视频实验期刊(JoVE)
——视频出版的启示

2014-04-14 02:28■李
中国科技期刊研究 2014年9期
关键词:视频文件期刊文章

■李 苑

中国科学院文献情报中心《化学进展》编辑部,北京北四环西路33号 100190,E-mail:liyuan@mail.las.ac.cn

1 引言

视频实验期刊——Journal of Visualized Experiments(JoVE)是一份展示可视化实验的期刊,是世界上第一个同行评议的科技视频期刊[1],于2006年创刊。迄今为止已经出版了超过2000篇的视频文章,而且每个月还以50篇的速度在更新。JoVE成为学术出版和图书馆领域关注的对象,已有很多学者从不同角度介绍了JoVE的特色和出版方式[2-4],日本学者也以日文形式介绍了JoVE的出版流程[5]。尽管国内已有机构订阅了JoVE期刊,并在其机构网站上做了简单介绍,但仍未见完整的学术文章对JoVE进行详尽的分析和其出版模式的介绍。鉴于JoVE近年新推出的一些特色模块,本文全面介绍了JoVE的出版流程和内容,并对其视频出版模式的特点做了总结,在国内大部分学术期刊正在接触或尝试数字出版和网络出版的背景下,旨在为国内学术期刊及出版机构带来新的启示和借鉴。

2 JoVE简介

JoVE于2006年10月由 Moshe Pritsker博士(JoVE的CEO,JoVE的创始人之一)在马萨诸塞州的剑桥市成立,首次出版了6篇视频文章,2006年12月第1期正式出版。JoVE作为世界上第一个同行评议的科技视频期刊,对出版界和学术界意义重大。JoVE的宗旨是以视频形式出版科学研究,以帮助研究者克服面对当前科学研究中两方面的巨大挑战,重现性差和学习新实验技术所需的大量时间和密集型的工作。JoVE的服务对象是研究团体,主要出版生物、医学、化学和物理等研究领域的实验方法,使其能够有效传播、再现及讨论。网络视频是一种新的、有效的出版形式,因为它实现了比传统文本文章更高效的信息传播。JoVE侧重于出版新的方法,现有技术的创新应用,以及标准操作的科研报告。其出版的每一个实验技术视频都附有详细的文字和有代表性成果的描述,与其他文本期刊不同,JoVE不是一个只注重结果的期刊。目前JoVE已被 PubMed/Medline,SciFinder和 Scopus收录。

JoVE根据不同学科设有分卷,目前有9个分卷,分别是生物学、神经科学、免疫学与感染学、临床和转化医学、生物工程学、应用物理学、化学、环境学以及行为学。其编委会也与之相对应设立。不同学科用不同颜色和字母标记,可以使读者在其网站上方便地浏览,而且在其制作的视频上也有醒目的标识显示该视频属于哪个学科,如生物学领域的标识为蓝色圆形背景上标示白色大写字母“B”,使读者一目了然。在网站首页上,JoVE还设有最新视频文章和最热视频文章两个模块供读者快速访问浏览。JoVE对每种分卷给出了详细的报道范围,与传统的学科分类不同,JoVE基于自身的视频出版特点,给出了其特有的分类[5]。以化学分卷为例,不同于传统的化学学科分类,JoVE给出的分类是:结构表征、电子光谱、核磁共振和电子顺磁共振(NMR,EPR等)、电化学、分子动力学、质谱、合成和纯化、柱层析、合成生物学、结构生物学。这种分类显然更符合以实验操作为基础的区分。

JoVE创刊至今已近8年时间,积累了相当一批作者和读者。JoVE的录用率大约为70%,如果由作者自行提供视频文件,录用率不到50%,目前按月出版,出版速度约每期50篇文章,说明其稿源还是比较充足的。JoVE对供稿的机构分布做了分析,并在其网页上给出图示[6]。供稿最多的是北美地区,如加州地区一共112个研究机构提供了818篇文章,而整个亚洲地区由83个研究机构发表了147篇文章,非洲地区仅有5家机构发表了5篇文章。中国大陆地区共有17家研究机构发表了20篇文章,香港地区发表了7篇文章。

3 JoVE的团队[7]

JoVE的团队主要包括编辑、制作视频的技术人员、图书馆公共关系人员等。JoVE团队的核心是CEO兼创始人Moshe Pritsker博士。JoVE的创立初衷是由于Moshe Pritsker在其博士研究期间,需要前往英国学习实验技术,花费了大量时间和体力工作,为此他决定建立一种更廉价、更高效而且能达到同样目的的视频出版方式。经过7年的运营,JoVE已经组建了44名成员的团队,并且他们仍在招募合适的人选。团队中除了CEO和商务发展总监外,其余成员分别从事编辑、财务、人力资源、信息技术、图书馆公共关系以及市场和视频方面的工作。图1是JoVE的人员分布,从人数上看,以编辑和图书馆公共关系部门人员最多。JoVE的编辑一共13人,除了助理编辑和同行评议助理外,其余编辑均为博士学历,他们中大部分都具有生物医学背景。

图1 JoVE的人员分布

3.1 编委会

和其他同行评议的学术期刊一样,JoVE的编委会由国际知名的教授、科学家、医生和关键意见领袖组成。根据他们在其所在领域的贡献而被选为编委会成员,但JoVE更注重编委在实验或是医疗实践中的经验背景。编委会的主要职责是为期刊的内容、范围和编辑的决策担任顾问。编委会现有成员123名,分布于9个学科,各学科对应人数为:生物学19人,神经科学 18人,免疫学与感染学 12人,临床和转化医学19人,生物工程学13人,应用物理学15人,化学12人,环境学8人,行为学7人。相对而言,JoVE编委并不算多,大部分编委来自于北美地区,亚洲地区仅有日本的Tsuyoshi Miyakawa教授担任行为学领域的编委。

3.2 兽医委员会

由于视频文件可能涉及动物或人的特殊性,JoVE还特别成立了兽医顾问委员会和兽医评审员,他们主要来自兽医研究领域的关键意见领袖和对动物福利、安全性、操控性和关怀有特殊兴趣的人。兽医评审员审查所有JoVE的文章,审阅其中需要活体动物的工作以确保动物受到适合的福利以及操作符合标准。兽医顾问委员会有成员5位,其中4位都身居管理要职。兽医评审员共133位,也以北美地区的成员为主。

3.3 同行评审委员会

JoVE的同行评审委员会由拥有技术专长和贡献、成绩卓越的科学家和临床医生组成。同行评审委员会负责为稿件提供可供编辑决策的意见。同行评审委员会现有成员346位,也以北美地区为主,值得注意的是,西京医院的许汉鹏是唯一的来自中国大陆地区的同行评审委员。

4 JoVE的出版流程[8]

JoVE的出版流程分为4个部分:1)投稿;2)评审;3)视频制作;4)出版。JoVE的发表流程和周期如图2,根据不同的投稿形式,流程和时间也有所不同。图2中的流程中未包含兽医审查,如果视频中包含动物实验,则需额外的审查,相应的出版时间也会增加。

图2 JoVE的发表流程和周期

4.1 投稿

与其他学术期刊一样,JoVE给作者提供了非常详尽的投稿说明,包括模板和作者须知等。作为一份科学实验报告期刊,JoVE接收对于科学界而言具有有效性和实用性的文章,并强调对如何完成一个特定的研究过程能够有效地提供详细信息。其他标准包括一致性和清晰度,符合研究标准,技术质量,以及具有一定的影响力等。除了详细的稿件要求之外,与其他期刊有所不同的是,JoVE要求作者描述为什么该项工作要在JoVE这个唯一的视频形式期刊上发表,另外还需要提供作者在投稿过程中对其有过帮助的编辑名称。由于JoVE包含视频实验的特殊性,JoVE对涉及实验过程中的动物和人类的研究给出了特别规定。如要求作者对于其视频中出现的动物必须有明确的书面许可;对于使用活体动物协议,作者必须声明所有的实验是符合所有相关法规和制度的要求等等。JoVE发表的文章主要是报道以前从未出版和已经用于以结果报道为基础的期刊中产生数据的技术技巧。如果是后者,JoVE鼓励作者给出最新版本的方法,尤其是当该方法已经对其原始用途进行了改进的情况下。

4.2 评审

稿件的审查主要是分为JoVE编辑的审查和同行评审两个部分。所有投稿都会经编辑审查,编辑审查确保所有稿件符合JoVE的标准,内容符合其范围,而且同意视频格式出版协议。不符合标准的稿件可能会被要求修改或被拒稿,通过编辑审查的稿件将会进行同行评审。JoVE给出了详细的编辑审查政策。同行评审的目的是提高整体的质量和文章的科学严谨性。JoVE给同行评审人列出了详细的评审要求[9],审稿人被要求应专注于准确性,基础理论,限制性和与其他现有技术的公平比较。基于JoVE注重方法的特点,JoVE对审稿人的评审要求中也对文章使用方法给出了比文本类期刊更多更细致的问题,在给审稿人评审文章的12个问题中,有6个与实验步骤密切相关。通常由JoVE制作的视频文件不需要同行评审,但当作者自行提供视频文件的时候,评审人需要对视频文件进行评审,JoVE也对视频审阅的内容给审稿人列出了详细的要求。如果视频文件涉及动物实验的,稿件完成后将会由JoVE的专业兽医委员会审查,以确保其符合动物福利标准。

4.3 视频制作

JoVE的视频出版目标是以动态的形式展示作者的方法、数据分析和结果,力求清晰、准确和专业。由于JoVE是视频期刊,视频制作显得尤为重要,在这方面JoVE为作者提供了两种选择,由JoVE的摄影师网络(Videographer Network)制作或者作者自行制作视频。选择前者,摄影师网络将会负责处理所有涉及视频制作的细节,包括拍摄和编辑,JoVE的摄影师网络在不同国家和地区设立了联络处,主要是北美地区和欧洲地区,除此之外只有澳大利亚设有该机构,亚洲和非洲地区没有设立。如果在这些地区之外的作者投稿可以选择由作者自行制作视频文件。JoVE为自行制作视频文件的作者提供了详尽的质量标准,这些标准对视频文件的格式、长度、分辨率和形式给出了详细的指示,同时对视频所有包含的内容给出了具体的描述,如应包含有代表性的结果,应在结果后有总结性的陈述,包含音频,必须有开始和结束的标题卡,这些标题卡上还应有作者的名字和他们的关系,等等细节。如果由JoVE的摄影师网络负责制作视频文件,则当稿件通过评审后,JoVE的科学编剧会将作者的稿件改为一个适合视频制作的剧本,并告知作者需要提前准备的材料和试剂。拍摄当天,JoVE会提供一名专业的摄影师拍摄视频,通常为1天时间。之后,JoVE会编辑处理这段视频,并增加专业的配音人员解说视频。当视频制作完成后,文章即会在线出版。

4.4 出版费

JoVE对作者采取一次性收费的方式,作者可以选择两种获取方式,标准获取和开放获取,前者是指读者或机构必须订购JoVE或者从已订阅机构中访问获得全文;开放获取,这种方式意味着任何读者都可以免费阅读文章和观看视频。前者的费用为2400美金,后者为4200美金。由于视频制作需要一定的费用,因此,作者在稿件剧本制作前撤稿是没有费用的,而一旦剧本制作完成,作者撤稿将会需要支付1200美金的制作成本费。而对于由作者自行制作的视频文章,尽管没有前期的拍摄视频的成本,但是考虑到后期网络访问和出版所需的费用,JoVE对这些文章收取一次性手续费,这个金额也因作者选取获取方式不同而有所区别,标准获取为1200美金,开放获取为3000美金。

5 JoVE的衍生服务

基于JoVE可视化视频的教学意义,JoVE还特别设立了科学教育模块,建立了JoVE科学教育数据库[10]。该数据库致力于通过简单、易懂的视频演示而教给读者实验室的基本操作。在这个数据库中目前有四部分的内容,分别是:基本的实验室技术;细胞和分子生物学的基本方法;模式生物Ⅰ:酵母,果蝇和线虫;模式生物Ⅱ:老鼠,斑马鱼和鸡。每一部分项下都有相关的视频资源,目前每一部分项下均有15个视频资源可供免费观看。这些视频展示了如何使用实验室的一些常用设备和相关实验基本的标准操作,每段视频右侧均有目录显示,告知观者不同时间段显示的内容,为了使观者能够更深入的理解视频的操作,同时在视频的下方还有相关的视频可供观看,分别为该技术的应用视频和相关的教育视频。大部分的视频都包含有:概述;具体操作,怎样使用等细节;应用;总结等内容。值得一提的是,在JoVE的科学教育数据库中所有视频的界面,为不同国家的读者提供了不同语言显示,目前可以显示的语言有英文、中文、法文和日文。

JoVE还为读者提供了可供免费浏览的赞助文章[11]、编辑推荐[12]和应用记录[13]三个栏目。所谓赞助文章,是指由机构或企业赞助出版的文章,这些文章同样经过严格的同行评议,目前有172篇,大部分来自生物学领域,每篇文章的右侧还给出了赞助这篇文章的机构,读者可以通过链接直接访问赞助该篇文章的公司或机构。编辑推荐是指JoVE每两周会邀请一位编辑收集一些视频文章放在这个栏目中,供相关读者免费浏览。这个栏目主要是基于某个主题选取一些文章,主要来自9个不同学科领域中最新出版的科学前沿内容。应用记录栏目大部分是来自企业的广告,主要介绍各企业的产品案例或者拓展的应用介绍。

6 JoVE的传播

如前所述,在JoVE中很多部分提供了免费阅读和浏览,但对于最新和大部分的文章内容,没有订阅的用户是不能观看的,JoVE建议读者在浏览文章时,如果需要观看全文,请推荐读者所在的机构订阅JoVE,目前JoVE没有个人订阅,因此个人读者只能通过已订阅的机构访问[14]。JoVE曾经是一个开放获取的期刊,但发现这种模式无法支持期刊的制作成本,后来一度也可以由作者订阅文章,但之后他们改变了订阅对象,取消了个人订阅这种方式[2]。JoVE认为其视频制作需要比普通文本期刊更多的费用,如果采用典型的开放获取的作者付费模式去覆盖所有视频文章是不可能实现的,因此JoVE选择向订阅用户展示内容。对于没有订阅的用户,可以浏览文章的摘要,总结,参考引文,致谢等内容,还可以免费观看前20秒的视频。文章下载有RIS、PDF和XML格式可以选择。另外对于已经在JoVE注册的用户,还可以在Comments栏下评论、提问或者提出其他需求。值得注意的是,在JoVE的每篇文章下还有Metrics模块,这个模块可以反映该篇文章在一定时间的浏览量,并通过访问机构和访问方式直观展示,如图3所示[15]。目前JoVE已有超过500家的机构订户,大部分为北美地区的订户,中国也有超过10家以上的机构订户[16]。

图3 JoVE的M etrics模块[12]

7 结语

JoVE作为第一个科技视频期刊,为现有以文本期刊为主的学术出版带来了新的尝试。在大部分学术期刊正在尝试和进行数字或语义出版的情况下,JoVE已经更进一步,将出版核心定义为视频内容,不仅使传播更快捷,而且使传播内容更丰富和立体,对于以实验技术为基础的生物、医学、化学及物理等相关学科而言,更易实现学术交流和传播。目前JoVE每月访问量高达20万次,而JoVE被PubMed/Medline、SciFinder和Scopus的收录,也意味着这种视频出版模式被这些数据库认可和接受,由于JoVE出版的核心内容是方法或技术的更新,因此可以预计随着订阅机构的增多,其文章的引用也会非常可观,在谷歌搜索平台上检索JoVE的文章,已有多篇被引用,以2001年发表的一篇有关PARCliP方法的文章[17]为例,在谷歌学术上检索结果显示,该篇文章已被引用80次[18],引用期刊不乏Nature Reviews Cenetics,Cell,Oncogene之类的名刊。JoVE的意义在于,不仅使视频出版成为可能,而且其制定的标准视频格式可能成为视频出版的行业规范,成为其他出版物的参考标准。另外在科学研究中,一个图片的信息量可能与1000个单词表达的文本相当,而对于JoVE出版的长达十几分钟,每秒超过300帧的图像视频文件,其传播的信息量不可用文本文件估计,这种透明而直观的传播方式,对于年轻研究者实验技术能力的提升大有裨益,某种意义上,使得科学技术平台完全打破国家和地区、甚至语言的限制,对于实验相关的学科发展意义重大。

尽管JoVE在出版和学术研究领域取得了巨大的成功,但仍存在不少限制,如:1)受限于实验学科领域,多数非实验基础的研究不能包含在该期刊的报道范围;2)检索方面仍局限于文章的文本描述,除了主题检索,其他限定的检索条件仅有作者、单位和出版时间,缺乏对视频文件所包含信息的检索;3)访问受限,尽管JoVE的访问量已高达20万次/月,但需要通过机构订户访问的条件仍然限制了大多数有需求的读者,特别是来自学术不发达的地区,而这些地区研究者可能是最需要提高研究技术的对象;4)经过同行评议的视频文件是JoVE的核心内容,但对视频文件的元数据的扩展检索和与其他知识点的链接仍有待增强,如何精确地定位视频文件以被读者准确的检索和获取是非常重要的。

JoVE的创建和发展证实了视频出版的可能性,而且比原有的文本文章更有价值和实用性,这种方式是否会成为将来学术出版的主流或者重要的形式仍未知。但至少给我们以一些经验和启示,被同行评议过的非文本文件是能够被学术团体认可的,而且对促进科学研究的发展也许将大大超过传统出版的推动效率。

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2 Zhang Y.Journal of Visualized Experiments(JoVE).The CharlestonAdvisor,2010,12(1):31-34.DOI:10.5260/chara.12.1.31

3 McGowan B,Ayers M.Electronic Resources Reviews and ReportsJoVE:Not Just a Publisher,a Film Producer[EB/OL].2012,DOI:10.5062/F4JS9NC6

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6 Institutions.[EB/OL].[2014-06-13]http://www.jove.com/institutions

7 Team.[EB/OL].[2014-06-13]http://www.jove.com/about/team

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9 Peer Review Guidelines.[EB/OL].[2014-06-13]http://www.jove.com/publish/peer-review-guidelines

10 JoVE Science Education Database.[EB/OL].[2014-06-13]http://www.jove.com/science-education-database? utm-source=homepage

11 Sponsored Articles.[EB/OL].[2014-06-13]http://www.jove.com/search?list=sponsored

12 Editor′s Picks.[EB/OL].[2014-06-13]http://www.jove.com/editors-picks

13 Application Notes.[EB/OL].[2014-06-13]http://www.jove.com/search?list=application

14 Sponsored Articles.[EB/OL].[2014-06-13]http://www.jove.com/subscribe

15 Maki1 B A,Cummings K A,PaganelliM A,Murthy SE,Gabriela K P.One-channel Cell-attached Patch-clamp Recording,2014,DOI:10.3791/51629.[EB/OL].[2014-06-13]http://www.jove.com/video/51629/one-channel-cell-attached-patch-clamp-recording

16 Subscribed Institutions.[EB/OL].[2014-06-13]http://www.jove.com/subscribe/subscribed-institutions

17 Hafner M,Landthaler M,Burger L,et al.PAR-CliP-A Method to Identify Transcriptome-wide the Binding Sites of RNA Binding ProtEIns.2010,DOI:10.3791/2034.[EB/OL].[2014-06-13]http://www.jove.com/video/2034/par-clip-method-to-identifytranscriptome-wide-binding-sites-rna

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