二代测序辅助诊断鹦鹉热衣原体肺炎3例报道并文献复习

邱晨辉 叶健

例1男，45岁。因“头昏乏力5 d，行走不稳伴言语含糊3 d”于2019年2月19日入浙江大学医学院附属杭州市第一人民医院。患者5 d前出现头昏思睡，伴乏力纳差，3 d前起床时家属发现患者言语含糊，伴行走不稳，并出现腹泻，当天解4次水样便，偶有咳嗽，咳白色黏痰，当时未重视未就诊。2 d前言语含糊、行走不稳症状加重，至当地医院就诊，予以抗感染补液后上述症状无明显好转，遂转至本院。既往无基础疾病史，查体：体温：34.9℃。神志清，言语含糊，双侧瞳孔0.25 cm，对光反射灵敏，双侧鼻唇沟对称，伸舌不偏，颈软，四肢肌力5级，肌张力正常，腱反射对称（++），巴氏征（-），肢体痛觉无减退，指鼻试验正常，心脏听诊无殊，左下肺可闻及少许湿啰音，肝脾肋下未及。辅助检查：2019年2月19日头颅MRI：胼胝体压部小片状异常信号，胼胝体压部脑白质病可能；胸部CT检查：左下叶肺炎（图1a-b）。腰穿脑脊液检查：脑脊液生化，蛋白42.2 mg/dl，葡萄糖6.75 mmol/L，氯化物125 mmol/L。脑脊液常规：潘氏试验阴性，脑脊液红细胞5 U/L，脑脊液有核细胞1/μl。血生化：ALT 75 U/L，AST 162 U/L，尿素 5.15 mmol/L，肌酐 122 μmol/L，β- 羟丁酸 682 μmol/L，肌酸激酶（CK）11 480 U/L，肌酸激酶同工酶（CKMB）145 U/L，乳酸脱氢酶 928U/L，血淀粉酶136 U/L，钠126 mmol/L，钾 2.83 mmol/L，氯 94 mmol/L，降钙素原0.15 ng/ml；动脉血气无异常。

入院后予以头孢哌酮舒巴坦针2.0 g，静脉滴注，1次/8 h经验性抗感染，并送检痰培养、血培养，治疗3 d后患者体温最高仍有40.1℃，抗感染治疗效果不佳，患者病情重，难以耐受支气管镜检查，予以抽血送宏基因二代测序（metagenomic next generation sequencing，mNGS）检查，复查胸部 CT（图1c-d）：左下叶实变影，较 2019年2月19日胸部CT明显进展，仔细询问患者及家属得知有活鸡活鸭接触史，改用左氧氟沙星针0.5 g，1次/d覆盖非典型病原菌。2 d后mNGS报告提示：检出鹦鹉热衣原体序列数3；继续予以左氧氟沙星抗感染，患者体温及炎症指标逐渐下降，ALT、AST、CK、CKMB 恢复正常，头昏乏力症状消失，体温恢复正常，治疗10 d后顺利出院。嘱继续左氧氟沙星片0.5 g，1次/d口服治疗1周。1个月后当地医院复查胸部CT，两肺实变影基本消失，炎性渗出基本吸收。

图1 例1胸部CT检查所见（a-b：入院当天胸部CT检查提示左下肺实变渗出影，炎症考虑；c-d：入院4 d后胸部CT检查见左下肺实变渗出较2019年2月19日增多）

例2男，48岁。因“发热1周，胸闷5 d，咳嗽2 d”于2020年9月19日入本院。患者1周前着凉后出现畏寒、发热，伴乏力，自行服用布洛芬分散片退热治疗。5 d前逐渐出现胸闷气促，2 d前出现咳嗽，咳少量白色黏痰，不易咳出，时伴心悸，遂至当地医院就诊，胸部CT检查：右肺下叶大叶性实变。考虑社区获得性肺炎，予以哌拉西林他唑巴坦钠3.375 g，1次/8 h联合左氧氟沙星针100 ml静脉滴注抗感染、磷酸奥司他韦抗病毒、甲强龙抗炎、止咳化痰等治疗，症状无好转，转至本院。患者发病以来饮食、睡眠欠佳，体重下降7.5 kg。既往无高血压、糖尿病、心脏病等基础病，3年前摔倒后右足骨折，行骨折内固定术，现已痊愈。养鸭3年余。入院查体：血压：90/63 mmHg，体温：37.1℃。两肺呼吸音粗，右肺可闻及湿啰音，心脏听诊无殊，肝脾肋下未及，神经系统检查阴性。辅助检查：血气分析：pH 7.44，PCO230.50 mmHg，PO255.0 mmHg，剩余碱 -2.5 mmol/L，动脉氧饱和度90%。血常规：WBC正常，中性粒细胞96.2%，CRP 276 mg/L，降钙素原21.944 ng/ml。血 生 化 ：ALT 82 U/L，AST 197 U/L，CK 501 U/L，肌钙蛋白0.45 μg/L。2020年9月19日胸部CT检查（图2a）：两肺多发感染性病变，两下肺为主。两侧胸腔少许积液。B超检查提示肝脾肿大。

入院后考虑患者病情较重，外院多种抗生素治疗效果欠佳，选用美罗培南1.0 g，1次/8 h抗感染，患者血气分析提示Ⅰ型呼吸衰竭，予经鼻高流量湿化氧疗（high-flow nasal cannula oxygen therapy，HFNC）治疗，3 d后患者体温仍高，感染症状无明显改善，同时呼吸困难加重，复查胸部CT（图2b）：两下肺实变渗出影，较2020年9月19日CT明显进展。由于患者病情进展迅速，予加用万古霉素针1.0 g，1次/12 h静脉滴注抗感染，同时抽血送mNGS检查，次日报告提示：检出鹦鹉热衣原体序列数64。停用美罗培南和万古霉素针，改左氧氟沙星片0.5 g，1次/d联合口服多西环素0.1 g，1次/12 h抗感染治疗，患者病情逐渐好转，2020年9月28日复查胸部CT（图2c）：两肺多发感染性病变考虑，两下肺为主，较2020年9月22日好转，部分趋间质改变，两侧胸腔少许积液较前吸收。7 d后患者再次复查胸部CT（图2d）：两下肺感染灶较2020年9月28日明显吸收，未见胸腔积液。顺利出院，继续左氧氟沙星片0.5 g，1次/d联合多西环素0.1 g，1次/12 h口服治疗2周，目前随访患者病情稳定，未再复发。

图2 例2胸部CT检查所见（a：入院当天胸部CT检查提示两肺多发感染，两下肺为主；b：入院3 d胸部CT检查提示感染较入院CT明显进展；c：多西环素联合左氧氟沙星片治疗4 d复查胸部CT，提示右肺感染略所吸收，部分趋间质改变，左肺感染吸收；d：联合治疗10 d复查胸部CT，提示双肺感染灶明显吸收）

例3男，53岁。因“左下腹痛半个月，发热5 d，咳嗽2 d”于 2019年 12月 11日入本院。患者半个月前出现左下腹痛，呈阵发性钝痛，程度可忍，未行治疗。5 d前患者出现发热，最高体温39.6℃，伴畏寒寒战，仍未治疗。2 d前出现咳嗽咳痰，无发热，来本院就诊，家中散养鸽子数年。入院体检：脉搏：69 次 /min，呼吸：19 次 /min，血压：95/63 mmHg，体温：39.2℃。神志清，精神软，皮肤无黄染，淋巴结未触及肿大，双侧瞳孔等大等圆，直径约2.5 mm，对光反射灵敏，两肺呼吸音粗，未闻及湿啰音，心律齐，未闻及病理性杂音，腹平软，未见腹壁静脉曲张，未见肠型及蠕动波，左下腹压痛，无明显反跳痛及肌紧张，肝脾肋下未触及，神经系统查体阴性。辅助检查：血常规 WBC 4.5×109/L，中性粒细胞83.3%，CRP 142 mg/L；ESR 35 mm/h；血生化：ALT 72 U/L，AST 47 U/L，总胆红素30.2 μmol/L；降钙素原 0.8 ng/ml。

入院后予以头孢曲松2.0 g，1次/d静脉滴注抗感染治疗5 d后，患者仍有高热，查胸部CT（2019 年12月14日，图3a-b）：右肺下叶大片实变影；复查血常规WBC17.3×109/L，中性粒细胞 95.2%，CRP 71 mg/L，提示抗感染效果不佳，予支气管镜检查（图4）：常规镜下未见异常，径向超声探头见右肺下叶外基底段探及低回声区；并行支气管镜肺活检（transbronchil lung biopsy，TBLB），取肺组织送检mNGS；TBLB病理提示肺组织内多量纤维素性渗出及炎症细胞浸润、组织细胞反应（图5）；2019年12月24日肺组织mNGS检出鹦鹉热衣原体序列数163，予以莫西沙星0.4 g，1次/d联合多西环素0.1 g，1次/12 h抗感染，1周后复查CRP恢复正常（＜0.499 mg/L），3周后复查胸部CT（图3c-d）：右肺下叶实变影较2019年12月14日明显吸收。

图3 例3胸部CT检查所见（a-b：入院3 d胸部CT检查提示右下肺实变渗出影，炎症考虑；c-d：莫西沙星治疗10 d后复查胸部CT，提示右下肺炎症较入院CT明显吸收）

图4 例3支气管镜检查所见（a：隆突常规镜下未见异常；b：右主支气管常规镜下未见异常；c：左主支气管常规镜下未见异常；d：径向超声探头见右肺下叶外基底段探及低回声区）

图5 例3肺组织病理学检查所见（a：肺组织内多量纤维素性渗出及炎症细胞浸润、组织细胞反应，HE染色，×40；b：为a放大后所示，HE染色，×100）

讨论鹦鹉热衣原体具有独特的二相型发育周期，革兰染色呈阴性。目前鹦鹉热衣原体分为 A～G、WC、E/B及 M56型 10个基因型[1]，其中对人致病的主要为A型。鹦鹉热衣原体主要通过接触鹦鹉、鸽子、家禽等鸟类传播，有文献报道人际传播的案例，但较为罕见[2]。目前世界各地均有鹦鹉热衣原体感染的案例报道，但由于该病确诊困难，缺乏大规模流行病学调查数据，国外有文献报道鹦鹉热衣原体肺炎约占社区获得性肺炎的l%[3]。

鹦鹉热衣原体的临床表现并不典型，症状由轻到重表现不等，可累及不同器官或组织，包括肺、皮肤、心脏、肝脾、肾脏等[4]，其中肺是最常受累的器官。临床上最常见的症状包括发热、咳嗽、疲劳、头痛、肌肉酸痛等。鹦鹉热衣原体感染引起的横纹肌溶解综合征比较罕见，但也有个案报道[5]。本文例1也出现CK、CKMB急剧升高，可能是鹦鹉热衣原体感染导致的横纹肌溶解综合征。

以往认为鹦鹉热衣原体很少引起重症肺炎，而本文3例患者入院后均病情进展，例1和例2影像学表现快速进展，例1出现Ⅰ型呼吸衰竭，例2也有呼吸困难表现，因此，鹦鹉热衣原体引起的重症肺炎可能并不少。有文献指出，急性原发性非典型肺炎患者如短期内无法确定病原，患者的病情可能会加重，有10%的患者甚至有生命危险[6-7]。该病影像学表现缺乏特异性，胸部CT表现为肺部炎性浸润，累及肺段甚至整叶，部分可伴有胸腔积液[8-9]。本文3例患者CT检查均可见单侧或双侧下肺实变渗出影，符合上述表现。提示临床医生发现患者影像学表现为大叶性肺炎，常规抗感染治疗无效时，除军团菌肺炎以外还要考虑到鹦鹉热衣原体感染。

目前微免疫荧光实验（MIF）是最常用的检测手段。其诊断标准为：MIFIgG≥1∶512和（或）IgM≥1∶32，同时还要排除类风湿因子所致的假阳性[10]。MIF检测的缺点是容易受到基础免疫病影响出现假阳性，或者由于前期抗生素使用出现假阴性[11]。

mNGS是新一代的病原微生物鉴定方式，是指利用二代测序技术获取样本中所有核酸片段的序列信息，经过生物信息分析与比对，检测出所有微生物的种类及序列数量的方法[12-13]。相比传统的培养及血清学检测方法快速高效且无偏倚，可及早诊断病原并减少临床抗生素的过度使用，缩短住院时间。mNGS的缺陷在于缺乏公认的判读标准、测序结果与治疗关系不明确、耐药基因难以检测及检测费用明显高于传统检测手段[14]。因此权衡检测的时机及对象较为关键。国内专家共识[15]指出mNGS适用于以下任一情形：（1）患者病情危重需尽快明确病原体；（2）特殊患者如免疫抑制宿主、合并基础病的重症患者需尽快明确病原体；（3）传统检测技术反复阴性且治疗效果不佳；（4）疑似新发病原体，临床提示可能存在感染性；（5）疑似特殊病原感染；（6）长期发热和（或）伴有其他临床症状、病因不明的感染。本文3例患者均是在经验性抗感染治疗无效,病情进展后采用mNGS辅助诊断，选择这一时机应当是合适的。

目前四环素类抗生素是鹦鹉热衣原体治疗的首选药物[2]，包括多西环素或盐酸四环素。盐酸四环素的成人推荐剂量为250 mg，4 次 /d；多西环素 100 mg，2 次 /d；为避免复发疗程至少持续3周。当单用四环素类药物治疗效果欠佳时，大环内酯类可作为很好的替代选择。虽然喹诺酮类与四环素类和大环内酯类药物相比，对鹦鹉热衣原体的活性较低，但近年发现国内衣原体对四环素类及大环内酯类的耐药性明显增加[16]，因此在我国临床治疗中喹诺酮类也逐渐成为选择之一。对于重症患者可四环素类联合大环内酯类或喹诺酮类药物治疗，伴血流动力学不稳定和呼吸衰竭的患者还需循环及呼吸支持治疗。由于大环内酯类联合喹诺酮类药物容易引起Q-T间期延长，故不推荐这两者的联合疗法。本文例1单用左氧氟沙星片抗感染；例2予以左氧氟沙星片联合多西环素治疗，并行HFNC呼吸支持；例3采用莫西沙星联合多西环素治疗，都取得了良好的疗效。

综上所述，mNGS是对传统检测方法的有效补充。当患者病情加重而又难以通过传统检测明确病原，尽早明确病原是诊疗的关键。如果有条件，用组织标本进行mNGS检测较血液和肺泡灌洗液标本阳性率更高。以往认为鹦鹉热衣原体很少引起重症肺炎，但本文3例患者均在入院后病情进展，其中2例有影像学表现快速进展和重症肺炎表现，需警惕此类感染有重症化趋势，对此需要进一步开展多样本、多中心监测进一步明确。