王璐瑶,刘丽杰,2,丁美云,孙玉婷,于梦迪,张东向,2,李珊珊,2,金忠民,2
(1.齐齐哈尔大学生命科学与农林学院,黑龙江齐齐哈尔 161006;2.黑龙江省抗性基因工程与寒地生物多样性保护重点实验室,黑龙江齐齐哈尔 161006)
黑龙江省地处中国高寒地区,几乎没有越冬作物,寒地冬小麦品种东农冬麦1号(Dn1)是中国首例能在黑龙江省高寒地区安全越冬(返青率>85%)的强抗寒性(可耐-30 ℃低温)品种,可与大豆等作物进行套种,不仅可解决作物重茬问题,使产量增加,还可改变黑龙江省长期以来1年1熟的种植制度,实现2年3熟制,提高土地利用率和粮食生产率,有利于黑龙江省种植业的可持续发展。
基因属于第3组LEA(LEA3)基因家族,参与冬小麦抗寒调控。编码的蛋白包含166个氨基酸,其中有9个氨基酸突变率较高,与赤霉素诱导的蛋白ES2A有84%的同源性,可响应低温、脱落酸和赤霉酸的诱导,在小麦所有器官中均有表达。基因编码的蛋白具有高度亲水性,可在干旱和低温胁迫下保护细胞膜的稳定性,减轻干旱和低温胁迫造成的伤害。前人研究表明,大豆、水稻、棉花、葡萄、大麦和小麦中存在不同的基因家族成员。
油菜素内酯(brassinolide,BR)是一种具有高活性的无毒的类固醇激素,可控制细胞分裂、植株营养生长、种子萌发等生理过程,广泛参与植物的逆境响应过程。BR在植物体内含量极低,但其生理活性却极高,极低浓度的BR就可以对植物产生明显的影响。研究表明,BR在植物响应非生物胁迫过程中起正向调控作用,外源喷施一定浓度的BR可增强植物对冷冻胁迫和盐胁迫的耐受性。但目前有关BR对冬小麦抗寒基因表达的影响还未见报道。因此,本研究对Dn1中的基因进行克隆,利用生物信息学对wrab17蛋白进行分析,并通过qRT-PCR技术分析BR处理对低温胁迫下Dn1中基因表达量的影响,探究基因调控Dn1的抗寒机制,以期为探索冬小麦在高寒地区安全越冬提供理论依据。
供试材料为寒地冬小麦品种东农冬麦1号(Dn1),由齐齐哈尔大学生命科学与农林学院植物代谢生理实验室提供。
选择大小一致、饱满的小麦种子,于2020年9月播种于齐齐哈尔大学试验田,株距5 cm,行长1 m,行距20 cm,正常田间管理。于小麦三叶期在叶片上喷施BR(0.1 mg·L),对照组喷施蒸馏水,连续10 d日最低温度平均值为5 ℃、0 ℃、-10 ℃、-25 ℃时,对冬小麦分蘖节和叶片进行取样,用双蒸水进行清洗,擦干分装,液氮速冻后置于-80 ℃保存。
利用Trizol法分别提取小麦叶片和分蘖节的总RNA。利用微量紫外分光光度计测定RNA的浓度和纯度,并进行琼脂糖凝胶电泳,检验RNA的完整性,RNA合格后置于-80 ℃保存。以叶片和分蘖节的总RNA为模板,使用PrimeScriptRT reagent Kit(TaKaRa,大连)合成cDNA第一链,置于-20 ℃冻存。
从NCBI(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)中获得小麦基因的全长序列(Genebank登录号:AF255053.1)。利用Primer Premier 5设计特异性引物wrab17-F/R(表1),以小麦分蘖节cDNA为模板,利用Premix Taq(RR003A)(TaKaRa,大连)进行PCR扩增,PCR扩增体系和扩增程序均按照说明书进行,退火温度为60 ℃。利用1%的琼脂糖凝胶电泳进行检测,利用胶回收试剂盒(景新,杭州)进行凝胶回收,利用DNA连接酶将目的基因连接到pMD18-T载体(TaKaRa,大连)上,并将连接产物导入大肠杆菌感受态DH5α中,利用菌落PCR检测阳性单克隆,利用质粒提取试剂盒(索莱宝,北京)提取质粒,然后送上海生工生物工程股份有限公司进行测序。
表1 本研究用到的引物信息
利用ProtParam(https://web.expasy.org/protparam/)分析蛋白的基本理化性质。利用Expasy-protscale(https://web.expasy.org/protscale/)分析蛋白的亲疏水性。利用TMPred(https://www.expasy.org/resources/tmpred)预测蛋白的跨膜区域。利用SingleP 5.0(http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP)预测蛋白的信号肽。利用SOPMA(https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/)预测蛋白的二级结构,并利用Swiss-model(https://swissmodel.expasy.org/)预测蛋白的三级结构。利用MEGA 5.0软件构建小麦与其他10种植物的 wrab17蛋白进化树,利用Clustal Omega(https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/)对这些物种的蛋白序列进行比对。
根据基因的cDNA序列设计qRT-PCR引物wrab17-2F/2R,以为内参基因,按照TB Green Premix Ex Taq试剂盒(TaKaRa,大连)说明书反应体系进行qRT-PCR。反应程序:95 ℃ 30 s;95 ℃ 5 s,60 ℃ 34 s,40个循环。利用2-ΔΔt法计算基因的相对表达量,3次生物学重复,用SPSS软件进行差异显著性分析。
以Dn1 cDNA为模板,利用特异性引物wrab17-F/R进行PCR扩增,从图1可以看出,可扩增出500 bp左右的条带(图1)。经NCBI分析表明,冬小麦基因的全长为735 bp,其中开放阅读框为500 bp,可编码166个氨基酸。
M:DL2000;1~4:PCR扩增产物。
2.2.1 wrab17蛋白的基本理化性质分析
ProtParam分析表明,wrab17蛋白的分子式为CHNOS,相对分子质量为 17 160.71 Da,属于稳定蛋白,稳定指数为 22.59,理论等电点(pI)为4.85。wrab17蛋白的氨基酸组成中,丙氨酸的含量最高,占比 17.5%;表面带负电荷的氨基酸(天冬氨酸+谷氨酸)残基有28个,表面带正电荷的氨基酸(精氨酸+赖氨酸)残基有20个,平均亲水系数为-0.807。
2.2.2 wrab17蛋白的亲疏水性、跨膜区、信号肽以及二三级结构分析
Expasy-protscale软件分析表明,wrab17蛋白的亲水性指数为0.956,疏水性指数为-2.078,为疏水性蛋白(图2A)。TMPred在线软件分析表明,wrab17蛋白无跨膜区(图2B)。SingleP 5.0软件分析表明,wrab17蛋白不存在信号肽(图2C)。用SOPMA对wrab17蛋白的二级结构进行预测,结果(图2D)显示,wrab17蛋白含有72.29%的α-螺旋,5.42%的延伸链,3.61%的β-转角和18.67%的无规则卷曲。进一步利用Swiss-model对 wrab17蛋白的三级空间结构进行预测,结果(图2E)显示,该蛋白的二级结构与三级结构相似。
A:wrab17蛋白的亲水性分析;B:wrab17蛋白的跨膜区检测;C:wrab17蛋白的信号肽分析;D:wrab17蛋白的二级结构;E:wrab17蛋白的三级结构。
2.2.3 wrab17蛋白的系统进化树分析及同源蛋白序列比对
利用MEGA 5.0构建小麦与二粒小麦()、硬粒小麦(subsp.Durum)、旱麦草()、冰草()、贵州悬竹()、柳枝稷()、粗山羊草()、高粱()、二穗短柄草()、蒙古冰草()wrab17蛋白的系统发育树(图3),利用Clustal软件对上述植物wrab17蛋白的氨基酸序列进行比对(图4)。结果均表明,小麦与粗山羊草的wrab17蛋白亲缘关系最近;二粒小麦与硬粒小麦以及高粱、二穗短柄草与蒙古冰草的亲缘关系较近,而与小麦wrab17蛋白的亲缘关系较远。
图3 小麦与其他10种植物wrab17蛋白的系统发育树
图4 小麦与其他10种植物wrab17蛋白氨基酸序列的比对结果
从表2可以看出,随着温度的降低,Dn1叶片中基因的表达量在对照组和BR处理组均呈现先升后降的变化趋势,均在-10 ℃达到峰值,且两个处理之间无显著差异;Dn1分蘖节中基因的表达量在对照组和BR处理组均呈现“升-降-升”的变化趋势,分别在0 ℃和-25 ℃达到峰值,均显著高于5 ℃和-10 ℃的表达量。与对照组相比,BR处理提高了Dn1叶片中基因在5 ℃、0 ℃、-10 ℃的表达量,且在0 ℃时达到显著水平;提高了Dn1分蘖节中基因在5 ℃、0 ℃、-10 ℃、-25 ℃的表达量,且在0 ℃、-10 ℃、-25 ℃达到显著水平。
表2 BR对低温胁迫下Dn1叶片和分蘖节中 wrab17基因相对表达量的影响
基因属于基因家族成员,在低温和干旱胁迫中发挥着重要作用,可保护生物大分子免受逆境的伤害。LEA蛋白最初是由Dure等在棉花中被发现,随后其在蕨类、藻类、苔藓类、小麦、玉米、水稻、油菜等植物中也被鉴定出来。研究表明,LEA3蛋白与植物的抗逆性有关。
本研究表明,基因在Dn1叶片和分蘖节中均有表达,但在不同温度下,Dn1叶片和分蘖节中基因的表达量有所不同。总体表现为叶片中基因在-10 ℃时表达量最高;分蘖节中基因在-25 ℃时表达量最高,且明显高于叶片中的表达量,说明在-25 ℃低温胁迫下,分蘖节更具有抗寒能力。这与于 晶等报道的分蘖节是决定高寒地区小麦安全过冬的重要器官相一致,也说明了基因与Dn1的抗寒性密切相关。
BR参与植物的低温胁迫,保护植物免受低温胁迫的伤害。前人研究表明,BR可改善低温胁迫下黄瓜和番茄的光合作用,从而增强黄瓜和番茄对低温的抗性。本研究结果表明,BR处理后可提高低温胁迫下Dn1叶片和分蘖节中基因的表达量,在5 ℃时Dn1叶片和分蘖节中基因的表达量在BR处理组和对照组之间差异均并不显著,而在0 ℃时差异均显著,初步预测Dn1中基因是在0 ℃开始对寒冷做出应答反应。而在-25 ℃时叶片中基因的表达量较低,而分蘖节中的表达量较高,这可能与叶片本身的抗寒能力有关,进一步证明了分蘖节具有更强的抗寒能力。BR处理组Dn1中基因的表达量高于对照组,也说明BR可提高Dn1的抗寒能力,对Dn1的安全越冬具有一定的促进作用。
总之,本研究从Dn1中克隆了基因,其编码的蛋白属于稳定蛋白,该蛋白无跨膜区和信号肽。-25 ℃时Dn1分蘖节中基因的表达量明显高于叶片中的表达量。BR处理正向调控基因的表达。本研究初步探究了基因在Dn1抗寒中发挥的功能,为BR参与低温调控提供了信息支持,也为小麦抗寒分子育种及栽培调控提供新思路,并丰富了耐寒基因资源。