白帅,侯榆青,贺小伟,薛心雨
化学交换饱和转移的Z谱分析展示系统
白帅,侯榆青,贺小伟*,薛心雨
目的 建立一个简单友好,显示和分析化学交换饱和转移(chemical exchange saturation transfer, CEST)Z谱的软件工具包,方便临床医生和研究者进行应用研究。材料与方法 使用传统CEST成像方法采集数据,通过MATLAB GUI制作系统,并通过两种方法实现定制选取以鼠标指定点为中心的任意大小的多个感兴趣区域(region of interest, ROI),展示其Z谱,并对其进行分析比较。结果 图像不同位置ROI、不同像素大小ROI得到的Z谱不同,反映出不同的生物学信息。结论 Z谱决定最终CEST信号分析与相关生物医学信息提取。系统主要功能包括CEST图像归一化去噪,不对称磁化传递速率(magnetization transfer ratio, MTRasym)映射的形成,ROI选取及Z谱拟合。
化学交换饱和转移;感兴趣区域;Z谱;磁共振成像
化学交换饱和转移(chem ical exchange saturation transfer, CEST)是一种新型的磁共振成像(magnetic resonance imaging, MRI)对比机制,因其具有无创伤、高分辨率以及可以检测随体内变化的参数等优点,在生物医学领域迅速引起了广泛的探索研究[1-2]。最常用的CEST对比实验是利用特定的偏共振饱和脉冲,对特定物质进行充分的预饱和,这种饱和通过化学交换影响自由水的信号
Received 7 Jan 2016, Accepted 31 Mar 2016
ACKNOW LEDGMENTSThis work was part of project of National Natural Science Foundation of China (No. 61372046).
强度,通过检测水信号,间接反映物质信息以及化学交换的组织环境。图1显示了在双池交换模型下CEST放大信号的原理[3],小池S是溶质质子池,大池W是水池,在S池溶质可交换质子(一般是H质子)共振频率处施加一个射频饱和脉冲,溶质池中的H质子与水池中的H质子进行交换,交换速率分别是Ksw与Kws,达到饱和平衡后,水的共振峰信号降低,通过水信号的变化间接获得了交换质子的信息。由于人体内自由水的含量很大,所以饱和效应不断累积,使累积的水信号达到能够观察的量级,所以CEST起到放大器的作用。但是射频饱和脉冲的应用会导致其他水信号的损失,如磁化转移对比(m agnetization transfer contrast, M TC)[4]、直接水饱和(direct saturation, DS)[5]等。为了分析信号损失来源,需要绘制水信号饱和强度归一化曲线,作为饱和偏移量函数,称为Z谱或CEST谱[6]。为了移除M TC和DS等对CEST信号的干扰,文章系统通过计算可交换质子在共振频率处的不对称磁化转移率(magnetization transfer ratio, M TRasym):MTRasym=[S(-Δω)-S (+Δω)]/S0。
CEST数据处理过程繁琐耗时,是一个亟待解决的问题。选取CEST图像感兴趣区域(region of interested, ROI)拟合其Z谱,通过分析Z谱,能够分析水信号损失来源并提取相关生物医学信息,但是目前ROI的选取是广泛使用该技术的重要挑战。文章系统实现定制选取以鼠标指定点为中心的、任意大小的多个ROI,然后拟合其Z谱。以传统CEST成像方法得到的仿体数据为例,提供两种选取ROI的方法,一种方法是半自动法,可以随意选取ROI个数,且位置大小可调,这种方法在CEST对比研究中实用性很强,使用广泛。另外一种方法是选取不同像素大小的ROI,例如2×2,3×3像素,在进行定量分析时使用最多。该系统不仅方便CEST数据处理,提供了两种选取ROI的方法,对特定医学图像使用,而且拟合展示了不同ROI的Z谱,为CEST在临床上的应用可提供一定的便利。MATLAB集数学计算、可视化和可编程功能于一体,用它来做这样的拟合展示工作,将使这项工作更加简便。
1.1 实验数据
图2说明了传统CEST方法的成像序列,在11.7 T磁共振扫描仪扫描,B1=3.6 uT,采集矩阵大小为64×64,视野FOV=12 mm×11.5 mm,饱和时间为2.4 s,TR/TE=6 s/3.4 ms,Z谱获取范围是-10~10 ppm,步长为0.2 ppm,水膜的配料为肌醇(Myo-inositol)、左精氨酸(L-Arginine)、巴比妥酸(barbituric acid,BA),都混合2%的琼脂(Agar),模仿体内CEST、DS和MT信号损失;两个对照管为在磷酸盐缓冲液中加2%的Agar和BA。
1.2 MATLAB制作分析系统
图3是系统的用户界面,界面分左边图形显示窗口和右边功能按钮及左上角的菜单栏三部分。具有导入数据归一化、阈值去噪、不对称量化形成M TRasym映射、选取ROI以及拟合Z谱等功能。在界面的左边显示出每一步的结果,结果通过保存按钮保存,保存按钮分为图片保存和数据保存,系统通过退出按钮退出。导入数据选择要处理的层,调用Bruker Open函数打开数据,然后通过拟合归一化水信号(Ssat/S0)寻找偏移量对应的最强水饱和度,形成B0映射,然后通过样条插值与感兴趣的偏移量对应。阈值去噪是通过使用先验确定的信噪比映射过滤掉SNR低于35的像素及背景区域。MTRasym映射是去噪后经过不对称MTRasym量化得到,使用不对称M TRasym量化可以去除M T和核奥氏效应(nuclear overhauser effect, NOE) 等对CEST信号的影响。ROI的选取在临床上非常重要,可以帮助临床医生正确判断肿瘤位置,文章通过两种方法选取ROI,一种方法是半自动选取,ROI的大小和位置可调,另外一种方法是选取不同像素大小ROI。最后拟合Z谱,定量分析不同ROI反应的生物学信息。Z谱的绘制是通过不同偏置频率的图像除以预饱和脉冲的图像,计算其平均信号强度,以偏置频率为横坐标,信号强度为纵坐标,经过光滑曲线拟合得到,同时左边减去右边得到MTRasym谱,点击按钮Save Data,把数据保存到Excel进行分析。
1.3 系统的功能结构(图4)
系统ROI个数可以任意选取,以n=3为例,图5为仿真程序运行过程中的3个瞬时画面。图5A是归一化图像,图5B是阈值去噪后的图像,图5C是得到的MTRasym映射。由CEST原理知,CEST信号相对于水的共振频率两边不对称,假设M TC、DS及NOE等相对于水的共振频率对称,为了分开CEST与MTC和DS及NOE,使用不对称性进行量化MTRasym,左边减去右边去掉了对称成分,留下不对称的CEST成分。图5C可看到有一些阴影,这是因为M TC和NOE等可能有不对称成分影响CEST信号检测,复杂化了不对称性分析,图中的阴影即是没有被去掉的MTC和NOE等不对称分量或者是溶质浓度较低的CEST信号。
2.1 不同位置ROI的Z谱展示
绘制选取不同位置ROI后得到的Z谱见图6,其中ROI选取是第一种半自动方法,ROI的位置、大小均可调节。图6A~C是分别选取不同ROI的位置,大小相同。图6D~F分别是其对应拟合得到的Z谱,横坐标是饱和偏移量,单位是ppm,纵坐标是MTRasym值。从图6D可以看出图6A选取的3个ROI都具有CEST效应,ROI1和ROI2区域的可交换质子共振频谱大于在3.5 ppm处,ROI3处的可交换质子的共振频谱大概在3.5 ppm,且ROI1和ROI2处MTRasym值比ROI3的值要高,CEST对比效应要
图1 CEST增强原理 图2 传统CEST成像方法序列 图3 系统界面 图4 系统的功能结构 图5 仿真过程中的3个瞬时图。A:归一化图像;B:去噪后图像;C:MTRasym映射Fig. 1 CEST enhancement principle Fig. 2 Sequence of traditional CEST imaging method Fig. 3 System interface Fig. 4 Functional structure of the system Fig. 5 Three instantaneous graphs in the simulation. A: Import data normalized image; B: Post noise image; C: MTRasymmetry after normalized contrast mapping.
好。图6E是变动了ROI3的位置,绘制Z谱,得到ROI3的Z谱,不具有不对称性,MTRasym几乎是0,这是因为ROI3所在区域不具有CEST效应,不是CEST信号,可能来自MTC或者DS等其他MT形式。图6F是3个RO I位置都改变后绘制得到的Z谱,可以看出3条拟合线都不具有不对称性,且MTRasym都是0,都不具有CEST效应,Z谱信号主要来自DS。上述过程中的Z谱数据均保存到Excel,用来定量分析比较水信号。所以根据分析Z谱,可以分析水信号损失来源,提取相关生物学信息。该ROI选取方法使用性很强,但是只针对特定医学图像,对于肿瘤等数据该方法存在误差,且必须需要有经验的研究者或临床医生选取才能进行实验研究,阻碍了该技术的广泛应用,目前实验室项目组正在努力寻求一种全自动的选取方法。
图6 相应选取的ROI位置及所对应的Z谱。A~C分别是选取的ROI位置;D~F分别是其对应的Z谱 图7 选取相同像素ROI拟合Z谱。A~C ROI像素分别为2×2,3×3,8×8;D~F分别是其对应的Z谱 图8 相同像素值不同位置ROI的Z频谱拟合。 A、B分别为像素值为3×3,改变ROI2的位置;C、D分别为对应的Z谱Fig. 6 The selecting of ROI position and the corresponding Z spectrum. A—C: The selection of ROI; D—F: Its corresponding of Z spectrum Fig. 7 Fitting the same pixel values of ROI’s Z spectrum. A—C: The pixel values for the ROIs are 2×2, 3×3, 8×8. D—F: Its corresponding of Z spectrum. Fig. 8 Fitting of the same pixel values but different position ROI’s Z spectrum. A, B: ROI1 and ROI3 pixel value is 3×3 in the same position and change the location of ROI2; C, D: Its corresponding of Z spectrum.
2.2 不同像素大小ROI的Z谱展示
图7是不同像素大小ROI的Z谱展示,ROI的选取使用第二种方法,以鼠标指定点为中心,选取相同像素不同数目的ROI,ROI位置都在CEST特性区域内。图7A~C中3个ROI分别是2×2,3×3,8×8像素大小。图7D~F分别是其对应的Z谱,从图中可以看出随着像素大小的增加,MTRasym值会减小,CEST不对称性降低。原因是随着ROI像素变大,所选范围会超出CEST造影区域,受到其他信号的干扰,以致MTRasym降低。所以在进行定量分析时,ROI选取一定要准确,不然会导致相关生物学信息 的错误判断,尤其是肿瘤信息的正确判断。
2.3 相同像素改变ROI位置展示Z谱 (改变ROI2位置)
图8是ROI的像素大小相同,只改变ROI2的位置后展示其Z谱并进行比较。图8C中ROI2的Z谱MTRasym几乎都是0,是因为选取的ROI2既不在CEST造影区域,也不在MT的其中一种方式区域内,所以几乎与横坐标重合。图8D中ROI2的Z谱MTR值最高点接近1,共振频率在大于3.5 ppm处,不对称性明显,CEST信号受其他信号影响较小。
CEST作为一种新型的分子成像技术,具有很大的临床应用前景。目前已广泛应用于脑肿瘤病理学分级、鉴别肿瘤复发、表针记性缺血、检测药物递送以及观测pH值和代谢物浓度变化等方面中[7-11]。虽然CEST中Z谱的不对称量化分析会受到MTC、NOE等影响,近年来研究者也相应的提出一些方法,如Bloch方程拟合[12–13]、洛伦兹线性拟合[14]及新的成像采集方案[15],但是尚不存在一种通用的方法,不对称MTRasym量化依然是使用最广泛的方法。
文章系统借助工程计算软件MATLAB制作用户图形界面和编写应用程序,成功实现了CEST中不同大小、不同位置、不同像素的ROI的Z谱展示,通过比较,可以很好地理解CEST原理及分析水信号损失来源,方便临床医生和研究者提取相关生物学信息。文章程序在MATLAB 2013. b版中调试通过。
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资讯 Information
《磁共振成像》杂志2016年投稿须知
1 总则
1.1 本刊介绍 《磁共振成像》杂志(Chinese Journal of Magnetic Resonance Imaging),是由国家新闻出版总署批准的中华人民共和国卫生部主管、中国医院协会和首都医科大学附属北京天坛医院主办的国家级学术期刊,刊号:ISSN 1674-8034 CN 11-5902/R,国内外公开发行,国内邮发代号:2-855。本刊是国内第一本医学磁共振专业的学术刊物,月刊,逢单月出版,大16开,80页。2010年起被美国《化学文摘》(CA)、美国《乌利希期刊指南》、波兰《哥白尼索引》(IC)、中国核心期刊(遴选)数据库、中国学术期刊综合评价数据库、中国学术期刊网络出版总库(CNKI数据库)、中文科技期刊数据库(重庆维普数据库)等数据库收录,2013年起被中国科学院文献情报中心评为“中国科学引文数据库(CSCD)来源期刊”,2013年起被中国科学技术信息研究所评为“中国科技核心期刊”、“中国科技论文统计源期刊”。该刊重点报道磁共振成像技术的临床应用与基础研究,内容包括磁共振成像临床研究、功能磁共振成像、磁共振成像序列设计和参数优化、磁共振对比剂的优化方案、新型磁共振对比剂的开发与应用、磁共振引导下介入治疗、磁共振物理学、磁共振成像的质量控制,以及磁共振成像最新进展和发展趋势等。除带英文摘 要的中文稿件外,同时欢迎全英文稿件投稿。
1.2 栏目设置 本刊栏目有名家访谈、述评、视点聚焦、学术争鸣、海外来稿、基础研究、临床研究、技术研究、经验交流、研究快报、讲座、综述、读片、法治视界、编读往来等。
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2 撰稿细则
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2.2 名词术语 以全国科学技术名词审定委员会审定公布的《医学名词》、《生物化学名词与生物物理学名词》和《人体解剖学名词》为准。名词术语尽量写全称,少用缩略语。对于英文医学专业词汇,除行业公知公用的词语外,其他均应注上全称,文中第一次出现必须写全称。
2.3 计量单位 采用国际单位制并严格执行国家标准GB 3100-3201《量和单位》的规定,一律采用法定计量单位表示,不使用已废除的非标准计量单位和符号。在一个组合单位符号内不得出现1条以上的斜线,例如不能写成mg/d,应写成mg/(kg·d)。
2.4 统计学符号 按GB 3358-82《统计学名词及符号》的有关规定书写。例如:平均值±标准差用x±s表示;t检验用英文小写斜体t;F检验用英文大写F;卡方检验用希文斜体2;相关系数用英文小写斜体r;自由度希文斜体γ;概率用英文大写斜体P;样本数用英文小写斜体n。
2.5 数字用法 按照国家标准GB/T 15835-1995出版物上数字用法的规定,凡是可以使用阿拉伯数字而且又很得体的地方,尽量使用阿拉伯数字。定型的词、词组、习惯用语、缩略语中作为语素的数字,必须使用汉字,如十二指肠、三倍体。
3 格式要求
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3.6 关键词 写在摘 要下一行;中文关键词以《中国分类主题词表》(第二版)为准,5~8个为宜。英文关键词应与中文对应,以美国国立医学图书馆编辑的最新版《Index M edicus》中医学主题词表(MeSH)内所列的主题词为准,各关键词之间用分号隔开。要求中英文对照。
3.7 表格 所有表格一律使用三线表,需提交中文版和英文版两种语种表格;表格内容应精简,且具有自明性,表格数量不宜过多,简要的内容可用文字在文内表述,表格内容与正文内容不重复;如遇有合计或统计学处理行(如t值、P值等),则在该行上面加一条分界横线;表内数据要求同一指标有效位数一致,一般按标准差的1/3确定有效位数。表内非公知公用的缩写词应在表下方注明全称。
3.8 图片 选用典型的、有代表意义的图片,用中英文双语标明图序、图题、图注,并在文内出现的地方注出。除W ord稿件需要插入图片外,还需同时提供TIF格式的图片文件。图片保存类型为.TIF格式,分辨率不小于300 dpi,图片宽度不宜小于5 cm,图片文件名以图号命名,图片上不得出现图号,图片上若标注箭头请分层,不要合并图层。
3.9 参考文献 按GB 7714-87《文后参考文献著录规则》采用顺序编码制著录,依照其在文中出现的先后顺序用阿拉伯数字加方括号标出;中文参考文献须有英文翻译列于其上。参考文献中的作者,1~3名全部列出,3名以上只列前3名,后加“,等.”,外文作者名应与PubMed数据库一致。外文期刊名称用缩写,以《Index Medicus》中的缩写格式为准;中文期刊用全名。每条参考文献均必须著录全所有项目。鼓励在文献后加注DOI号。建议重点引用国内、外近两年发表的同行论文。各类参考文献条目的编排格式及示例如下:
a.连续出版物
[序号] 主要责任者.文献题名.刊名,出版年份,卷号(期号):起止页码.DOI号.
例如:[1] Dai JP, Shen HC, Li SW. MR pulse sequences in the central nervous system: part II. Chin J Magn Reson Imaging, 2010, 1(4): 305-310. DOI号.
[1] 戴建平, 沈慧聪, 李少武. 磁共振脉冲序列在中枢神经系统中的应用(二). 磁共振成 像, 2010, 1(4): 305-310. DOI号.
b.专著
[序号] 主要责任者.文献题名.出版地:出版者,出版年:起止页码.例如:[2] Jin ZY, Xue HD. Atlas of Whole Body Diffusion Weighted Imaging in Oncological Clinical Application. Beijing: Science Press, 2009: 8-18, 31.
[2] 金征宇,薛华丹. 全身弥散加权成像肿瘤学临床应用图谱.北京:科学出版社, 2009: 8-18, 31.
4 投稿须知
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The system app lying and analyzing of Z spectrum in chem ical exchange saturation transfer
BAI Shuai, HOU Yu-qing, HE X iao-wei*, XUE X in-yu
College of information science and technology, Northw est University, X i'an 710127, China
Ob jective: To create a simple and friendly software toolkit to display and analyze Z spectrum of Chem ical Exchange Saturation Transfer (CEST), which is convenient for clinicians and researchers to apply and research. M aterials and M ethods: The data is collected by conventional CEST imaging method, and the system is made by MATLAB GUI. Fitting the Z spectrum of different region of interest (ROI) which are selected by taking the mouse, and also carrying on its analysis and com parison. Results: The different positions and different pixel values of image’s ROI, the Z spectrum are different, w hich reflect different biological information. Conclusion: Z spectrum directly determines the final CEST signal analysis and relates biomedical information extraction. The functions of this system mainly include CEST image denoising, the formation of asymmetric magnetization transfer rate (MTRasym) mapping, selecting ROI and fitting the Z spectrum. To fit the Z spectra of ROI which are selected by taking the mouse.
Chem ical exchange saturation transfer; Region of interest; Z spectrum; Magnetic resonance imaging
国家自然科学基金面上项目(编号:61372046)
西北大学信息科学与技术学院,西安710127
贺小伟,E-mail: hexw@nwu.edu.cn
2016-01-07接受日期:2016-03-31
R445.2;TP391
A
10.12015/issn.1674-8034.2016.04.010
白帅, 侯榆青, 贺小伟, 等. 化学交换饱和转移的Z谱分析展示系统. 磁共振成像, 2016, 7(4): 292–297.
*Correspondence to: He XW, E-mail: hexw@nwu.edu.cn