追赶弹跳力超群的弗兰卡,把它逼向积水的战神广场。弗兰卡是跳蚤,无法在水中存活,积水的广场对它来说就是地狱。
体力不支的弗兰卡踉跄着爬上铁塔,劳尔等人赶来营救,却被梅诺特扔下铁塔。幸好腰带挂在了铁塔的螺丝上,才没有掉下去。当大家再次爬上铁塔时,却传来枪响。
众人冲上塔顶,不见了弗兰卡,只有一顶弗兰卡的宽檐帽。梅诺特被随后到来的警长带走。他被控告在没有获得批准的前提下擅自处死弗兰卡,触犯了国家法律,被关进监狱。
可是大家还是找不到弗兰卡,露西伤心极了。忽然,从耳边传来微弱的歌声,是弗兰卡。它已经变回原来的大小,正落在露西的肩头,陪她一起唱歌呢。
猩猩管家得知此事,将弗兰卡带到生物学家的实验室,再次将它变大。从此,它正式和露西同台演出,名震巴黎。
故事中最美的姑娘有着最美丽的心灵,而最丑的跳蚤有着最美的歌喉。是善良让露西变得更美,也是善良让人们接纳了丑陋的弗兰卡。而那位原本年轻英俊的警察局长利欲熏心的样貌却反而变得丑陋,变得让世人难以接受。