胡伟毅等
摘要:比较了5种DNA条形码的重点关注基因psbA-trnH、ITS、ITS2、rbcL、matK在苍耳属中的遗传距离,以期为植物DNA条形码标准基因的筛选研究提供参考。用通用引物对7种苍耳属植物的psbA-trnH、ITS、ITS2、rbcL、matK基因进行扩增、测序,利用MEGA 5.1软件计算遗传距离及标准误。结果表明:ITS2、ITS、matK、psbA-trnH、rbcL基因在苍耳属中的遗传距离依次减小;ITS2、psbA-trnH、ITS、matK、rbcL基因在苍耳属中的遗传距离标准误依次减小。因此从苍耳属的植物层面看,ITS基因作为植物DNA条形码要比ITS2基因具有更好的稳定性;作为植物DNA条形码,matK基因要优于psbA-trnH基因。
关键词:DNA条形码;遗传距离;苍耳属
中图分类号: S567.210.1 文献标志码: A 文章编号:1002-1302(2014)04-0036-02
收稿日期:2013-08-07
基金项目:江苏出入境检验检疫局科技项目(编号:2012KJ54)。
作者简介:胡伟毅(1984—),男,河北宣化人,硕士,主要从事港口外来有害生物的截获工作。E-mail:94087540@qq.com。植物DNA条形码技术是针对植物基因组中的特定基因进行片段扩增、测序而发现其碱基变化规律的技术手段,此概念由加拿大科学家Paul于2003年正式提出[1],此技术在动物COⅠ基因中的应用较为成熟[2-4],但由于COⅠ基因在植物中的变化较为保守,不能起到很好的区分作用,使得植物DNA条形码技术的研究重点仍在通用基因片段的应用、筛选和搭配上[5]。psbA-trnH、ITS、ITS2、rbcL及matK序列是植物DNA条形码重点关注的序列[6-9]。本试验比较了5种DNA条形码重点关注基因psbA-trnH、ITS、ITS2、rbcL、matK在苍耳属(Xanthium)中的遗传距离,以期为植物DNA条形码标准基因的筛选研究提供参考。
1材料与方法
1.1材料与试剂
试验用材料为7种苍耳属植物:北美苍耳(Xanthium chinese)、苍耳(Xanthium sibiricum)、刺苍耳(Xanthium spinosum)、西方苍耳(Xanthium occidentale)、巴西苍耳(Xanthium brasilicum)、美丽苍耳(Xanthium speciosum)、宾州苍耳(Xanthium pensylvanicum),这些外来苍耳均为2012年在进口大豆中截获,并由中国检验检疫科学院鉴定的样本。
试验用试剂有DNeasy Plant Mini Kit、2×Taq master mix、琼脂糖、GoldenviewⅠ、引物[10](详见表1)等。
1.2试验方法
1.2.1DNA的提取采用DNeasy Plant Mini Kit试剂盒法提取DNA,按照说明书逐步操作,可得到200 μL DNA样品,于-20 ℃冰箱保存。
3结论
综合本试验结果,从苍耳属的植物层面看,ITS基因作为植物DNA条形码要比ITS2基因具有更好的稳定性;matK基因作为植物DNA条形码要优于psbA-trnH基因。
参考文献:
[1]Tautz D,Arctander P,Minelli A,et al. A plea for DNA taxonomy[J]. Trends in Ecology and Evolution,2003,18(2):70-74.
[2]朱立静,陈淑吟,许晓风,等. 四角蛤蜊江苏群体线粒体COⅠ基因片段序列研究[J]. 江苏农业科学,2010(4):33-35,97.
[3]姜帆,刘佳琪,李志红,等. 基于DNA条形码的广西苦瓜中实蝇幼虫分子鉴定研究[J]. 植物保护,2011,37(4):150-153.
[4]李鹏飞,朱文斌,贺舟挺,等. 东海带鱼DNA条形码的建立及COⅠ序列变异分析[J]. 浙江海洋学院学报:自然科学版,2013,32(1):6-9.
[5]Chase M W,Salamin N,Wilkinson M,et al. Land plants and DNA barcodes:short-term and long-term goals[J]. Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B,Biological Sciences,2005,360(1462):1889-1895.
[6]任保青,陈之端. 植物DNA条形码技术[J]. 植物学报,2010,45(1):1-12.
[7]张欣,于瑞祥,方晓明,等. 橄榄油掺假检测技术的研究进展[J]. 中国油脂,2013,38(3):67-71.
[8]庞晓慧,宋经元,陈士林. 应用DNA条形码技术鉴定中药材灯心草[J]. 中国中药杂志,2012,37(8):1097-1099.
[9]伏建国,杨晓军,钱路,等. 植物DNA条形码技术在出入境检验检疫领域的应用[J]. 植物检疫,2012,2(02):64-69.
[10]高连明,刘杰,蔡杰,等. 关于植物DNA条形码研究技术规范[J]. 植物分类与资源学报,2012,34(6):592-606.
[11]Tamura K,Peterson D,Peterson N,et al. MEGA5:molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood,evolutionary distance,and maximum parsimony methods[J]. Molecular Biology and Evolution,2011,28(10):2731-2739.
摘要:比较了5种DNA条形码的重点关注基因psbA-trnH、ITS、ITS2、rbcL、matK在苍耳属中的遗传距离,以期为植物DNA条形码标准基因的筛选研究提供参考。用通用引物对7种苍耳属植物的psbA-trnH、ITS、ITS2、rbcL、matK基因进行扩增、测序,利用MEGA 5.1软件计算遗传距离及标准误。结果表明:ITS2、ITS、matK、psbA-trnH、rbcL基因在苍耳属中的遗传距离依次减小;ITS2、psbA-trnH、ITS、matK、rbcL基因在苍耳属中的遗传距离标准误依次减小。因此从苍耳属的植物层面看,ITS基因作为植物DNA条形码要比ITS2基因具有更好的稳定性;作为植物DNA条形码,matK基因要优于psbA-trnH基因。
关键词:DNA条形码;遗传距离;苍耳属
中图分类号: S567.210.1 文献标志码: A 文章编号:1002-1302(2014)04-0036-02
收稿日期:2013-08-07
基金项目:江苏出入境检验检疫局科技项目(编号:2012KJ54)。
作者简介:胡伟毅(1984—),男,河北宣化人,硕士,主要从事港口外来有害生物的截获工作。E-mail:94087540@qq.com。植物DNA条形码技术是针对植物基因组中的特定基因进行片段扩增、测序而发现其碱基变化规律的技术手段,此概念由加拿大科学家Paul于2003年正式提出[1],此技术在动物COⅠ基因中的应用较为成熟[2-4],但由于COⅠ基因在植物中的变化较为保守,不能起到很好的区分作用,使得植物DNA条形码技术的研究重点仍在通用基因片段的应用、筛选和搭配上[5]。psbA-trnH、ITS、ITS2、rbcL及matK序列是植物DNA条形码重点关注的序列[6-9]。本试验比较了5种DNA条形码重点关注基因psbA-trnH、ITS、ITS2、rbcL、matK在苍耳属(Xanthium)中的遗传距离,以期为植物DNA条形码标准基因的筛选研究提供参考。
1材料与方法
1.1材料与试剂
试验用材料为7种苍耳属植物:北美苍耳(Xanthium chinese)、苍耳(Xanthium sibiricum)、刺苍耳(Xanthium spinosum)、西方苍耳(Xanthium occidentale)、巴西苍耳(Xanthium brasilicum)、美丽苍耳(Xanthium speciosum)、宾州苍耳(Xanthium pensylvanicum),这些外来苍耳均为2012年在进口大豆中截获,并由中国检验检疫科学院鉴定的样本。
试验用试剂有DNeasy Plant Mini Kit、2×Taq master mix、琼脂糖、GoldenviewⅠ、引物[10](详见表1)等。
1.2试验方法
1.2.1DNA的提取采用DNeasy Plant Mini Kit试剂盒法提取DNA,按照说明书逐步操作,可得到200 μL DNA样品,于-20 ℃冰箱保存。
3结论
综合本试验结果,从苍耳属的植物层面看,ITS基因作为植物DNA条形码要比ITS2基因具有更好的稳定性;matK基因作为植物DNA条形码要优于psbA-trnH基因。
参考文献:
[1]Tautz D,Arctander P,Minelli A,et al. A plea for DNA taxonomy[J]. Trends in Ecology and Evolution,2003,18(2):70-74.
[2]朱立静,陈淑吟,许晓风,等. 四角蛤蜊江苏群体线粒体COⅠ基因片段序列研究[J]. 江苏农业科学,2010(4):33-35,97.
[3]姜帆,刘佳琪,李志红,等. 基于DNA条形码的广西苦瓜中实蝇幼虫分子鉴定研究[J]. 植物保护,2011,37(4):150-153.
[4]李鹏飞,朱文斌,贺舟挺,等. 东海带鱼DNA条形码的建立及COⅠ序列变异分析[J]. 浙江海洋学院学报:自然科学版,2013,32(1):6-9.
[5]Chase M W,Salamin N,Wilkinson M,et al. Land plants and DNA barcodes:short-term and long-term goals[J]. Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B,Biological Sciences,2005,360(1462):1889-1895.
[6]任保青,陈之端. 植物DNA条形码技术[J]. 植物学报,2010,45(1):1-12.
[7]张欣,于瑞祥,方晓明,等. 橄榄油掺假检测技术的研究进展[J]. 中国油脂,2013,38(3):67-71.
[8]庞晓慧,宋经元,陈士林. 应用DNA条形码技术鉴定中药材灯心草[J]. 中国中药杂志,2012,37(8):1097-1099.
[9]伏建国,杨晓军,钱路,等. 植物DNA条形码技术在出入境检验检疫领域的应用[J]. 植物检疫,2012,2(02):64-69.
[10]高连明,刘杰,蔡杰,等. 关于植物DNA条形码研究技术规范[J]. 植物分类与资源学报,2012,34(6):592-606.
[11]Tamura K,Peterson D,Peterson N,et al. MEGA5:molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood,evolutionary distance,and maximum parsimony methods[J]. Molecular Biology and Evolution,2011,28(10):2731-2739.
摘要:比较了5种DNA条形码的重点关注基因psbA-trnH、ITS、ITS2、rbcL、matK在苍耳属中的遗传距离,以期为植物DNA条形码标准基因的筛选研究提供参考。用通用引物对7种苍耳属植物的psbA-trnH、ITS、ITS2、rbcL、matK基因进行扩增、测序,利用MEGA 5.1软件计算遗传距离及标准误。结果表明:ITS2、ITS、matK、psbA-trnH、rbcL基因在苍耳属中的遗传距离依次减小;ITS2、psbA-trnH、ITS、matK、rbcL基因在苍耳属中的遗传距离标准误依次减小。因此从苍耳属的植物层面看,ITS基因作为植物DNA条形码要比ITS2基因具有更好的稳定性;作为植物DNA条形码,matK基因要优于psbA-trnH基因。
关键词:DNA条形码;遗传距离;苍耳属
中图分类号: S567.210.1 文献标志码: A 文章编号:1002-1302(2014)04-0036-02
收稿日期:2013-08-07
基金项目:江苏出入境检验检疫局科技项目(编号:2012KJ54)。
作者简介:胡伟毅(1984—),男,河北宣化人,硕士,主要从事港口外来有害生物的截获工作。E-mail:94087540@qq.com。植物DNA条形码技术是针对植物基因组中的特定基因进行片段扩增、测序而发现其碱基变化规律的技术手段,此概念由加拿大科学家Paul于2003年正式提出[1],此技术在动物COⅠ基因中的应用较为成熟[2-4],但由于COⅠ基因在植物中的变化较为保守,不能起到很好的区分作用,使得植物DNA条形码技术的研究重点仍在通用基因片段的应用、筛选和搭配上[5]。psbA-trnH、ITS、ITS2、rbcL及matK序列是植物DNA条形码重点关注的序列[6-9]。本试验比较了5种DNA条形码重点关注基因psbA-trnH、ITS、ITS2、rbcL、matK在苍耳属(Xanthium)中的遗传距离,以期为植物DNA条形码标准基因的筛选研究提供参考。
1材料与方法
1.1材料与试剂
试验用材料为7种苍耳属植物:北美苍耳(Xanthium chinese)、苍耳(Xanthium sibiricum)、刺苍耳(Xanthium spinosum)、西方苍耳(Xanthium occidentale)、巴西苍耳(Xanthium brasilicum)、美丽苍耳(Xanthium speciosum)、宾州苍耳(Xanthium pensylvanicum),这些外来苍耳均为2012年在进口大豆中截获,并由中国检验检疫科学院鉴定的样本。
试验用试剂有DNeasy Plant Mini Kit、2×Taq master mix、琼脂糖、GoldenviewⅠ、引物[10](详见表1)等。
1.2试验方法
1.2.1DNA的提取采用DNeasy Plant Mini Kit试剂盒法提取DNA,按照说明书逐步操作,可得到200 μL DNA样品,于-20 ℃冰箱保存。
3结论
综合本试验结果,从苍耳属的植物层面看,ITS基因作为植物DNA条形码要比ITS2基因具有更好的稳定性;matK基因作为植物DNA条形码要优于psbA-trnH基因。
参考文献:
[1]Tautz D,Arctander P,Minelli A,et al. A plea for DNA taxonomy[J]. Trends in Ecology and Evolution,2003,18(2):70-74.
[2]朱立静,陈淑吟,许晓风,等. 四角蛤蜊江苏群体线粒体COⅠ基因片段序列研究[J]. 江苏农业科学,2010(4):33-35,97.
[3]姜帆,刘佳琪,李志红,等. 基于DNA条形码的广西苦瓜中实蝇幼虫分子鉴定研究[J]. 植物保护,2011,37(4):150-153.
[4]李鹏飞,朱文斌,贺舟挺,等. 东海带鱼DNA条形码的建立及COⅠ序列变异分析[J]. 浙江海洋学院学报:自然科学版,2013,32(1):6-9.
[5]Chase M W,Salamin N,Wilkinson M,et al. Land plants and DNA barcodes:short-term and long-term goals[J]. Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B,Biological Sciences,2005,360(1462):1889-1895.
[6]任保青,陈之端. 植物DNA条形码技术[J]. 植物学报,2010,45(1):1-12.
[7]张欣,于瑞祥,方晓明,等. 橄榄油掺假检测技术的研究进展[J]. 中国油脂,2013,38(3):67-71.
[8]庞晓慧,宋经元,陈士林. 应用DNA条形码技术鉴定中药材灯心草[J]. 中国中药杂志,2012,37(8):1097-1099.
[9]伏建国,杨晓军,钱路,等. 植物DNA条形码技术在出入境检验检疫领域的应用[J]. 植物检疫,2012,2(02):64-69.
[10]高连明,刘杰,蔡杰,等. 关于植物DNA条形码研究技术规范[J]. 植物分类与资源学报,2012,34(6):592-606.
[11]Tamura K,Peterson D,Peterson N,et al. MEGA5:molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood,evolutionary distance,and maximum parsimony methods[J]. Molecular Biology and Evolution,2011,28(10):2731-2739.