2002年,医院在全国率先创立新生儿转运新模式。2008年,纳入原上海市卫生局建设危重新生儿救治中心的统一部署,以先进的服务理念和完善的服务流程,率先建立国内领先、符合国际先进理念的“院前评估-院际转运-急诊-新生儿重症监护室”新生儿救治网络。依靠“政府部门监管、专业机构质控、医疗机构负责和社会组织参与”的有效联动机制,该网络已成为有力保障新生儿健康的“生命之网”。16年来,医院共转运危重新生儿近万余例,承担上海市9个区的常规转运工作,并辐射华东地区乃至全国。
医院于2016年率先成立国内首个诊断不明疾病诊治中心,依托分子遗传诊断中心、精准医学中心、转化医学技术等,使得4500多例儿童疑难罕见病得以确诊,还发现胆汁淤积症等的新的致病基因,达到国际先进水平。医院自2014年起在全国率先探索儿科医联体模式,先后成立由复旦大学10家附属医院组建的儿科横向医联体和覆盖闵行区内所有13家社区卫生服务中心、3家综合医院儿科的纵向儿科区域医联体。通过“三个平移”(管理平移、技术平移、品牌平移)和“四个统一”(统一的医疗安全和质量要求、统一的医疗服务模式、统一的学科发展规划、统一的信息化共享系统),推进区域儿科协同发展,引导儿童就近有序就医。