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本刊创刊于1987年,原名《盐城工业专科学校学报》。1996年,盐城工专与盐城职大合并,组建盐城工学院,由此,将《盐城工业专科学校学报》更名为《盐城工学院学报》。1998年9月,经国家新闻出版总署批准,获正式刊号(在此之前,为江苏省新闻出版局批准的临床刊号)。《学报》的报道内容以自然科学为主,教学教育研究等社科类文章。2001年12月,国家新闻出版总署正式批准我院出版《盐城工学院学报》(自然科学版)。自2002年第1期始,所刊载文章全为自然科学类作品。