科学家破译软籽石榴“突尼斯”全基因组密码

近日，Plant Biotechnology Journal在线发表了中国农业科学院郑州果树研究所曹尚银课题组完成的软籽石榴“突尼斯”的高质量基因组图谱。

该研究基于二代和三代测序获得了软籽石榴“突尼斯”高质量基因组序列，基因组大小为320.31 Mb，Contig N50为4.49 Mb，注释了33594个基因。采用Hi-C光学技术结合遗传图谱将97.76%的序列组装到了8对染色体上。与现有的“泰山红”石榴基因组相比，“突尼斯”多组装出了46.01Mb序列，Contig N50的平均长度提升了46倍，在组装完整度及精确度上都得到了极大的提升。

比较基因组学研究表明，软籽“突尼斯”基因组和硬籽“泰山红”“大笨籽”基因组间存在着大量的SNP和InDel变异。对26个石榴品种进行群体遗传学分析表明，软籽石榴群体和硬籽石榴群体间存在着大量的受选择位点。尤其是Chr1上，存在着高达26.2Mb的受选择区段。基因注释信息表明，与基因组变异及选择信号相关的基因潜在地影响着石榴硬籽和软籽特性分化。